Table S5. The R2 and associated P values of markers linked to sucrose and other yield contributing traits based on the four models, viz., GLM, GLM + Q, MLM, MLM + Q.
Trait/primer / 2010-11 / 2011-12 / 2012-13GLM / GLM+Q / MLM / MLM+Q / GLM / GLM+Q / MLM / MLM+Q / GLM / GLM+Q / MLM / MLM+Q
P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2 / P / R2
Average cane width
IISR_137 / 0.004 / 0.069 / 0.008 / 0.070 / 0.008 / 0.064 / 0.003 / 0.075 / 0.009 / 0.071 / 0.008 / 0.069 / 0.005 / 0.066 / 0.008 / 0.069
IISR_148 / 0.007 / 0.067 / 0.008 / 0.064
IISR_213 / 0.006 / 0.068 / 0.006 / 0.063 / 0.004 / 0.083 / 0.008 / 0.065 / 0.008 / 0.060 / 0.005 / 0.079 / 0.007 / 0.066 / 0.007 / 0.060 / 0.004 / 0.081
IISR_308a / 0.004 / 0.075 / 0.005 / 0.073 / 0.004 / 0.074
EST A71 / 0.007 / 0.061 / 0.002 / 0.094 / 0.007 / 0.062 / 0.002 / 0.094 / 0.007 / 0.061 / 0.001 / 0.100
IISR_144 / 0.004 / 0.071 / 0.002 / 0.077 / 0.002 / 0.091 / 0.005 / 0.066 / 0.003 / 0.082
IISR_145 / 0.009 / 0.062 / 0.009 / 0.063
IISR_137 / 0.002 / 0.088 / 0.008 / 0.072 / 0.003 / 0.081 / 0.010 / 0.068 / 0.002 / 0.086 / 0.008 / 0.072
SEGMS1016 / 0.006 / 0.070 / 0.002 / 0.098 / 0.007 / 0.067 / 0.001 / 0.102 / 0.006 / 0.069 / 0.002 / 0.097
SEGMS73 / 0.008 / 0.064 / 0.008 / 0.064
SEGMS73 / 0.009 / 0.058 / 0.000 / 0.124 / 0.010 / 0.057 / 0.008 / 0.059
SEGMS1016 / 0.000 / 0.120 / 0.004 / 0.071 / 0.001 / 0.107 / 0.003 / 0.073 / 0.001 / 0.111 / 0.003 / 0.082 / 0.000 / 0.120 / 0.004 / 0.071 / 0.001 / 0.108 / 0.004 / 0.076
SEGMS1016 / 0.009 / 0.063 / 0.007 / 0.067
IISR_98 / 0.000 / 0.116 / 0.006 / 0.062 / 0.002 / 0.102 / 0.000 / 0.111 / 0.009 / 0.058 / 0.002 / 0.097 / 0.000 / 0.113 / 0.008 / 0.058 / 0.002 / 0.101
IISR_299 / 0.007 / 0.061 / 0.007 / 0.061 / 0.007 / 0.068 / 0.005 / 0.065 / 0.005 / 0.073
IISR_74 / 0.003 / 0.082 / 0.003 / 0.074 / 0.004 / 0.085 / 0.003 / 0.079 / 0.003 / 0.076 / 0.005 / 0.082 / 0.006 / 0.071 / 0.004 / 0.077 / 0.004 / 0.068 / 0.005 / 0.080 / 0.008 / 0.067
IISR_104 / 0.009 / 0.063 / 0.010 / 0.061 / 0.010 / 0.061
Average cane length
IISR_306 / 0.008 / 0.064 / 0.009 / 0.058 / 0.001 / 0.108 / 0.009 / 0.062 / 0.010 / 0.056 / 0.001 / 0.104 / 0.009 / 0.064 / 0.009 / 0.058 / 0.001 / 0.110
IISR_80 / 0.004 / 0.075 / 0.003 / 0.075 / 0.008 / 0.071 / 0.004 / 0.075 / 0.003 / 0.076 / 0.008 / 0.071 / 0.004 / 0.074 / 0.003 / 0.075 / 0.008 / 0.071
IISR_317 / 0.004 / 0.077 / 0.007 / 0.075 / 0.003 / 0.079 / 0.006 / 0.077 / 0.003 / 0.088 / 0.003 / 0.078 / 0.006 / 0.077
IISR_144 / 0.005 / 0.066 / 0.006 / 0.065 / 0.005 / 0.072 / 0.005 / 0.067
IISR_142 / 0.008 / 0.059 / 0.004 / 0.081 / 0.008 / 0.060 / 0.004 / 0.083 / 0.009 / 0.058 / 0.004 / 0.079
IISR_148 / 0.003 / 0.076 / 0.004 / 0.081 / 0.003 / 0.076 / 0.005 / 0.077 / 0.003 / 0.076
IISR_146 / 0.005 / 0.072 / 0.001 / 0.086 / 0.008 / 0.071 / 0.005 / 0.071 / 0.001 / 0.086 / 0.009 / 0.071 / 0.001 / 0.087 / 0.008 / 0.072
SEGMS11 / 0.002 / 0.087 / 0.005 / 0.082 / 0.005 / 0.078 / 0.002 / 0.086 / 0.005 / 0.082 / 0.001 / 0.105 / 0.002 / 0.087 / 0.005 / 0.082 / 0.002 / 0.099
IISR_199a / 0.002 / 0.096 / 0.004 / 0.080 / 0.006 / 0.072
EST A71 / 0.007 / 0.070 / 0.006 / 0.075
IISR_313 / 0.005 / 0.077 / 0.007 / 0.072
Number of millable canes
IISR_17b / 0.010 / 0.068 / 0.000 / 0.158 / 0.007 / 0.067 / 0.008 / 0.072 / 0.000 / 0.148 / 0.008 / 0.065 / 0.009 / 0.070 / 0.000 / 0.165
IISR_176c / 0.003 / 0.078 / 0.003 / 0.083 / 0.005 / 0.080 / 0.005 / 0.080 / 0.003 / 0.082 / 0.003 / 0.080 / 0.005 / 0.079 / 0.006 / 0.074 / 0.003 / 0.079 / 0.003 / 0.080 / 0.005 / 0.080 / 0.007 / 0.073
IISR_308b / 0.006 / 0.077 / 0.004 / 0.080 / 0.006 / 0.077 / 0.009 / 0.063
IISR_306 / 0.004 / 0.076 / 0.000 / 0.126 / 0.006 / 0.078 / 0.006 / 0.077 / 0.006 / 0.069 / 0.000 / 0.111 / 0.003 / 0.078 / 0.000 / 0.122 / 0.006 / 0.079
IISR_141 / 0.010 / 0.068 / 0.006 / 0.077 / 0.008 / 0.069 / 0.005 / 0.078
NKS40 / 0.007 / 0.067 / 0.001 / 0.108 / 0.003 / 0.078 / 0.008 / 0.065 / 0.004 / 0.084 / 0.003 / 0.088 / 0.004 / 0.077 / 0.007 / 0.066 / 0.004 / 0.084 / 0.003 / 0.091
IISR_17b / 0.008 / 0.072 / 0.003 / 0.088 / 0.004 / 0.087
EST A48 / 0.005 / 0.081 / 0.010 / 0.062 / 0.006 / 0.073 / 0.008 / 0.070
IISR_308b / 0.010 / 0.068 / 0.009 / 0.069 / 0.008 / 0.071
SCA01 / 0.008 / 0.066 / 0.007 / 0.066 / 0.009 / 0.064
SCC01 / 0.009 / 0.062
Number of nodes
IISR_42 / 0.010 / 0.065 / 0.005 / 0.072 / 0.001 / 0.098 / 0.002 / 0.094 / 0.007 / 0.066
IISR_42 / 0.008 / 0.065 / 0.007 / 0.071 / 0.007 / 0.073 / 0.004 / 0.074 / 0.005 / 0.077 / 0.007 / 0.075 / 0.006 / 0.076
IISR_176c / 0.007 / 0.070
IISR_34 / 0.004 / 0.075 / 0.004 / 0.080 / 0.006 / 0.077
IISR_82b / 0.001 / 0.091 / 0.001 / 0.105 / 0.004 / 0.085 / 0.001 / 0.123 / 0.000 / 0.132 / 0.003 / 0.081 / 0.006 / 0.072 / 0.002 / 0.096
IISR_14b / 0.008 / 0.071 / 0.006 / 0.068 / 0.009 / 0.065
IISR_14b / 0.008 / 0.068 / 0.005 / 0.079 / 0.003 / 0.093
IISR_306 / 0.001 / 0.091 / 0.001 / 0.112 / 0.005 / 0.081 / 0.008 / 0.070 / 0.003 / 0.080 / 0.001 / 0.107 / 0.007 / 0.075 / 0.006 / 0.071
IISR_89 / 0.004 / 0.078 / 0.005 / 0.079
IISR_148 / 0.003 / 0.082 / 0.002 / 0.089 / 0.005 / 0.081 / 0.010 / 0.064 / 0.004 / 0.077 / 0.008 / 0.067
IISR_148 / 0.006 / 0.074 / 0.006 / 0.068 / 0.003 / 0.081 / 0.007 / 0.073 / 0.007 / 0.074
SEGMS11 / 0.002 / 0.093 / 0.007 / 0.073
SEG 15 / 0.003 / 0.082 / 0.005 / 0.077 / 0.010 / 0.068 / 0.004 / 0.077 / 0.005 / 0.076 / 0.007 / 0.075
EST A69 / 0.005 / 0.071 / 0.005 / 0.076 / 0.008 / 0.065 / 0.001 / 0.099 / 0.001 / 0.103 / 0.001 / 0.097
IISR_78 / 0.010 / 0.065
SCA02 / 0.005 / 0.071 / 0.002 / 0.092 / 0.004 / 0.076 / 0.003 / 0.083
ESTA19 / 0.003 / 0.079 / 0.010 / 0.065
ESTA48 / 0.010 / 0.065 / 0.006 / 0.077 / 0.007 / 0.080
Sucrose percentage
IISR_176b / 0.002 / 0.100 / 0.001 / 0.103 / 0.001 / 0.107 / 0.008 / 0.072 / 0.003 / 0.090
IISR_14a / 0.003 / 0.080 / 0.005 / 0.073 / 0.002 / 0.098 / 0.001 / 0.094 / 0.001 / 0.092 / 0.007 / 0.073 / 0.003 / 0.089 / 0.007 / 0.067 / 0.009 / 0.064 / 0.001 / 0.104
EST A19 / 0.010 / 0.063 / 0.009 / 0.070 / 0.004 / 0.083 / 0.006 / 0.068 / 0.007 / 0.068 / 0.005 / 0.083 / 0.007 / 0.073
EST A69 / 0.007 / 0.068 / 0.008 / 0.069
EST A69 / 0.000 / 0.130 / 0.000 / 0.119 / 0.005 / 0.082 / 0.005 / 0.078 / 0.000 / 0.143 / 0.000 / 0.129 / 0.001 / 0.106 / 0.000 / 0.133 / 0.000 / 0.118 / 0.003 / 0.093
IISR_313 / 0.003 / 0.081 / 0.002 / 0.092 / 0.003 / 0.089 / 0.005 / 0.076 / 0.005 / 0.073 / 0.002 / 0.091 / 0.005 / 0.075 / 0.006 / 0.075
IISR_139 / 0.009 / 0.065 / 0.008 / 0.073 / 0.009 / 0.070
SEGMS118a / 0.008 / 0.071 / 0.006 / 0.068 / 0.005 / 0.074 / 0.002 / 0.094
EST A26 / 0.009 / 0.072
IISR_308b / 0.006 / 0.069 / 0.008 / 0.067
EST A19 / 0.007 / 0.066 / 0.006 / 0.070 / 0.007 / 0.068
EST A19 / 0.008 / 0.066 / 0.010 / 0.063
IISR_78 / 0.009 / 0.070
EST_514 / 0.002 / 0.084 / 0.003 / 0.081 / 0.002 / 0.091 / 0.004 / 0.078 / 0.004 / 0.085
IISR_313 / 0.001 / 0.098 / 0.003 / 0.089 / 0.003 / 0.092 / 0.004 / 0.075 / 0.001 / 0.115 / 0.001 / 0.111 / 0.002 / 0.087 / 0.007 / 0.074 / 0.005 / 0.085
IISR_288 / 0.007 / 0.067
Average cane weight
IISR_80 / 0.002 / 0.084 / 0.006 / 0.068 / 0.007 / 0.074
IISR_114 / 0.009 / 0.062 / 0.004 / 0.073 / 0.009 / 0.069 / 0.008 / 0.071 / 0.009 / 0.063 / 0.006 / 0.067 / 0.007 / 0.073 / 0.008 / 0.070 / 0.008 / 0.063 / 0.010 / 0.068
IISR_17c / 0.003 / 0.079 / 0.004 / 0.088 / 0.004 / 0.084 / 0.006 / 0.066 / 0.005 / 0.080 / 0.003 / 0.091
IISR_308b / 0.004 / 0.074 / 0.002 / 0.084 / 0.007 / 0.075 / 0.008 / 0.062 / 0.003 / 0.100 / 0.004 / 0.074 / 0.002 / 0.085 / 0.006 / 0.077 / 0.005 / 0.088
SEG5 / 0.004 / 0.076 / 0.007 / 0.066 / 0.007 / 0.073
IISR_114 / 0.004 / 0.075 / 0.005 / 0.082 / 0.005 / 0.072 / 0.005 / 0.080 / 0.004 / 0.075 / 0.004 / 0.083
IISR_209 / 0.008 / 0.064
IISR_144 / 0.005 / 0.070 / 0.008 / 0.073 / 0.006 / 0.075 / 0.008 / 0.064 / 0.008 / 0.070
SEGMS118a / 0.009 / 0.069 / 0.003 / 0.078 / 0.003 / 0.091
IISR_213 / 0.003 / 0.082 / 0.003 / 0.076 / 0.006 / 0.078 / 0.008 / 0.071 / 0.005 / 0.071 / 0.008 / 0.062 / 0.004 / 0.075 / 0.004 / 0.074 / 0.008 / 0.071
IISR_308b / 0.004 / 0.074 / 0.008 / 0.072 / 0.008 / 0.064
IISR_104 / 0.004 / 0.074 / 0.004 / 0.085 / 0.008 / 0.063 / 0.009 / 0.068 / 0.009 / 0.061 / 0.007 / 0.072