Supplementary Table 1 Correlation coefficients of ECQ, viscosity parameters and brown rice protein content (BPC) in the RIL population for 2009 (upper) and 2010 (lower)

ASV / AC / GC / AT / BT / BAT / ATE / BTE / BATE / VA / PKV / V95 / HPV / CPV / FV / BD / SB / BPC
AC / 0.41**
0.39**
GC / 0.12 / 0.35**
0.02 / 0.20**
AT / -0.75** / -0.41** / -0.16*
-0.86** / -0.42** / -0.07
BT / 0.24** / 0.30** / 0.05 / -0.16*
0.01 / -0.04 / -0.25** / 0.11
BAT / 0.76** / 0.44** / 0.16* / -0.99** / 0.30**
0.87** / 0.42** / 0.03 / -0.99** / 0.05
ATE / -0.71** / -0.41** / -0.20** / 0.98** / -0.18** / -0.97**
-0.86** / -0.42** / -0.06 / 0.99** / 0.11 / -0.97**
BTE / 0.24** / 0.34** / 0.13 / -0.18* / 0.84** / 0.29** / -0.20**
-0.06 / -0.10 / -0.19** / 0.16* / 0.82** / -0.03 / 0.18*
BATE / 0.72** / 0.45** / 0.21** / -0.96** / 0.33** / 0.97** / -0.98** / 0.37**
0.85** / 0.41** / 0.01 / -0.96** / 0.09 / 0.98** / -0.97** / 0.07
VA / -0.40** / -0.24** / -0.12 / 0.58** / -0.32** / -0.61** / 0.61** / -0.39** / -0.65**
-0.39** / -0.11 / 0.11 / 0.48** / -0.19** / -0.51** / 0.51** / -0.21** / -0.56**
PKV / -0.01 / -0.25** / -0.08 / -0.01 / -0.67** / -0.08 / 0.00 / -0.65** / -0.12 / 0.28**
0.31** / 0.19** / 0.13 / -0.41** / -0.61** / 0.32** / -0.42** / -0.57** / 0.29** / 0.10
V95 / -0.03 / -0.03 / 0.10 / 0.01 / 0.01 / 0.00 / -0.02 / 0.01 / 0.02 / 0.02 / 0.51**
0.05 / 0.03 / -0.05 / -0.11 / -0.13 / 0.09 / -0.13 / -0.06 / 0.12 / 0.06 / 0.63**
HPV / -0.16* / 0.12 / 0.22** / 0.12 / 0.22** / -0.08 / 0.07 / 0.24** / -0.03 / -0.05 / 0.11 / 0.83**
-0.11 / -0.01 / -0.11 / 0.07 / 0.01 / -0.07 / 0.06 / 0.08 / -0.04 / 0.10 / 0.38** / 0.89**
CPV / -0.28** / -0.04 / -0.27** / 0.24** / 0.11 / -0.21** / 0.21** / 0.06 / -0.19** / 0.15* / 0.17* / 0.51** / 0.50**
-0.27** / -0.17* / -0.42** / 0.28** / -0.05 / -0.28** / 0.26** / 0.02 / -0.26** / 0.20** / 0.33** / 0.67** / 0.73**
FV / -0.19** / -0.11 / -0.46** / 0.18* / 0.06 / -0.16* / 0.18* / -0.09 / -0.18* / 0.17* / 0.28** / 0.54** / 0.43** / 0.89**
-0.19** / -0.20** / -0.50** / 0.18* / -0.06 / -0.19** / 0.16* / -0.01 / -0.17* / 0.16* / 0.37** / 0.65** / 0.66** / 0.96**
BD / 0.13 / -0.26** / -0.24** / -0.11 / -0.63** / 0.02 / -0.06 / -0.63** / -0.05 / 0.22** / 0.58** / -0.35** / -0.75** / -0.30** / -0.16*
0.37** / 0.17* / 0.22** / -0.42** / -0.54** / 0.34** / -0.42** / -0.57** / 0.29** / 0.00 / 0.52** / -0.28** / -0.59** / -0.38** / -0.29**
CS / -0.02 / -0.17* / -0.45** / 0.04 / -0.18** / -0.06 / 0.07 / -0.23** / -0.11 / 0.16* / 0.01 / -0.56** / -0.76** / 0.18* / 0.18* / 0.63**
-0.13 / -0.18* / -0.28** / 0.20** / -0.05 / -0.21** / 0.20** / -0.08 / -0.22** / 0.08 / -0.21** / -0.60** / -0.68** / 0.00 / 0.05 / 0.45**
SB / -0.19** / 0.18** / -0.12 / 0.18* / 0.65** / -0.08 / 0.14* / 0.59** / -0.03 / -0.13 / -0.73** / -0.08 / 0.26** / 0.55** / 0.38** / -0.70** / 0.11
-0.50** / -0.30** / -0.44** / 0.60** / 0.55** / -0.52** / 0.60** / 0.57** / -0.47** / 0.05 / -0.72** / -0.11 / 0.17* / 0.42** / 0.35** / -0.78** / 0.21**
BPC / -0.15* / -0.46** / -0.47** / 0.22** / -0.04 / -0.21** / 0.22** / -0.12 / -0.23** / 0.05 / -0.05 / -0.10 / -0.11 / -0.01 / 0.09 / 0.06 / 0.11 / 0.03
-0.12 / -0.29** / -0.26** / 0.16* / 0.28** / -0.11 / 0.16* / 0.32** / -0.08 / -0.08 / -0.43** / -0.12 / -0.01 / -0.11 / -0.12 / -0.37** / -0.08 / 0.34**

*, P < 0.05, **, P < 0.01.

Supplementary figure 1: Distributions of amylose content (AC), gel consistency (GC), alkali spreading value (ASV),pasting temperature (Atemp); pasting time (Atime); time needed from initial viscosity increase to PKV (BAtime); temperature needed from initial viscosity increase to PKV (BAtemp);–breakdown viscosity (BD); –brown rice protein content (BPC); peak temperature (Btemp); peak time (Btime); –cool paste viscosity (CPV); consistency viscosity (CS);final viscosity at 40°C (FV); gel consistency (GC); gelatinization temperature (GT); hot paste viscosity (HPV);peak viscosity (PKV); standard deviation (SD); setback viscosity (SB); viscosity at 95°C (V95); pasting viscosity traits (VA), in a RIL population derived from a cross of two indica cultivars with similar amylose contents in years 2009 and 2010.