USV-NIwo ACAGCGTC...CCCTTTG...GCGAGGG...GCCCATGCTAAACC.GGGCCCCGAGCG.GTCCTTT.GCT 58
USV-NOdo ------...------...------...------.------.------.--- 58
USV-NLag1 ------...------...------...------.------.------.--- 58
USV-NLag2 ------...------...------...------.------.------.--- 58
PanSV-Ken --c--.--aca---....cat-----ccgcg--t-.--tgc.....--....------.----ccg.-a- 53
PanSV-Kar --c--.--aca---....cat-----ccacg----.--tgt.....--....------.----ccg.-a- 53
SSRV-Reu --c---.....-tt-c-c.at-----...... ---..-t--.....---...------.----cc-a-.. 45
SSV-N ------.....-tt---c.at-----.....----...... ---a--...----.--g----c...-.. 43
SSEV-Naga --c---.....-t--c-c.at-----.....----...... ---a--...------.-----...-.. 43
MSV-Set --ct--.-.c.------acct------....----..-g--.....---.a------..--t--..-.. 49
MSV-Raw --t---.-...-t----acct------....----..-g--.....---.a------..--t--..-.. 48
MSV-Pat --c---.-.c.tt.c--tcct------....----..-.c-.....---.a------..--t--..-.. 47
MSV-VW --c---.-.c.tt----tcct------....----..-a.-.....---.a------...at--..-.. 47
MSV-MatA --c---.-.c.tt----tcct------....----..-g--.....---.------...at--..-.. 48
USV-NIwo GCT.TTGTGT..GGG...GC....GT...GATTT....AAATCCAC...CCG.TTGCTTTCG..A.CC.G 103
USV-NOdo ---.------..---...--....--...-----....-----t--...---.------..-.--.- 103
USV-NLag1 ---.------..---...--....--...-----....------...g--c.------..-.--.- 103
USV-NLag2 ---.------..---...--....--...-----....------...g--c.------..-.--.- 103
PanSV-Ken -t-.--acccccc-....-t....-c...-----cttt..-...g-t.g-.-.-.-.--.-.tttag-a- 99
PanSV-Kar -t-c--accc..c-....-t....-c...-----cttt..-...g-t.g-.-.-.-.--.-.tttag-a- 98
SSRV-Reu ---.--ag-a...-a...--t.t.--....t---ctcagtc...g-ccg-.-a-a..--....a-...a- 89
SSV-N -t-.c--g--...-c...-tttt.--....tc--tatt...... g-c.g-.-.-.-----.-.a-.a-.- 87
SSEV-Naga ct-.-..g--...-c...cttat.--....c---tgtt---....-c.....g.-.g.-at.gt-a..ta 84
MSV-Set at-.-aaa-ctca-attt--tttt--cgt--aa-atc.---...g-t.g--t.-.-.--...ta-agaa- 107
MSV-Raw at-.-aaa-ctt--atct--ttt.--.cgt----tttc---...g-t.g--a.-.-.--...ta-agaat 105
MSV-Pat at-.-aaa-gttt-atct--ttt.-g.tg-----ttcc---...g-a.g---.-.-.--...ta-agaaa 104
MSV-VW at-.-aaa--tc--ttct--ttt.--.ct-----atct---...g-a.g--caa....-.-.ta-agaaa 104
MSV-MatA atg.-aaa-ctt--tcct--ttt.--.at-----atct---...g-a.g--ca....--.-.ta-agaaa 105
USV-NIwo CCGACAGGC...... TTTGG.T..G...CTATAAA....TCG.GTCCTCTGCT.....TC..TCCTT. 146
USV-NOdo ------...... -----.-..-...------....---.------.....--..-----. 146
USV-NLag1 ------...... -----.-..-...------....---.------...... -..---c-t 146
USV-NLag2 ------...... -----.-..-...------....---.------....g-...-----. 146
PanSV-Ken ---...t--cc.ccac.-g-...... c------g...a-.-....----.-ccgggg.-ga-..-cc 143
PanSV-Kar ---...t--cc.ccac.-g-...... c------g....-t-....---c.-cg.gtg.-ga-..-cc 141
SSRV-Reu ...... ---cgc....g-a--aa-c.-.ca------g....-a-a-..-c--...aggtg.-ga--.-c. 135
SSV-N --....---...... -----a-c.-.ca------ggggg-t...... gtg--.a-.g-gt 127
SSEV-Naga ...... a-gc.gc....-----a-c.-.ca.-----g...t---..---.-..-.aggc.--.a..g-gg 127
MSV-Set ---...t.-c...cacg...... c.-..a------....-t-t...---a.-aa.gtg.-ga-..-ca 148
MSV-Raw ---...t.-ca..ca...... -cc-..a------....-t-t...---a.-aa.gtg.-ga-..-c. 146
MSV-Pat ---..gt.-cc.....g-c....-c....a------....-t-t...--.aa-aa.gtg.-ga-..-c. 145
MSV-VW -....gtc-c...c...-g.....c.-..a------....-t-t...---a.-aa.gtg.-ga-..-c. 143
MSV-MatA -....gtc-cg...... -gca------....-t-...---.aa-aa.gtg.-ga-..-c. 143
USV-NIwo T.G..T...ATGGA.G..AGCC....AAGGT.GCGATC.TA.TC..CTTTGCCT...CAAAGT..GCTTT 193
USV-NOdo -.-..-...-----.-..----....-----.------.--.--..------...------..----- 193
USV-NLag1 -.-..-...-----.-..----....-----.------.--.--..------...------..----- 193
USV-NLag2 -.-..-...-----.-..----....-----.------.--.--..------...------..----- 193
PanSV-Ken ..-ca-.c.-----t-ct---...... --cca-t.-.-....--tg------tat-...c-ca--c.. 192
PanSV-Kar ..-ca-.c.-----t-ct---...... --c.ac-.-.-....--..----t---tat-..cc-ca--c.. 188
SSRV-Reu -.-c.....-----t...----ttg.----.a---t.-cc...-tg------c.g.-..---.a----- 185
SSV-N -c-.a..c.-----t...---tttggc--..a--.t.-c-cc--...----g-c.g.-..---ca----- 179
SSEV-Naga -.-....ct-----..c.g--tctgg.---.a---t-gc....-tg------...------..-t-c- 178
MSV-Set ..-c...c.-----t.....--.t..c--..a-..t.g.....-...-a-..--.at...... --c- 179
MSV-Raw ....a-tc.-----t.....--.t..c--..a-..t.g.....-...ga-..--.at...-.....---- 179
MSV-Pat ....a-tc.-----t.....--.c..c--..a-..t.g.....-...-g-...-ta.-....-...---- 178
MSV-VW ....a-tc.-----t.....--.a..c--..aa-.t.-.....-.t.-c-...-tgt...-..ca..... 176
MSV-MatA ....a-tc.-----t.....--.a..c--..aa-...gc....-..--g-a..-tat...... ca..... 176
USV-NIwo GCCGCGGGTACCCTC.TGC.AGCTCCGTCATCCTCAGGACTGCCGTGGAGTCGCGTCGGTGAGATAGTTA 261
USV-NOdo ------.---.------g------261
USV-NLag1 ------.---.------261
USV-NLag2 ------.---.------t------261
PanSV-Ken ------.---.------cg--gg-c-g------c- 260
PanSV-Kar .--t------.---.------gtcg--gg--cg------255
SSRV-Reu ---t--t--.---c-gg--.------cg-tc-t-cgt------c-----t-----a----c-- 253
SSV-N ---t-----.----gg---.t------g-----t------c------c-- 247
SSEV-Naga ------..--c-c------tg--gg--ag------g- 246
MSV-Set c--a------a-.a--.------a-ca--gg---tg--t------a------c---g---c-- 247
MSV-Raw ---t------a-.a--.------a-ca--gg---tg--t------a------c---g---c-- 247
MSV-Pat ------a-.a--.------c-caa-g-----g------a------c---g---c-g 246
MSV-VW ------a-.a--.------a-----gg----g--t------a--c---g---c-- 244
MSV-MatA ------a-.a--.------g-----g-----g------a--c---g---c-- 244
USV-NIwo TATTCACTTTTGTTGCAGTGCTAGCGTTGTATTTGCTGTGGTTGTGGGTGCTGAGAGATCTTATCTTCAT 331
USV-NOdo ------331
USV-NLag1 ------331
USV-NLag2 ------331
PanSV-Ken -c--t--c------t------tc-t--cc----t---c-t------c-a----tg------ac- 330
PanSV-Kar -c--t--c------t------gcc-t--cc----t---c-t------c-a----tg------ac- 325
SSRV-Reu -c--t--c------c-t--c--a--t---g-t------g-----g- 323
SSV-N -c--t--c------at-g---c-t--cc----c---agt------ggt------c----gg- 317
SSEV-Naga -t-----c------tt--g----t-----cc--t-a------c- 316
MSV-Set --c-g-gc------tt--a-ttgca-t---c----t-acc-t------t------c------ag- 317
MSV-Raw --c-g-gc------tt--a-ttgca-t---c----t-acc-t------t------ag- 317
MSV-Pat -t--g-gc------tt--a-ttgca-t--c-----t-acc-t------ag- 316
MSV-VW -t--g-gc------tt--a-tatc--t--cc----t-acc-t------ag- 314
MSV-MatA -t--g-gc------c--a-ttgc--t--cc----t-acc-t------c------ag- 314
USV-NIwo TGTTAAGGCTCGGCGAGGTAGATCTACGGAGGAGCTGCAATTCGGGGACCTTGAGCGTGCCCCGCCTGTC 401
USV-NOdo ------401
USV-NLag1 ------401
USV-NLag2 ------401
PanSV-Ken -c-g------a------c------atc--t--tcctgg----a-.---..a--c--- 397
PanSV-Kar -c-g------a------c------atc--t--tcctgg----a-.---..ag-c--- 392
SSRV-Reu -t-g------a-----cg------t--t---cc-agg-----g-a...-t----- 390
SSV-N -c------c--c--ag-ca------ac---t---cc-agg-----...... -caca 379
SSEV-Naga ------c--c--g-tc--a------g--agc--t--.t--g-ca.-at...... -tg--t 377
MSV-Set ct-g-----aa-a--c--g--g--c------at---t--..-t--ga--...... ----g 375
MSV-Raw -c-g-----aa-a--c--g--g--c------at---t--..-t--ga--...... ----g 375
MSV-Pat ct-g-----aa-a--c--g--g--c------at---t--..-t--ga--...... ----g 374
MSV-VW -c-g------a-a---c-----c------at---t--..-ataca--...... ----g 372
MSV-MatA -c-g------a-a---c-----c------at---t--..-ggaca--...... ----g 372
USV-NIwo GCTTCTGCCGACGGT....CCTCCGTCCGTTCCAGCGCCTTCTT.GTCC..TGCCCAGCCTAGGTCT... 461
USV-NOdo ------....-----a------.----..------... 461
USV-NLag1 c------....------.----..------... 461
USV-NLag2 c------....------.----..------... 461
PanSV-Ken --c------ccact---gtc-t------at--g--gcc.---..--t--.-t-gg-ac--aga 463
PanSV-Kar ------....t---gc------at--g---cc----..--t--.---gg-ac--aga 455
SSRV-Reu ------a--....t---gtc-a--cg-t--t--g--ggc.c--..-c-tgtaag-gacg--agg 453
SSV-N -..-t-a--ag-t--agctgt-g-tcgg--gga-aat---c-g-gtc--ag--gttcagtggaag--aga 447
SSEV-Naga -.--tc--a-g-t...... --aa--c-g--cggt-tc.t.ctgctag-t.g-.--..---gg-ac--gtg 434
MSV-Set -...a-aggaggcac....---atcc-taa-a-ttt-.aa.--.cag-tccg-tg--t--cg-ac-gt.. 433
MSV-Raw -...a-aggaggca-....---atcc-taa-a-ttt-gtac-aacag-tccg-tg--t--cg-ac-at.. 436
MSV-Pat -...a-aggagga--....---atcc-taa-a-ttt-gaac--acag-tcca-tg--t--cg-ac-at.. 435
MSV-VW -...a-aggag-aac....---atcc-taa-a--ca-g-ac-aacaattcag-gga-t--cg--c-gt.. 433
MSV-MatA -...a-aggag-aac....---atcc-taa--t-c--a-ac-accaagtcag-g-a-t--cg--c-at.. 433
USV-NIwo CCTTTCTAGGCTGAGCTG...... GTAGGCATGTCGTCTTCCCTTGGCAAGAGGAAGAGGTCCGATGAGG 526
USV-NOdo ------...... ------526
USV-NLag1 ------...... ------526
USV-NLag2 ------...... ------526
PanSV-Ken ------ac--.-ctaga-c....ac-ca------tgg-g-t.---..---c-c---c-t--t------525
PanSV-Kar ------gt--.-ctaga-c....ac-ca------cggag-t.---..---c-c---c-t--g------517
SSRV-Reu ------c--tct-----c....c--ga-----c-ta--a--gcc--g--ac------a-a-----t- 519
SSV-N --g---acc-g-t-----tgc..cc-ca-----c-tctc--tggaatg---c-t------a 515
SSEV-Naga --g---ac---ct--gaccctcagc.cac----c-tct-g--ggca----a------g------503
MSV-Set t-g---c---tcag-gataagcagta--c------a-g---a...... ------c-tg------497
MSV-Raw t-g---ct--tcag-gataagcagta--c------a-g---a...... ------c-cg------a- 500
MSV-Pat ttg---ct--t-cg-gataagcagtg--c------a-g---a...... ------c-tg----c---- 499
MSV-VW t-g---c----acg-gataagcaatc--c------ta-----a...... ------ac--gga-----tt 497
MSV-MatA ttg---c----acg-gataagcaatc--c------ca-g---a...... ------c--gga-----tt 497
USV-NIwo GCGCTTGGTCTAAGGGGAAGTCTAAGAAGAAGGCAA...TGAGAGGCTCGTCCTCTCGCAGGCCTGGCCC 593
USV-NOdo ------...------593
USV-NLag1 ------...------593
USV-NLag2 ------...------t------593
PanSV-Ken tt--c---ag-cgaa---g-c-cgt------c--gtccgcc-t-c-c-ac-tc-g--ggctggccc-t- 595
PanSV-Kar tt--c---ag-cgaa-----c-cgtc------ca-gacaccg-gtt-c-cct-c-c--ggctggccc-t- 587
SSRV-Reu c------ag----a-agctc..g-cc.------cg...g-c-taca--tg--g-c--gcctgg-actg- 583
SSV-N cg-g-c-ccg----a-atct---gg-gt----cagg...g-c-taca--tg--g-c--tgctgg-tctg- 582
SSEV-Naga tg--c------c-tggca------c--g...a-c-taca--tg--g----ggctgg-.c-gt 569
MSV-Set cgcaa---aa----c--tcca-c------a-gtt...... ct-cgc--cagg-gaag-a------ggg 561
MSV-Raw cgcaa---aa----c--tcca-c------a-gtt...... ct-cgc--cagg-gaag-aa-----ggg 564
MSV-Pat tgcag---aa----a--tcca-c------a--tt...... ct-cac--c-ggtgaag-a-a----ggg 563
MSV-VW cgaac---aa----c---c-a------c-tt...... cttcag-tggtctgaag-a-g----aag 561
MSV-MatA cgaa----ag----c--gt-c------c-ct...... cttcag-tgggctgaag---g----aag 561
USV-NIwo TGTCAGGGGGCCTCGTCCTGCTCTCCAAATTGCGCAGTACATAGCTGCGGGCACCTCTATGGTCACTGTC 663
USV-NOdo ------663
USV-NLag1 ------663
USV-NLag2 ------663
PanSV-Ken ------a-agga-tc---t-c--t--g--cca-acc-tgg-g-----c--tga-a-----a------g 665
PanSV-Kar ------a-agga-tc-----c--t--g--cca-ac-ctt-cg--g--t--tga-a-----a----g--g 657
SSRV-Reu c--tc-tc--gtc-----a-----g--g--cca-ac-ct-cag--g--t-----g--a---a----c--t 653
SSV-N ---tc-ca--a------ct----g--g--cca-ac-ctgcag--g--t--t--t--a---a--gaa--g 652
SSEV-Naga .c.t---c--at------ac-ct-g--g--a--cac--ttg-g--a--c--tcag------gt----- 637
MSV-Set -...-a--ttgagaag---t-c-----g--aca-act-tac-ccact-a--tga-a-g---a----c--a 628
MSV-Raw -...-a---tgaga-g---t-c-----g--aca-act-tac-ccact-a--tga-a-g---a----c--a 631
MSV-Pat -...-a--ctgaca-g---t-c-----g--aca-actctac-ccact----gga-a-c---a-a--c--a 630
MSV-VW c...-a--ccgaaa-g--at-c--t--g--cca-acact-cagca---t--gt--a-c---a-a--a--- 628
MSV-MatA c...-a--ccga-a-g--at-c------cca-acact-cagca---t--g---a-c---a-a------628
USV-NIwo CCGTCCGGTGGCGTTTGTGAGCTCCTTGCGACTTACGCAAGAGGATCCGATGAGGGTAACAGGCACACCA 733
USV-NOdo ------c------733
USV-NLag1 ------c------733
USV-NLag2 ------c------733
PanSV-Ken ------a---a-c--cagt--ga---gc--g--t--cc-g--c--t-g---a---g-ac-c------735
PanSV-Kar ------c---a-c--cagt--ga---gc--g--t--cc-g--c--t-----a------c-c------727
SSRV-Reu -----g-----t------ta----c-g-t-c--tt--c----c--t--c---t-c--tc-c------723
SSV-N --a------c--t----gtt-c-t-t-cc-t--c--t--c-----g------722
SSEV-Naga --t------g------a--g--g-gct-c--t--tc----cg-t--c----cc---c-t------707
MSV-Set --t--a-----g--c-----c---a-caat--a--t--cc----g------c---c-t------698
MSV-Raw -----a-----g--c-----c---a-caat--a--t--cc----g--t------c---c------701
MSV-Pat -----a-----g-gc-----c---a-cagt--a--t--cc------c---c-t------700
MSV-VW --c-----a--a--a-----c---a-caac--c--t--cc------a--c-----c---c-c------698
MSV-MatA --a-----a--a--a-----c---a-caac--c--t--cc------t--c-----c---c-c------698
USV-NIwo ACGAGACTGTTACGTACAAGGTCGCCCTGGATTACCACTTCGTGCTCACAGCAGAGGCCTGCCGCTACTC 803
USV-NOdo ------g------803
USV-NLag1 ------803
USV-NLag2 ------803
PanSV-Ken ------c-g------t-----c------tgc---c--t-ct--g--taaa---ag 805
PanSV-Kar ------c-g------t--g-----c------tgct--t--t-c------aag----- 797
SSRV-Reu ------c--c------a--t-----c-----t-----tgct-gt----ca------aag--t-- 793
SSV-N ------c-tc------g--a-----c------a-tgct--c--t-ct------aag--t-- 792
SSEV-Naga ------c------t---t----c------tgct--t----cc------a-g--t-- 777
MSV-Set g---a--cc-a------a--t-ggg-c------tgctgac--c-cat-----aag----- 768
MSV-Raw g---a--cc-a------a--t-ggg-c--c------cgctgac--c-cat-----aag----- 771
MSV-Pat g---a--cc-a------a--t-ggg-c--c------cgc-gac----ga------a-a----- 770
MSV-VW g------c-g------a-t---g-c--c------tgcagact-gc-a------aag--t-- 768
MSV-MatA g------c-c------a-----a-c--c------tgc-gac--g-ca------768
USV-NIwo GTCCATCGGTGTAGGGGTGGCTTGGTTGGTGTATGACGCACAGCCCACCGGCAACGCCCCTCAGGTCTCT 873
USV-NOdo ------873
USV-NLag1 ------873
USV-NLag2 ------873
PanSV-Ken cagt--t--ca-t--a---tgc------c--t--g-----t------ct-----gacc---caa 875
PanSV-Kar cag---t--a--g--t--catg------t--g-----g------tt-a--gg----gaag 867
SSRV-Reu cagt--t--cact--c----tg------c------tcag--a--ttgt---ac---gaaa 863
SSV-N a--t--t--cact--c----tg------tt-g--g--tc----gaca--gaag 862
SSEV-Naga cag-g-t--cact--c-----c------t------t-----a--ta----gac-acgaag 847
MSV-Set caa-cg---aac---t---atg---c------c---a-gact---gg---a-----a--caccac-caa 838
MSV-Raw caatcg---aac---t---atg---c------c---a-tact---gg---a-----a--caccac-cag 841
MSV-Pat caa-cg---aac---t---atg---c------c---a-tacc---gg---a---t-a--gtccacgaag 840
MSV-VW taa--c---gacc--t---atg---c------c---a-cact---gg---ac-a--g--gaccccacaa 838
MSV-MatA caa--c---aacc--t--aatg---c------a-cact---gg---ac-a--t--gaccccgcaa 838
USV-NIwo GACATATTCCCACACGGCGACACTCTCGCTGCATTCCCGTATACTTGGAAGGTCGGTAGGGAAGTGTGTC 943
USV-NOdo ------943
USV-NLag1 ------c------943
USV-NLag2 ------943
PanSV-Ken -----t--t--t---ccg-ct------t-a--c--t--c--c--c------g--g-----g--c--c- 945
PanSV-Kar -----c-----t---tc---t--g---t-a--g------c------t--c-----g--c--c- 937
SSRV-Reu -----c-----g--tcct------t-gagc--c------c------cc-a--g-----c- 933
SSV-N --t--t-----t---cct--t---t-ga-a--g------c--c------t---c-t------932
SSEV-Naga -----c---ggct-ta-t---t-c--t-tg--g-----c--c--a------ttca-----g------917
MSV-Set --t--t---g--t--cc-tc-g-a---aag--c-gg---ac------a--ta--c----gt------908
MSV-Raw --t--t---g--t--cc-tc-g-a--aaag--c-gg---ac------a--ta--c----gt------911
MSV-Pat -----c---g-ct-tccg--tg-a--a-ta--t-gg---acg------a--ta--c----gt------910
MSV-VW ac------tg--t-tccg-----g--gaaa--t-gg---gca--a-----a--ga-cc----gc------908
MSV-MatA act-----tg-ct--cct-----g--aaaa--g-gg---gcc--a------ga-cc----gc------908
USV-NIwo ATCGCTTCGTGGTGAAACGGCGGTGGACTTTCACGATGGAGTCTGACGGGAGGATCGGCTCCGATATTCC 1013
USV-NOdo ------1013
USV-NLag1 ------1013
USV-NLag2 ------1013
PanSV-Ken ------t--t------c---tgc--t--c------a--a----cc------t--a----c--- 1015
PanSV-Kar ------t--t------c---tgc-----c------a--a----cc------t--a---g-g-- 1007
SSRV-Reu ----g------g------agtca-t--ac----t--a--t-----g-- 1003
SSV-N ----g------g---a------agt-a-----c-t-----t------a-- 1002
SSEV-Naga ------ga--a-a--c------a-c-----tc----t--g--g---g---- 987
MSV-Set ------g-----a---ctc-----a------a------tc----a-----g----ca-- 978
MSV-Raw ------g-----a---ctc-----a------a-c-----tc----a-----g----ca-- 981
MSV-Pat -c------g-----a---ctc-----a------a-c-----tc-a--t--t--g-----c-- 980
MSV-VW ------a---ttg----ac------a-c-----tc-a--t--t--g--c--c-- 978
MSV-MatA ------a---ttg----ac------a-c------c----t--t--g--c----- 978
USV-NIwo TAGAACGACGGATGCTTGGCCGCCCTGCAAGCGGAGTATCTACTTCCACAAGTTTGTCACCGGACTCGGT 1083
USV-NOdo ------1083
USV-NLag1 ------1083
USV-NLag2 ------1083
PanSV-Ken cccgt-c-ac-tg------a------aa-gac------ctg---g--ct-g--c 1085
PanSV-Kar -ccgg-c-atacc------t------aa-gac------ctg---g------c 1077
SSRV-Reu -cctg----t-cc-tg-----c--g---cg-aa--ac--a------c 1073
SSV-N -cct-gt--cagctg------c--g---cgtaa--ac--t------ct-a--- 1072
SSEV-Naga -ccgg---atacct-a------t--t------gcg--t------t-----ct----t--c--g--- 1057
MSV-Set accg-gc-acc-gag------a--t------acg-tg------cact-gt--gt-g--a 1048
MSV-Raw accg-gc-acc-gag------a--t------acg-tg------cact-g---gt-g--a 1051
MSV-Pat -ccg--c-atc-gag------a--t------ac--ag------cact-g---gt-g--a 1050
MSV-VW -cctt---at-caag----aa---g------c-ac------cacg-gt--gt-g--a 1048
MSV-MatA -ccct---at-caag----aa---t------c-ac------cacg-g---gt-g--a 1048
USV-NIwo GTAAAAACCGAGTGGAAGAACGTAGCTGACGGAGGCGTAGGGGCCATTAAGAAGGGTGCTCTGTACCTGG 1153
USV-NOdo ------1153
USV-NLag1 ------1153
USV-NLag2 ------1153
PanSV-Ken --g--g--g------ta-a-----gaag-ac--c-----c------c-gct-c---a-a- 1155
PanSV-Kar --g--g--g------ta-a-----gaag--c--c--t------c--ct-----a-t- 1147
SSRV-Reu ------g------tac-a-c-g---t-aa--c--a-a------c--c--ta-t- 1143
SSV-N --t-----g------acta-c-g---t-aa--c--t-a------c-----ta-t- 1142
SSEV-Naga --g--g--g------tc-ca-a-----t--t--g--a--g------gt------1127
MSV-Set --g-gg--gc------ca-a-----t--a--t--t--g--ac---ga------t--a- 1118
MSV-Raw --g-gg--gc------ca-a-----t--a--t--a--g--ac---g------t--a- 1121
MSV-Pat --g-gg--gc------t---a-a-----t--g--c--t--g--ac---ga--g------ta--- 1120
MSV-VW --g-g---gc------t---a-g------a--t--t--g--ac---ga--a------a--- 1118
MSV-MatA --g-g---gc------t---a-g------a--t--t-----cc---ga--a--gt-----a--- 1118
USV-NIwo TCATTGCCCCCGGCAATGGTCTCACTTTCACCGCGCATGGAATTGCGCGGTTGTACTTCAAGAGTGTTGG 1223
USV-NOdo ------t------1223
USV-NLag1 ------1223
USV-NLag2 ------a------1223
PanSV-Ken ------g-----g--c-...-agag-----gtgt--c--ccagtgc--tc------t---tc------1222
PanSV-Kar ------g--t--a--c--g--tgag--t--g-tt--c--ccagtgc--tc------t---tca----- 1217
SSRV-Reu -a------a------a---ga---t--g-t------a---c--t------t-----c----- 1213
SSV-N -a------t------gt-aga---t--g-t------t-a---c--t-----t------tca--c-- 1212
SSEV-Naga ------t------agag--t---tgc-----gcag--c--tc------atca----- 1197
MSV-Set ------a-t--g--t--t--c-----gcaga-a--tc------t------1188
MSV-Raw ------a-t--g--t--t--c-----gcaga-a--tc------t------1191
MSV-Pat ------t------g-a--g--t--t--c-----gcaga-a--tc------g-- 1190
MSV-VW ------t------c--t--a--t--t--c-----gcaga-c--tc------t------c-- 1188
MSV-MatA ------t--a--t--t--c-----gcaga-c--tc------t------1188
USV-NIwo GAATCAGTGATTCCCTCG...... AAT.AATAAAA.T..AATTTTTATAATTTCAT.....TGATGA.. 1275
USV-NOdo ------...... ---.------.-..------.....------.. 1275
USV-NLag1 ------...... ---.------.-..------.....------.. 1275
USV-NLag2 ------...... ---.------.-..------g----.....------.. 1275
PanSV-Ken ------ac--.c....a-t-t------.c..--g------....----...... --.... 1269
PanSV-Kar t------a--a-atc.....---t------.c..--g------....---...... -a.... 1263
SSRV-Reu t------g--agc.ca.atg..-.------a...c---a----t..a-g--.....-a.-c-.c 1266
SSV-N ---c----agg---.-g...ag.t...-t------.-tcc---.----ttca-g--aagtc-agcct.t 1271
SSEV-Naga ------a..cag...---.------.c..--.g---tat-a--tcat....----at.t 1252
MSV-Set c--c------...... -g------.ctgc.g------t--a--...... ------at 1232
MSV-Raw c--c----a-...... -g------.ctgc.g------t--a--...... ------at 1235
MSV-Pat c--c----a-...... -g------.cccc.g------t--ac-...... ------at 1234
MSV-VW c--c----a-...... -g------actcc.g------t--a--...... ------at 1233
MSV-MatA c--c----a-...... -g------actcccg------t--a--...... ------at 1234
USV-NIwo GCAT..G.CAAT..G..CA.TACATTACATA..GTCA.GCCGATGGG.CTGAC.GG...... AAAACAC. 1325
USV-NOdo ----..-.----..-..--.------..----.------.-----.--...... ------. 1325
USV-NLag1 ----..-.----..-..--.------..----.------.-----.--...... ------. 1325
USV-NLag2 ----..-.----..-..--.------..----.------.-----g-...... ------. 1325
PanSV-Ken -a-cg.-..-....-tt--.------..---g.--at.-aa-a-.---.-.....aa------. 1319
PanSV-Kar -agc..-..--...-ct--.------..----.--a---at-ct.---a-...... ------. 1313
SSRV-Reu --c...-.--....-g.-gt------..---c.--a---a--.-g---a--aagc...------a 1320
SSV-N -tc-ct-a---ggt-gg..t----.....c-..-g--.----c-.t-g....-t-..aca..------. 1321
SSEV-Naga -g-c..-..--...-ta--a----gg-t-c-at---t.--a----t-.-a---.-..ac.....----t. 1304
MSV-Set --.-..-..--..a-..-.t------g.---.t---gt-g.---..-a-..--.-...... a------. 1277
MSV-Raw --.-..-..--..a-..-.t------g.---.t---gt-g.---..-c-..--.-...... a------. 1280
MSV-Pat --.c..-..--..a-..-.t------.---.t---gt--.---..-g-..--.-...... ------. 1278
MSV-VW --.-....---..a-..-.t------.---.t---gt--.---..-g-..--.-...... a------. 1278
MSV-MatA --.-..-..--..a-..-.t------.---.t---gt--.---..-g-..--.-.....aa------. 1280
USV-NIwo ...ACA.....TAAA.CAA..GGCGGACAGGATAAAGG.C.G.GG..CG.GC.TAA.GGGA.AGCC..GC 1373
USV-NOdo ...---.....----.---..------.-.-.--..--.--.---.----.----..-- 1373
USV-NLag1 ...---.....----.---..------.-.-.--..--.--.---.----.----..-- 1373
USV-NLag2 ...---.....----.---..------.-.-.--..--.--.---.----.----..-- 1373
PanSV-Ken ...---ca...--gtg--..gcctc-ggc...-----ac-.-a-...... t-...t.caa-cga...... 1361
PanSV-Kar ...---ca...--gtg--..gcctc-ggc...-----ac-.-a-...... t-...t.caa-cga...... 1355
SSRV-Reu t..---a....--...... ctc-g-g-.cc-..-at-gt.--..--.--.---.----.tag-..-- 1363
SSV-N taa--tga...--...---a....c-g-g-..c-..-at-gta--..--.--.---.----.taggaat. 1370
SSEV-Naga taa--tggtt.-tgtg.tgt.c-.c--gg--g.--.c.c-g-a.-ca--ct-...c.caa-aca...... 1356
MSV-Set ...---..aaca-t-.--..g-----t-----c----..-..a--..--.--g--t.---cgc---c... 1328
MSV-Raw ...---..aaca-t-.--..g------c----..-..a--..--.--g--t.---cgc---c... 1331
MSV-Pat ...g-t..atca-t-.--..g--g--t-g--gc----..-..a--..--.--.--ta---cgcc--c... 1329
MSV-VW ...--tgg...a-cg.--..gcc-c-ggc...-----ac-.-.--.....t-...t.caagaga--ct-- 1325
MSV-MatA ...--gcaatca-t-.--..g--g--t.--..--..--.-.-.--..--.--.---.---tggtg.ctcg 1330
USV-NIwo ATGGGGC...... AACACAACACA..CC...... AACA.....GATCATT..ATT.GAACATG..... 1414
USV-NOdo ------...... ------..--...c..----.....------..---.------..... 1415
USV-NLag1 ------...... ------..--...c..----.....------..---.------..... 1415
USV-NLag2 ------...... ------..--...c..----.....------..---.------..... 1415
PanSV-Ken ...... ccc---tt--.-a-..-aaatcaa----agcat---.---..---ta--..--..... 1406
PanSV-Kar ...... ccc---tt--.-a-..-aaatcaa----agcat---.---..---.a--..-atg... 1401
SSRV-Reu .a--...... --a-a------..-aaaa.aa---.....t--c.---..---.---at--.gtcg 1408
SSV-N --.-...... aaa--a-a------...... tcca---.....t--c.---..---.---at--.gtcg 1415
SSEV-Naga ...... ccc------.----..-accc...---.....t--g.---..---.------.gtcg 1398
MSV-Set ..-----.....aac-t-tt--.-a-aaaacc...... -...--..a--.a---.t-a..... 1365
MSV-Raw ..-----.....aac---tt--.-a-aaaacc...... -...--..a--.c---.t-a..... 1368
MSV-Pat ..-----...aaaac-t..t--.-a-aa-acc...... -...--...--at---.t-a..... 1366
MSV-VW ga.....tacaaaac-t-g.--.-a-a.-aa...... -...--.ct--at---.t-a..... 1363
MSV-MatA g.c----...agaac-t-g.--.-.-a.....tcaa...... -...--.ct--ct---..--..... 1368
USV-NIwo .....CAG....CCGCC...... G.....GCTTCACACAG.GGGA.G....AACCACTTCTCCCCT 1454
USV-NOdo .....---....-----...... -.....------a----.----.-....------1455
USV-NLag1 .....---....-----...... -.....------a----.----.-....------1455
USV-NLag2 .....---....-----...... -.....------a----.----.-....------1455
PanSV-Ken .....-t-....-----...... -.....-----t....cc.t-..tcttgt-ga-t-----t--a 1445
PanSV-Kar .....---....-----...... -.....----a-....-c.a-..-agtg------t--- 1440
SSRV-Reu gcgct---accc-.-atagggggatgg-ctgta--.-g----c-c---cccgccg--ga-gcg---g--- 1476
SSV-N gcgct---actt-.--tagaaggatgg-ctgta--.-g----c-ct--ca-gctg--ga--cg---t--c 1483
SSEV-Naga gcgct---....-----...... -.....--c-.-ag---...... -cttgt-ga------g--- 1442
MSV-Set .....a..actt--t--.gtagga..g-a...a--.---....-.---..-agaat----t------c 1414
MSV-Raw .....a..actt--t--.gtagga..g-a...a--.-g-....-.---..-agaat----t-----a--c 1417
MSV-Pat .....-..actt--t--.gtagga..g-a...a--.-g-....-.---..-agaat----t------c 1415
MSV-VW .....-..actt--t--.gtagga..g-a...a--a.--....-.---..-agaat------1412
MSV-MatA .....t..actg--t--.gtagga..g-c...a--.---....-.---..-agaat------c 1417
USV-NIwo GGCGTCATAATGTATATG.ACGCAGTTTGCCTCGAAGTACTCCCGC.TGTGCGGGAGTCATATCCTTCAG 1522
USV-NOdo --t------.------.------1523
USV-NLag1 ------.------.------1523
USV-NLag2 ------.------.------1523
PanSV-Ken ---agg-gg------tg-.t------.-a-g--c--c------g------1513
PanSV-Kar -c-tg---t-c---g--t.t------g-a------g--ata-.--c--c------g------1508
SSRV-Reu tcttc---t-----g-c-.------ctga-ga-----g---a--.--cc-t---c----ta------t 1544
SSV-N --ttct-gc------g-c.t-a------a-t---a--g---t--.--g--a--c-----g--tc---a 1551
SSEV-Naga -ct------ac---.------t.---c------ca--g---- 1510
MSV-Set ---tg---t-ca-----c.-t------t-----a------a--.--cc-t------t------t 1482
MSV-Raw ----a------a--c.-t------a------a--.--cc-t------t------t 1485
MSV-Pat ----a-----ca--a--c.-t------t-----a------a-t.--cc-t------t------t 1483
MSV-VW ----a---tt-a--a--c.-t------a------at-.--cc-t------t------t 1480
MSV-MatA ----a------a---.------a------a--.--cc-t------t------t 1485
USV-NIwo CCAGTCCTCATCTTCATTGGCGAGGACGATGGTCGGGATGCTTCTTGATGCGACCTTCTTGCGTTTGCCA 1592
USV-NOdo ------1593
USV-NLag1 ------1593
USV-NLag2 ------1593
PanSV-Ken ------c--g------t---a--t--a-----ct-g-----t------cg------c--g 1583
PanSV-Kar ------c--g------t---a--t--t-----ct----g--c------cgt-tc--c--g 1578
SSRV-Reu ------t-----c--g-----a--a--a--t--g-a------t-cttg--t--tc--cgtttc--c--- 1614
SSV-N ------c------t--c--t--a--g------ga-t-acta--t--t-----a--c-----g 1621
SSEV-Naga ------c--g-----t----tt--t-at--a-----ct-g--a--t------cttc--a--g 1580
MSV-Set ---a--t-----cgag------a-t---a--a--tt-agact-catctga------cttc--c--g 1552
MSV-Raw ---a------cgag------t---a--t--tt-agact-catctga------tttc--c--g 1555
MSV-Pat ------t-----cgag------tt--t--a--tt-agact-catctga------cttc------1553
MSV-VW ------t-----ccag----t-----t---t--a--ct-agact-catctga--t-----cttc------1550
MSV-MatA ---a--t-----cgag------tt--t--a--ct-agact-cttctgc------cttc--a--- 1555
USV-NIwo TACTTGGGGTTGACGATGTACTCCTTCTGACAGCCAATTAACTGCTTCCAACAAGGACAGTACTTGAAAG 1662
USV-NOdo ------1663
USV-NLag1 ------1663
USV-NLag2 ------1663
PanSV-Ken ------a-----t-----g--t--t--g-----g-cg-gtc-t----tg--c------a------g- 1653
PanSV-Kar -----c-----c--t-----g--t--t------g-cg-g------g--c------a------g- 1648
SSRV-Reu ------a--a----c---g-t--ct--g--a-----c-gt------g------a------g- 1684
SSV-N -----t--a--t--a--a--a------g------c-gt------g--t------g- 1691
SSEV-Naga -----c------c------t-----g------cc-g------g------a-t-----g- 1650
MSV-Set --t--a--a--t--a-c-a-t--t--t------cc-----t-----g------a--t--a--g- 1622
MSV-Raw --t--t--a--t--a-c-a-t--t--t------cc-----t-----g------a--t--a---- 1625
MSV-Pat --t--a--a--t--a-c-a------t--g------c------t------a--t--a---- 1623
MSV-VW --t--t--a--t--c-c-a----t------c------t------a-t--a---- 1620
MSV-MatA ------c--a---a-a---c------c------t------aa-t--a--c- 1625
USV-NIwo GAATATCGTCTACGATATTATACATAGCCTCTTCGTCATAAGAGGTCCAGTCTACGTTATTCTGCCAGTA 1732
USV-NOdo ------1733
USV-NLag1 ------1733
USV-NLag2 ------1733
PanSV-Ken ----g-----a----c---g---tg---t-----a-----t--a-a------g-ta--g--t------1723
PanSV-Kar ----g-----c----c---g---gc---t-----a--g--t--a-a------g-t------1718
SSRV-Reu -g--g-----a-t--cg--g--g-ct--g--c-----g--gc---a------g-----g--t------1754
SSV-N -t--g-----g-t---g--g--ttct--g--c-----g--g----a------g-----g------1761
SSEV-Naga -t-----a----t---g--g--g-ct--t--c--a-----g--a-a------g--a------1720
MSV-Set -g-----a------g--g--g--t-tg------tg--g--a-a---a--a--a-----t------1692
MSV-Raw -g-----a------g--g--g--t--g------tg--t--a-a---a--a--a-----t------1695
MSV-Pat -g-----a------g-----g--t--g------tg--g--a-a---a--a--a-----t------1693
MSV-VW ------a------g--g--g--t--g------tg--c--a-a---a--a--a-----t-----a-- 1690
MSV-MatA ------a------g--g--g--t--g------tg--t--a-a---a--a--a-----t------1695
USV-NIwo ATTGTGGCGACCTAGGCTTCTAGCCCAGGTTGATTTCCCTGTCCTTGTAGGCCCGACGATGTAGAGGCTC 1802
USV-NOdo ------1803
USV-NLag1 ------1803
USV-NLag2 ------1803
PanSV-Ken g-----t--t--g------a--t---a------g---t--g---ca------t 1793
PanSV-Kar g-----c--t--g------g------a--t---a------g---t--g------t 1788
SSRV-Reu ---a--t-tt--c-----a-gg-----a--a-----t--a--t-----t--g----g------a 1824
SSV-N ---a--t-tt--c-----c--g------ag--c--g-----t-----t------g------c-----g 1831
SSEV-Naga g------c------g-----t------t-----t-----a-g------c--aga- 1790
MSV-Set ---a--a--c----a------g-----t--a-----t------t--a------g 1762
MSV-Raw ---a--a--t----a------g-----a--a-----t------t--a------1765
MSV-Pat ---a--aa-c----aa-----g-----a--a------t--a------1763
MSV-VW ---a--aa-c----a------g-----a--a-----t-----t-g---t--a------1760
MSV-MatA ---a--aacc------g-----a--a-----t--g--t-----t--g------1765
USV-NIwo TGCTTTCTGTCTGAAGGTAGTTGCTGTGT.GTAACGTCATCGAGCCAGACAAGGTCAGACTCTGCCTGTT 1871
USV-NOdo ------.------1872
USV-NLag1 ------.------1872
USV-NLag2 ------.------1872
PanSV-Ken ct------t---cct-....ga--at-c-g--tgta-----c-a---tt-t-a-----caat------1859
PanSV-Kar c------tg--cct-....gaataa-c-g--tgtt---gac-a---tt-t-a-----ct-tg--t--c- 1854
SSRV-Reu a------tgtacct-....-attgt-c-g-atgtaga-gac-t---tt-t------gga-----c-- 1890
SSV-N a----c----tg---t....-a-agt-c-g-atgtt----gc-t---t-tc--a-----agt---t-c-- 1897
SSEV-Naga --t--c----gccct-....ggatgt-c-g-atg--gat-gc-t---tt-t-a------gat---t-cc- 1856
MSV-Set c----c--tgt-cc-t.a-tc----tgc-g--t-aa-----c-----tt-g--a-----aata--g-cg- 1831
MSV-Raw ------tga-cc-t.--tc----tgc-g--t-aa-----c-----ttg---a-----aata--g-cg- 1834
MSV-Pat ------tga-cctt.c-tc-----gc-g-at-a--t---c-t---tgtt--a--t--aat---t-ca- 1832
MSV-VW ------tgt-cctt.c-tc--t--gc-g-at-at-g---c-t---tt------gata----c-- 1829
MSV-MatA ------tga-cttt.c-tc--a--ac-g-at--aga---c-t---ttgg------aat---a-cc- 1834
USV-NIwo CTCGGGTGCAGTTG.T.....T.AATTAGCATGTATGCATCAGGGTGTACCTGGAAGATGTTGGGTTTGA 1934
USV-NOdo ------.-.....-.------1935
USV-NLag1 ------.-.....-.------1935
USV-NLag2 ------.-.....-.------1935
PanSV-Ken --a--c-ta--ca-c-agg.t-ct-gg--tt----a--t-g---actg-----at-t-----t--c--t- 1928
PanSV-Kar --a--c-ta--ca-c-agg.t-c--gg------t-t---actg------t------a--c-ca- 1923
SSRV-Reu -ca--c-ta--caatgtgggt-.-cag------t-----acta-----a--c-g------gc- 1959
SSV-N -ca----ta--caac-gggat-.-gc------ga---acta------t---g----ttc-ca- 1966
SSEV-Naga -aa----ta--ca-g-aggag-.--gc------g--t--t--acta-----at------g---- 1925
MSV-Set -gat--aat-aca-t-ggg.t-g--ga----g---c--t-gt--actg------t-t-----a----gc- 1900
MSV-Raw -gac---at-aca-t-tgg.t-g--ga------a--t-gg--actg------t-t-----a----gc- 1903
MSV-Pat -gac---at-aca-g-agg.t-g--ga------t--g--actg-----at------a--c-g-- 1901
MSV-VW -ga-----t-aca-g-tgg.t-g--ga------at--g--acta------a--c-g-- 1898
MSV-MatA -ga----at-aca-g-agg.t-g--gg------a--t--g--acta------a--c-g-- 1903
USV-NIwo GCCAATCATCTATTGTCTCTTTGCAGTGCAGCTCAGGCTCTGTCTGAGGATGAGGATGGATGTAAGGCTC 2004
USV-NOdo ------2005
USV-NLag1 ------2005
USV-NLag2 ------2005
PanSV-Ken ----g--c--a------a------g--g---tat--a--ggt------t-g------1998
PanSV-Kar ----g--c-gg-g---t--g------a-g--g-----g--a--ggc------t-c------1993
SSRV-Reu c---g-tg--a--g--ggt-gg-tccct---aagt---gtg--agt------ct-g----ctct-- 2029
SSV-N ----ggt--t-----c-gtaggatc-a-g--tg-t--tgtgc-t-----gaa----ct-g----tatt-- 2036
SSEV-Naga ------t-----g--t--gaa-tttatg--g--c--t--a--gg------t-g----tact-- 1995
MSV-Set a------t-tg----at--g-----ta----g--t--t--a-aggt------g----t----a-ctct-- 1970
MSV-Raw a------t-tg----at--g-----ta---ag--t--t--g-aggt---g------t----a-ctct-- 1973
MSV-Pat ------t-tg----a---a--a--aa----a-----tgaa-agg-t------ct----a-ctct-- 1971
MSV-VW ------t-tg----a---a--a--aa-a--a-----tgaa-agg-t------ct----a-ctct-- 1968
MSV-MatA ------tg----a---a--a--aa-t-aa-----tgag-agg-t------t-g--a-ctct-- 1973
USV-NIwo AGGAATGTCAGGGAAGAGTTTATTGGCCGAGTACTCAAAGTACTGCAGCTTAGTGGCCCACTCGTAAGGG 2074
USV-NOdo ------2075
USV-NLag1 ------2075
USV-NLag2 ------2075
PanSV-Ken t-c------c------gcg-c-a--t-----t------g-t---t--t--a-----g--a--c--- 2068
PanSV-Kar t-c------c-----c--gcg-c-a--t------tga---t--t------g------c 2063
SSRV-Reu cac-g-a--t-----t--c---gaa--t-----t------t-----t--c--a-----g-----t--t 2099
SSV-N ct-g------a--c------t-----a------t--t--t--g------t 2106
SSEV-Naga t-c-g-t------c-a-c-gga---t------g-----c--t------g--- 2065
MSV-Set ct----a-----a--t-----g------g------a--t------a---a--a------2040
MSV-Raw ct----a-----a--c-----g--t--t------g------g--t------a--a------2043
MSV-Pat ct------a------g--t--a-----t--g--a------at--g------g------2041
MSV-VW ct----c------c-a------t--a-----t-----a------at--t------g--a--g--- 2038
MSV-MatA ct----c-----a--a--c-----t--a-----t-----a------at--t----a---a--aa-g--a 2043
USV-NIwo AGTTCATTCTGAAGCCTAGAGAGGTACTCCTGCTTGCTAGTAGAGTGTTCGATGATATCTCTAACGATAT 2144
USV-NOdo ------t------c------2145
USV-NLag1 -----t------a------a----c------2145
USV-NLag2 ------c------2145
PanSV-Ken --gctgc----c-ctag---a------t-c-c-a------ca---gtc-----c-----c-t--ct- 2138
PanSV-Kar ---ga-g----c-ctagt--a------tgctc------g-ca---gtc-----c--ct-c-t--cc- 2133
SSRV-Reu -a-g-c------a-g--a------t-c---agag--g-----c------2169
SSV-N --ag-t-----t-t-a-g------t------t-g--g--a-----t------t------2176
SSEV-Naga ---g-c------t-a-g--a------t------gag--g------c------2135
MSV-Set --ggat------c-a-g------ga-----ca--agaa--a--g----gc-tt--t- 2110
MSV-Raw -a-gat--tc-g-c-a-g------ag----tga-----ca--agaa--a--g---tgc-tt--t- 2113
MSV-Pat -a---c---c---c-aagc------t------ga---g-c---agaa--a--g-g-gcc-tt--t- 2111
MSV-VW -ac--t--ac---c-a------ta----tga---g------gaa--a--c-----c-tt--t- 2108
MSV-MatA --c--t-----g-t-a-g------t-c----ga-----c----gaa--a--g----gc-tt--t- 2113
USV-NIwo CATCCTTTGTTGGTTTAGG.TGT.GTGCTC.ATC..GCCTTGGTG..AGGAACGAAAGATTTCTTTCGTG 2207
USV-NOdo ------.---.------.---..------..------2208
USV-NLag1 ------..--gg-g----.---..c-----t-...------2207
USV-NLag2 ------.---.------.---.t.------..------2208
PanSV-Ken ------g--a-----.cttctc.agctggctc-tta--.---a....--g-----gctc-----c-t-- 2201
PanSV-Kar ------a-aa--c--.cttctc.agag-tttc-tta--.---a....------gctc-----c-t-- 2196
SSRV-Reu ------g-ag-----.--aat-.c-tgct.c--..aga..--aagag-at--a--gc---gt--g---- 2232
SSV-N ------g-a-t-c--.cttg-a.a-ttgg.c--..agt..c-aatctcct-g---g--gg----c-ta- 2239
SSEV-Naga ----t-----g------t--..ccta--.c--..aga.--.aagtg-t-g-a--g------g---- 2198
MSV-Set ----t--g-a------.cttatc.cgaa-ttcc-tttga..--a-tttcct-g---t------c-ta- 2176
MSV-Raw ----t--a-a------.ttt-tc.tgaa-ttcc-tttga..--a-tttcct-g---t-t------c-ta- 2179
MSV-Pat ----t--gt----g--tttt-tcg-gaagg.....g-gg..a--atttccttg---gc--ga---c--a- 2174
MSV-VW ----t--g-aa-----.ctt-tc.agaa-ttcc-tt-ga.a--a.tttcct-g---gct-ga---c-ta- 2174
MSV-MatA ----t--g-aa-----.ttt-tc.c-taa-ttctgaat-.a-.attttcct-g---g-ggga---c-ta- 2179
USV-NIwo GAATG.AATGTACCTCTCTCCC.ATAGTGCGATTGGATCTTTCAGTATGTAGGCTCTTACCTTGTCTACA 2275
USV-NOdo -----.------.------2276
USV-NLag1 -----g--g------c------g------t-t------a--- 2277
USV-NLag2 -----.------.------c------2276
PanSV-Ken -g---t.------t------ac-t--c-ttgg--tc---.------ct-a-gc------agtg 2269
PanSV-Kar -t---t--.------t------ac-t--c-ttgg-atc---.------ct-a-g------agtg 2264
SSRV-Reu ----aa-t.------t------at-tagcgat-g-at-t--.------tt-c--g--t----tgg-- 2300
SSV-N -t---a-c.------ag--tgtaaccg--t----.--tggc---t-----g------tgg-- 2307
SSEV-Naga -g---a--.------t------at-gt-tgatcg--t-t--.g--c-c---tt-ct-g---c-----g-g 2266
MSV-Set -----a-t.------aaaca--gc-aggg-ttc---.ggtg-----at---g------tgggg 2244
MSV-Raw ---c-a--.------gaaca-agc-agag-ttc---.g--g-----at------taggg 2247
MSV-Pat -----a--.------aaatactgc-ag-g-ttc---.g--a------t-g-g------t---g 2242
MSV-VW -----a--.------aaaca--gc-agag-ttc---.g--a-----at-c--g------t---t 2242
MSV-MatA -----a--.------aaa-acagc-agag-ttc---.g--a-----at-c--c---c---t---t 2247
USV-NIwo GACTTAGCTGATTGGATGTTCGGATGATGATCTTCTATGTCGAAGAATCTTGAATTTCTGGTCGTGACAG 2345
USV-NOdo ------2346
USV-NLag1 a------a------a------2347
USV-NLag2 ------g------c------2346
PanSV-Ken ct---g--gctc--t------cc---g-accga------a---t-c--ctcg-ca-ga--a---ca-- 2339
PanSV-Kar ct---g--gctc--t--a------accga------a---t-c--ctcg-ca-ga--a------2334
SSRV-Reu ct---t--actc--a-----a--g--gaa-ctc--a------c-c-tgg--cg-c--ttgt---- 2370
SSV-N ct---t--actc--a-----g-----gaagc-a--a------g-cg--g-cag-t--gta----- 2377
SSEV-Naga -----g--actc--a-----a-----gaa---c--a-----a-----c--a-gg--cg-a--ttgc---- 2336
MSV-Set ctga-t--actc--a-----g--g--gaa-c-a--a------c-----g-cgg-a---c-a--t- 2314
MSV-Raw ct-a-g--gctc--a-----t--g--gaa-c-a------c--g--g-cgg----tc-c--tt 2317
MSV-Pat ------actc--a-----t--g--gaatc------a-tc--g-c--cgg-c---c-c--t- 2312
MSV-VW --t--t--actc--a-----t--g--gaacc---tg--a--a-----c-----g-cag--a-tc-t--c- 2312
MSV-MatA --t--g--actc--a-----t--g---aacc-a-ta--a--a-----c-----g-cggata--c-t--c- 2317
USV-NIwo GCTTGACGCTCTGTGCAAGAGCATGGCAGTGCCATGTCCCGTCTTGGTGTGCCTCTCGACACACTATGAT 2415
USV-NOdo ------2416
USV-NLag1 ------c------2417
USV-NLag2 ------c------2416
PanSV-Ken ------t--at--cagg--t------gt-----t---c-tgact----a--- 2409
PanSV-Kar ------t--a---gag------t------a-t-----tcact--c-g--- 2404
SSRV-Reu --c------ga-t-ag------ag------tct--a---gc------t--c-tg-t-----ga-- 2440
SSV-N -t--tg-a-----a--g--ta-g---at---at-ccct------ca----t---c-tgacaga--g--c 2447
SSEV-Naga ------a--t-ag------ata-----g-at--a--agca--a--t--c--g-t---g-c--- 2406
MSV-Set -t--ct-cg-----att-at-----ta-acattgat-t--a---cta--c-----c--ggcgca------2384
MSV-Raw -t--at-cg-----att-at-----ta-a---atat-t--a--c-ca------t-ggcaca------2387
MSV-Pat -t--at-cg-----agt-at-----ta-----atat-t--a--ac-a------ggcaca--c--- 2382
MSV-VW -t--ct-tg----gatt-at-----ta-a---atatct--a---cta------ggcaca------2382
MSV-MatA ----ct-tg----aagt-at-----ta-a---a-ac-t--a----ta------ggcaca--ga-- 2387
USV-NIwo GTATGCCGGTTCCCATGGAGCTATCAAGCTCCATAGGGTGAGACCAATGGCTTCAGGCTCTAGAGGGCAC 2485
USV-NOdo ------2486
USV-NLag1 ------2487
USV-NLag2 ------2486
PanSV-Ken ------t--c--at--tccctag-g-gt--ga-g--atgctc---g---aac--t--t-----t--a--- 2479
PanSV-Kar ------t--c--aa-gtccttag-g-gc--ga-g--atgctc---g---aac-----t-----t--a--- 2474
SSRV-Reu ---c-----act---gt--cta--g-gctg------ta-c-----c-ct--c--t--g--c--tct---g 2510
SSV-N a--ca-t---gt---gt-t--a--g-g------t-tgt-----t-ca------t----at--a--g 2517
SSEV-Naga ---a--t--a-t---gt--c----g-ga-----g--atg---c--t-ca------t------t----- 2476
MSV-Set ---caga--agt---at--ctacag-gatc---g-tcc-ct---tg---at---t----g-tcg--a--- 2454
MSV-Raw ---caga--a-t---ac--c-a-cg-gatc---g-tcc-ct---tg---at------a-g-tct--a--- 2457
MSV-Pat ---caga--a-t---ac----g-cg-gatc------tt-ct---tg---at---t--a-t-tct--a--g 2452
MSV-VW a--ctt---ggt---ac--c-a-cg-gctc---a-tca-ct---ag-g-at---t--a-t-tct--a--g 2452
MSV-MatA ----ttg--aat---ac--a-a-cg-gctc---g-tca-ct---aggc-at------a-t-tct--a--- 2457
USV-NIwo TTGGGATAGGTGAGGTAGGTGTTTGCGTTCCGGTGCTTGAAGCTCCGTG.ACGC.CACG.CTGTTGGA.. 2550
USV-NOdo ------.----.----.------.. 2551
USV-NLag1 ------.----.----.------.. 2552
USV-NLag2 ------.----.----.------.. 2551
PanSV-Ken ---ctg--t------a------c------c----...... -c-a.-gg---.----.-.... 2535
PanSV-Kar ---ctg--t------a------c------c----...... -g--.-gg---.----.-.... 2530
SSRV-Reu cga-ag--a------a------g--a----ta------tgg--.--g-g--.t---...--.--... 2571
SSV-N cga-ag------a-c-----ca----g-----t-----...... --.g---g--..a--... 2570
SSEV-Naga --c-----t------a-t------a------t------...... -.-.....---ga...---cag 2531
MSV-Set -ga-----t--c---a------a-gagat-ta--tga---.-g...... g---...-----... 2506
MSV-Raw -gt-----a------a-t------ag---ta--tag---.--...... g---...-----... 2509
MSV-Pat -gt-----t------a-t------a----t---taa---.-g...... a---...-----... 2504
MSV-VW -gt-----t--t-a-a-c-----aa------t---tga---.--...... g---...-----... 2504
MSV-MatA --t------a-c-----a------t---tga---.--...... g---...-----... 2509
USV-NIwo ...... TGAAG...... A.T...... CCTACGGT...AGCCAT...... GA 2573
USV-NOdo ...... -----...... -.-...... ------...------...... -- 2574
USV-NLag1 ...... -----...... -.-...... ------...------...... -- 2575
USV-NLag2 ...... -----...... -.-...... ------...------...... -- 2574
PanSV-Ken .cctgccctca--g-...... -.-.gat..------cga...---...... agcgca.....-- 2576
PanSV-Kar .cctgccatc---g-...... tg-.-agacaga.g-.---cga...---...... tagcgcag....-- 2576
SSRV-Reu ...... -g-...... ---c-t--.ga--g---...... 2590
SSV-N ag..tg.....----acacagtt.....gat..------cga...---...... c 2604
SSEV-Naga agcctga.ctctgc...... tg-.-...... ------...t-t---...... g 2563
MSV-Set ...... -.-.gag.gagg-.---...... ---atccgacgacggaggct.-c 2541
MSV-Raw ...... -.-.gag.gagg-.---...... ---atccgacgacggaggct.c- 2544
MSV-Pat ...... -.-.gag.gagg-.--.c.....---atccgacgacggaggcta-t 2540
MSV-VW ...... -.-.gag.gagg-.--.c.....---atcggacgactccga...-c 2537
MSV-MatA ...... -.-.gag.gagg-.--.c.....---agccgacgacggaggat.-- 2544
USV-NIwo GCTCTAGCCTGGGTGCGATTT....G.CTCTCCCCAAA..CT.CTATGCCT..AGACA...GTTC..... 2625
USV-NOdo ---t------....-.------..--.------..-----...----..... 2626
USV-NLag1 ------....-.------..--.------..-----...----..... 2627
USV-NLag2 ------....-.------ct--...------..-----...----..... 2626
PanSV-Ken -gc.-g--agatc-c...... a-a-----....--ct--.---cca--..-----...-c-...... 2620
PanSV-Kar -g-.-g-g-aatc-c...... a-g------t-.-g..--.----c---..-----..gc-...... 2621
SSRV-Reu ...... g-a--ct-----ggga-.------...--..--.---cta-....a---..g---tt.... 2634
SSV-N t--t-g-g-a-t--ct-----.gga-.-.---aa-c--..-..--...---....---..g---t..... 2653
SSEV-Naga ---gggcgaga---ct----c.tga-..----aa-t--..--.--...---....---..g---t..... 2613
MSV-Set cgc.--.g-gaa-gca-gga-ggga-.----aa-.---ct--c---cag--cgcc-agttt---gccgcc 2607
MSV-Raw agc.---gagaa-gca-ggaaggga-...---g-g---..--.----a.--.....g-tacc-...... c 2595
MSV-Pat tgc.----tcaa-gca--aacggga-...-----.---..--.-----..-..-.--c.gg--...... 2589
MSV-VW agct-gagggat-gca-.ga-ggga-...---.-.---..--.----at-...-.--c..g---...... 2586
MSV-MatA -gc.-gagggat-gca-.ac-ggga-...---.-.---..--.----a.g-..-t--c..c--...... 2592
USV-NIwo GCG.....TCGAAATCCCACCCA..CCCCATCCCC..TTCGTATA..GTAGGGATT..GTTGGGCTGGGC 2682
USV-NOdo ---.....------..------..---t----..-c------..------2683
USV-NLag1 ---.....------..------..---t----..------..------2684
USV-NLag2 ---.....------..------..---t----..------a-..------2683
PanSV-Ken ---.....aaat-----g.----cc----g-----..--.t----..--gtt.t.....----..----- 2671
PanSV-Kar ---.....aaat-----g.----cc----g-.g--..--.t----..-c.t-c...... ----..----- 2670
SSRV-Reu ---....aa------g--...ct.---.--gg-..--..----..-cc-acg-a.a-.------2687
SSV-N ---..att-a-.---..---g--ct----c-g---..-.-t----..-g--t-c-aaa..------2711
SSEV-Naga ---...aa------g-.-..ct.---...... g--t----ta-..aa-g.-ta------c---- 2665
MSV-Set ---g.agaga----...... ct..----...-..gg-t----ta--t-ttc-a..a...... ----- 2652
MSV-Raw ---.ccga-.------g.--g.ccg---....--..--.t----..--t-ttc-atta...... ----- 2646
MSV-Pat ---.cc.t------g.--g....---.....-.ta-.t----..-ac-att-agc..-----c---- 2641
MSV-VW ---.cc.t------g.--g.ct.---....--..--.t----..--g-ttg--.ta...... ----- 2635
MSV-MatA ---.cc.t------g.--g.ct.---...... ttg--t----..--g-ttg-a.aa...... ----- 2642
USV-NIwo CGGCTTTCAAATTTTTT...TGGGCCGGCC..GACAAAGGGGACGCGAA.CAA.TAATATT 2736
USV-NOdo ------....------..------.---.------2736
USV-NLag1 ------....------..------.---.------2737
USV-NLag2 ------....------..------.---.------2736
PanSV-Ken .t-...... cc...------.....--.t.---tgtgagcag-..------2705