Table S3. Gain and loss of genetic information in SB.
A. SB length
SB / Human / Chimpanzee / Gorilla / Orangutan / Macaque / Marmoset / Rabbit / Rat / Mouse / Dog / Pig / Horse / Cow1 / 2069741 / 2084310 / 1820847 / 1944824 / 0 / 288496 / 0 / 0 / 0 / 1093253 / 1084888 / 64035 / 223670
2 / 2528892 / 2486927 / 2597993 / 2371228 / 2345701 / 2044521 / 0 / 0 / 0 / 1414618 / 633806 / 1722014 / 836960
3 / 4802748 / 4794998 / 4865006 / 4977639 / 4739809 / 4784437 / 0 / 1291867 / 1022204 / 3692765 / 4723122 / 3804849 / 4760277
4 / 939275 / 905650 / 926974 / 908156 / 930955 / 888195 / 0 / 1426281 / 848757 / 778883 / 866575 / 764212 / 861312
5 / 2195625 / 2216754 / 2275515 / 2252893 / 2235117 / 2255120 / 0 / 2535268 / 2499088 / 2097417 / 2644243 / 1890530 / 2050820
6 / 10262332 / 10435008 / 10587163 / 10461296 / 10354082 / 10855059 / 9739617 / 13086859 / 11491157 / 9501483 / 9943019 / 8862314 / 10726114
7 / 13449966 / 13651859 / 13818004 / 13992935 / 13555389 / 13699624 / 13283195 / 17731103 / 15978676 / 12604117 / 15281861 / 11814902 / 14970662
8 / 9129511 / 9284253 / 9427587 / 9396676 / 9211108 / 9392710 / 8653447 / 12017132 / 10891301 / 8081298 / 9559856 / 7787113 / 8662589
9 / 1864654 / 1748688 / 1866490 / 1870270 / 1856082 / 1539071 / 1422166 / 1345721 / 1068315 / 1501043 / 2184214 / 1325554 / 1507554
10 / 1930132 / 1904408 / 1918599 / 1759267 / 1799334 / 1757108 / 1235771 / 1664768 / 1524650 / 1555790 / 661020 / 1386123 / 1749332
11 / 1106688 / 1130073 / 1151077 / 1174294 / 1146645 / 1041025 / 0 / 882558 / 784966 / 871158 / 802734 / 874009 / 850757
12 / 1656253 / 1709604 / 1520868 / 1177450 / 2041463 / 851249 / 0 / 313632 / 224575 / 663433 / 1905925 / 63064 / 1627442
13 / 2005292 / 2008277 / 2031273 / 2116543 / 1993184 / 2074100 / 1840830 / 2139604 / 1902521 / 1941297 / 2616224 / 523100 / 1903678
14 / 2350820 / 2415720 / 2384069 / 2368473 / 2401692 / 1833646 / 1650913 / 2178688 / 1503921 / 1398903 / 1560161 / 1230524 / 1731560
15 / 4774115 / 4279236 / 1942282 / 2331527 / 5931257 / 1022518 / 3336035 / 194775 / 2256908 / 3546371 / 573011 / 871721 / 995639
16 / 1691506 / 1689829 / 1654191 / 1740089 / 1544570 / 1272207 / 2013268 / 734193 / 715724 / 1120163 / 1380343 / 1843674 / 1461372
17 / 1508855 / 1574668 / 1504877 / 1573044 / 1785142 / 1115479 / 1197122 / 904026 / 1172902 / 1244398 / 892911 / 1225762 / 1298691
18 / 2226507 / 2269716 / 2172683 / 2394959 / 2304753 / 2327889 / 1857466 / 2151550 / 1792725 / 2103339 / 2233667 / 2010978 / 2759216
19 / 1851458 / 1833626 / 1934150 / 1700883 / 1835612 / 2027807 / 1797836 / 1821440 / 1800469 / 1830047 / 2372811 / 1691494 / 1826421
20 / 3284618 / 3319101 / 3213950 / 3237378 / 3457712 / 2996188 / 3225723 / 2522495 / 2532258 / 2482239 / 2999679 / 2752383 / 2976215
21 / 6358697 / 6293056 / 6279783 / 6685680 / 6005444 / 5493089 / 2841356 / 4590689 / 4333218 / 4354047 / 6185934 / 4571623 / 4818003
22 / 1752095 / 1747630 / 1806593 / 2037170 / 1722245 / 1542461 / 1830337 / 2129359 / 1966726 / 1251906 / 1967375 / 1740578 / 2489952
23 / 4228544 / 4297893 / 4307469 / 4464099 / 4217985 / 3800989 / 4040968 / 4180582 / 3758131 / 3743675 / 3268050 / 4001705 / 5184102
24 / 6024036 / 6146514 / 5912142 / 6377562 / 6036512 / 5291159 / 6621748 / 8658814 / 10396711 / 1144785 / 4280982 / 6298132 / 4605892
25 / 4360372 / 4430342 / 4453622 / 4435838 / 4209874 / 4106418 / 4163859 / 5634014 / 4994697 / 3552041 / 3194135 / 3406934 / 4600425
26 / 1541792 / 1548631 / 1615299 / 1647349 / 1626101 / 1610871 / 1525081 / 1813886 / 1605778 / 1259433 / 1599298 / 1228492 / 1789948
27 / 3289721 / 3318541 / 3233303 / 3247926 / 3146577 / 2758046 / 2476928 / 3060462 / 3005096 / 2895286 / 8317124 / 3031464 / 3996213
28 / 1110520 / 1047959 / 1173027 / 1123296 / 1225108 / 1074188 / 1003589 / 969131 / 1110853 / 1079308 / 2266147 / 803316 / 1078914
29 / 1270772 / 1273624 / 1326743 / 1277553 / 1385894 / 1250544 / 1348048 / 1495065 / 1258741 / 1400702 / 429997 / 1141497 / 1796927
30 / 1004713 / 991102 / 1090576 / 1020676 / 969169 / 1001796 / 1049439 / 1355427 / 957483 / 984679 / 1600000 / 908828 / 1087687
31 / 7440823 / 7548979 / 7475624 / 7427726 / 7223680 / 7244215 / 7056981 / 7243182 / 6798892 / 6674826 / 6830429 / 6752274 / 7403131
32 / 1107529 / 1055630 / 1012983 / 1181605 / 1038856 / 887462 / 1041752 / 380551 / 899757 / 759053 / 950338 / 738113 / 812013
33 / 2147341 / 2182045 / 2199849 / 2174251 / 2106954 / 2177941 / 3082026 / 3841124 / 12026543 / 1868384 / 1880504 / 1743505 / 2198696
34 / 2518987 / 2439382 / 2487159 / 2579153 / 2477585 / 2405646 / 2705623 / 2881292 / 2976984 / 2206255 / 2505599 / 2056631 / 2517667
35 / 4067288 / 4115071 / 4139177 / 4221812 / 4146714 / 4043807 / 3847160 / 4251543 / 4111485 / 3579170 / 3845558 / 3114602 / 4152154
36 / 10269063 / 10284949 / 10535480 / 10616311 / 10158683 / 10149488 / 10608305 / 11490595 / 12436344 / 9412906 / 9425281 / 8408986 / 9732401
37 / 17644543 / 17416824 / 17869701 / 18093950 / 17428912 / 16249093 / 0 / 17794798 / 16979304 / 15089887 / 14995572 / 13846705 / 14995771
38 / 1170662 / 1204182 / 1239711 / 1165520 / 1091560 / 967343 / 0 / 0 / 621646 / 952703 / 413760 / 950906 / 918025
39 / 160217 / 160392 / 153148 / 199036 / 150606 / 16706 / 0 / 0 / 0 / 135869 / 0 / 62238 / 1727206
Mean / 3822992 / 3826806,4 / 3792948,3 / 3839136,8 / 3790719,6 / 3490710,5 / 2730681,7 / 3761858,3 / 3852551 / 3124793,0 / 3560927 / 3008073,9 / 3581677,1
B. SB gain and loss between two species (paired analysis).
SB / CHIMP-HUM / GOR-HUM / ORAN-HUM / MAC-HUM / MARM-HUM / RAB-HUM / RAT-HUM / MOU-HUM / DOG-HUM / PIG-HUM / HOR-HUM / COW-HUM / Total / Event1 / 14569 / -248894 / -124917 / -2069741 / -1781245 / -2069741 / -2069741 / -2069741 / -976488 / -984853 / -2005706 / -1846071 / -1352714 / Gain in human
2 / -41965 / 69101 / -157664 / -183191 / -484371 / -2528892 / -2528892 / -2528892 / -1114274 / -1895086 / -806878 / -1691932 / -1157745 / Gain in human
3 / -7750 / 62258 / 174891 / -62939 / -18311 / -4802748 / -3510881 / -3780544 / -1109983 / -79626 / -997899 / -42471 / -1181334 / Gain in human
4 / -33625 / -12301 / -31119 / -8320 / -51080 / -939275 / 487006 / -90518 / -160392 / -72700 / -175063 / -77963 / -97112,5 / Gain in human
5 / 21129 / 79890 / 57268 / 39492 / 59495 / -2195625 / 339643 / 303463 / -98208 / 448618 / -305095 / -144805 / -116228 / Gain in human
6 / 172676 / 324831 / 198964 / 91750 / 592727 / -522715 / 2824527 / 1228825 / -760849 / -319313 / -1400018 / 463782 / 241265,6 / Lost in human
7 / 201893 / 368038 / 542969 / 105423 / 249658 / -166771 / 4281137 / 2528710 / -845849 / 1831895 / -1635064 / 1520696 / 748561,3 / Lost in human
8 / 154742 / 298076 / 267165 / 81597 / 263199 / -476064 / 2887621 / 1761790 / -1048213 / 430345 / -1342398 / -466922 / 234244,8 / Lost in human
9 / -115966 / 1836 / 5616 / -8572 / -325583 / -442488 / -518933 / -796339 / -363611 / 319560 / -539100 / -357100 / -261723 / Gain in human
10 / -25724 / -11533 / -170865 / -130798 / -173024 / -694361 / -265364 / -405482 / -374342 / -1269112 / -544009 / -180800 / -353785 / Gain in human
11 / 23385 / 44389 / 67606 / 39957 / -65663 / -1106688 / -224130 / -321722 / -235530 / -303954 / -232679 / -255931 / -214247 / Gain in human
12 / 53351 / -135385 / -478803 / 385210 / -805004 / -1656253 / -1342621 / -1431678 / -992820 / 249672 / -1593189 / -28811 / -648028 / Gain in human
13 / 2985 / 25981 / 111251 / -12108 / 68808 / -164462 / 134312 / -102771 / -63995 / 610932 / -1482192 / -101614 / -81072,8 / Gain in human
14 / 64900 / 33249 / 17653 / 50872 / -517174 / -699907 / -172132 / -846899 / -951917 / -790659 / -1120296 / -619260 / -462631 / Gain in human
15 / -494879 / -2831833 / -2442588 / 1157142 / -3751597 / -1438080 / -4579340 / -2517207 / -1227744 / -4201104 / -3902394 / -3778476 / -2500675 / Gain in human
16 / -1677 / -37315 / 48583 / -146936 / -419299 / 321762 / -957313 / -975782 / -571343 / -311163 / 152168 / -230134 / -260704 / Gain in human
17 / 65813 / -3978 / 64189 / 276287 / -393376 / -311733 / -604829 / -335953 / -264457 / -615944 / -283093 / -210164 / -218103 / Gain in human
18 / 43209 / -53824 / 168452 / 78246 / 101382 / -369041 / -74957 / -433782 / -123168 / 7160 / -215529 / 532709 / -28261,9 / Gain in human
19 / -17832 / 82692 / -150575 / -15846 / 176349 / -53622 / -30018 / -50989 / -21411 / 521353 / -159964 / -25037 / 21258,33 / Lost in human
20 / 34483 / -70668 / -47240 / 173094 / -288430 / -58895 / -762123 / -752360 / -802379 / -284939 / -532235 / -308403 / -308341 / Gain in human
21 / -65641 / -78914 / 326983 / -353253 / -865608 / -3517341 / -1768008 / -2025479 / -2004650 / -172763 / -1787074 / -1540694 / -1154370 / Gain in human
22 / -4465 / 54498 / 285075 / -29850 / -209634 / 78242 / 377264 / 214631 / -500189 / 215280 / -11517 / 737857 / 100599,3 / Lost in human
23 / 69349 / 78925 / 235555 / -10559 / -427555 / -187576 / -47962 / -470413 / -484869 / -960494 / -226839 / 955558 / -123073 / Gain in human
24 / 122478 / -111894 / 353526 / 12476 / -732877 / 597712 / 2634778 / 4372675 / -4879251 / -1743054 / 274096 / -1418144 / -43123,3 / Gain in human
25 / 69970 / 93250 / 75466 / -150498 / -253954 / -196513 / 1273642 / 634325 / -808331 / -1166237 / -953438 / 240053 / -95188,8 / Gain in human
26 / 6839 / 73507 / 105557 / 84309 / 69079 / -16711 / 272094 / 63986 / -282359 / 57506 / -313300 / 248156 / 30721,92 / Lost in human
27 / 28820 / -56418 / -41795 / -143144 / -531675 / -812793 / -229259 / -284625 / -394435 / 5027403 / -258257 / 706492 / 250859,5 / Lost in human
28 / -62561 / 62507 / 12776 / 114588 / -36332 / -106931 / -141389 / 333 / -31212 / 1155627 / -307204 / -31606 / 52383 / Lost in human
29 / 2852 / 55971 / 6781 / 115122 / -20228 / 77276 / 224293 / -12031 / 129930 / -840775 / -129275 / 526155 / 11339,25 / Lost in human
30 / -13611 / 85863 / 15963 / -35544 / -2917 / 44726 / 350714 / -47230 / -20034 / 595287 / -95885 / 82974 / 80025,5 / Lost in human
31 / 108156 / 34801 / -13097 / -217143 / -196608 / -383842 / -197641 / -641931 / -765997 / -610394 / -688549 / -37692 / -300828 / Gain in human
32 / -51899 / -94546 / 74076 / -68673 / -220067 / -65777 / -726978 / -207772 / -348476 / -157191 / -369416 / -295516 / -211020 / Gain in human
33 / 34704 / 52508 / 26910 / -40387 / 30600 / 934685 / 1693783 / 9879202 / -278957 / -266837 / -403836 / 51355 / 976144,2 / Lost in human
34 / -79605 / -31828 / 60166 / -41402 / -113341 / 186636 / 362305 / 457997 / -312732 / -13388 / -462356 / -1320 / 927,6667 / Lost in human
35 / 47783 / 71889 / 154524 / 79426 / -23481 / -220128 / 184255 / 44197 / -488118 / -221730 / -952686 / 84866 / -103267 / Gain in human
36 / 15886 / 266417 / 347248 / -110380 / -119575 / 339242 / 1221532 / 2167281 / -856157 / -843782 / -1860077 / -536662 / 2581,083 / Lost in human
37 / -227719 / 225158 / 449407 / -215631 / -1395450 / -17644543 / 150255 / -665239 / -2554656 / -2648971 / -3797838 / -2648772 / -2581167 / Gain in human
38 / 33520 / 69049 / -5142 / -79102 / -203319 / -1170662 / -1170662 / -549016 / -217959 / -756902 / -219756 / -252637 / -376882 / Gain in human
39 / 175 / -7069 / 38819 / -9611 / -143511 / -160217 / -160217 / -160217 / -24348 / -160217 / -97979 / 1566989 / 56883,08 / Lost in human
Total / 3814,05 / -30044 / 16144,4 / -32272,7 / -332281,8 / -1092310,6 / -61134,0 / 29559,05 / -698199,3 / -262065,3 / -814918,4 / -241315,2 / -292919
Lost in human / Gain in human / Lost in human / Gain in human / Gain in human / Gain in human / Gain in human / Lost in human / Gain in human / Gain in human / Gain in human / Gain in human
4