Supplementary Table e-1: MHC Class I Alleles Associated with MS susceptibility

Locus / Allele / MAF cases / MAF controls / Univariate P value / OR / Adjusted P value1 / Adjusted OR / Full model P value2 / Full model OR
1 / 0.160 / 0.156 / 0.838 / 1.029 / 0.609 / 1.060 / 0.537 / 0.930
2 / 0.206 / 0.280 / 0.00003 / 0.669 / 0.0004 / 0.711 / - / -
3 / 0.144 / 0.148 / 0.784 / 0.963 / 0.069 / 0.807 / 0.0014 / 0.673
11 / 0.072 / 0.062 / 0.334 / 1.181 / 0.250 / 1.199 / 0.587 / 1.091
23 / 0.025 / 0.021 / 0.655 / 1.166 / 0.840 / 1.057 / 0.782 / 1.080
24 / 0.109 / 0.092 / 0.170 / 1.209 / 0.196 / 1.192 / 0.608 / 1.074
HLA A / 25 / 0.028 / 0.022 / 0.428 / 1.266 / 0.963 / 0.988 / 0.867 / 0.956
26 / 0.045 / 0.027 / 0.020 / 1.681 / 0.004 / 1.879 / 0.011 / 1.774
29 / 0.044 / 0.037 / 0.477 / 1.178 / 0.347 / 1.216 / 0.129 / 1.398
30 / 0.030 / 0.026 / 0.627 / 1.156 / 0.416 / 1.213 / 0.720 / 1.090
31 / 0.023 / 0.031 / 0.264 / 0.732 / 0.261 / 0.746 / 0.207 / 0.717
32 / 0.045 / 0.039 / 0.510 / 1.163 / 0.289 / 1.241 / 0.461 / 1.165
33 / 0.017 / 0.011 / 0.244 / 1.572 / 0.089 / 1.778 / 0.207 / 1.534
68 / 0.044 / 0.042 / 0.897 / 1.046 / 0.504 / 1.143 / 0.869 / 1.034
7 / 0.185 / 0.148 / 0.016 / 1.301 / 0.147 / 0.828 / 0.033 / 0.752
8 / 0.110 / 0.119 / 0.518 / 0.915 / 0.835 / 1.027 / 0.581 / 0.931
13 / 0.013 / 0.026 / 0.037 / 0.505 / 0.052 / 0.540 / 0.052 / 0.538
14 / 0.060 / 0.043 / 0.050 / 1.444 / 0.010 / 1.585 / 0.074 / 1.384
15 / 0.062 / 0.083 / 0.054 / 0.731 / 0.114 / 0.774 / 0.141 / 0.784
18 / 0.059 / 0.039 / 0.023 / 1.541 / 0.070 / 1.393 / 0.122 / 1.331
HLA B / 27 / 0.024 / 0.043 / 0.015 / 0.556 / 0.012 / 0.547 / 0.014 / 0.551
35 / 0.099 / 0.091 / 0.572 / 1.089 / 0.123 / 1.235 / 0.306 / 1.153
37 / 0.029 / 0.012 / 0.003 / 2.426 / 0.011 / 2.166 / 0.027 / 1.982
38 / 0.015 / 0.012 / 0.553 / 1.304 / 0.203 / 1.527 / 0.303 / 1.410
39 / 0.020 / 0.018 / 0.862 / 1.098 / 0.635 / 1.153 / 0.588 / 1.178
40 / 0.043 / 0.064 / 0.031 / 0.664 / 0.123 / 0.752 / 0.086 / 0.724
44 / 0.094 / 0.143 / 0.0002 / 0.623 / 0.0009 / 0.655 / - / -
49 / 0.014 / 0.017 / 0.711 / 0.841 / 0.743 / 0.898 / 0.499 / 0.797
51 / 0.050 / 0.044 / 0.580 / 1.129 / 0.300 / 1.222 / 0.378 / 1.189
55 / 0.013 / 0.015 / 0.755 / 0.851 / 0.916 / 0.965 / 0.927 / 0.970
57 / 0.032 / 0.040 / 0.340 / 0.795 / 0.491 / 0.858 / 0.504 / 0.860
1 / 0.021 / 0.034 / 0.063 / 0.604 / 0.142 / 0.682 / 0.161 / 0.688
2 / 0.046 / 0.039 / 0.438 / 1.189 / 0.312 / 1.229 / 0.235 / 1.280
3 / 0.087 / 0.137 / 0.0002 / 0.606 / 0.0015 / 0.648 / 0.002 / 0.652
4 / 0.125 / 0.108 / 0.224 / 1.172 / 0.050 / 1.285 / 0.061 / 1.273
5 / 0.054 / 0.083 / 0.006 / 0.632 / 0.014 / 0.663 / 0.704 / 0.925
6 / 0.096 / 0.088 / 0.547 / 1.097 / 0.430 / 1.115 / 0.483 / 1.104
HLA C / 7 / 0.349 / 0.336 / 0.514 / 1.060 / 0.173 / 0.883 / 0.019 / 0.801
8 / 0.063 / 0.043 / 0.027 / 1.507 / 0.005 / 1.652 / 0.042 / 1.445
12 / 0.071 / 0.045 / 0.006 / 1.625 / 0.007 / 1.599 / 0.015 / 1.528
14 / 0.017 / 0.012 / 0.312 / 1.484 / 0.123 / 1.696 / 0.117 / 1.737
15 / 0.033 / 0.026 / 0.316 / 1.301 / 0.170 / 1.389 / 0.378 / 1.243
17 / 0.010 / 0.008 / 0.789 / 1.232 / 0.497 / 1.348 / 0.957 / 0.975

1“Adjusted P value” – analysis includes a term for HLA DRB1*1501. 2 “Full model P value “ – analysis includes terms for HLA DRB1*1501, HLA A*02 and HLA B*44.