Supplementary Table 1 QTL Additive Effect Values Estimated at Various Stages in Single

Supplementary Table 1 QTL additive effect values estimated at various stages in single combinational environment.

Environmenta / QTLb / t1c / t2 / t3 / t4 / t5 / t6 / t7
E11 / Tn2-1 / 0.6**d / 0.7** / 1.4** / 1.4** / 0.8 / 0.7 / 0.2
Tn2-2 / 0.6** / 0.7** / 1.1** / 1.1** / 0.6 / 0.6 / 0.3
Tn3-1 / 0.3* / 0.6** / 0.7* / 0.7 / 0.2 / 0.0 / 0.2
Tn6-2 / -0.1 / -0.1 / -0.3 / -0.1 / 0.5 / 1.1* / 1.1*
Tn9 / 0.5** / 0.8** / 1.2** / 1.1** / 0.5 / 0.3 / 0.3
E12 / Tn2-1 / 0.4* / 0.5** / 1.1** / 1.2* / 0.7 / 0.4 / 0.4
Tn2-2 / 0.5** / 0.5** / 1.2** / 1.3** / 1.5** / 1.3 / 1.5
Tn3-2 / 0.2 / 0.3 / 0.9* / 1.1* / 1.0 / 1.2 / 1.4
Tn6-1 / 0.1 / 0.3 / 0.5 / 0.4 / 1.1* / 0.9 / 1.1
Tn8 / 0.0 / 0.3 / 0.8* / 0.7 / 0.7 / 0.1 / 0.2
E13 / Tn2-1 / 0.1 / 0.5** / 0.8* / 1.3** / 0.3 / 0.6 / 0.6
Tn2-2 / 0.4** / 0.5** / 0.9* / 1.5** / 1.7** / 2.0** / 1.6*
Tn3-1 / 0.0 / 0.3 / 0.5 / 1.4** / 1.8** / 1.3 / 1.6*
Tn3-2 / 0.4** / 0.5** / 1.2** / 1.9** / 2.5** / 2.4** / 2.2**
Tn6-1 / 0.4** / 0.6** / 1.3** / 1.5** / 2.0** / 3.3** / 2.6**
Tn7 / 0.4** / 0.6** / 1.4** / 1.4** / 0.1 / -0.6 / -1.1
E21 / Tn2-2 / 0.2 / 0.6* / 1.1** / 0.8* / 0.7 / 0.7 / 0.4
Tn3-1 / -0.1 / 0.4 / 0.7* / 1.0** / 1.4** / 1.0 / 0.9
Tn3-2 / 0.0 / 0.4 / 0.9** / 0.8* / 1.0* / 0.9 / 0.9
Tn3-3 / 0.0 / 0.2 / 0.3 / 0.8* / 1.1* / 1.0 / 1.0
Tn6-1 / 0.1 / 0.8** / 1.3** / 1.5** / 1.8** / 1.7** / 1.7**
Tn6-2 / -0.1 / 0.1 / 0.7* / 0.5 / 0.1 / 0.0 / 0.0
Tn6-3 / -0.1 / -0.3 / -0.7* / -0.6 / -0.6 / -0.6 / -0.6
E22 / Tn2-2 / 0.1 / 0.7** / 1.6** / 1.4** / 1.3* / 1.3* / 1.3*
Tn3-1 / -0.1 / 0.3 / 1.5** / 1.9** / 2.6** / 2.5** / 2.3**
Tn3-2 / -0.1 / -0.1 / 0.0 / 1.2* / 1.0 / 0.8 / 0.7
Tn6-1 / 0.4** / 1.4** / 2.4** / 2.0** / 2.0** / 2.0** / 2.0**
Tn6-2 / -0.1 / 0.5 / 1.5** / 1.0* / 0.8 / 0.8 / 0.8
Tn8 / -0.1 / 0.4 / 0.8 / 1.0* / 0.5 / 0.5 / 0.5
E23 / Tn2-2 / 0.1 / 0.4 / 1.2** / 1.7** / 2.2** / 2.2** / 2.0**
Tn3-1 / 0.1 / 0.3 / 1.1* / 1.1 / 2.4** / 2.4** / 2.4**
Tn3-2 / 0.2* / 0.7** / 1.5** / 2.0** / 2.7** / 2.4** / 2.3**
Tn6-1 / 0.2* / 0.7** / 1.3** / 3.1** / 2.7** / 2.7** / 2.7**
Tn6-2 / 0.0 / 0.3 / 0.6 / 1.4* / 1.1 / 1.1 / 1.1

a E11, E12, …, and E23 indicate the combinational environments of 2 planting seasons (s1 and s2) with 3 cropping densities (c1, c2 and c3), respectively. E11, for instance, represents the combinational environment of s1 with c1. s1 and s2 represent the planting seasons of spring and fall. c1, c2 and c3 represent the three cropping densities of 10 cm16.7 cm, 16.7 cm16.7 cm and 16.7 cm23.3 cm, respectively.

b QTLs are nominated by Tn followed by the chromosomal number. Additional number is given as more than one QTL is located in one chromosome. QTL Tn2-1, for example, indicates the first QTL of tiller number detected on chromosome 2.

c t1～t7 indicate measuring stages of tiller number, setting 7 days between stages.

d The numbers and the signs showed in the Table indicate the estimated values and the directions of the effects of the donor alleles, respectively. ‘* and **’ show the significances at 0.05 and 0.01 of probability levels, respectively.

Supplementary Table 2 QTL dominant effect values estimated at various stages in single combinational environments.

Environmenta / QTLb / t1c / t2 / t3 / t4 / t5 / t6 / t7
E11 / Tn2-2 / -0.7*d / -0.2 / -0.6 / -0.9 / -1.2 / -0.6 / -0.4
Tn3-1 / 0.9** / 1.0** / 2.4** / 2.2** / 1.4 / 1.3 / 0.9
Tn3-2 / 0.8** / 1.3** / 2.1** / 2.2** / 1.5* / 1.4 / 1.8*
Tn3-3 / 0.3 / 0.5 / 0.7 / -0.1 / -2.0** / -2.4** / -2.1*
Tn6-1 / 0.7** / 0.1 / 0.3 / 0.2 / 0.1 / 0.1 / -0.2
Tn6-2 / 0.6* / 0.7* / 1.1* / 0.9 / -0.6 / -1.5 / -1.5
Tn6-3 / 1.4** / 0.8** / 2.0** / 2.2** / 1.5* / 1.2 / 0.2
Tn7 / 0.7* / 0.5 / 1.3* / 0.8 / 0.0 / 0.0 / -0.3
Tn8 / 0.2 / -0.3 / 0.1 / 0.3 / 1.9 * / 3.1** / 2.1*
Tn12 / 0.9** / 1.3** / 2.1** / 1.7* / 0.8 / 0.8 / 0.7
E12 / Tn2-1 / 0.4 / 0.4 / 2.0** / 2.0* / 3.4** / 3.9** / 4.5**
Tn2-2 / 0.8** / 0.4 / 1.0 / 2.0* / 1.4 / 1.5 / 2.0
Tn3-3 / 0.4 / 0.3 / 1.1 / 0.7 / -1.8* / -2.5* / -1.7
Tn6-1 / 0.6* / 0.3 / 1.4** / 1.4 / 0.6 / 0.1 / -0.8
Tn6-3 / 1.4** / 0.9** / 2.8** / 2.6** / 0.8 / 0.3 / -0.6
Tn7 / 0.9** / 0.6 / 2.2** / 1.6* / 1.6 / 1.6 / 0.8
Tn8 / 0.8** / 0.6 / 0.8 / 1.9* / 1.0 / 1.7 / 2.1*
Tn9 / 0.7* / 0.7* / 1.9** / 2.2** / 2.2** / 1.7 / 1.4
E13 / Tn2-1 / 0.1 / -0.9** / -0.6 / -1.2 / -1.1 / -1.2 / -1.2
Tn2-2 / 0.1 / 0.0 / 0.6 / 0.9 / 1.5 / 2.2* / 2.9*
Tn3-1 / 1.0** / 0.6 / 1.8** / 1.6* / 2.0* / 2.1* / 2.1*
Tn3-2 / -0.5 / -0.3 / -0.7 / -0.6 / -1.9* / 0.6 / 0.7
Tn3-3 / 1.0** / 0.7* / 1.4* / 1.1 / 0.7 / 0.0 / -0.5
Tn6-1 / 0.1 / 0.6 / 0.9 / 1.7* / 3.0** / 1.6 / 3.4**
Tn6-2 / 1.1** / 1.2** / 2.3** / 2.4** / 2.4* / 3.2** / 2.8*
Tn6-3 / 0.7** / 1.3** / 3.2** / 3.5** / 2.3* / 2.2* / 2.6*
Tn7 / 0.5 / 0.8 / 2.0** / 2.2** / 2.7** / 2.0* / 1.9
Tn9 / 0.7** / 0.6 / 1.7** / 2.0* / 1.6 / 2.8* / 1.7
Tn12 / 0.6* / 1.1** / 1.3* / 1.7* / 2.5* / 0.7 / 0.8
E21 / Tn2-1 / 0.5* / 1.5** / 0.8 / 0.5 / -0.2 / -0.4 / -0.4
Tn3-2 / 0.2 / 1.2** / 1.8** / 1.0 / 0.7 / 0.4 / -0.4
Tn3-3 / -0.1 / 0.2 / 0.2 / -0.6 / -1.4* / -1.4* / -1.5*
Tn6-1 / 1.6** / 1.1** / 1.1* / 1.6** / 1.1 / 1.2 / 0.2
Tn6-3 / 0.3 / 0.8* / 2.2** / 2.4** / 2.3** / 1.5* / 1.4*
Tn7 / 0.1 / 0.8* / 1.6** / 1.1 / 0.4 / -0.2 / -0.2
Tn8 / 0.1 / 0.4 / 1.1* / 1.3* / 1.8** / 1.3 / 1.3
Tn9 / 0.2 / 0.8* / 1.2* / 2.8** / 3.0** / 3.1** / 2.1**
E22 / Tn2-1 / 0.3 / 1.1* / 2.2** / 1.1 / 0.4 / 0.5 / 0.5
Tn2-2 / 0.3 / 1.8** / 3.7** / 2.7** / 2.4** / 2.4** / 2.4**
Tn3-1 / 0.4* / 1.2** / 1.4* / 0.8 / 0.6 / 0.3 / 0.4
Tn3-2 / 0.2 / 0.8 / 2.1** / -0.1 / 0.5 / 0.6 / 0.7
Tn3-3 / -0.2 / 0.8 / 2.4** / 1.9* / 1.2 / 1.2 / 1.2
Tn6-1 / -0.5** / -0.6 / 0.9 / 0.4 / -0.3 / -0.3 / -0.3
Tn6-2 / 0.1 / 0.6 / 0.6 / 1.7* / 1.9* / 1.9* / 1.9*
Tn7 / 0.5** / 1.8** / 3.1** / 3.9** / 4.0** / 3.7** / 3.5**
Tn8 / 0.5** / 1.2** / 2.4** / 2.2** / 2.9** / 2.7** / 2.3**
Tn9 / -0.1 / 0.8 / 2.1** / 2.0* / 1.5 / 1.5 / 1.5
E23 / Tn2-1 / 0.4* / 1.0* / 0.8 / -0.1 / -0.3 / -0.3 / -0.3
Tn2-2 / 0.5** / 0.6 / 0.8 / 0.1 / 0.2 / 0.2 / 0.3
Tn3-1 / 0.4* / 1.2** / 2.5** / 2.1* / 1.7 / 1.2 / 1.2
Tn7 / 0.5* / 1.0* / 0.6 / -0.3 / 0.3 / 0.3 / 0.3

c t1～t7 indicate measuring stages of tiller number, setting 7 days between stages.

Supplementary Table 3 QTL epistatic effect values estimated at various stages in single combinational environment.

Environmenta / QTLb / t1c / t2 / t3 / t4 / t5 / t6 / t7
E11 / Tn2-1/Tn2-2 / -0.2*d / -0.2 / -0.3 / 0.0 / 1.2** / 1.3** / 1.1**
Tn2-1/Tn3-1 / -0.3** / -0.4** / -0.5* / -0.4 / -0.1 / 0 / 0.1
Tn2-1/Tn3-2 / -0.2* / -0.4** / -0.6** / -0.4 / 0.4 / 0.8* / 0.7*
Tn2-1/Tn3-3 / -0.2* / -0.2 / -0.3 / 0 / 0.7* / 0.9** / 0.8*
Tn2-1/Tn6-1 / 0 / 0 / 0.3 / 0.7 / 1.4** / 1.4** / 1.3**
Tn2-1/Tn6-3 / -0.5** / -0.4** / -0.6** / -0.7* / -0.3 / -0.1 / 0.1
Tn2-1/Tn8 / 0 / -0.1 / -0.1 / -0.2 / -0.6 / -0.9** / -0.7*
Tn2-1/Tn9 / -0.1 / -0.3* / -0.2 / -0.3 / -0.1 / -0.1 / -0.3
Tn2-1/Tn12 / -0.4** / -0.6** / -0.9** / -0.8* / -0.5 / -0.4 / -0.4
Tn2-2/Tn3-1 / -0.1 / -0.3* / -0.5* / -0.3 / 0.1 / 0 / 0.2
Tn2-2/Tn3-3 / 0.3** / 0 / 0.3 / 0.5 / 0.9** / 0.6 / 0.6
Tn3-1/Tn3-2 / -0.3** / -0.3* / -0.7** / -0.5 / -0.2 / 0 / 0.1
Tn3-1/Tn3-3 / -0.2* / -0.4** / -0.6** / -0.1 / 0.1 / 0.2 / 0.4
Tn3-1/Tn6-1 / -0.2* / -0.2 / -0.2 / -0.1 / 0.4 / 0.5 / 0.6
Tn3-1/Tn6-2 / -0.4** / -0.5** / -1.0** / -0.7* / -0.1 / 0.1 / 0.3
Tn3-1/Tn6-3 / -0.6** / -0.5** / -1.2** / -1.0** / -0.1 / 0.2 / 0.6
Tn3-1/Tn7 / -0.2* / -0.3* / -0.6** / -0.5 / 0 / 0 / 0.2
Tn3-1/Tn9 / -0.3** / -0.4** / -0.6** / -0.6 / -0.5 / -0.6 / -0.5
Tn3-1/Tn12 / -0.5** / -0.6** / -1.1 / -0.8* / -0.4 / -0.2 / -0.1
Tn3-2/Tn6-1 / -0.3** / -0.2 / -0.4 / -0.2 / 0.3 / 0.2 / 0.3
Tn3-2/Tn6-2 / -0.3** / -0.3* / -0.4 / -0.5 / -0.3 / -0.1 / -0.1
Tn3-2/Tn6-3 / -0.3** / -0.3* / -0.5* / -0.6 / -0.2 / -0.2 / 0.2
Tn3-2/Tn8 / -0.1 / -0.2 / -0.4 / -0.3 / -0.4 / -0.7* / -0.7*
Tn3-2/Tn12 / -0.4** / -0.6** / -1.0** / -1 / -0.6 / -0.3 / -0.3
Tn3-3/Tn6-1 / -0.2* / -0.2 / -0.1 / 0.1 / 0.8* / 0.9** / 0.9**
Tn3-3/Tn6-2 / -0.1 / -0.3* / -0.2 / 0 / 0.6 / 0.9** / 0.4
Tn3-3/Tn6-3 / -0.4** / -0.3* / -0.5* / -0.4 / 0.2 / 0.4 / 0.6
Tn3-3/Tn7 / -0.2* / -0.3* / -0.5* / 0.3 / 0.5 / 0.7* / 0.8*
Tn3-3/Tn12 / -0.3** / -0.5** / -0.7** / -0.4 / 0.3 / 0.4 / 0.4
Tn6-1/Tn6-2 / -0.2* / -0.2 / 0 / 0 / 0.6 / 0.8* / 0.8*
Tn6-1/Tn6-3 / -0.5** / -0.3* / -0.5* / -0.6 / -0.2 / -0.2 / 0
Tn6-1/Tn8 / 0.2* / 0.3* / 0.6** / 0.5 / 0.1 / -0.6 / -0.4
Tn6-1/Tn12 / -0.2* / -0.2 / -0.5* / -0.4 / -0.1 / -0.2 / -0.1
Tn6-2/Tn6-3 / -0.4** / -0.3* / -0.5* / -0.6 / -0.3 / -0.1 / 0.2
Tn6-2/Tn7 / -0.3** / -0.3* / -0.4 / -0.2 / 0.3 / 0.6 / 0.6
Tn6-2/Tn12 / -0.2* / -0.2 / -0.5* / -0.3 / -0.2 / -0.2 / -0.2
Tn6-3/Tn7 / -0.5** / -0.3* / -0.7** / -0.6 / -0.4 / -0.3 / 0
Tn6-3/Tn8 / -0.4** / -0.2 / -0.5* / -0.6 / -0.8* / -1.0** / -0.5
Tn6-3/Tn9 / -0.4** / -0.4** / -0.6** / -0.9** / -0.9** / -0.8* / -0.8*
Tn6-3/Tn12 / -0.5** / -0.6** / -0.9** / -0.8* / -0.2 / -0.1 / 0.2
Tn8/Tn9 / -0.2* / -0.2 / -0.1 / -0.3 / -0.8* / -1.3*** / -1.1**
Tn8/Tn12 / 0.1 / -0.1 / -0.1 / -0.1 / -0.6 / -0.9** / -0.8*
Tn9/Tn12 / -0.3** / -0.6** / -0.7** / -0.8* / -0.8* / -0.9** / -0.9**
E12 / Tn2-1/Tn2-2 / -0.4** / -0.2 / -0.7** / -1.0** / -1.2** / -1.3** / -1.8**
Tn2-1/Tn3-2 / -0.3** / -0.4** / -1.1** / -1.2** / -1.4** / -1.5** / -1.7**
Tn2-1/Tn6-1 / 0.1 / 0.1 / -0.3 / -0.3 / -0.8* / -0.9* / -0.8*
Tn2-1/Tn6-2 / -0.2* / -0.2 / -0.3 / -0.4 / -0.9* / -1.1** / -1.3**
Tn2-1/Tn6-3 / -0.4** / -0.3* / -1.2** / -1.1** / -1.2** / -1.0** / -1.1**
Tn2-1/Tn7 / -0.4** / -0.3* / -1.0** / -0.7* / -1.2** / -1.2** / -1.2**
Tn2-1/Tn8 / -0.2* / -0.2 / -0.8** / -1.0** / -1.3** / -1.4** / -1.8**
Tn2-1/Tn9 / -0.2* / -0.3* / -0.9**** / -1.1** / -1.4** / -1.3** / -1.5**
Tn2-2/Tn3-2 / 0.1 / 0.2 / 0.2 / 0.1 / -0.3 / -0.7* / -0.9*
Tn2-2/Tn6-1 / -0.3** / -0.3* / -0.6* / -0.7 / -0.4 / -0.2 / -0.4
Tn2-2/Tn6-2 / -0.4** / -0.3* / -0.6* / -0.7 / -0.9** / -0.9** / -0.9*
Tn2-2/Tn6-3 / -0.5** / -0.2 / -0.8** / -1.0** / -0.9** / -0.7* / -0.6
Tn2-2/Tn7 / -0.5** / -0.4** / -1.0** / -1.0** / -0.7* / -0.3 / -0.2
Tn3-2/Tn6-3 / -0.4** / -0.4** / -1.1** / -1.1** / -0.4 / -0.3 / -0.2
Tn3-2/Tn7 / -0.3** / -0.2 / -0.6* / -0.3 / -0.6 / -0.5 / -0.5
Tn3-2/Tn8 / -0.3** / -0.3* / -0.5 / -0.8* / -0.6 / -0.9** / -1.1**
Tn3-2/Tn9 / -0.3** / -0.4** / -0.7** / -0.8* / -0.6 / -0.6 / -0.5
Tn3-3/Tn6-1 / -0.1 / 0.1 / -0.1 / 0.1 / 1.0** / 1.4** / 1.6**
Tn3-3/Tn6-2 / -0.1 / 0 / 0.1 / 0.3 / 0.4 / 0.9** / 0.9*
Tn3-3/Tn6-3 / -0.4** / -0.5** / -1.0** / -1.1** / -0.2 / 0.1 / 0.3
Tn3-3/Tn7 / -0.3** / -0.3* / -0.8** / -0.5 / 0.1 / 0.3 / 0.3
Tn3-3/Tn8 / -0.3** / -0.4** / -0.6* / -0.9** / 0 / 0 / -0.3
Tn6-1/Tn6-3 / -0.4** / -0.3 / -0.9** / -0.9** / -0.7 / -0.4 / 0.2
Tn6-1/Tn7 / -0.3** / -0.2 / -0.6* / -0.6 / -0.3 / -0.3 / 0.2
Tn6-2/Tn7 / -0.2* / 0 / -0.1 / 0.3 / 0.1 / 0.5 / 0.9*
Tn6-3/Tn7 / -0.6** / -0.4** / -1.3** / -1.4** / -0.9** / -0.6 / -0.4
Tn6-3/Tn9 / -0.6** / -0.5** / -1.2** / -1.2** / -1.1** / -0.9** / -0.6
Tn7/Tn8 / -0.2* / 0 / -0.2 / -0.5 / -0.5 / -0.9** / -0.6
Tn8/Tn9 / -0.3** / -0.3* / -0.4 / -0.8* / -0.9** / -1.0** / -1.1**
E13 / Tn2-1/Tn2-2 / -0.2* / -0.2 / -0.5 / -0.8* / -1.0** / -0.7 / -0.8*
Tn2-1/Tn3-2 / 0.3 / 0.5** / 0.7* / 0.9* / 1.3** / 0.5 / 0.5
Tn2-1/Tn3-3 / 0 / 0.3* / 0.3 / 0.5 / 0.7 / 0.9* / 0.9*
Tn2-1/Tn6-1 / -0.2* / -0.2 / -0.4 / -0.5 / -0.5 / -1.3** / -1.5**
Tn2-2/Tn9 / -0.2* / -0.2 / -0.6 / -0.7* / -0.9* / -1.4** / -1.3**
Tn3-1/Tn6-1 / -0.2* / -0.4** / -0.7* / -0.6 / -1.3** / -0.9* / -1.4**
Tn3-1/Tn6-2 / -0.3 / -0.3* / -0.7* / -0.6 / -0.7 / -0.9* / -0.7
Tn3-1/Tn6-3 / -0.1 / -0.2 / -0.7* / -0.8* / -0.8* / -0.4 / -0.7
Tn3-1/Tn7 / -0.3** / -0.4** / -0.9** / -1.0** / -1.0** / -0.4 / -0.4
Tn3-1/Tn12 / -0.3** / -0.4** / -0.7* / -0.8* / -1.0** / -0.3 / -0.4
Tn3-2/Tn6-1 / 0 / -0.3* / -0.4 / -0.6 / -0.5 / -0.9* / -1.1**
Tn3-2/Tn6-2 / -0.2* / -0.1 / -0.3 / -0.3 / 0.1 / -0.9* / -0.7
Tn3-2/Tn6-3 / -0.1 / -0.3* / -0.7* / -0.8* / -0.2 / -1.1** / -1.0*
Tn3-2/Tn7 / -0.2* / -0.4** / -1.0** / -1.2** / -0.7 / -0.6 / -0.3
Tn3-2/Tn9 / -0.2* / -0.1 / -0.4 / -0.7 / -0.2 / -1.1** / -0.7
Tn3-2/Tn12 / -0.1 / -0.4** / -0.7* / -1.0** / -1.3** / -0.8* / -0.8
Tn3-3/Tn6-1 / -0.2* / -0.3* / -0.5 / -0.6 / -0.8* / -0.6 / -0.6
Tn3-3/Tn6-2 / -0.4** / -0.4** / -0.6 / -0.5 / -0.1 / 0 / 0.2
Tn3-3/Tn6-3 / -0.4** / -0.5** / -1.0** / -0.9* / -0.5 / -0.3 / -0.1
Tn3-3/Tn8 / -0.2* / -0.1 / -0.2 / 0 / 0.1 / 0.8* / 0.7
Tn3-3/Tn9 / -0.4** / -0.5** / -0.9** / -1.0** / -0.4 / -0.9* / -0.5
Tn6-1/Tn6-2 / -0.2* / -0.3* / -0.6 / -0.9* / -1.3** / -1.5** / -1.6**
Tn6-1/Tn6-3 / -0.1 / -0.4** / -0.8* / -1.0** / -1.0** / -0.8* / -1.1**
Tn6-1/Tn7 / -0.3** / -0.7** / -1.5** / -1.7** / -2.1** / -1.4** / -1.4**
Tn6-1/Tn8 / -0.1 / -0.5** / -0.6 / -0.9* / -0.8* / -0.7 / -1.2**
Tn6-1/Tn9 / -0.3** / -0.4** / -1.1** / -1.4** / -1.6** / -1.9** / -1.6**
Tn6-1/Tn12 / -0.2* / -0.5** / -0.8* / -1.2** / -1.7** / -1.1** / -1.5**
Tn6-2/Tn6-3 / -0.3** / -0.5** / -0.9** / -0.8* / -0.3 / -0.4 / -0.3
Tn6-2/Tn7 / -0.4** / -0.5** / -1.0** / -0.9* / -0.5 / -0.2 / 0
Tn6-2/Tn8 / -0.3** / -0.5** / -0.8* / -0.9* / 0.1 / -0.5 / -0.4
Tn6-2/Tn9 / -0.3** / -0.4** / -0.7* / -0.8* / -0.7 / -1.0** / -0.7
Tn6-2/Tn12 / -0.3** / -0.4** / -0.6 / -0.7 / -0.8* / -0.4 / -0.3
Tn6-3/Tn7 / -0.4** / -0.7** / -1.6** / -1.7** / -1.1** / -1.0** / -0.7
Tn6-3/Tn9 / -0.3** / -0.4** / -0.9** / -1.1** / -0.7 / -1.1** / -0.8
Tn6-3/Tn12 / -0.3** / -0.5** / -1.0** / -1.2** / -1.1** / -0.7 / -0.8
Tn7/Tn9 / -0.2* / -0.4** / -0.8* / -1.0** / -0.5 / -0.7 / -0.3
Tn7/Tn12 / -0.2* / -0.6** / -1.0** / -1.5** / -1.1** / -0.7 / -0.7
Tn9/Tn12 / -0.4** / -0.7** / -1.1** / -1.6** / -1.2** / -1.6** / -1.1**
E21 / Tn2-1/Tn3-2 / -0.1 / -0.4** / -0.2 / 0.4 / 1.0** / 1.1** / 1.1**
Tn2-1/Tn6-1 / -0.6 / -0.7** / -0.7** / -0.6* / -0.3 / -0.2 / 0.1
Tn2-1/Tn6-3 / -0.2* / -0.5** / -0.3 / -0.2 / 0.2 / 0.4 / 0.2
Tn2-1/Tn9 / -0.2* / -0.5** / -0.5* / -0.5* / -0.5 / -0.6* / -0.5
Tn2-1/Tn12 / -0.2* / -0.6** / -0.2 / 0.2 / 0.7* / 0.8** / 1.1**
Tn2-2/Tn6-3 / -0.1 / -0.2 / -0.5* / -0.5* / -0.5 / -0.2 / 0
Tn2-2/Tn9 / 0 / -0.2 / -0.2 / -0.5* / -0.7* / -0.7* / -0.4
Tn3-1/Tn6-1 / -0.4** / -0.3* / -0.7** / -1.1** / -1.1** / -1.2** / -0.9**
Tn3-2/Tn6-1 / -0.5** / -0.8** / -0.9** / -0.7** / -0.4 / -0.3 / 0.1
Tn3-2/Tn6-2 / 0 / -0.1 / -0.2 / -0.1 / -0.2 / -0.2 / -0.2
Tn3-2/Tn6-3 / -0.1 / -0.4** / -0.8** / -0.7** / -0.5 / -0.3 / -0.1
Tn3-2/Tn7 / 0 / -0.3* / -0.8** / -0.4 / -0.5 / -0.3 / -0.1
Tn3-2/Tn8 / 0 / -0.3* / -1.0** / -0.6** / -0.3 / -0.5 / -0.7
Tn3-2/Tn9 / 0 / -0.4** / -0.6** / -0.5* / -0.5 / -0.4 / -0.2
Tn3-3/Tn6-1 / -0.4** / -0.5** / -0.7** / -0.4 / -0.1 / 0 / -0.1
Tn3-3/Tn9 / 0 / -0.2 / -0.3 / -0.7** / -0.8** / -0.8** / -0.5
Tn6-1/Tn6-2 / -0.4** / -0.4** / -0.4 / -0.6** / -0.6* / -0.6* / -0.3
Tn6-1/Tn6-3 / -0.5** / -0.6** / -1.0** / -1.1** / -0.9** / -0.7* / -0.4
Tn6-1/Tn7 / -0.2* / -0.1 / -0.4 / -0.5* / -0.3 / -0.3 / -0.2
Tn6-1/Tn8 / -0.4** / -0.3* / -0.5* / -0.6* / -0.6* / -0.4 / -0.1
Tn6-1/Tn9 / -0.5** / -0.6** / -0.5* / -0.8** / -0.5 / -0.6* / -0.2
Tn6-1/Tn12 / -0.5** / -0.4** / -0.2 / -0.1 / -0.1 / -0.2 / 0.2
Tn6-2/Tn6-3 / 0 / 0 / -0.3 / -0.6* / -0.8** / -0.6* / -0.6*
Tn6-2/Tn9 / 0 / 0 / -0.1 / -0.7** / -1.0** / -0.9** / -0.8**
Tn6-3/Tn7 / 0 / -0.1 / -0.8** / -0.8** / -0.7* / -0.4 / -0.5
Tn6-3/Tn8 / -0.1 / -0.3* / -0.9** / -0.9** / -0.9** / -0.5 / -0.5
Tn6-3/Tn9 / -0.1 / -0.2 / -0.6* / -1.3* / -1.4** / -1.2** / -1.1**
Tn7/Tn8 / 0 / -0.3* / -0.6* / -0.7** / -0.6* / -0.4 / -0.5
Tn7/Tn9 / 0 / -0.4** / -0.6* / -1.0** / -1.1** / -0.9** / -0.9**
Tn8/Tn9 / -0.1 / -0.1 / -0.5* / -0.9** / -1.2** / -1.1** / -1.0***
Tn9/Tn12 / -0.1 / -0.4** / -0.6* / -0.6* / -0.7* / -0.7* / -0.2
E22 / Tn2-1/Tn2-2 / 0.1 / -0.2 / -0.9** / -0.5 / -0.4 / -0.4 / -0.4
Tn2-1/Tn6-2 / 0 / -0.3 / -0.5* / -0.5* / -0.3 / -0.4 / -0.4
Tn2-1/Tn6-3 / -0.1 / -0.4* / -0.8** / -0.5* / -0.3 / -0.3 / -0.3
Tn2-1/Tn7 / -0.1 / -0.2 / -0.9** / -1.2** / -1.1** / -1.1** / -1.0**
Tn2-1/Tn8 / -0.2 / -0.6** / -0.9** / -0.8** / -0.9** / -0.8** / -0.7*
Tn2-2/Tn3-1 / -0.1 / -0.7** / -1.5** / -0.9** / -0.9** / -0.8** / -0.8**
Tn2-2/Tn3-3 / -0.1 / -0.8** / -1.4** / -1.1** / -0.8** / -0.8** / -0.8**
Tn2-2/Tn6-1 / 0 / -0.6** / -1.7** / -1.2** / -0.7** / -0.8** / -0.8**
Tn2-2/Tn6-2 / -0.1 / -0.7** / -1.0** / -1.1** / -0.9** / -0.9** / -1.0**
Tn2-2/Tn6-3 / 0 / -0.4* / -0.9** / -0.8** / -0.6** / -0.6* / -0.6*
Tn2-2/Tn7 / -0.1 / -0.5** / -1.0** / -1.3** / -1.3** / -1.2** / -1.1**
Tn2-2/Tn8 / -0.2* / -0.7** / -1.1** / -1.1** / -1.2** / -1.2** / -1.1**
Tn2-2/Tn9 / 0.2* / -0.2 / -0.7** / -0.8** / -0.5* / -0.5 / -0.5
Tn2-2/Tn12 / -0.1 / -0.7** / -1.5** / -0.9** / -0.8** / -0.8** / -0.8**
Tn3-1/Tn3-3 / 0 / -0.5** / -0.7** / -0.3 / -0.3 / -0.2 / -0.2
Tn3-1/Tn6-1 / 0 / -0.2 / -0.8** / -0.7** / -0.5 / -0.4 / -0.4
Tn3-1/Tn6-2 / 0 / -0.4* / -0.4 / -0.4 / -0.7* / -0.5 / -0.5
Tn3-1/Tn7 / -0.1 / -0.3 / -0.4 / -1.1** / -1.3** / -1.1** / -1.2**
Tn3-1/Tn8 / 0 / -0.3 / -0.6* / -0.8** / -1.0** / -0.8** / -0.7*
Tn3-1/Tn9 / 0.1 / -0.2 / -0.5* / -0.8** / -0.7* / -0.6* / -0.6*
Tn3-2/Tn3-3 / 0.3** / 0.4* / 0.3 / 0.6 / 0.7* / 0.6* / 0.6*
Tn3-2/Tn6-1 / 0.1 / 0 / -0.4 / 0.7** / 1.1** / 0.9** / 0.8**
Tn3-2/Tn6-3 / 0.1 / 0.3 / 0.6* / 0.6* / 0.3 / 0.2 / 0.2
Tn3-2/Tn7 / -0.1 / -0.3 / -0.7** / -0.6* / -0.8** / -0.7* / -0.7*
Tn3-2/Tn8 / -0.1 / -0.4* / -0.7** / -0.3 / -0.7** / -0.6* / -0.5
Tn3-3/Tn6-1 / 0.1 / -0.3 / -1.2** / -0.6* / -0.2 / -0.2 / -0.3
Tn3-3/Tn6-2 / 0.1 / -0.4* / -0.9** / -0.4 / -0.3 / -0.4 / -0.4
Tn3-3/Tn7 / 0 / -0.5** / -1.2** / -1.2** / -1.1** / -1.0** / -1.0**
Tn3-3/Tn8 / 0 / -0.4* / -1.0** / -0.5* / -0.4 / -0.4 / -0.3
Tn3-3/Tn9 / 0.1 / -0.3 / -0.8** / -0.5** / -0.3 / -0.3 / -0.3
Tn6-1/Tn7 / 0 / -0.2 / -0.9** / -1.0** / -1.1** / -1.0** / -0.9**
Tn6-1/Tn8 / -0.1 / -0.6** / -1.3** / -1.1** / -1.1** / -1.1** / -1.0**
Tn6-1/Tn9 / 0.1 / -0.2 / -0.8** / -0.3 / 0.1 / 0 / 0
Tn6-1/Tn12 / 0.1 / 0 / -0.3 / 0.9** / 1.5** / 1.5** / 1.5**
Tn6-2/Tn6-3 / 0 / -0.1 / -0.2 / -0.7** / -0.9** / -0.9** / -0.9**
Tn6-2/Tn7 / 0 / -0.3 / -0.5* / -1.3** / -1.4** / -1.3** / -1.2**
Tn6-2/Tn8 / -0.1 / -0.3 / -0.6* / -0.7** / -0.9** / -0.8** / -0.7*
Tn6-2/Tn9 / 0 / -0.3 / -0.6* / -0.8** / -0.6* / -0.6* / -0.6*
Tn6-3/Tn7 / -0.1 / -0.2 / -0.2 / -1.0** / -0.9** / -0.9** / -0.8**
Tn6-3/Tn8 / -0.2* / -0.5** / -0.7** / -0.5* / -0.7* / -0.7* / -0.6*
Tn7/Tn8 / -0.2* / -0.6** / -1.2** / -1.9** / -2.0** / -1.9** / -1.8**
Tn7/Tn9 / 0 / -0.2 / -0.5* / -1.3** / -1.3** / -1.2** / -1.2**
Tn8/Tn9 / 0 / -0.1 / -0.5* / -0.9** / -0.9** / -0.9** / -0.8**
Tn8/Tn12 / -0.1 / -0.3 / -0.6* / -0.9** / -1.1** / -1.0** / -0.9**
Tn8/Tn12 / -0.1 / -0.3 / -0.6* / -0.9** / -1.1** / -1.0** / -0.9**
E23 / Tn2-1/Tn3-1 / -0.2* / -0.5** / -0.6* / 0.3 / 0 / 0.1 / 0.1
Tn2-1/Tn7 / -0.1 / -0.2 / 0.1 / 0.8* / 0.7 / 0.7 / 0.7
Tn2-2/Tn3-1 / -0.3** / -0.7** / -1.8** / -1.5** / -1.7** / -1.6** / -1.6**
Tn2-2/Tn6-2 / -0.1 / -0.1 / -0.3 / -0.5 / -0.8* / -0.8* / -0.8*
Tn3-1/Tn3-2 / -0.2* / -0.6** / -1.3** / -0.7 / -1.0* / -1.0* / -1.0*
Tn3-1/Tn6-1 / -0.1 / -0.3 / -0.8** / -0.6 / -1.0* / -1.0* / -1.0*
Tn3-1/Tn6-2 / -0.2* / -0.5** / -0.9** / -0.7 / -1.0* / -0.9* / -0.9*
Tn3-1/Tn7 / -0.1 / -0.5** / -1.0** / 0.1 / -0.2 / -0.2 / -0.2
Tn3-2/Tn6-1 / -0.1 / -0.6** / -0.6* / 0.1 / -0.2 / -0.2 / -0.2
Tn3-2/Tn6-2 / 0 / -0.1 / -0.3 / -0.5 / -0.8* / -0.8* / -0.8*
Tn6-1/Tn6-2 / -0.2* / -0.4* / -0.3 / 0 / -0.3 / -0.2 / -0.2
Tn6-2/Tn7 / -0.2* / -0.5** / -0.6* / 0.2 / -0.4 / -0.5 / -0.5
Tn6-2/Tn12 / -0.1 / -0.5** / -0.7* / -0.1 / -0.4 / -0.4 / -0.4
Tn6-3/Tn7 / -0.1 / -0.5** / -0.2 / 0.4 / 0.2 / 0.2 / 0.2
Tn7/Tn8 / -0.2* / -0.4* / -0.1 / 0.4 / 0.1 / 0 / 0

c t1～t7 indicate measuring stages of tiller number, setting 7 days between stages.

Supplementary Table 4 QTL epistatic effects and their interaction effects with planting seasons and cropping densities estimated at various stages

QTLa / Effectb / t1c / t2 / t3 / t4 / t5 / t6 / t7
Tn2-1/Tn2-2 / e / -0.15**d / -0.25** / -0.50** / -0.39** / -0.2 / 0.01 / -0.11
es1 / -0.11** / -0.01 / -0.03 / -0.17 / -0.05 / 0.10 / -0.03
ec1 / 0.02 / -0.01 / 0.34* / 0.36* / 0.75** / 0.61** / 0.60**
ec2 / -0.05 / -0.14 / -0.55** / -0.44* / -0.43* / -0.54** / -0.49*
Tn2-1/Tn3-1 / ec2 / -0.02 / -0.20 / -0.43** / -0.40* / -0.49* / -0.41* / -0.42*
ec3 / 0.07 / 0.20 / 0.33* / 0.73** / 0.84** / 0.62** / 0.67**
Tn2-1/Tn3-2 / e / -0.09* / -0.23** / -0.35** / -0.11 / 0.2 / 0.15 / 0.13
es1 / -0.05 / 0 / -0.13 / -0.30* / -0.41 / -0.54** / -0.56**
ec1 / -0.03 / -0.21* / -0.19 / -0.12 / 0.12 / 0.30 / 0.29
ec2 / -0.04 / -0.12 / -0.38* / -0.39* / -0.66** / -0.48* / -0.47*
ec3 / 0.07 / 0.33 / 0.57** / 0.51** / 0.53** / 0.18 / 0.18
Tn2-1/Tn3-3 / e / -0.05 / -0.07 / -0.2 / 0.17 / 0.48** / 0.54** / 0.55**
ec2 / 0.12* / 0.02 / -0.19 / -0.34 / -0.38* / -0.46* / -0.47*
ec3 / -0.02 / 0.14 / 0.18 / 0.49** / 0.38 / 0.50** / 0.55**
Tn2-1/Tn6-1 / e / -0.04 / -0.18** / -0.25* / -0.08 / -0.06 / -0.01 / 0.04
es1 / -0.01 / 0.14* / 0.03 / -0.07 / -0.36** / -0.39** / -0.45**
ec1 / -0.11* / -0.21* / 0.03 / -0.04 / 0.38* / 0.39* / 0.53**
ec3 / 0.04 / 0.03 / 0 / -0.03 / -0.50* / -0.56** / -0.76**
Tn2-1/Tn6-2 / e / -0.10* / -0.14* / -0.24* / -0.13 / 0.10 / -0.01 / -0.04
Tn2-1/Tn6-3 / e / -0.25** / -0.30** / -0.50** / -0.46** / -0.24 / -0.13 / -0.11
ee1 / -0.17** / 0.07 / -0.14 / -0.16 / -0.02 / -0.02 / 0.06
ec2 / 0 / -0.09 / -0.39* / -0.30 / -0.28 / -0.20 / -0.21
ec3 / 0.08 / 0.12 / 0.33* / 0.39* / 0.28 / 0.16 / 0.14
Tn2-1/Tn7 / e / -0.18** / -0.18** / -0.47** / -0.10 / 0.08 / 0.18 / 0.29*
es1 / -0.12** / -0.04 / -0.20 / -0.26* / -0.14 / -0.10 / -0.02
ec1 / -0.16** / -0.08 / -0.07 / -0.17 / -0.10 / -0.18 / -0.23
ec2 / -0.01 / -0.13 / -0.40** / -0.57** / -0.85** / -0.90** / -0.87**
ec3 / 0.17** / 0.21* / 0.48** / 0.75** / 0.95** / 1.08** / 1.09**
Tn2-1/Tn8 / e / -0.13** / -0.28** / -0.38** / -0.40** / -0.36** / -0.52** / -0.53**
es1 / -0.01 / 0.11 / -0.03 / -0.14 / -0.20 / -0.42** / -0.42**
ec2 / -0.08 / -0.18 / -0.51** / -0.41* / -0.37 / -0.07 / -0.11
ec3 / 0.02 / 0.12 / 0.36* / 0.32 / 0.55** / 0.20 / 0.17
Tn2-1/Tn9 / e / -0.15** / -0.23** / -0.42** / -0.42** / -0.31* / -0.30* / -0.21
es1 / -0.09* / -0.04 / -0.29** / -0.37** / -0.39** / -0.43 / -0.36**
ec1 / -0.06 / -0.17 / 0.12 / -0.08 / -0.26 / -0.34 / -0.42*
ec3 / -0.03 / 0.08 / 0.03 / 0.24 / 0.36 / 0.33 / 0.44*
Tn2-1/Tn12 / e / -0.13** / -0.34** / -0.36** / -0.04 / 0.06 / 0.08 / 0.18
es1 / -0.04 / 0.09 / -0.04 / -0.25* / -0.57** / -0.70** / -0.75**
ec1 / -0.1 / -0.21* / -0.05 / -0.24 / -0.11 / -0.04 / 0.04
ec2 / 0.17** / 0.08 / -0.04 / 0.16 / 0.17 / 0.04 / 0.02
Tn2-2/Tn3-1 / e / -0.09* / -0.36** / -0.74** / -0.67** / -0.71** / -0.62** / -0.57**
es1 / 0.03 / 0.21** / 0.61** / 0.48** / 0.55** / 0.45** / 0.45**
ec2 / -0.11* / -0.21 / -0.33* / -0.29 / -0.24 / -0.37 / -0.40*
ec3 / 0.13* / 0.25** / 0.18 / 0.31 / 0.18 / 0.34 / 0.23
Tn2-2/Tn3-2 / e / 0.06 / 0.02 / -0.06 / 0.1 / 0 / -0.16 / -0.13
es1 / 0.11* / 0.13* / 0.44* / 0.21 / 0.11 / -0.19 / -0.29
ec1 / -0.01 / -0.20* / -0.09 / -0.07 / 0.07 / 0.12 / 0.35
Tn2-2/Tn3-3 / e / -0.03 / -0.17* / -0.19 / -0.11 / 0.08 / -0.02 / -0.06
es1 / 0.04 / 0.12 / 0.27* / 0.13 / 0.18 / 0.11 / 0.06
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es1 / -0.08* / 0.07 / -0.09 / -0.14 / -0.47** / -0.54** / -0.49**
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es1 / -0.10* / 0.01 / -0.10 / -0.29* / -0.81** / -0.83** / -0.93**
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ec3 / -0.09 / -0.17 / -0.27 / -0.22 / -0.25 / -0.46 / -0.53*
Tn6-2/Tn7 / e / -0.18** / -0.22** / -0.41** / -0.19 / -0.20 / -0.14 / -0.09
es1 / -0.12** / -0.06 / -0.17 / -0.11 / 0.18 / 0.34 / 0.51
ec1 / 0.06 / 0.19* / 0.22 / 0.22 / 0.58** / 0.70** / 0.48*
ec2 / 0.11* / 0.14 / 0.33* / 0.08 / -0.22 / -0.27 / -0.13
ec3 / -0.17** / -0.33** / -0.55** / -0.29 / -0.36 / -0.42* / -0.35
Tn6-2/Tn8 / e / -0.09* / -0.14* / -0.26** / -0.27* / -0.19 / -0.37** / -0.35**
ec1 / 0.14* / 0.31** / 0.43** / 0.39* / 0.1 / 0.23 / 0.33
ec3 / -0.12* / -0.23* / -0.29 / -0.29 / -0.02 / -0.46* / -0.51**
Tn6-2/Tn9 / e / -0.11** / -0.19** / -0.35** / -0.38** / -0.43** / -0.44** / -0.37**
es1 / -0.06 / -0.08 / -0.08 / -0.14 / -0.27* / -0.26 / -0.19
ec1 / 0 / 0.11 / 0.35* / 0.04 / -0.2 / -0.28 / -0.3
ec2 / 0.11* / -0.02 / -0.07 / -0.10 / -0.02 / 0.28 / 0.24
ec3 / -0.11* / -0.09 / -0.28 / 0.06 / 0.22 / 0 / 0.06
Tn6-2/Tn12 / e / -0.08* / -0.17* / -0.16 / -0.1 / -0.23 / -0.12 / -0.03
ec2 / 0.13* / 0.13 / 0.32* / 0.28 / 0.29 / 0.36 / 0.3
ec3 / -0.23** / -0.26** / -0.59** / -0.52** / -0.58** / -0.63** / -0.65**
Tn6-3/Tn7 / e / -0.25** / -0.21** / -0.52** / -0.54** / -0.32* / -0.14 / 0.04
es1 / -0.20** / -0.14* / -0.41** / -0.37** / 0.03 / 0.15 / 0.39
ec3 / 0.03 / -0.24** / -0.06 / 0.11 / 0.38 / 0.47* / 0.51*
Tn6-3/Tn8 / e / -0.15** / -0.16* / -0.30** / -0.32* / -0.36** / -0.24 / -0.14
ec1 / -0.04 / 0.03 / -0.31* / -0.34 / -0.44* / -0.49** / -0.21
ec3 / 0.10 / 0.12 / 0.54** / 0.60** / 0.52** / 0.62** / 0.36
Tn6-3/Tn9 / e / -0.15** / -0.21** / -0.40** / -0.61** / -0.49** / -0.39** / -0.22
es1 / -0.12** / -0.06 / -0.23* / -0.19 / -0.17 / -0.22 / -0.09
ec1 / -0.03 / -0.02 / 0.06 / -0.3 / -0.58** / -0.60** / -0.62**
ec3 / 0.07 / 0.04 / 0.03 / 0.27 / 0.48* / 0.42* / 0.45*
Tn6-3/Tn12 / e / -0.17** / -0.21** / -0.30** / -0.25* / -0.18 / -0.01 / 0.17
es1 / -0.15** / -0.06 / -0.21 / -0.39** / -0.41** / -0.35* / -0.33*
ec2 / 0.04 / 0.15 / 0.32* / 0.09 / 0.03 / -0.13 / -0.12
Tn7/Tn8 / e / -0.07 / -0.1 / -0.22* / -0.19 / -0.37** / -0.42** / -0.25
ec1 / 0.06 / 0.18* / 0.01 / 0.11 / 0.10 / 0 / 0.08
ec2 / -0.07 / -0.11 / -0.32* / -0.71** / -0.69** / -0.73** / -0.68**
ec3 / 0.02 / -0.07 / 0.31 / 0.61** / 0.59** / 0.73** / 0.60**
Tn7/Tn9 / e / -0.10* / -0.20** / -0.39** / -0.45** / -0.38** / -0.37** / -0.24
ec1 / -0.03 / 0.02 / 0.16 / -0.03 / -0.29 / -0.36 / -0.51**
ec3 / -0.04 / -0.11 / -0.18 / 0.21 / 0.45* / 0.39* / 0.48*
Tn7/Tn12 / es1 / -0.04 / -0.07 / -0.20 / -0.29* / -0.51** / -0.50** / -0.39**
ec3 / -0.07 / -0.19* / -0.23 / -0.32 / -0.15 / 0.02 / -0.05
Tn8/Tn9 / e / -0.08* / -0.14* / -0.30** / -0.43** / -0.48** / -0.55** / -0.49**
es1 / -0.03 / -0.05 / -0.02 / -0.08 / -0.24 / -0.41** / -0.39**
ec1 / -0.05 / 0.03 / 0.13 / -0.1 / -0.51** / -0.64** / -0.51**
ec2 / 0.03 / -0.02 / -0.2 / -0.39* / -0.19 / -0.06 / -0.06
ec3 / 0.02 / -0.01 / 0.07 / 0.49** / 0.70** / 0.69** / 0.57**
Tn8/Tn12 / e / -0.01 / -0.11 / -0.06 / -0.21 / -0.32* / -0.43** / -0.32*
es1 / 0.02 / -0.03 / 0.04 / -0.07 / -0.20 / -0.46** / -0.48**
ec1 / 0.12* / 0.05 / 0.04 / 0.25 / -0.09 / -0.08 / 0.12
Tn9/Tn12 / e / -0.10* / -0.30** / -0.35** / -0.50** / -0.35* / -0.38** / -0.18
es1 / -0.08* / -0.12 / -0.20 / -0.38** / -0.63** / -0.76** / -0.75**
ec2 / 0.15** / 0.25 / 0.27 / 0.28 / 0.22 / 0.29 / 0.19

a QTLs are nominated by Tn followed by the chromosomal number. Additional number is given as more than one QTL is located in one chromosome. QTL Tn2-1, for example, indicates the first QTL of tiller number detected on chromosome 2.

b Effects of e, es and ec indicate the epistatic effects, epistasisseasons and epistasisdensities of interaction effects respectively, which are estimated based on the genetic effect components of the mapping population. s1 represents the planting season of spring. c1, c2 and c3 represent the three cropping densities of 10 cm16.7 cm, 16.7 cm16.7 cm and 16.7 cm23.3 cm, respectively.

c t1～t7 indicate measuring stages of tiller number, setting 7 days between stages.