PREPARATION OF PRIMER MIX (solution) FOR STANDARD CONDITIONS
UPDATED : Lydie GIOIA 08/04/2004
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID003 / SIZE
GSTT1 / 480 / 167 / 272
GSTM1 / 189 / 71 / 175
CYP2A6 (c+) / 570 / 164 / (266-267)
TP53 / 114/130 / 111 / 213
H2O
SINGULEX
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID104
CYP1B1 / 241 / +159-2 / 16 / 16 / 262-263-264
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
105
Nat1 / 741 / +49 / 16 / 16 / 152-153-154-155
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
106
Nat2 / 445 / +56-2 / 16 / 16 / 159-160-161
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
107 / 162-163-164
nat2 / 413 / +59 / 16 / 16
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
108
NAT1 / 354 / +53 / 16 / 16 / 156-157-158
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
109
UGT1A7 / 472 / +173N4 / 16 / 16
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
110
nat1 / 452 / +47 / 16 / 16 / 278-279
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
111
RAD54B / 336 / 253 / 16 / 16 / 355
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
112
TP53 / 241 / 291 / 16 / 16 / 390
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
113
hTR / 598 / 260 / 16 / 16 / 362
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
114
XRCC2 / 127 / 293 / 16 / 16 / 392
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
115
MSH6 / 260 / 230 / 16 / 16 / 332
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
116
ADH1B / 397 / 273 / 16 / 16 / 373
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
117
DIA4 / 390 /
78_3
/ 16 / 16 / 182H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
118
IRS2 / 1038 /
+213
/ 16 / 16 / 315H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
119
MDM2 /
376
/ +304 / 16 / 16 / 403H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
120
GSTP1 / 252 / 70 / 16 / 16 / 173
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
121
CYP2E1 / 413 / +2 / 16 / 16 / 105-106
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
122
PCNA / 568 / +10 / 16 / 16 / 113-114
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
123
tpmt / 657 / 170 / 16 / 16 / 275
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
124
ABCG2 / 1165 / 300 / 16 / 16 / 399
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
125
PMS2 / 841 / 247 / 16 / 16 / 349
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
126
CYP2C18/19 / 1061 / 296 / 16 / 16 / 395
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
127
CDA / 1102 / 297 / 16 / 16 / 396
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
128
CYP3A4 / 430 / 155 / 16 / 16 / 258
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
129
ATM / 372 / 177 / 16 / 16 / 282
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
130
RECQL / 289 / 256 / 16 / 16 / 358
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
131
ATM / 361 / 178 / 16 / 16 / 283
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
132
MDM2 / 318 / 113-2 / 16 / 16
H2O / 96
DUPLEX
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID207
ERCC1 / 285 / 17 / 16 / 16 / 120
cyp1a1 / 899 / +132 / 8 / 8 / 235-236
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
209
grpr / 375 / +35 / 16 / 16 / 138-139
CDKN2A / 210 / 93 / 8 / 8 / 197
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
219
XRCC9 / 202 / 88 / 8 / 8 / 192
TP53 / 296 / 110 / 16 / 16 / 212
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
220
APEX / 207 / +89 / 16 / 16 / 193-194
Gsta4 / 273 / 105 / 16 / 16 / 209
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
238
POLB / 205 / 94 / 16 / 16 / 198
CYP1A1 / 546 / 139 / 8 / 8 / 242
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
239
EPHX1 / 226 / +126 BIS / 8 / 8 / 229-230
DRD2 / 461 / 24 / 16 / 16 / 127
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
241
ALDH2 / 589 / +149 / 16 / 16 / 252-253
CYP1A2 / 233 / 143 / 16 / 16 / 246
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
244
CYP2E1 / 526 / 1 / 16 / 16 / 104
ERCC1 / 402 / 16 / 16 / 16 / 119
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
245
DRD2 / 309 / 20 / 8 / 8 / 123
ALDH2 / 401 / +147 / 16 / 16 / 250-251
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
247
PCNA / 506 / 12 / 8 / 8 / 115
DAT1 / 286 / 44 / 32 / 32 / 147
H2O / 48
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
248
ercc4 / 195 / 99 / 16 / 16 / 203
ercc1 / 525 / 15 / 16 / 16 / 118
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
249
aldh2_2 / 134 / f146_2 / 16 / 16 / 249
cyp2c19 / 174 / 108 / 16 / 16 / 210
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
253
xrcc2 / 189 / 84 / 16 / 16 / 188
cyp2a6 / 403 / 107 / 16 / 16 / 269-270
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
254
gstm3 / 273 / 68 / 16 / 16 / 171
NAT2 / 445 / 62 / 16 / 16 / 165
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
257
drd2 / 592 / +22 / 16 / 16 / 125-126-128
ERCC5
/ 391 / 66 / 16 / 16 / 169H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
258
ERCC5 / 392 /
67_2
/ 8 / 8 / 170ADH3 / 352 / 63_3 / 16 / 16 / 166
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
260
ERCC2 / 194 / 96 / 16 / 16 / 200
CYP1A2 / 256 / 145 / 16 / 16 / 248
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
262
GSTP1 / 290 / 69 / 16 / 16 / 172
CYP1A1 / 204 / +134 / 16 / 16 / 237-238
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
263
XRCC1 / 175 / 83 / 16 / 16 / 187
cyp2a6 / 334 / 166 / 16 / 16 / 271
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
264
ercc1 / 259 / 18 / 16 / 16 / 121
CYP2E1 / 386 / 4_5 / 16 / 16 / 107
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
265
dat1 / 245 / 46 / 16 / 16 / 149
GSTM1 / 189 / 71 / 16 / 16 / 174
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
266
EPHX1 / 210 / 128-bis / 16 / 16 / 231
ERCC1 / 153 / 14bis / 16 / 16 / 117
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
268
drd2 / 405 / 21 / 16 / 16 / 124
MGMT / 293 / +76 / 16 / 16 / 180-181
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
269
XRCC3 / 183 / 85 / 16 / 16 / 189
APEX / 208 / 91 / 16 / 16 / 195
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
270
LIG4 / 454 / +220 / 16 / 16 / 322-323
MLH1 / 303 / 225 / 16 / 16 / 327
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
271
MDR1 / 325 / 224 / 16 / 16 / 326
CDK7 / 214 / 209 / 16 / 16 / 311
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
277
PARP / 425 / 241 / 16 / 16 / 343
DRD4 / 360 / 30-2 / 16 / 16 / 133
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
278
RB1 / 363 / 254 / 16 / 16 / 356
RB1 / 313 / 255 / 16 / 16 / 357
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
280
PARP / 363 / +244 / 8 / 8 / 346-347
CYP1A2 / 596 / 141 / 8 / 8 / 244
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
281
TP53BP2 / 599 / 264 / 8 / 8 / 366
LIG3 / 419 / 286 / 8 / 8 / 386
H2O / 96
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
282
NBS1 / 391 / 235 / 16 / 16 / 337
MYH / 234 / 232 / 4 / 4 / 334
H2O / 88
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
283
NOD2 / 228 / 237 / 16 / 16 / 339
TP53BP1 / 316 / 261 / 16 / 16 / 363
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
285
XRCC5 / 435 / 268 / 16 / 16 / 370
CDKN1A / 338 / 275 / 16 / 16 / 375
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
286
ogg1 / 207 / 7 / 16 / 16 / 110
TP53BP1 / 294 / 262 / 16 / 16 / 364
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
287
DRD4 / 553 / 33-2 / 16 / 16 / 136
TPMT / 694 / 171 / 16 / 16 / 276
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
288
cyp2c9 / 252 / 129 / 16 / 16 / 232
BARD1 / 348 / +183 / 16 / 16 / 288-289
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
289
BRCA2 / 323 / 193 / 16 / 16 / 297
CDKN1B / 267 / 205 / 16 / 16 / 307
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
290
TP53BP2 / 599 / 263 / 16 / 16 / 365
XRCC3 / 686 / 294 / 16 / 16 / 393
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
291
NT5E / 582 / 301 / 16 / 16 / 400
EPHX1 / 374 / 280 / 16 / 16 / 380
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
292
CASP8 / 315 / 196 / 16 / 16 / 300
CASP9 / 234 / 199 / 16 / 16 / 302
H2O / 64
TRIPLEX
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID309
comt / 130 / 42 / 16 / 16 / 145
XRCC1 / 183 / 81 / 16 / 16 / 185
CYP1A1 / 349 / 138 / 16 / 16 / 241
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
311
GSTT2 / 279 / 72 / 16 / 16 / 176
XRCC1 / 127 / 82 / 16 / 16 / 186
ERCC2 / 193 / 97 / 16 / 16 / 201
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
316
comt / 236 / +37 / 16 / 16 / 140-141
mgmt / 200 / +74 / 8 / 8 / 178-179
dia4 / 159 / 79 / 16 / 16 / 183
H2O / 48
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
317
mthfr / 516 / 168 / 8 / 8 / 273
mthfr / 163 / 169 / 16 / 16 / 274
tpmt / 373 / 172 / 16 / 16 / 277
H2O / 48
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
319
CYP2E1 / 361 / +5 / 16 / 16 / 108-109
sod2 / 164 / 28 / 16 / 16 / 131
CYP1A2 / 243 / 144 / 16 / 16 / 247
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
320
ATM / 441 / +175 / 16 / 16 / 280-281
BARD1 / 154 / 182 / 16 / 16 / 287
BRCA1 / 364 / 186 / 16 / 16 / 290
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
323
NOD2 / 294 / 238 / 16 / 16 / 340
PARP / 417 / 240 / 16 / 16 / 342
CCND1 / 350 / 202 / 16 / 16 / 305
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
324
LIG1 / 406 / 219 / 16 / 16 / 321
MDR1 / 252 / 222 / 16 / 16 / 324
LIG1 / 201 / +216 / 16 / 16 / 318-319
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
325
ATM / 351 / 181 / 16 / 16 / 286
BRCA1 / 405 / 189 / 4 / 4 / 293
CASP3 / 247 / 195 / 16 / 16 / 299
H2O / 56
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
327
MDR1 / 529 / 223 / 2 / 2 / 325
MSH2 / 198 / 226 / 16 / 16 / 328
MSH3 / 248 / 227 / 16 / 16 / 329
H2O / 60
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
328
DRD4 / 360 / +278 / 16 / 16 / 378-379
GSTM3 / 411 / +282 / 16 / 16 / 382-383
MDM2 / 260 / 287 / 16 / 16 / 387
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
330
CDKN1A / 392 / 274 / 16 / 16 / 374
ANCG2 / 596 / 299 / 16 / 16 / 398
AHR / 355 / 303 / 16 / 16 / 402
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
331
RAD9 / 348 / 248 / 4 / 4 / 350
RAD23 / 278 / 249 / 16 / 16 / 351
SULT1A2 / 391 / 258 / 4 / 4 / 360
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
332
ADH1B / 244 / 272 / 16 / 16 / 372
ERCC2 / 334 / 281 / 4 / 4 / 381
GSTT2 / 394 / 285 / 4 / 4 / 385
H2O / 80
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
333
MSH3 / 198 / 229 / 16 / 16 / 331
MYH / 169 / 233 / 8 / 8 / 335
NOD2 / 494 / 236 / 16 / 16 / 338
H2O / 48
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
334
MTHFR / 584 / 289 / 4 / 4 / 388
CDA / 453 / 298 / 16 / 16 / 397
CDKN2A / 254 / +276 / 8 / 8 / 376-377
H2O / 72
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
335
NBS1 / 360 / 234 / 4 / 4 / 336
PARP / 410 / +242 / 2 / 2 / 344-345
MSH3 / 276/255 / 228 / 16 / 16 / 330
H2O / 84
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
336
ATM / 193 / 180 / 16 / 16 / 284
CHEK2 / 245 / 210 / 8 / 8 / 312
XRCC5 / 354 / 271 / 8 / 8 / 371
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
338
NOD2 / 380 / 239 / 16 / 16 / 341
RAD51 / 210 / +250 / 8 / 8 / 352-353
RAD52 / 273 / 252 / 16 / 16 / 354
H2O / 48
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
340
Gsta4 / 244 / 103 / 8 / 8 / 240
XPC / 400 / 266 / 8 / 8 / 368
XRCC4 / 489 / 267 / 16 / 16 / 369
H2O / 64
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
341
TERT / 403 / 259 / 16 / 16 / 361
XPA / 291 / 265 / 16 / 16 / 367
ATR / 122 / 302 / 16 / 16 / 401
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
342
MSH6 / 265 / 231-2 / 8 / 8 / 333
SULT1A2 / 421 / 257 / 4 / 4 / 359
XRCC3 / 128 / 295 / 16 / 16 / 394
H2O / 72
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
343
BRCA1 / 409 / 187 / 16 / 16 / 291
POLB / 193 / 290 / 16 / 16 / 389
XRCC2 / 117 / 292 / 16 / 16 / 391
H2O / 32
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
344
BRCA1 / 409 / 190 / 16 / 16 / 294
BRCA2 / 362 / 192 / 16 / 16 / 296
CYP1A1 / 232 / +136 / 16 / 16 / 239-240
H2O / 32
QUADRUPLEX
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID401
sult1a1 / 333 / +26 / 4 / 4 / 129-130
comt / 162 / +39 / 8 / 8 / 142-143
gsta2 / 689 / 73 / 32 / 32 / 177
CYP2C9 / 248 / +130 / 16 / 16 / 233-234
H2O / 8
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
402
BRCA1 / 295 / 188 / 16 / 16 / 292
BRCA2 / 250 / 191 / 16 / 16 / 295
CASP10 / 144 / 200 / 16 / 16 / 303
CCND1 / 416 / 201 / 16 / 16 / 304
H2O / 0
Multiplex number / SIZE (BP) / PCR / Primer F / Primer R / Assay ID
403
CDKN2B / 546 / +206 / 16 / 16 / 308-309
FANCD2 / 501 / 211 / 16 / 16 / 313
GADD45A / 250 / 212 / 4 / 4 / 314
LIG1 / 312 / 218 / 16 / 16 / 320
H2O / 24
PCR METABOCHIPS PROTOCOLE PCR VERSION II
PREPARATION OF DRIED PRIMERS.
Calculated for 10 tubes:
In a new 1.5 ml Eppendorf Tube, put 80µL of primer mix and add 20 µL of H2O.
By robot, each time, you can set 12 different multiplex PCRs for 8 different subjects in a 96-well plate.
Use the program called:
This will aliquote 10µL of primers in a 96-well plate corresponding to 12 different multiplex PCRs in 12 columns. The 8 raws will have the same set of PCRs. The program will prepare 3 identical plates.
PCR WITH DRIED PRIMERS.
MULTIPLEX PCRs STANDARD (Final volume 20µl).
USE PLATES WITH DRIED PRIMERS ALREADY PREPARED (see protocol).
Buffer BD10X:2 µL
dNTPs (2mM) 25%U:2 µL
MgCl2(25mM):2.4 µL (final concentration: 3 mM)
HOT FIRE (5U/µL):0.2 µL
DNA1 µL (30ng)
H2O:Adjust to final mix of 20 µL (Ex. 12.4 µL)
Final volume:20 µL
Thermocycler (GAN Machine):HFSH1
95º C 15’ min
20 cycles:95º C 1min
68º C30” sec - 1 C/cycle
72º C1.5min
20 cycles:95º C1min
51º C30”sec
72º C1.5min
72º C10’min
4º Cforever
Agarose gel: 2% ou 3%:
1