Online Resource 1: ATPase variable sites for 23 unique haplotypes of redside dace, showing nucleotide positions at which mutations occur, and the number of individuals (N) and populations where haplotypes were detected. Haplotype ATP 1A represents the reference sequence for table; dots within a cell represent nucleotide positions identical to the reference sequence.
Haplo / 35 / 5
0 / 5
8 / 6
7 / 1
3
6 / 1
4
8 / 1
5
0 / 1
5
2 / 1
8
1 / 2
0
5 / 2
1
4 / 2
7
4 / 2
9
5 / 3
4
7 / 3
5
8 / 3
8
6 / 4
0
0 / 5
1
1 / 5
3
2 / 5
5
6 / 5
6
8 / 5
9
8 / 6
0
7 / 6
5
0 / 6
5
2 / 6
6
7 / 6
7
7 / 6
7
9 / 6
9
4 / N / Populations
ATP 1 / C / C / C / G / C / G / G / G / G / G / G / A / A / A / A / C / A / C / T / T / G / A / C / C / G / G / C / A / G / 136 / DOD, OST, COB, KID, DON, CAR, FOU, HAN, MIL, KET, EBC, WOO, BHR
ATP 2 / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / DOD
ATP 3 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 39 / DOD, WOO, BHR, EBM, STR, WDC
ATP 4 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / A / . / . / . / . / . / . / 2 / OST
ATP 5 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / CAR
ATP 6 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / 4 / GUL
ATP 7 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / 10 / GUL
ATP 8 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / T / . / . / 2 / HAN
ATP 9 / T / . / . / . / . / . / . / . / . / A / A / . / . / . / G / . / . / T / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 23 / EFR, TTR
ATP 10 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / 11 / MIL
ATP 11 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / 5 / KET
ATP 12 / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 23 / EFI, RED
ATP 13 / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / 12 / BRU
ATP 14 / T / . / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / C / . / . / . / T / A / . / . / . / . / 15 / SCH, UNN
ATP 15 / T / . / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / C / . / . / . / . / A / . / . / . / . / 38 / SCH, LCR, NFR, LRR
ATP 16 / T / . / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / G / G / . / . / . / . / C / . / . / . / . / A / . / . / . / . / 2 / LCR
ATP 17 / T / . / . / . / T / . / A / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / C / C / . / . / . / . / A / . / . / . / . / 2 / NFR
ATP 18 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / 1 / WOO
ATP 19 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / BHR
ATP 20 / . / T / T / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / BHR
ATP 21 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / EBM
ATP 22 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / 2 / SAU
ATP 23 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 2 / WDC
Online Resource 2: Cytochrome b variable sites for 35 unique haplotypes of redside dace, showing nucleotide positions for which substitutions were detected, and the number of individuals (N) and populations where haplotypes were detected. Dots within a cell represent nucleotide positions identical to the reference sequence.
Haplo. / 41 / 7
9 / 8
2 / 8
5 / 2
1
7 / 2
6
3 / 2
6
5 / 3
5
8 / 3
7
3 / 3
7
7 / 4
0
3 / 4
2
7 / 4
3
0 / 4
6
0 / 4
9
0 / 4
9
4 / 5
2
9 / 5
6
3 / 5
8
9 / 6
4
1 / 6
4
6 / 6
6
4 / 6
6
7 / 6
7
6 / 6
9
4 / 7
0
0 / 7
0
3
cytB 1 / T / A / C / G / T / G / G / T / A / C / C / A / C / G / G / G / T / C / T / C / T / A / C / T / G / C / C
cytB 2 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 3 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 4 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / C / . / . / A
cytB 5 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / T / A
cytB 6 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 7 / . / G / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 8 / . / . / . / A / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 9 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 10 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 11 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 12 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 13 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / T / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 14 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / A / . / .
cytB 15 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / A / . / .
cytB 16 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / A / . / . / . / T / . / G / T / . / . / . / A
cytB 17 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 18 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / C / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 19 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 20 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / A / . / .
cytB 21 / C / . / T / A / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 22 / . / . / . / A / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 23 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 24 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 25 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 26 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 27 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 28 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / C / . / T / . / . / . / A
Online Resource 2 (continued)
Haplo. / 41 / 7
9 / 8
2 / 8
5 / 2
1
7 / 2
6
3 / 2
6
5 / 3
5
8 / 3
7
3 / 3
7
7 / 4
0
3 / 4
2
7 / 4
3
0 / 4
6
0 / 4
9
0 / 4
9
4 / 5
2
9 / 5
6
3 / 5
8
9 / 6
4
1 / 6
4
6 / 6
6
4 / 6
6
7 / 6
7
6 / 6
9
4 / 7
0
0 / 7
0
3
cytB 29 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 30 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 31 / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
cytB 32 / . / . / . / A / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / A
cytB 33 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / T / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 34 / C / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / T / . / . / T / . / . / . / .
cytB 35 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Online Resource 2 (continued)
2
7 / 7
7
2 / 8
1
4 / 8
4
7 / 8
6
8 / 8
7
5 / 8
8
9 / 8
9
0 / 9
7
4 / 9
7
6 / 9
9
9 / 1
0
1
2 / 1
0
7
2 / 1
0
9
1 / N / Populations
cytB 1 / G / C / G / A / A / C / G / G / A / T / T / A / T / T / 23 / DOD, WOO, EBM, STR, WDC
cytB 2 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 56 / DOD, COB, KID, OST, CAR, FOU, BHR
cytB 3 / . / . / A / G / G / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / DOD
cytB 4 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / DOD, BHR
cytB 5 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 5 / DOD, BHR
cytB 6 / A / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / 1 / DOD
cytB 7 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / OST
cytB 8 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / COB
cytB 9 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 56 / DON, FOU, HAN, KET, EBC,
cytB 10 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 2 / FOU
cytB 11 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / GUL
cytB 12 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / C / . / . / . / . / 12 / GUL
cytB 13 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 22 / EFR, TTR
cytB 14 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 8 / MIL
cytB 15 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / C / . / 6 / MIL
cytB 16 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 4 / KET
cytB 17 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 36 / EFI, BRU, RED
cytB 18 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / EFI
cytB 19 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 48 / UNN, SCH, LCR, NFR, LRR
cytB 20 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 2 / LCR
cytB 21 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / LCR
cytB 22 / . / . / A / G / . / T / A / . / . / . / . / . / . / . / 3 / WOO
cytB 23 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / C / . / . / . / 1 / WOO
cytB 24 / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / 1 / WOO
cytB 25 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 6 / BHR
cytB 26 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / 4 / BHR
cytB 27 / . / . / A / G / . / T / . / . / G / . / . / . / . / . / 1 / BHR
cytB 28 / . / T / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / BHR
cytB 29 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / EBM
Online Resource 2 (continued)
Haplo. / 72
7 / 7
7
2 / 8
1
4 / 8
4
7 / 8
6
8 / 8
7
5 / 8
8
9 / 8
9
0 / 9
7
4 / 9
7
6 / 9
9
9 / 1
0
1
2 / 1
0
7
2 / 1
0
9
1 / N / Populations
cytB 30 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / 4 / EBM
cytB 31 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 2 / EBM
cytB 32 / . / . / A / G / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 1 / EBM
cytB 33 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / . / 3 / LRR
cytB 34 / . / . / A / . / . / T / . / . / . / . / . / . / . / C / 1 / LRR
cytB 35 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / 2 / STR
Online Resource 3: Haplotype name, number of individuals and population occurrences for 47 unique haplotypes based on combined sequences (ATPase 6 and 8, and cytochrome b).
Haplotype / ATPase / cyt-b / N / Populations1 / 23 / 1 / 2 / WDC
2 / 3 / 1 / 18 / STR, EBM, WOO, DOD
3 / 3 / 35 / 2 / STR
4 / 15 / 33 / 3 / LRR
5 / 15 / 19 / 27 / LRR, LCR, NFR, SCH
6 / 15 / 34 / 1 / LRR
7 / 9 / 13 / 21 / TTR, EFR
8 / 3 / 30 / 4 / EBM
9 / 3 / 31 / 2 / EBM
10 / 21 / 32 / 1 / EBM
11 / 3 / 1 / 1 / EBM
12 / 1 / 28 / 3 / BHR
13 / 1 / 4 / 3 / BHR, DOD
14 / 3 / 25 / 6 / BHR
15 / 1 / 2 / 49 / BHR, FOU, CAR, KID, DOD, OST, COB
16 / 19 / 26 / 3 / BHR
17 / 1 / 27 / 1 / BHR
18 / 1 / 5 / 5 / BHR, DOD
19 / 1 / 22 / 3 / WOO
20 / 18 / 1 / 1 / WOO
21 / 3 / 24 / 1 / WOO
22 / 1 / 23 / 1 / WOO
23 / 12 / 17 / 21 / EFI, BRU, RED
24 / 1 / 9 / 54 / EBC, KET, HAN, FOU, DON
25 / 17 / 19 / 2 / NFR
26 / 15 / 20 / 1 / LCR
27 / 15 / 21 / 3 / LCR
28 / 16 / 19 / 2 / LCR
29 / 14 / 19 / 15 / SCH, UNN
30 / 12 / 18 / 1 / EFI
31 / 13 / 17 / 12 / BRU
32 / 11 / 16 / 4 / KET
33 / 10 / 14 / 7 / MIL
34 / 10 / 15 / 4 / MIL
35 / 1 / 14 / 1 / MIL
36 / 1 / 15 / 1 / MIL
37 / 8 / 9 / 2 / HAN
38 / 7 / 12 / 10 / GUL
39 / 6 / 11 / 3 / GUL
Online Resource 3: (continued)
Haplotype / ATPase / cyt-b / N / Populations40 / 1 / 10 / 2 / FOU
41 / 5 / 2 / 2 / CAR
42 / 1 / 8 / 1 / COB
43 / 4 / 2 / 2 / OST
44 / 1 / 7 / 1 / OST
45 / 2 / 2 / 1 / DOD
46 / 3 / 6 / 1 / DOD
47 / 1 / 3 / 1 / DOD