Online Resource 1 Phylogenetic Analysis Name Key

This table contains the names given to each sequence for the purposes this study and their corresponding NCBI GI accession number (when available). Sequences created through this study are marked with the GenBank (NCBI) accession of the transcript containing the protein coding sequence, as the accession numbers for the protein sequences were not yet available. The sequences are named with the first two letters of the genus and species in front of the gene name as in Klein et al. 1990.

Assigned Name / Accession / Gene Tree
GALV-SF / GI: 312839925 / KoRV
GALV-X / GI: 3033417 / KoRV
KoRV-3 / KP792564 / KoRV
KoRV-6 / KP792565 / KoRV
KoRV-A / GI: 386778769 / KoRV
KoRV-Ah / PC010_v2_3_comp0_c0_seq2a / KoRV
KoRV-B / GI: 516464656 / KoRV
KoRV-Bh / PC008_v2_3_comp5_c0_seq13a / KoRV
KoRV-Dh / PC001_v2_3_comp14_c0_seq15a / KoRV
KoRV-J / GI: 525342100 / KoRV
Bota_AZGP1 / GI: 77735615 / MHC-I-A
Bota_B / GI: 94966803 / MHC-I-A
Bota_HFE / GI: 59958366 / MHC-I-A
Bota_MR1 / GI: 298231512 / MHC-I-A
Calu_AZGP1 / GI: 73958037 / MHC-I-A
Calu_B / GI: 62339252 / MHC-I-A
Calu_F / GI: 66472856 / MHC-I-A
Calu_HFE / GI: 545554581 / MHC-I-A
Dare_A / GI: 157841274 / MHC-I-A
Dare_B / GI: 18859025 / MHC-I-A
Dare_HFE / GI: 528521167 / MHC-I-A
Dare_MR1 / GI: 326678213 / MHC-I-A
Gaga_A / GI: 71897025 / MHC-I-A
Gaga_MR1 / GI: 124249292 / MHC-I-A
Hasa_AZGP1 / GI: 4502337 / MHC-I-A
Hasa_MR1 / GI: 4504417 / MHC-I-A
Hosa_A / GI: 24797067 / MHC-I-A
Hosa_B / GI: 17986001 / MHC-I-A
Hosa_C / GI: 52630342 / MHC-I-A
Hosa_E / GI: 62912479 / MHC-I-A
Hosa_F / GI: 149158698 / MHC-I-A
Hosa_G / GI: 4504415 / MHC-I-A
Hosa_HFE / GI: 4504377 / MHC-I-A
Maeu_MR1 / GI: 415666321 / MHC-I-A
Maeu_UA / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UB / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UC / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UD / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UE / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UF / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UH / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UI / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UJ / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UK / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UL / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UM / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UN / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UO / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Maeu_UP / Siddle et al. 2009b / MHC-I-A
Mamu_A / GI: 284795201 / MHC-I-A
Mamu_AZGP1 / GI: 109066013 / MHC-I-A
Mamu_B / GI: 169234998 / MHC-I-A
Mamu_C / GI: 115345337 / MHC-I-A
Mamu_E / GI: 169234590 / MHC-I-A
Mamu_F / GI: 161016760 / MHC-I-A
Mamu_G / GI: 119508812 / MHC-I-A
Mamu_HFE / GI: 297290231 / MHC-I-A
Mamu_MR1 / GI: 297281326 / MHC-I-A
Maru_UA / GI: 166088 / MHC-I-A
Maru_UB / GI: 166092 / MHC-I-A
Modo_AZGP1 / GI: 611984502 / MHC-I-A
Modo_HFE / GI: 611984552 / MHC-I-A
Modo_MR1 / GI: 618468107 / MHC-I-A
Modo_UA1 / GI: 112982761 / MHC-I-A
Modo_UB / GI: 119433665 / MHC-I-A
Modo_UC / GI: 119433667 / MHC-I-A
Modo_UE / GI: 217386746 / MHC-I-A
Modo_UF / Belov et al. 2006c / MHC-I-A
Modo_UG / GI: 119372319 / MHC-I-A
Modo_UI / GI: 217386744 / MHC-I-A
Modo_UJa / GI: 217386750 / MHC-I-A
Modo_UJb / GI: 217386748 / MHC-I-A
Modo_UK / GI: 217386742 / MHC-I-A
Modo_UL / Belov et al. 2006c / MHC-I-A
Modo_UMfl / GI: 217386754 / MHC-I-A
Mumu_A / GI: 133922588 / MHC-I-A
Mumu_AZGP1 / GI: 160415217 / MHC-I-A
Mumu_E / GI: 6754148 / MHC-I-A
Mumu_F / GI: 316983113 / MHC-I-A
Mumu_G / GI: 7305129 / MHC-I-A
Mumu_HFE / GI: 31981697 / MHC-I-A
Mumu_MR1 / GI: 6680157 / MHC-I-A
Oran_AZGP1 / GI: 620954303 / MHC-I-A
Patr_A / GI: 291490700 / MHC-I-A
Patr_B / GI: 57114033 / MHC-I-A
Patr_C / GI: 406719579 / MHC-I-A
Patr_E / GI: 113865849 / MHC-I-A
Patr_F / GI: 193083234 / MHC-I-A
Patr_HFE / GI: 57114069 / MHC-I-A
Phci_AZGP1a / KP792549 / MHC-I-A
Phci_AZGP1b / KP792556 / MHC-I-A
Phci_AZGP1c / KP792541 / MHC-I-A
Phci_MR1 / KP792552 / MHC-I-A
Phci_UB / KP792563 / MHC-I-A
Phci_UD / KP792563 / MHC-I-A
Phci_UDh / Hobbs et al. 2014d / MHC-I-A
Phci_UE / KP792554 / MHC-I-A
Phci_UK / KP792544 / MHC-I-A
Rano_A / GI: 57012416 / MHC-I-A
Rano_AZGP1 / GI: 401709967 / MHC-I-A
Rano_E / GI: 261878529 / MHC-I-A
Rano_G / GI: 270133029 / MHC-I-A
Rano_HFE / GI: 25742831 / MHC-I-A
Rano_MR1 / GI: 281306765 / MHC-I-A
Saha_AZGP1 / GI: 395503744 / MHC-I-A
Saha_UK / GI: 694880525 / MHC-I-A
Saha_UM / GI: 694880527 / MHC-I-A
Trvu_UB / GI: 15186852 / MHC-I-A
Xetr_AZGP1 / GI: 512875945 / MHC-I-A
Xetr_B / GI: 512875976 / MHC-I-A
Xetr_MR1 / GI: 512875927 / MHC-I-A
Bota_DMA / GI: 99028971 / MHC-II-A
Bota_DOA / GI: 329664000 / MHC-II-A
Bota_DQA2 / GI: 402692326 / MHC-II-A
Bota_DRA / GI: 60592980 / MHC-II-A
Calu_DOA / GI: 345778521 / MHC-II-A
Calu_DQA2 / GI: 58801557 / MHC-II-A
Calu_DRA / GI: 58801551 / MHC-II-A
Phci_DCA / KP792543 / MHC-II-A
Dare_DPA / GI: 528488263 / MHC-II-A
Gaga_DMA / GI: 150247073 / MHC-II-A
Gaga_DRA / GI: 350538723 / MHC-II-A
Hosa_DMA / GI: 18765715 / MHC-II-A
Hosa_DOA / GI: 4504401 / MHC-II-A
Hosa_DPA / GI: 335883185 / MHC-II-A
Hosa_DQA2 / GI: 11095447 / MHC-II-A
Hosa_DRA / GI: 52426774 / MHC-II-A
Mamu_DOA / GI: 109070703 / MHC-II-A
Mamu_DPA / GI: 115345339 / MHC-II-A
Mamu_DRA / GI: 197209864 / MHC-II-A
Maru_DAA / GI: 602298 / MHC-II-A
Maru_DBA / GI: 602300 / MHC-II-A
Modo_DBA1 / GI: 126309759 / MHC-II-A
Modo_DBA2 / GI: 126309765 / MHC-II-A
Mumu_DMA / GI: 148539979 / MHC-II-A
Mumu_DOA / GI: 226054226 / MHC-II-A
Mumu_DRA / GI: 377836327 / MHC-II-A
Patr_DMA / GI: 332823731 / MHC-II-A
Patr_DOA / GI: 114606822 / MHC-II-A
Patr_DPA / GI: 114606824 / MHC-II-A
Patr_DQA2 / GI: 55626436 / MHC-II-A
Patr_DRA / GI: 197245454 / MHC-II-A
Phci_DAA / KP792566 / MHC-II-A
Phci_DBA / KP792561 / MHC-II-A
Phci_DMA / KP792538 / MHC-II-A
Rano_DOA / GI: 258613960 / MHC-II-A
Rano_DRA / GI: 57114292 / MHC-II-A
Xetr_DQA2 / GI: 163915103 / MHC-II-A
Bota_DMB / GI: 94966779 / MHC-II-B
Bota_DOB / GI: 61888882 / MHC-II-B
Bota_DQB / GI: 125991746 / MHC-II-B
Bota_DRB / GI: 528935400 / MHC-II-B
Calu_DMB / GI: 402692254 / MHC-II-B
Calu_DOB / GI: 114326391 / MHC-II-B
Calu_DQB / GI: 62177178 / MHC-II-B
Calu_DRB / GI: 62339236 / MHC-II-B
Gaga_DPB / GI: 513234877 / MHC-II-B
Hosa_DMB / GI: 301129275 / MHC-II-B
Hosa_DOB / GI: 4504403 / MHC-II-B
Hosa_DPB / GI: 24797076 / MHC-II-B
Hosa_DQB / GI: 345461081 / MHC-II-B
Hosa_DRB / GI: 18641375 / MHC-II-B
Maeu_DAB2 / GI: 61741467 / MHC-II-B
Maeu_DAB5 / GI: 61741473 / MHC-II-B
Maeu_DBB1 / GI: 41057782 / MHC-II-B
Maeu_DBB2 / GI: 41057784 / MHC-II-B
Mamu_DMB / GI: 297290560 / MHC-II-B
Mamu_DOB / GI: 109070662 / MHC-II-B
Mamu_DPB / GI: 197209849 / MHC-II-B
Mamu_DQB / GI: 197209861 / MHC-II-B
Mamu_DRB / GI: 112982759 / MHC-II-B
Maru_DAB1 / GI: 166083 / MHC-II-B
Maru_DBB / GI: 166085 / MHC-II-B
Modo_DAB1 / GI: 2353701 / MHC-II-B
Mumu_DMB / GI: 31981708 / MHC-II-B
Mumu_DOB / GI: 29788774 / MHC-II-B
Mumu_DQB / GI: 294997230 / MHC-II-B
Mumu_DRB / GI: 114431228 / MHC-II-B
Patr_DMB / GI: 197245462 / MHC-II-B
Patr_DOB / GI: 194440764 / MHC-II-B
Patr_DPB / GI: 332823734 / MHC-II-B
Patr_DQB / GI: 332823708 / MHC-II-B
Patr_DRB / GI: 410040572 / MHC-II-B
Phci_DAB / KP792559 / MHC-II-B
Phci_DBB / KP792560 / MHC-II-B
Phci_DCB / KP792553 / MHC-II-B
Phci_DMB / KP792557 / MHC-II-B
Rano_DOB / GI: 57012350 / MHC-II-B
Rano_DQB / GI: 51854235 / MHC-II-B
Rano_DRB / GI: 57114286 / MHC-II-B
Trvu_DAB2 / GI: 15099940 / MHC-II-B
Trvu_DAB3 / GI: 15099942 / MHC-II-B
Trvu_DBB / GI: 33286851 / MHC-II-B
Xetr_DQB / GI: 113931614 / MHC-II-B
Bota_LGP2 / GI: 62751389 / RLR
Bota_MDA5 / GI: 297471684 / RLR
Bota_RIG-I / GI: 528958082 / RLR
Calu_LGP2 / GI: 545510597 / RLR
Calu_MDA5 / GI: 74004732 / RLR
Calu_RIG-I / GI: 359320815 / RLR
Dare_LGP2 / GI: 380422390 / RLR
Dare_MDA5 / GI: 528491003 / RLR
Gaga_LGP2 / GI: 363743602 / RLR
Gaga_MDA5 / GI: 302370918 / RLR
Hosa_LGP2 / GI: 149408122 / RLR
Hosa_MDA5 / GI: 27886568 / RLR
Hosa_RIG-I / GI: 27881482 / RLR
Mamu_LGP2 / GI: 109115463 / RLR
Mamu_MDA5 / GI: 114052719 / RLR
Mamu_RIG-I / GI: 111154107 / RLR
Modo_LGP2 / GI: 334322694 / RLR
Modo_MDA5 / GI: 126326479 / RLR
Mumu_LGP2 / GI: 70608133 / RLR
Mumu_MDA5 / GI: 257096036 / RLR
Mumu_RIG-I / GI: 153945886 / RLR
Oran_RIG-I / GI: 345308281 / RLR
Patr_LGP2 / GI: 114667313 / RLR
Patr_MDA5 / GI: 332814684 / RLR
Patr_RIG-I / GI: 114624048 / RLR
Phci_LGP2 / KP792548 / RLR
Phci_MDA5 / KP792546 / RLR
Phci_RIG-I / KP792562 / RLR
Rano_LGP2 / GI: 149408137 / RLR
Rano_MDA5 / GI: 157822253 / RLR
Saha_LGP2 / GI: 395532380 / RLR
Saha_MDA5 / GI: 395519645 / RLR
Xetr_LGP2 / GI: 512874269 / RLR
Xetr_MDA5 / GI: 512865974 / RLR
Xetr_RIG-I / GI: 512813647 / RLR
Bota_TLR_10 / GI: 116004061 / TLR
Bota_TLR_2 / GI: 27806379 / TLR
Bota_TLR_3 / GI: 56710323 / TLR
Bota_TLR_4 / GI: 126723187 / TLR
Bota_TLR_5 / GI: 198282003 / TLR
Bota_TLR_6 / GI: 47564062 / TLR
Bota_TLR_7 / GI: 76780835 / TLR
Bota_TLR_8 / GI: 76677887 / TLR
Bota_TLR_9 / GI: 34147167 / TLR
Calu_TLR_1 / GI: 225784827 / TLR
Calu_TLR_10 / GI: 290746374 / TLR
Calu_TLR_2 / GI: 224922746 / TLR
Calu_TLR_3 / GI: 545526505 / TLR
Calu_TLR_4 / GI: 308193350 / TLR
Calu_TLR_5 / GI: 308210837 / TLR
Calu_TLR_6 / GI: 545494210 / TLR
Calu_TLR_7 / GI: 114326361 / TLR
Calu_TLR_8 / GI: 545557461 / TLR
Calu_TLR_9 / GI: 50950239 / TLR
Dare_TLR_1 / GI: 194578857 / TLR
Dare_TLR_2 / GI: 47086413 / TLR
Dare_TLR_21 / GI: 313569868 / TLR
Dare_TLR_3 / GI: 82524365 / TLR
Dare_TLR_4 / GI: 528497738 / TLR
Dare_TLR_5 / GI: 194578863 / TLR
Dare_TLR_7 / GI: 326670879 / TLR
Dare_TLR_8 / GI: 528491086 / TLR
Dare_TLR_9 / GI: 194595462 / TLR
Gaga_TLR_2 / GI: 45383582 / TLR
Gaga_TLR_21 / GI: 71895615 / TLR
Gaga_TLR_3 / GI: 300192983 / TLR
Gaga_TLR_4 / GI: 71897341 / TLR
Gaga_TLR_5 / GI: 66793459 / TLR
Gaga_TLR_6 / GI: 432134248 / TLR
Gaga_TLR_7 / GI: 58696433 / TLR
Hosa_TLR_1 / GI: 41350337 / TLR
Hosa_TLR_10 / GI: 62865618 / TLR
Hosa_TLR_2 / GI: 19718734 / TLR
Hosa_TLR_3 / GI: 4507531 / TLR
Hosa_TLR_4 / GI: 19924149 / TLR
Hosa_TLR_5 / GI: 16751843 / TLR
Hosa_TLR_6 / GI: 20143971 / TLR
Hosa_TLR_7 / GI: 7706093 / TLR
Hosa_TLR_8 / GI: 20302168 / TLR
Hosa_TLR_9 / GI: 8394456 / TLR
Mamu_TLR_1 / GI: 194363731 / TLR
Mamu_TLR_10 / GI: 198282099 / TLR
Mamu_TLR_2 / GI: 194363733 / TLR
Mamu_TLR_3 / GI: 79750630 / TLR
Mamu_TLR_4 / GI: 198282105 / TLR
Mamu_TLR_5 / GI: 194363739 / TLR
Mamu_TLR_6 / GI: 194363741 / TLR
Mamu_TLR_7 / GI: 198282097 / TLR
Mamu_TLR_8 / GI: 194363735 / TLR
Mamu_TLR_9 / GI: 194394137 / TLR
Modo_TLR_13 / GI: 126342610 / TLR
Modo_TLR_2 / GI: 126331469 / TLR
Modo_TLR_3 / GI: 126331235 / TLR
Modo_TLR_4 / GI: 126294070 / TLR
Modo_TLR_5 / GI: 126307124 / TLR
Modo_TLR_6 / GI: 334331386 / TLR
Modo_TLR_8 / GI: 126337035 / TLR
Modo_TLR_9 / GI: 126336656 / TLR
Mumu_TLR_1 / GI: 449784903 / TLR
Mumu_TLR_11 / GI: 408684413 / TLR
Mumu_TLR_12 / GI: 45430001 / TLR
Mumu_TLR_13 / GI: 45429999 / TLR
Mumu_TLR_2 / GI: 158749638 / TLR
Mumu_TLR_3 / GI: 31543872 / TLR
Mumu_TLR_4 / GI: 10946594 / TLR
Mumu_TLR_5 / GI: 124248590 / TLR
Mumu_TLR_6 / GI: 157057101 / TLR
Mumu_TLR_7 / GI: 18875360 / TLR
Mumu_TLR_8 / GI: 126723495 / TLR
Mumu_TLR_9 / GI: 157057166 / TLR
Oran_TLR_10 / GI: 345328880 / TLR
Oran_TLR_12 / GI: 149513653 / TLR
Oran_TLR_2 / GI: 345328747 / TLR
Oran_TLR_4 / GI: 345306043 / TLR
Oran_TLR_5 / GI: 345329579 / TLR
Oran_TLR_6 / GI: 345328878 / TLR
Oran_TLR_7 / GI: 345327098 / TLR
Oran_TLR_8 / GI: 345327100 / TLR
Oran_TLR_9 / GI: 345307548 / TLR
Patr_TLR_1 / GI: 194440760 / TLR
Patr_TLR_10 / GI: 194440758 / TLR
Patr_TLR_2 / GI: 194440746 / TLR
Patr_TLR_3 / GI: 194440756 / TLR
Patr_TLR_4 / GI: 221554505 / TLR
Patr_TLR_5 / GI: 194440748 / TLR
Patr_TLR_6 / GI: 194440762 / TLR
Patr_TLR_7 / GI: 194306605 / TLR
Patr_TLR_8 / GI: 194440766 / TLR
Patr_TLR_9 / GI: 221554511 / TLR
Phci-TLR_10 / KP792539 / TLR
Phci-TLR_2 / KP792545 / TLR
Phci-TLR_3 / KP792547 / TLR
Phci-TLR_4 / KP792551 / TLR
Phci-TLR_5 / KP792550 / TLR
Phci-TLR_6 / KP792540 / TLR
Phci-TLR_7 / KP792558 / TLR
Phci-TLR_8 / KP792567 / TLR
Phci-TLR_9 / KP792555 / TLR
Rano_TLR_1 / GI: 287324526 / TLR
Rano_TLR_10 / GI: 225690506 / TLR
Rano_TLR_11 / GI: 408684405 / TLR
Rano_TLR_12 / GI: 157822429 / TLR
Rano_TLR_13 / GI: 564399362 / TLR
Rano_TLR_2 / GI: 38454274 / TLR
Rano_TLR_3 / GI: 38454316 / TLR
Rano_TLR_4 / GI: 25742799 / TLR
Rano_TLR_5 / GI: 224967052 / TLR
Rano_TLR_6 / GI: 46485393 / TLR
Rano_TLR_7 / GI: 147900684 / TLR
Rano_TLR_8 / GI: 155369700 / TLR
Rano_TLR_9 / GI: 37693512 / TLR
Saha_TLR_10 / GI: 395542917 / TLR
Saha_TLR_13 / GI: 395546130 / TLR
Saha_TLR_2 / GI: 395542522 / TLR
Saha_TLR_3 / GI: 395542288 / TLR
Saha_TLR_4 / GI: 395505593 / TLR
Saha_TLR_5 / GI: 395531417 / TLR
Saha_TLR_6 / GI: 395542897 / TLR
Saha_TLR_7 / GI: 395526973 / TLR
Saha_TLR_8 / GI: 395526971 / TLR
Saha_TLR_9 / GI: 395516930 / TLR
Xetr_TLR_1 / GI: 512814136 / TLR
Xetr_TLR_12 / GI: 301625354 / TLR
Xetr_TLR_13 / GI: 301611001 / TLR
Xetr_TLR_2 / GI: 301607898 / TLR
Xetr_TLR_21 / GI: 512857233 / TLR
Xetr_TLR_3 / GI: 512816307 / TLR
Xetr_TLR_5 / GI: 512844082 / TLR
Xetr_TLR_6 / GI: 512814132 / TLR
Xetr_TLR_7 / GI: 188528915 / TLR
Xetr_TLR_8 / GI: 512825427 / TLR
Xetr_TLR_9 / GI: 512850708 / TLR

asequences are from figure 4 from Hobbs et al. 2014.

bsequences are from additional file 2 from Siddle et al. 2009.

csequences are from Belov et al. 2006 and can be found at

dsequence is from Hobbs et al. 2014 and can be found at