Galambos et al., supplementary material
Pairwise nucleotide sequence alignments of the first 1797 bps of iaaM coding sequences of
(1) A. tumefaciens A348 and A. tumefaciens C58 and
(2) A. tumefaciens A348 and A. vitis AT1
Program used: EMBOSS Needle
http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/nucleotide.html
Yellow backgrounds highlight those sequences where the identity to A. tumefaciens A348 is continuous in at least 21 bps. Numbering in the yellow boxes shows the number of the 21-41 bp regions from the beginning of the coding sequences., that is, there are The A. tumefaciens C58 sequence contains 47 such a regions, in the A. tumefaciens C58 sequence but only 28 can be found in the A. vitis AT1 sequence contains only 28.
(1)
A348 1 ATGTCAGCTTCACCTCTCCTTGATAACCAGTGCGATCATCTCCCAACCAA 50
||||||||||||.||||||||||1|||||||||||||||.||.|.|||||
C58 1 ATGTCAGCTTCAGCTCTCCTTGATAACCAGTGCGATCATTTCTCTACCAA 50
A348 51 AATGGTGGATCTGACAATGGTCGATAAGGCGGATGAATTGGACCGCAGGG 100
||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||2||||||||
C58 51 AATGGTGGATCTGATAATGGTCGATAAGGCTGATGAATTGGACCGCAGGG 100
A348 101 TTTCCGATGCCTTCTTAGAACGAGAAGCTTCTAGGGGAAGGAGGATTACT 150
|||||||||||||||.||||||.|||||||||||3|||||||||||||||
C58 101 TTTCCGATGCCTTCTCAGAACGTGAAGCTTCTAGGGGAAGGAGGATTACT 150
A348 151 CAAATCTCCACCGAGTGCAGCGCTGGGTTAGCTTGCAAAAGGCTGGCCGA 200
|||||||||..||||||||||4||||||||||||||||||||||||||||
C58 151 CAAATCTCCGGCGAGTGCAGCGCTGGGTTAGCTTGCAAAAGGCTGGCCGA 200
A348 201 TGGTCGCTTCCCCGAGATCTCAGCTGGTGGAAAGGTAGCAGTTCTCTCCG 250
.||||||||.|||||||||||||||||||..||||||||||..|||||||
C58 201 CGGTCGCTTTCCCGAGATCTCAGCTGGTGAGAAGGTAGCAGCCCTCTCCG 250
A348 251 CTTATATCTATATTGGCAAAGAAATTCTGGGGCGGATACTTGAATCGAAA 300
||||.||||||.|||||||.||||||||5|||||||||||||||||.||
C58 251 CTTACATCTATGTTGGCAAGGAAATTCTGGGGCGGATACTTGAATCGGAA 300
A348 301 CCTTGGGCGCGGGCAACAGTGAGTGGTCTCGTTGCCATCGACTTGGCACC 350
|||||||||||.||||.|||||||||6|||||||||||||||.|.|||||
C58 301 CCTTGGGCGCGAGCAAGAGTGAGTGGTCTCGTTGCCATCGACCTTGCACC 350
A348 351 ATTTTGCATGGATTTCTCCGAAGCACAACTAATCCAAGCCCTGTTTTTGC 400
||||||.||||||||||7||||||||||||..|||||.||||||8|||||
C58 351 ATTTTGTATGGATTTCTCCGAAGCACAACTTCTCCAAACCCTGTTTTTGC 400
A348 401 TGAGCGGTAAAAGATGTGCACCGATTGATCTTAGTCATTTCGTGGCCATT 450
||||||||||||||||||||.|.|..||||||||||9|||||||||||||
C58 401 TGAGCGGTAAAAGATGTGCATCCAGCGATCTTAGTCATTTCGTGGCCATT 450
A348 451 TCAATCTCTAAGACTGCCGGCTTTCGAACCCTGCCAATGCCGCTGTACGA 500
|||10|||||||||||||.|||..||||||||||.||||||||..|||||
C58 451 TCAATCTCTAAGACTGCCCGCTCCCGAACCCTGCAAATGCCGCCTTACGA 500
A348 501 GAATGGCACGATGAAATGCGTTACCGGGTTTACCATAACCCTTGAAGGGG 550
|||.|||||||.||||.|||||||||||||||||.|.||||||||||.||
C58 501 GAAAGGCACGACGAAACGCGTTACCGGGTTTACCCTGACCCTTGAAGAGG 550
A348 551 CCGTGCCATTTGACATGGTAGCTTATGGTCGAAACCTGATGCTGAAGGGT 600
||||.|||||||||11||||||||||||||||||12||||||||||||.|
C58 551 CCGTACCATTTGACATGGTAGCTTATGGTCGAAACCTGATGCTGAAGGCT 600
A348 601 TCGGCAGGTTCCTTTCCAACAATCGACTTGCTCTACGACTACAGACCGTT 650
||||||||||13|||||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||
C58 601 TCGGCAGGTTCCTTTCCAACAATTGACTTGCTCTATGACTACAGATCGTT 650
A348 651 TTTTGACCAATGTTCCGATAGTGGACGGATCGGCTTCTTTCCGGAGGATG 700
|||||||||14|||||||||||||||||15|||||||||||||||.||||
C58 651 TTTTGACCAATGTTCCGATAGTGGACGGATCGGCTTCTTTCCGGAAGATG 700
A348 701 TTCCTAAGCCGAAAGTGGCGGTCATTGGCGCTGGCATTTCCGGACTCGTG 750
||||||||||.|||||||||.|||||||||16||||||||||||||||||
C58 701 TTCCTAAGCCAAAAGTGGCGATCATTGGCGCTGGCATTTCCGGACTCGTG 750
A348 751 GTGGCAAACGAACTGCTTCATGCTGGGGTAGACGATGTTACAATATATGA 800
|||||||.||||||||||||||||||.||||||||17|||||||||||||
C58 751 GTGGCAAGCGAACTGCTTCATGCTGGTGTAGACGATGTTACAATATATGA 800
A348 801 AGCAAGTGATCGTGTTGGAGGCAAGCTTTGGTCACATGCTTTCAGGGACG 850
||||||||||||.||||||||||18|||||||||||||||||||.|||||
C58 801 AGCAAGTGATCGGGTTGGAGGCAAGCTTTGGTCACATGCTTTCAAGGACG 850
A348 851 CTCCTAGTGTCGTGGCCGAAATGGGGGCGATGCGATTTCCTCCTGCTGCA 900
||||.||.||.|||||||||19||||||||||||||||||||||||||||
C58 851 CTCCCAGCGTGGTGGCCGAAATGGGGGCGATGCGATTTCCTCCTGCTGCA 900
A348 901 TTCTGCTTGTTTTTCTTCCTCGAGCGTTACGGCCTGTCTTCGATGAGGCC 950
|..||||||||||20|||||||||||.|||||||||||21||||||||||
C58 901 TCGTGCTTGTTTTTCTTCCTCGAGCGGTACGGCCTGTCTTCGATGAGGCC 950
A348 951 GTTCCCAAATCCCGGCACAGTCGACACTTACTTGGTCTACCAAGGCGTCC 1000
||||||||22||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||
C58 951 GTTCCCAAATCCCGGCACAGTCGACACTAACTTGGTCTACCAAGGCCTCC 1000
A348 1001 AATACATGTGGAAAGCCGGGCAGCTGCCACCGAAGCTGTTCCATCGCGTT 1050
.||||||||||23|||||||||||.|||||||||24||||||||||||||
C58 1001 GATACATGTGGAAAGCCGGGCAGCAGCCACCGAAGCTGTTCCATCGCGTT 1050
A348 1051 TACAACGGTTGGCGTGCGTTCTTGAAGGACGGTTTCTATGAGCGAGATAT 1100
||||.||||||||25|||||||||||||||||||||.|||||.|||||||
C58 1051 TACAGCGGTTGGCGTGCGTTCTTGAAGGACGGTTTCCATGAGGGAGATAT 1100
A348 1101 TGTGTTGGCTTCGCCTGTCGCTATTACTCAGGCCTTGAAATCAGGAGACA 1150
||||26||||||||||||.|||||||||||.||||||||27|||||||||
C58 1101 TGTGTTGGCTTCGCCTGTTGCTATTACTCAAGCCTTGAAATCAGGAGACA 1150
A348 1151 TTAGGTGGGCTCATGACTCCTGGCAAATTTGGCTGAACCGTTTCGGGAGG 1200
|||||.|||||||||28||||||||||.||||||||29||||||||||||
C58 1151 TTAGGCGGGCTCATGACTCCTGGCAAACTTGGCTGAACCGTTTCGGGAGG 1200
A348 1201 GAGTCCTTCTCTTCAGGGATAGAGAGGATCTTTCTGGGCACACATCCTCC 1250
||||||||||||||||.|||||||||30|||||||||||||.||||||||
C58 1201 GAGTCCTTCTCTTCAGCGATAGAGAGGATCTTTCTGGGCACGCATCCTCC 1250
A348 1251 TGGTGGTGAAACATGGAGTTTTCCTCATGATTGGGACCTATTCAAGCTAA 1300
|||||||||31||||||||||.|||||||||32|||||||||||||||||
C58 1251 TGGTGGTGAAACATGGAGTTTCCCTCATGATTGGGACCTATTCAAGCTAA 1300
A348 1301 TGGGAATAGGATCTGGCGGGTTTGGTCCAGTTTTTGAAAGCGGGTTTATT 1350
||||||33|||||||||||||||||||34||||||||||||||||35|||
C58 1301 TGGGAATAGGATCTGGCGGGTTTGGTCCAGTTTTTGAAAGCGGGTTTATT 1350
A348 1351 GAGATCCTCCGCTTGGTCATCAACGGATATGAAGAAAATCAGCGGATGTG 1400
||||||||.|||||||||||.||||||||||36|||||||||||||||||
C58 1351 GAGATCCTTCGCTTGGTCATAAACGGATATGAAGAAAATCAGCGGATGTG 1400
A348 1401 CCCTGAAGGAATCTCAGAACTTCCACGTCGGATCGCATCTGAAGTGGTTA 1450
|.|||||||||37|||||||||||||||||.||.||..||.|||||||||
C58 1401 CTCTGAAGGAATCTCAGAACTTCCACGTCGAATAGCCACTCAAGTGGTTA 1450
A348 1451 ACGGTGTGTCTGTGAGCCAGCGCATATGCCATGTTCAAGTCAGGGCGATT 1500
||38|||||||||.||||||||.|||.|||||||||39||||||||||||
C58 1451 ACGGTGTGTCTGTAAGCCAGCGTATACGCCATGTTCAAGTCAGGGCGATT 1500
A348 1501 CAGAAGGAAAAGACAAAAATAAAGATAAGGCTTAAGAGCGGGATATCTGA 1550
.||||.|||||||||40|||||||||||||||||41||||||||||||||
C58 1501 GAGAAAGAAAAGACAAAAATAAAGATAAGGCTTAAGAGCGGGATATCTGA 1550
A348 1551 ACTTTATGATAAGGTGGTGGTCACATCTGGACTCGCAAATATCCAACTCA 1600
|||||||||42||||||||||.||||||||||43||||||||||||||||
C58 1551 ACTTTATGATAAGGTGGTGGTTACATCTGGACTCGCAAATATCCAACTCA 1600
A348 1601 GGCATTGCCTGACATGCGATACCAATATTTTTCAGGCACCAGTGAACCAA 1650
|||||||.||||||||||||||||..|||||||..||||||||||44|||
C58 1601 GGCATTGTCTGACATGCGATACCACCATTTTTCGTGCACCAGTGAACCAA 1650
A348 1651 GCGGTTGATAACAGCCATATGACAGGATCGTCAAAACTCTTCCTGATGAC 1700
||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||
C58 1651 GCGGTTGATAACAGCCATATGACAGGCTCGTCAAAACTCTTCCTGCTGAC 1700
A348 1701 TGAACGAAAATTCTGGTTAGACCATATCCTCCCGTCTTGTGTCCTCATGG 1750
||||||||||||.||||||||45|||||||||||||.|||||||||||||
C58 1701 TGAACGAAAATTTTGGTTAGACCATATCCTCCCGTCCTGTGTCCTCATGG 1750
A348 1751 ACGGGATCGCAAAAGCAGTGTATTGCCTGGACTATGAGCCGCAGGAT... 1797
|||||||46|||||||||||||.|||||||||47|||||||||||||
C58 1751 ACGGGATCGCAAAAGCAGTGTACTGCCTGGACTATGAGCCGCAGGAT... 1797
(2)
A348 1 ATGTCAGCTTCACCTCTCCTTGATAACCAGTGCGATCATCTCCCAACCAA 50
||||||||.|||.||||.||||||||.||.|||||||||.||.|.|||||
AT1 1 ATGTCAGCCTCATCTCTTCTTGATAAACAATGCGATCATTTCTCTACCAA 50
A348 51 AATGGTGGATCTGACAATGGTCGATAAGGCGGATGAATTGGACCGCAGGG 100
|||.||||||||||.|||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|.|
AT1 51 AATTGTGGATCTGATAATGGTCGACAAGGCTGATGAGTTGGACCGCCGCG 100
A348 101 TTTCCGATGCCTTCTTAGAACGAGAAGCTTCTAGGGGAAGGAGGATTACT 150
||.|||..|||||||.|||||||||||||||.||||.|||.||.||||.|
AT1 101 TTGCCGCAGCCTTCTCAGAACGAGAAGCTTCGAGGGAAAGAAGAATTAGT 150
A348 151 CAAATCTCCACCGAGTGCAGCGCTGGGTTAGCTTGCAAAAGGCTGGCCGA 200
|||||.|||..||||||||.|||||||||1||||||||||||||.|||||
AT1 151 CAAATTTCCGGCGAGTGCAACGCTGGGTTAGCTTGCAAAAGGCTTGCCGA 200
A348 201 TGGTCGCTTCCCCGAGATCTCAGCTGGTGGAAAGGTAGCAGTTCTCTCCG 250
.||||||||.||.|||||||||||.|||...|.|||.|||||.|||||||
AT1 201 CGGTCGCTTTCCGGAGATCTCAGCCGGTCAGAGGGTCGCAGTCCTCTCCG 250
A348 251 CTTATATCTATATTGGCAAAGAAATTCTGGGGCGGATACTTGAATCGAAA 300
||||.||||||.|||||.|.|||||||||.||.|||||||.|||.|..||
AT1 251 CTTACATCTATGTTGGCGAGGAAATTCTGAGGTGGATACTCGAACCAGAA 300
A348 301 CCTTGGGCGCGGGCAACAGTGAGTGGTCTCGTTGCCATCGACTTGGCACC 350
.|||.||.|||..|||.||||||||||2||||||||||||||.|.|||||
AT1 301 GCTTCGGTGCGAACAAGAGTGAGTGGTCTCGTTGCCATCGACCTTGCACC 350
A348 351 ATTTTGCATGGATTTCTCCGAAGCACAACTAATCCAAGCCCTGTTTTTGC 400
||.||||||||||.|||||..|||.|||||..|||||.||.||..|||||
AT1 351 ATCTTGCATGGATATCTCCAGAGCTCAACTTCTCCAAACCATGAATTTGC 400
A348 401 TGAGCGGTAAAAGATGTGCACCGATTGATCTTAGTCATTTCGTGGCCATT 450
||||.|||||||||||||||||.|..||.|||||||3|||||||||||||
AT1 401 TGAGTGGTAAAAGATGTGCACCCAGCGACCTTAGTCATTTCGTGGCCATT 450
A348 451 TCAATCTCTAAGACTGCCGGCTTTCGAACCCTGCCAATGCCGCTGTACG- 499
|||||||||.||||||||.|||..||||||||||.||||.|||.|||||
AT1 451 TCAATCTCTGAGACTGCCCGCTCCCGAACCCTGCAAATGGCGCCGTACGA 500
A348 500 AGAATGGCACGATGAAATGCGTTACCGGGTTTACCATAACCCTTGAAGGG 549
|||| |||..|.|||||.|||||||||||||||||.|||.|.||||||.|
AT1 501 AGAA-GGCTTGTTGAAAAGCGTTACCGGGTTTACCGTAATCATTGAAGAG 549
A348 550 GCCGTGCCATTTGACATGGTAGCTTATGGTCGAAACCTGATGCTGAAGGG 599
||.||.|||||||||4|||||||||||||||||||||||||||||||.|.
AT1 550 GCAGTACCATTTGACATGGTAGCTTATGGTCGAAACCTGATGCTGAAAGC 599
A348 600 TTCGGCAGGTTCCTTTCCAACAATCGACTTGCTCTACGACTACAGACCGT 649
.||||||||.|||||||||||.|||||||5|||||||||||||||...||
AT1 600 CTCGGCAGGGTCCTTTCCAACGATCGACTTGCTCTACGACTACAGGTTGT 649
A348 650 TTTTTGACCAATGTTCCGATAGTGGACGGATCGGCTTCTTTCCGGAGGAT 699
||.|.|||.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||
AT1 650 TTCTCGACAAATGTTCAGATAGTGGGCGGATCGGCTTCTTTCCAGAAGAT 699
A348 700 GTTCCTAAGCCGAAAGTGGCGGTCATTGGCGCTGGCATTTCCGGACTCGT 749
|||||.|.|||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||
AT1 700 GTTCCCAGGCCAAAAGTAGCGGTCATTGGGGCTGGCATTTCCGGGCTCGT 749
A348 750 GGTGGCAAACGAACTGCTTCATGCTGGGGTAGACGATGTTACAATATATG 799
||||||||.||||||||||||||||||.||||||6|||||||||||||||
AT1 750 GGTGGCAAGCGAACTGCTTCATGCTGGCGTAGACGATGTTACAATATATG 799
A348 800 AAGCAAGTGATCGTGTTGGAGGCAAGCTTTGGTCACATGCTTTCAGGGAC 849
|||||.|||||||.|||||||||7|||||||||||||||||||||.|||.
AT1 800 AAGCAGGTGATCGGGTTGGAGGCAAGCTTTGGTCACATGCTTTCAAGGAA 849
A348 850 GCTCCTAGTGTCGTGGCCGAAATGGGGGCGATGCGATTTCCTCCTGCTGC 899
|||||.||.||||||||8||||||||||||||||||||9|||||||||||
AT1 850 GCTCCGAGCGTCGTGGCCGAAATGGGGGCGATGCGATTTCCTCCTGCTGC 899
A348 900 ATTCTGCTTGTTTTTCTTCCTCGAGCGTTACGGCCTGTCTTCGATGAGGC 949
||..|||||||||10||||||||||||.|||||.|||||||||||11|||
AT1 900 ATCGTGCTTGTTTTTCTTCCTCGAGCGGTACGGTCTGTCTTCGATGAGGC 949
A348 950 CGTTCCCAAATCCCGGCACAGTCGACACTTACTTGGTCTACCAAGGCGTC 999
||||||||||||12|||||||||||||||.|||||||||||.|.||...|
AT1 950 CGTTCCCAAATCCCGGCACAGTCGACACTGACTTGGTCTACGAGGGTTGC 999
A348 1000 CAATACATGTGGAAAGCCGGGCAGCTGCCACCGAAGCTGTTCCATCGCGT 1049
|.||||||||13|||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||
AT1 1000 CGATACATGTGGAAAGCCGGGCAGCAGCCACCGAAGTTGTTCCATCGCGT 1049
A348 1050 TTACAACGGTTGGCGTGCGTTCTTGAAGGACGGTTTCTATGAGCGAGATA 1099
|||.|.|||.||||.||||||||14||||||||||||..||||.||||||
AT1 1050 TTATAGCGGGTGGCATGCGTTCTTGAAGGACGGTTTCCTTGAGGGAGATA 1099
A348 1100 TTGTGTTGGCTTCGCCTGTCGCTATTACTCAGGCCTTGAAATCAGGAGAC 1149
||15||||||||||||||..|||||.|||.||||||||||||.|||.|||
AT1 1100 TTGTGTTGGCTTCGCCTGATGCTATCACTGAGGCCTTGAAATTAGGGGAC 1149
A348 1150 ATTAGGTGGGCTCATGACTCCTGGCAAATTTGGCTGAACCGTTTCGGGAG 1199
||||||.|||||||||||.|||||||||16||||||||||||||||||||
AT1 1150 ATTAGGCGGGCTCATGACGCCTGGCAAATTTGGCTGAACCGTTTCGGGAG 1199
A348 1200 GGAGTCCTTCTCTTCAGGGATAGAGAGGATCTTTCTGGGCACACATCCTC 1249
||||||.||||||||||.|||||||||17|||||||||||||.|.|||||
AT1 1200 GGAGTCGTTCTCTTCAGCGATAGAGAGGATCTTTCTGGGCACGCGTCCTC 1249
A348 1250 CTGGTGGTGAAACATGGAGTTTTCCTCATGATTGGGACCTATTCAAGCTA 1299
|.||||||||||||||||||||.|||||||18||||||||||||||||||
AT1 1250 CCGGTGGTGAAACATGGAGTTTCCCTCATGATTGGGACCTATTCAAGCTA 1299
A348 1300 ATGGGAATAGGATCTGGCGGGTTTGGTCCAGTTTTTGAAAGCGGGTTTAT 1349
||||19||||||||||||||||||20||||||||||||||||||21||||
AT1 1300 ATGGGAATAGGATCTGGCGGGTTTGGTCCAGTTTTTGAAAGCGGGTTTAT 1349
A348 1350 TGAGATCCTCCGCTTGGTCATCAACGGATATGAAGAAAATCAGCGGATGT 1399
|||||||||.|||||||||||.|||||||||22||||||||||||.||||
AT1 1350 TGAGATCCTTCGCTTGGTCATAAACGGATATGAAGAAAATCAGCGTATGT 1399
A348 1400 GCCCTGAAGGAATCTCAGAACTTCCACGTCGGATCGCATCTGAAGTGGTT 1449
||.|||||||||23|||||||||||||||||||||||.|||.||||||||
AT1 1400 GCTCTGAAGGAATCTCAGAACTTCCACGTCGGATCGCCTCTCAAGTGGTT 1449
A348 1450 AACGGTGTGTCTGTGAGCCAGCGCATATGCCATGTTCAAGTCAGGGCGAT 1499
||.||.||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||.|
AT1 1450 AATGGCGTGTCTGTAAGCCAGCGTATACGCCATGTTCAAGTCAGGGCGGT 1499
A348 1500 TCAGAAGGAAAAGACAAAAATAAAGATAAGGCTTAAGAGCGGGATATCTG 1549
|.|||||24||||||||||||||||||||||||25|||||||||||||||
AT1 1500 TGAGAAGGAAAAGACAAAAATAAAGATAAGGCTTAAGAGCGGGATATCTG 1549
A348 1550 AACTTTATGATAAGGTGGTGGTCACATCTGGACTCGCAAATATCCAACTC 1599
|||||||26|||||||||||||.|||||||||27||||||||||||||||
AT1 1550 AACTTTATGATAAGGTGGTGGTTACATCTGGACTCGCAAATATCCAACTC 1599
A348 1600 AGGCATTGCCTGACATGCGATACCAATATTTTTCAGGCACCAGTGAACCA 1649
||||||.|.|||||||.||||||||..|||||||..||||||||||||||
AT1 1600 AGGCATCGTCTGACATCCGATACCACCATTTTTCGTGCACCAGTGAACCA 1649
A348 1650 AGCGGTTGATAACAGCCATATGACAGGATCGTCAAAACTCTTCCTGATGA 1699
|||.||||||||||||||.|||||.||.||.||||||.|.||||||.|||
AT1 1650 AGCCGTTGATAACAGCCACATGACGGGCTCTTCAAAATTGTTCCTGCTGA 1699
A348 1700 CTGAACGAAAATTCTGGTTAGACCATATCCTCCCGTCTTGTGTCCTCATG 1749
|||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||
AT1 1700 CTGAACGTAAATTTTGGTTTGACCATATGCTCCCGTCCTGTGTCCTCATG 1749
A348 1750 GACGGGATCGCAAAAGCAGTGTATTGCCTGGACTATGAGCCGCAGGAT.. 1797
||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||28||||||||||
AT1 1750 GACGGGGTCGCAAAAGCAGTGTATTGTCTGGACTATGAGCCGCAGGAT.. 1797