Dn/Ds Or Ω Is the Ratio of Synonymous to Non-Synonymous Substitutions
Supplementary Table 1 Positively selected sites on the hemagglutinin-1 (HA1) domain of influenza A/H3N2 among strains isolated in Thailand, 2015.
Codon / SLAC dN-dS / SLAC p-value / FEL dN-dS / FEL p-value / MEME ω+ / MEME p-value3 / 7.781 / 0.107 / 28.763 / 0.026 / >100 / 0.039
4 / 0.671 / 0.667 / 9.624 / 0.608 / >100 / 0.021
198 / 6.106 / 0.165 / 22.25 / 0.086 / >100 / 0.11
261 / 9.685 / 0.056 / 27.557 / 0.041 / >100 / 0.058
312 / 7.179 / 0.177 / 23.253 / 0.049 / >100 / 0.067
dN/dS or ω is the ratio of synonymous to non-synonymous substitutions.
p-value from the SLAC, FEL, and MEME results (for positive selective pressure).
Statistically significant values are reported in bold.
Supplementary Table 2 Amino acid residue differences in the antigenic sites (epitopes A through E) of the HA protein from influenza A/H3N2 strains isolated in Thailand in 2015.
Amino acid position / 3 / 4 / 124 / 128 / 135 / 138 / 140 / 142 / 144 / 159 / 160 / 168 / 172 / 186 / 197 / 198 / 208 / 242 / 261 / 262 / 276 / 304 / 311 / 312Antigenic sites / A / B / A / A / A / A / A / B / B / A / D / B / B / B / D / D / E / E / C / C / C / C
3C.3a A/Switzerland/9715293/2013 / L / P / S / A / T / S / R / G / N / S / K / M / E / V / Q / S / R / I / R / S / K / A / Q / S
3C.2a A/Hong Kong/4801/2014 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11417/2014 Dec / . / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11444/2014 Dec / . / . / N / . / . / . / I / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
A/Thailand/CU-B11461/2015 Jan / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11507/2015 Jan / . / . / N / . / . / . / I / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
A/Thailand/CU-B11518/2015 Jan / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-A1402/2015 Jan / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11566/2015 Feb / V / Q / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11585/2015 Feb / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C5500/2015 Feb / V / Q / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-A1513/2015 Feb / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-H3689/2015 Mar / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / K / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C5572/2015 Mar / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11686/2015 Mar / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / Q / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11703/2015 Mar / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / P / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11773/2015 Apr / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11807/2015 Apr / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11820/2015 Apr / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11843/2015 Apr / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11870/2015 May / . / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / G / G / R / . / . / V / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11889/2015 May / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / G
A/Thailand/CU-B11935/2015 May / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B11968/2015 Jun / . / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-H3700/2015 Jun / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12006/2015 Jun / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12034/2015 Jun / N / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12081/2015 Jul / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12139/2015 Jul / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-H3708/2015 Jul / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / L / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C5942/2015 Aug / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12191/2015 Aug / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12415/2015 Aug / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / V / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12589/2015 Aug / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12644/2015 Sep / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C6062/2015 Sep / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12788/2015 Sep / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B12888/2015 Sep / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13144/2015 Oct / N / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13201/2015 Oct / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13425/2015 Oct / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C6193/2015 Oct / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / V / G / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13673/2015 Nov / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-C6246/2015 Nov / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13893/2015 Nov / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / Q / . / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B13914/2015 Nov / . / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / I / . / G / R / . / . / . / . / N / . / . / H / .
A/Thailand/CU-B14505/2015 Dec / I / . / . / T / K / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI01/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI02/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI03/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI04/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI21/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / G / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI22/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI23/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI24/2015 / . / . / . / . / . / . / I / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
A/Bangkok/SI-MI25/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI26/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / T / H / .
A/Bangkok/SI-MI27/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI28/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI29/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI30/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / L / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI31/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/SI-MI32/2015 / . / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Tak/150/2015 / I / . / . / T / K / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Chanthaburi/13/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Nonthaburi/5/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / R / . / H / .
A/Nonthaburi/4/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Chanthaburi/49/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Chanthaburi/48/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / L / . / . / . / H / .
A/Bangkok/44/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Chanthaburi/41/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / X / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Bangkok/43/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / N
A/Chanthaburi/40/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / X / . / . / G / . / . / . / . / L / . / . / . / H / .
A/Chanthaburi/46/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Nakhonratchaisma/35/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Prachuapkhirikhan/289/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / X / . / . / G / . / . / . / . / L / . / . / . / H / .
A/Nonthaburi/345/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Nonthaburi/340/2015 / I / . / . / T / . / A / I / R / S / Y / T / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Rayong/335/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / V / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .
A/Nonthaburi/333/2015 / I / . / . / T / . / A / I / K / S / Y / T / . / . / G / R / . / . / . / . / . / . / . / H / .