*GENERAL NOTE THIS PROGRAM IS CURRENTLY SET UP FOR AUTOTETRAPLOIDS WITH 16 POTENTIAL FATHERS AND 19 SSR SCORED ON INDIVIDUALS;
*SSR NUMBER;
*CURRENTLY THE PROGRAM IS SET UP TO ACCOMIDATE UP TO 99 SSR PER INDIVIDUAL;
%MACRO SSR;
19
%MEND SSR;
*NUMBER OF FATHERS;
%MACRO FAT;
16
%MEND FAT;
*DATA SET A IS THE PROGENY DATA, MARKERS HAVE TO BE LABELED M + ALLELE + SSR IN SEQUENTIAL ORDER FOR SAS MACROS TO PROCESS;
*FOR EACH PROGENY EACH SSR LOCUS CAN HAVE ONLY ONE ALLELE LISTED (I.E. EVEN IF DOSAGE IS KNOWN IT SHOULD NOT BE LISTED FOR THE PROGRAM TO FUNCITON CORRECTLY;
DATA A;
LENGTH ID $ 16;
INPUT PCR PLATE WELL $ GOODRUN $ FEMALE $ ID $
M11 M21 M31 M41 M12 M22 M32 M42 M13 M23 M33 M43 M14 M24 M34 M44 M15 M25 M35 M45 M16 M26 M36 M46 M17 M27 M37 M47 M18 M28 M38 M48 M19 M29 M39 M49 M110 M210 M310 M410 M111 M211 M311 M411 M112 M212 M312 M412 M113 M213 M313 M413 M114 M214 M314 M414 M115 M215 M315 M415 M116 M216 M316 M416 M117 M217 M317 M417 M118 M218 M318 M418 M119 M219 M319 M419;
CARDS;
877 1 01A Y 14 AF01.02.02 124 . . . 163 166 171 174 230 239 . . 142 145 155 . 272 274 . . 145 149 . . 159 . . . 197 200 . . 240 249 . . 134 140 144 . 181 185 . . 242 245 . . 256 259 . . 326 338 . . 185 188 199 . 242 245 . . 150 160 . . 190 202 . . 276 288 291 .
877 1 01C Y 40 AF01.04.02 124 127 . . 168 171 174 180 222 228 230 239 138 149 . . 274 . . . 145 ...... 197 . . . 238 249 259 . 134 140 144 . 178 181 185 . 242 248 . . 256 . . . 329 338 351 . 156 162 188 . 242 . . . 153 163 . . 196 . . . 273 291 . .
877 1 01G Y 57 AF01.08.02 124 127 134 . 171 174 180 . 226 230 . . 138 145 . . 274 . . . 145 149 ...... 191 200 . . 231 240 249 . 134 137 . . 181 185 . . 242 . . . 256 259 . . 329 338 . . 162 185 . . 242 248 . . 157 160 . . 190 . . . 271 273 294 .
877 1 01H Y 6 AF01.09.02 124 134 . . 163 171 174 . 230 239 . . 138 145 155 . 272 274 . . 145 149 . . 161 . . . 197 200 . . 240 249 . . 144 . . . 163 181 . . 242 245 . . 256 259 . . 329 338 . . 162 185 188 215 242 . . . 150 153 160 . 202 . . . 273 276 285 .
877 1 02B Y 43 AF01.03.03 124 127 136 . 168 171 180 . 224 226 230 239 138 142 145 149 272 274 . . 145 149 . . 157 . . . 197 200 . . 240 249 . . 137 140 144 . 178 185 188 . 242 248 . . 256 259 . . 329 338 351 . 156 162 188 . 242 248 253 . 150 157 160 163 190 208 . . 271 285 291 294
877 1 02E Y 27 AF01.06.03 124 134 . . 163 174 . . 226 230 . . 138 145 149 155 272 . . . 145 . . . 155 . . . 197 200 . . 231 238 240 . 140 144 . . 178 185 188 . 242 . . . 256 . . . 326 329 338 . 162 185 . . 236 242 . . 144 153 160 . 190 214 . . 273 279 285 .
877 1 02G Y 57 AF01.08.03 124 . . . 171 174 180 183 224 228 230 239 138 142 145 . 274 . . . 145 . . . 157 159 . . 191 197 . . 231 240 . . 134 137 140 144 178 185 . . 242 248 . . 256 259 . . 326 329 338 . 162 185 215 . 236 242 248 . 157 160 . . 190 199 . . 271 273 276 294
877 1 02H Y 6 AF01.09.03 124 127 . . 163 168 171 . 228 230 . . 138 142 145 149 274 276 ...... 155 157 163 . 197 . . . 238 240 . . 140 144 . . 169 181 185 . 242 . . . 256 259 . . 326 329 338 . 162 185 . . 242 . . . 150 160 . . 190 208 . . 273 285 288 .
877 1 03A Y 14 AF01.02.04 124 127 . . 163 171 174 180 224 228 230 . 138 142 145 . . . . . 149 . . . 159 161 . . 195 197 200 . 238 240 . . 134 140 144 . 181 185 188 . 242 245 . . 250 256 259 . 326 329 . . 162 . . . 242 . . . 137 150 160 . . . . . 271 282 288 294
877 1 03B Y 43 AF01.03.04 124 . . . 163 168 180 . 224 . . . 142 149 155 . 272 274 . . 149 . . . 161 . . . 197 . . . 240 249 259 . 140 144 . . 163 185 188 . 242 245 . . 256 259 . . 326 329 338 351 156 188 199 . 242 253 . . 150 157 160 163 202 . . . 273 276 279 291
877 1 03G Y 57 AF01.08.04 124 127 134 . 163 174 180 . 230 239 . . 138 142 . . 274 . . . 145 149 ...... 191 200 . . 240 . . . 134 137 140 . 178 181 185 . 242 248 . . 256 259 . . 329 338 . . 162 185 188 . 242 248 . . 150 157 160 . 190 . . . 271 273 285 .
877 1 03H Y 6 AF01.09.04 124 134 . . 163 174 . . 230 . . . 145 149 . . 272 . . . 145 ...... 200 . . . 231 240 . . 140 144 . . 178 181 . . 242 . . . 256 . . . 329 338 . . 162 185 . . 242 . . . 160 . . . 190 214 . . 273 285 294 .
877 1 04C Y 40 AF01.04.05 124 . . . 163 171 174 180 230 239 . . 138 142 149 . 274 . . . 145 . . . 159 . . . 197 . . . 238 240 259 . 134 140 144 . 169 185 188 . 242 248 . . 256 259 . . 326 329 338 . 162 185 188 215 242 . . . 150 153 163 . 190 196 . . 273 288 291 .
877 1 04D Y 20 AF01.05.05 124 . . . 166 174 180 . 224 228 . . 142 155 . . 272 274 . . 145 . . . 159 161 163 . 197 . . . 240 . . . 134 140 . . 163 178 185 . 242 248 . . 256 . . . 326 329 338 . 187 189 . . 242 248 . . 150 157 160 . 190 208 . . 273 285 288 296
877 1 04G Y 57 AF01.08.05 124 . . . 168 174 180 . 226 230 239 . 138 145 155 . 272 . . . 145 149 ...... 197 200 . . 240 249 259 . 137 140 144 . 181 185 . . 242 245 248 . 256 259 . . 329 338 . . 156 162 185 215 242 248 . . 150 157 160 . 190 . . . 271 276 285 .
877 1 05G Y 57 AF03.08.06 124 134 . . 163 168 174 180 226 228 230 . 138 142 155 . 274 276 . . 149 . . . 157 161 . . 191 197 200 . 231 249 . . 134 137 144 . 163 178 181 185 242 . . . 256 259 . . 326 338 . . 188 199 . . 242 248 . . 150 160 . . 190 . . . 271 273 282 285
;
*DATA SET B UPDATES PROGENY SET TO ADD F TO CREATE A SEQUENTIAL NUMBER VARIABLE F FOR FEMALES FOR SAS MACRO PROCESSING;
DATA B; SET A;
IF FEMALE = '6' THEN F = 1;
IF FEMALE = '14' THEN F = 2;
IF FEMALE = '20' THEN F = 3;
IF FEMALE = '27' THEN F = 4;
IF FEMALE = '32' THEN F = 5;
IF FEMALE = '35' THEN F = 6;
IF FEMALE = '36' THEN F = 7;
IF FEMALE = '39' THEN F = 8;
IF FEMALE = '40' THEN F = 9;
IF FEMALE = '41' THEN F = 10;
IF FEMALE = '42' THEN F = 11;
IF FEMALE = '43' THEN F = 12;
IF FEMALE = '57' THEN F = 13;
IF FEMALE = '79' THEN F = 14;
IF FEMALE = '85' THEN F = 15;
IF FEMALE = '1' THEN F = 16;
RUN;
*DATA SET C CONTAINS PARENTAL GENOTYPES, MARKERS NEED TO BE LABLED P + ALLELE + SSR IN SEQUENTIAL ORDER FOR SAS MACROS TO PROCESS;
DATA C1;
LENGTH ID $ 16;
INPUT FEMALE $ ID $ P11 P21 P31 P41 P12 P22 P32 P42 P13 P23 P33 P43 P14 P24 P34 P44 P15 P25 P35 P45 P16 P26 P36 P46 P17 P27 P37 P47 P18 P28 P38 P48 P19 P29 P39 P49 P110 P210 P310 P410 P111 P211 P311 P411 P112 P212 P312 P412 P113 P213 P313 P413 P114 P214 P314 P414 P115 P215 P315 P415 P116 P216 P316 P416 P117 P217 P317 P417 P118 P218 P318 P418 P119 P219 P319 P419;
CARDS;
1 AF01.35.02 124 . . . 168 174 180 . 224 230 239 . 138 145 149 155 274 . . . 145 149 . . 161 . . . 195 197 200 . 240 255 259 . 140 144 . . 185 188 . . 242 245 248 . 256 259 . . 329 338 351 . 156 162 188 . 236 242 253 . 137 160 163 . 196 . . . 273 282 291 294
6 AF01.35.05 124 134 . . 163 174 . . 228 230 . . 138 142 145 149 272 274 . . 145 149 . . 163 . . . 197 200 . . 231 240 . . 140 144 . . 178 181 185 . 242 . . . 256 . . . 329 338 . . 162 185 . . 242 . . . 150 160 . . 190 214 . . 273 285 294 .
14 AF01.35.08 124 . . . 163 166 171 174 224 230 . . 138 142 145 . 272 274 . . 145 149 . . 157 159 . . 197 200 . . 240 247 . . 134 140 144 . 169 181 185 188 242 . . . 250 256 259 . 326 329 338 . 162 185 . . 242 245 . . 150 . . . 190 . . . 271 288 291 .
20 AF01.35.11 124 . . . 163 166 174 180 224 228 230 . 142 155 . . 272 274 . . 145 . . . 159 161 163 . 197 . . . 240 . . . 134 140 . . 163 178 185 . 242 248 . . 256 . . . 326 329 338 . 187 189 . . 242 248 . . 150 157 160 . 190 208 . . 273 285 288 296
27 AF02.35.02 124 127 . . 163 171 174 . 226 228 230 . 142 145 155 . 272 . . . 145 149 . . 155 163 . . 197 200 . . 238 240 . . 134 140 144 . 185 188 . . 242 . . . 256 . . . 326 329 338 351 156 162 215 . 236 242 . . 144 153 160 . 190 . . . 273 279 285 294
32 AF02.35.05 124 140 . . 163 174 . . 220 226 228 230 142 155 ...... 145 149 . . 155 157 . . 197 200 . . 238 240 . . 134 140 144 . 181 185 188 . 242 . . . 256 259 . . 326 329 . . 162 185 187 215 242 . . . 144 150 153 160 196 208 214 . 276 279 285 288
35 AF02.35.08 124 127 136 . 163 168 171 . 228 230 . . 142 145 149 . 274 276 ...... 155 157 163 . 197 200 . . 238 240 . . 140 144 . . 169 181 185 188 242 . . . 256 259 . . 326 329 338 . 162 185 215 . 242 . . . 150 160 . . 190 208 . . 273 279 285 288
36 AF02.35.11 124 136 . . 163 174 . . 226 230 239 . 142 145 155 . 276 ...... 157 163 . . 197 200 . . 240 . . . 134 137 144 . 178 185 . . 242 . . . 250 256 . . 326 329 338 . 162 215 . . 236 242 . . 144 150 160 . 190 199 208 . 279 288 . .
39 AF03.35.02 124 136 . . 163 166 168 171 222 228 230 . 142 149 155 . 272 274 . . 145 . . . 155 157 162 . 197 200 . . 238 240 . . 134 140 144 . 185 188 . . 242 248 . . 250 256 259 . 326 329 338 . 162 185 215 . 242 . . . 144 150 160 . 190 199 . . 276 285 . .
40 AF03.35.05 124 127 . . 168 171 174 180 222 228 230 239 138 149 155 . 274 . . . 145 ...... 197 . . . 238 240 249 259 134 140 144 . 178 181 185 188 242 248 . . 256 259 . . 329 338 351 . 156 162 188 215 242 . . . 153 160 163 . 196 199 . . 273 276 291 .
41 AF03.35.08 124 127 . . 171 174 180 . 224 228 230 . 138 145 149 155 274 . . . 145 . . . 155 161 . . 195 197 200 . 238 240 255 . 134 140 144 . 178 185 188 . 242 245 . . 256 259 . . 326 329 . . 162 185 215 . 242 253 . . 137 153 160 . 208 . . . 273 282 294 .
42 AF03.35.11 124 . . . 168 174 180 . 228 230 239 . 145 149 155 . 272 . . . 145 ...... 197 . . . 240 259 . . 137 140 144 . 185 188 . . 242 248 . . 250 256 259 . 329 338 351 . 156 162 185 215 236 242 253 . 157 160 163 . 196 199 208 . 273 279 288 291
43 AF04.35.02 124 136 . . 168 174 180 . 220 224 230 . 142 149 155 . 274 . . . 145 149 . . 162 . . . 197 200 . . 238 240 259 . 140 144 . . 185 188 . . 242 248 . . 256 259 . . 329 338 351 . 156 162 188 . 242 253 . . 150 157 160 163 208 . . . 273 279 285 291
57 AF04.35.05 124 127 134 . 163 171 174 180 226 228 230 239 138 142 145 . 272 274 . . 145 149 . . 157 . . . 191 200 . . 231 240 249 . 134 137 140 . 178 181 185 . 242 248 . . 256 259 . . 329 338 . . 162 185 188 . 242 248 . . 150 157 160 . 190 . . . 271 273 285 294
79 AF04.35.08 124 . . . 163 171 174 183 224 230 . . 142 149 155 . 272 . . . 145 149 . . 155 159 . . 197 200 . . 240 253 . . 134 144 . . 178 185 . . 242 . . . 250 256 259 . 326 329 338 . 162 185 197 215 236 242 248 . 150 157 160 163 190 199 . . 273 276 294 .
85 AF04.35.11 124 . . . 163 168 171 174 230 239 . . 142 145 155 . 272 274 276 . 145 149 . . 161 . . . 197 200 . . 240 249 259 . 134 144 . . 163 185 . . 242 245 . . 256 259 . . 326 329 338 . 156 188 199 215 242 . . . 150 153 160 . 190 202 . . 273 276 285 .
;
DATA C; SET C1;
IF FEMALE = '6' THEN F = 1;
IF FEMALE = '14' THEN F = 2;
IF FEMALE = '20' THEN F = 3;
IF FEMALE = '27' THEN F = 4;
IF FEMALE = '32' THEN F = 5;
IF FEMALE = '35' THEN F = 6;
IF FEMALE = '36' THEN F = 7;
IF FEMALE = '39' THEN F = 8;
IF FEMALE = '40' THEN F = 9;
IF FEMALE = '41' THEN F = 10;
IF FEMALE = '42' THEN F = 11;
IF FEMALE = '43' THEN F = 12;
IF FEMALE = '57' THEN F = 13;
IF FEMALE = '79' THEN F = 14;
IF FEMALE = '85' THEN F = 15;
IF FEMALE = '1' THEN F = 16;
DROP FEMALE ID;
RUN;
PROC SORT DATA=C;
BY F;
RUN;
PROC SORT DATA=B;
BY F;
RUN;
%MACRO D;
*THIS FIRST LOOP/QUESTION DETERMINES PROGENY ALLELES THAT ARE NOT IN THE MOTHER;
%DO A = 1 %TO %SSR %BY 1; *LOOP VALUES 1 TO SSR #;
IF M1&A = . THEN DO;
H1&A = .;
H2&A = .;
H3&A = .;
H4&A = .;
END;
IF M1&A NE . THEN DO;
FLAG1&A = 0;
IF M1&A = P1&A THEN FLAG1&A = 1;
IF M1&A = P2&A THEN FLAG1&A = 1;
IF M1&A = P3&A THEN FLAG1&A = 1;
IF M1&A = P4&A THEN FLAG1&A = 1;
IF FLAG1&A = 0 THEN H1&A = M1&A;
IF FLAG1&A = 1 THEN H1&A = .;
FLAG2&A = 0;
IF M2&A = P1&A THEN FLAG2&A = 1;
IF M2&A = P2&A THEN FLAG2&A = 1;
IF M2&A = P3&A THEN FLAG2&A = 1;
IF M2&A = P4&A THEN FLAG2&A = 1;
IF FLAG2&A = 0 THEN H2&A = M2&A;
IF FLAG2&A = 1 THEN H2&A = .;
FLAG3&A = 0;
IF M3&A = P1&A THEN FLAG3&A = 1;
IF M3&A = P2&A THEN FLAG3&A = 1;
IF M3&A = P3&A THEN FLAG3&A = 1;
IF M3&A = P4&A THEN FLAG3&A = 1;
IF FLAG3&A = 0 THEN H3&A = M3&A;
IF FLAG3&A = 1 THEN H3&A = .;
FLAG4&A = 0;
IF M4&A = P1&A THEN FLAG4&A = 1;
IF M4&A = P2&A THEN FLAG4&A = 1;
IF M4&A = P3&A THEN FLAG4&A = 1;
IF M4&A = P4&A THEN FLAG4&A = 1;
IF FLAG4&A = 0 THEN H4&A = M4&A;
IF FLAG4&A = 1 THEN H4&A = .;
END;
* THIS SECTION CREATES/FORMATES THE PATERNAL HAPLOTYPE DATA SETS OF ALLELES THAT CAN NOT BE FROM THE MOTHER;
IF H1&A = . THEN DO;
H1&A = H2&A;
H2&A = H3&A;
H3&A = H4&A;
H4&A = .;
END;
IF H1&A = . THEN DO;
H1&A = H2&A;
H2&A = H3&A;
H3&A = H4&A;
H4&A = .;
END;
IF H1&A = . THEN DO;
H1&A = H2&A;
H2&A = H3&A;
H3&A = H4&A;
H4&A = .;
END;
IF H1&A NE . THEN DO;
IF H2&A = . THEN DO;
H2&A = H3&A;
H3&A = H4&A;
H4&A = .;
END;
IF H2&A = . THEN DO;
H2&A = H3&A;
H3&A = H4&A;
H4&A = .;
END;
IF H2&A NE . THEN DO;