Supp. family Table 3. Bacterial families detected in CdAR sediments using PhyloChip analyses

Sr. No / Families detected on PhyloChip / Distribution of OTUs among different families
1.  / Acetobacteraceae / 3
2.  / Acidimicrobiaceae / 5
3.  / Acidithiobacillaceae / 4
4.  / Acidobacteriaceae / 27
5.  / Acidothermaceae / 1
6.  / Actinomycetaceae / 2
7.  / Aerococcaceae / 3
8.  / Aeromonadaceae / 6
9.  / Alcaligenaceae / 9
10.  / Alcanivoraceae / 2
11.  / Alicyclobacillaceae / 1
12.  / Alteromonadaceae / 24
13.  / Anammoxales / 4
14.  / Anaplasmataceae / 6
15.  / Azospirillaceae / 3
16.  / Bacillaceae / 44
17.  / Bacteroidaceae / 4
18.  / Bartonellaceae / 4
19.  / Bdellovibrionaceae / 1
20.  / Beijerinck/Rhodoplan/Methylocyst / 12
21.  / Bifidobacteriaceae / 6
22.  / Blattabacteriaceae / 1
23.  / Bradyrhizobiaceae / 23
24.  / Brevibacteriaceae / 1
25.  / Brucellaceae / 3
26.  / Burkholderiaceae / 12
27.  / Caedibacteraceae / 3
28.  / Caldithraceae / 2
29.  / Campylobacteraceae / 6
30.  / Caryophanaceae / 1
31.  / Caulobacteraceae / 11
32.  / Cellulomonadaceae / 7
33.  / Chlamydiaceae / 1
34.  / Chlorobiaceae / 3
35.  / Chloroplasts / 17
36.  / Chromatiaceae / 8
37.  / Clostridiaceae† / 64
38.  / Comamonadaceae / 57
39.  / Coriobacteriaceae / 1
40.  / Corynebacteriaceae / 5
41.  / Coxiellaceae / 5
42.  / Crenotrichaceae / 12
43.  / Dermabacteraceae / 3
44.  / Desulfoarculaceae / 1
45.  / Desulfobacteraceae / 15
46.  / Desulfobulbaceae / 8
47.  / Desulfohalobiaceae / 1
48.  / Desulfomicrobiaceae / 2
49.  / Desulfovibrionaceae / 7
50.  / Desulfuromonaceae / 1
51.  / Dietziaceae / 1
52.  / Ectothiorhodospiraceae / 2
53.  / Enterobacteriaceae / 56
54.  / Enterococcaceae / 9
55.  / Erysipelotrichaceae / 4
56.  / Eubacteriaceae / 1
57.  / Flammeovirgaceae / 1
58.  / Flavobacteriaceae / 32
59.  / Flexibacteraceae / 15
60.  / Francisellaceae / 1
61.  / Frankiaceae / 2
62.  / Geobacteraceae / 3
63.  / Gordoniaceae / 4
64.  / Halobacillaceae / 5
65.  / Halomonadaceae / 1
66.  / Helicobacteraceae / 24
67.  / Hydrogenophilaceae / 1
68.  / Hydrogenothermaceae / 1
69.  / Hyphomicrobiaceae / 9
70.  / Hyphomonadaceae / 1
71.  / Intrasporangiaceae / 1
72.  / Kineosporiaceae / 4
73.  / Lachnospiraceae / 34
74.  / Lactobacillaceae / 9
75.  / Legionellaceae / 2
76.  / Leptospiraceae / 1
77.  / Magnetospirillaceae / 1
78.  / Methylobacteriaceae / 2
79.  / Methylococcaceae / 4
80.  / Methylophilaceae / 3
81.  / Microbacteriaceae / 15
82.  / Micrococcaceae / 13
83.  / Micromonosporaceae / 12
84.  / Moraxellaceae / 8
85.  / Mycobacteriaceae / 15
86.  / Mycoplasmataceae / 1
87.  / Neisseriaceae / 5
88.  / Nitrosomonadaceae / 8
89.  / Nitrospinaceae / 1
90.  / Nitrospiraceae / 5
91.  / Nocardiaceae / 10
92.  / Nocardiopsaceae / 1
93.  / Oceanospirillaceae / 2
94.  / Oxalobacteraceae / 11
95.  / Paenibacillaceae / 5
96.  / Pasteurellaceae / 2
97.  / Peptococc/Acidaminococc / 13
98.  / Peptostreptococcaceae / 19
99.  / Phyllobacteriaceae / 12
100.  / Pirellulae / 5
101.  / Piscirickettsiaceae / 4
102.  / Planctomycetaceae / 1
103.  / Polyangiaceae / 14
104.  / Porphyromonadaceae / 8
105.  / Prevotellaceae / 7
106.  / Promicromonosporaceae / 2
107.  / Pseudomonadaceae / 37
108.  / Pseudonocardiaceae / 7
109.  / Ralstoniaceae / 4
110.  / Rhizobiaceae / 15
111.  / Rhodobacteraceae / 43
112.  / Rhodocyclaceae / 21
113.  / Rickettsiaceae / 2
114.  / Rikenellaceae / 5
115.  / Roseococcaceae / 1
116.  / Rubrobacteraceae / 4
117.  / Saccharospirillaceae / 1
118.  / Shewanellaceae / 2
119.  / Sphingobacteriaceae / 7
120.  / Sphingomonadaceae / 36
121.  / Spirochaetaceae / 9
122.  / Sporolactobacillaceae / 2
123.  / Staphylococcaceae / 8
124.  / Streptococcaceae / 10
125.  / Streptomycetaceae / 15
126.  / Streptosporangiaceae / 4
127.  / Syntrophaceae / 7
128.  / Syntrophobacteraceae / 8
129.  / Syntrophomonadaceae / 1
130.  / Thermoactinomycetaceae / 1
131.  / Thermodesulfobacteriaceae / 1
132.  / Thermomonosporaceae / 3
133.  / Thiotrichaceae / 6
134.  / Unclassified / 396
135.  / Verrucomicrobia subdivision 3 / 2
136.  / Verrucomicrobia subdivision 5 / 5
137.  / Verrucomicrobia subdivision 7 / 3
138.  / Verrucomicrobiaceae / 4
139.  / Vibrionaceae / 2
140.  / Xanthobacteraceae / 2
141.  / Xanthomonadaceae / 11
142.  / Xiphinematobacteraceae / 1

A total of 1571 OTUs distributed to 142 families were found in CdAR sediments by PhyloChip analysis.

† Most abundant bacterial family detected in CdAR sediments by PhyloChip analysis.

¶ A total of 396 OTUs identified from CdAR sediments were considered unclassified at family level.

Families printed in bold are those that have also been detected in corresponding 16S rRNA clone library.