Supplementary Material

Table S1. Alosa mtDNA concatenated haplotypes (ND1 + cytb) used in this study, with the corresponding GenBank accession numbers specified by gene fragment. Haplotype codes follow Faria et al. (2012). Haplotypes found in individuals from this study are marked with an asterisk.

Haplotype / ND1 / cytb
Aa1 / JX080121 / JX080174
Aa2* / JX080125 / JX080177
Aa3* / JX080113 / JX08164
Aa4 / JX080120 / JX080172
Aa5* / JX080126 / JX080165
Aa6 / JX080114 / JX080166
Aa7 / JX080122 / JX080175
Aa8 / JX080119 / JX080171
Aa9 / DQ419785 / DQ419761
Aa10 / JX080124 / JX080176
Aa11 / JX080123 / JX080173
Aa12 / JX080116 / JX080168
Aa13 / JX080117 / JX080169
Aa14 / JX080118 / JX080170
Aa15 / JX080115 / JX080167
Aa16* / KF926482 / KF926497
Aa17* / KF926483 / KF926498
Aa18* / KF926484 / KF926499
Aa19* / KF926485 / KF926500
Aa20* / KF926486 / KF926501
Af1 / JX080095 / JX080146
Af2 / JX080093 / JX080144
Af3* / JX080110 / JX080161
Af4 / JX080107 / JX080158
Af5 / JX080084 / JX080135
Af6 / JX080086 / JX080137
Af7 / JX080091 / JX080142
Af8* / JX080108 / JX08159
Af9 / JX080092 / JX080143
Af10* / JX080094 / JX080145
Af11 / JX080103 / JX080154
Af12* / JX080090 / JX080141
Af13 / JX080101 / JX080152
Af14 / JX080098 / JX080148
Af15 / JX080100 / JX080151
Af16 / JX080102 / JX080153
Af17* / JX080087 / JX080138
Af18 / JX080083 / JX080134
Af19 / JX080112 / JX080163
Af20 / JX080099 / JX080149
Af21 / JX080111 / JX080162
Af22 / JX080089 / JX080140
Af23 / DQ419787 / DQ419764
Af24 / JX080079 / JX080130
Af25 / JX080105 / JX080156
Af26 / JX080088 / JX080139
Af27 / JX080104 / JX080155
Af28 / JX080109 / JX080160
Af29 / JX080080 / JX080131
Af30 / JX080076 / JX080127
Af31 / JX080082 / JX080133
Af32 / JX080078 / JX080129
Af33 / JX080081 / JX080132
Af34 / JX080097 / JX080147
Af35 / JX080096 / JX080150
Af36 / JX080106 / JX080157
Af37 / JX080085 / JX080136
Af38 / JX080077 / JX080128
Af39* / KF926487 / KF926502
Af40* / KF926488 / KF926503
Af41* / KF926489 / KF926504
Af42* / KF926490 / KF926505
Af43* / KF926491 / KF926506
Af44* / KF926492 / KF926507
Af45* / KF926493 / KF926508
Af46* / KF926494 / KF926509
Af47* / KF926495 / KF926510
Af48* / KF926496 / KF926511
As1 / DQ419799 / DQ419773
As2 / DQ419800 / DQ419773
As3 / DQ419801 / DQ419774
As4 / DQ419802 / DQ419775

1

Table S2. Polymorphic sites defining the mtDNA haplotypes found in this study. Typical A. fallax haplotypes are coded Af, and typical A. alosa haplotypes Aa. a) ND1 haplotypes found among the 144 Alosa individuals sequenced; b) cytb haplotypes found among the 135 Alosa individuals sequenced.

a) / 16 / 18 / 27 / 54 / 60 / 72 / 84 / 114 / 195 / 207 / 291 / 351 / 369 / 378 / 381 / 450 / 459 / 465 / 504 / 507 / 510 / 522 / 555 / 564 / 573 / 597 / 624 / 658 / 660 / 669 / 672 / 691 / 720 / 777 / 792 / 793 / 840 / 861 / 882 / 891 / 894 / 906 / 910 / 915 / 942 / 945 / 963
Af3 / A / A / C / G / A / T / A / G / A / C / A / A / G / G / G / G / A / C / G / A / G / A / A / G / G / T / G / G / A / A / A / T / G / A / C / A / G / A / G / A / C / T / T / G / G / G / T
Af8 / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af10 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af12 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af17 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af39 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af40 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / .
Af41 / . / . / . / . / G / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af42 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af43 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af46 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / C / . / A / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af47 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af48 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Aa2 / . / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / . / C / A / . / G / G / . / C / A / G / T / . / . / . / A / G / . / . / C / A / A / A / .
Aa3 / . / G / T / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / A / G / T / . / . / A / G / G / . / . / C / A / . / G / G / G / C / A / G / . / . / A / . / A / G / . / . / C / A / A / A / .
Aa5 / C / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / . / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / .
Aa17 / C / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / . / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / C
Aa18 / C / G / . / C / . / C / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / . / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / .
Aa19 / C / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / G / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / . / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / .
Aa20 / C / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / . / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / G / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / .
Aa21 / C / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / G / A / . / G / . / A / C / A / . / G / G / . / C / A / G / . / . / . / . / A / G / T / C / C / A / A / A / .
b) / 1 / 16 / 109 / 114 / 172 / 199 / 203 / 220 / 292 / 295 / 337 / 338 / 400
Af3 / A / A / G / T / C / G / A / A / A / G / G / G / A
Af10 / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / .
Af12 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / .
Af45 / . / . / . / A / . / . / . / . / . / A / . / . / .
Aa2 / . / G / A / . / A / A / . / G / G / . / A / . / .
Aa3 / . / G / A / . / A / A / . / . / G / . / A / . / .
Aa5 / G / G / A / . / A / A / . / . / G / . / A / . / .
Aa16 / . / G / A / . / A / A / . / G / G / . / A / N* / .
Aa22 / G / G / A / . / A / A / N* / . / G / . / A / . / .
Aa23 / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / G

* N indicates an ambiguous position in the haplotype sequence (i.e. the nucleotide state could not be determined)

Table S3. MtDNA haplotype frequencies for each population analyzed in this study based on ND1 (a) and cytb (b) sequences. Typical A. fallax haplotypes are coded Af, and typical A. alosa haplotypes Aa. Samples from the Ebro River are reported by sampling year and altogether (all). Sample size (N) is indicated within parentheses.

a) / Ebro (2005) (N=21) / Ebro (2006) (N=14) / Ebro (2007) (N=21) / Ebro (2008) (N=9) / Ebro (all) (N=65) / Rhone
(N=17) / Corsica
(N=23) / Adriatic
(N=25) / A. alosa
(N=14)
Af3 / 0.226 / 0.214 / 0.048 / 0.169 / 0.118
Af8 / 0.118
Af10 / 0.065 / 0.071 / 0.048 / 0.111 / 0.077 / 0.647 / 0.080
Af12 / 0.129 / 0.286 / 0.333 / 0.222 / 0.262 / 0.522 / 0.680
Af17 / 0.391
Af39 / 0.111 / 0.015
Af40 / 0.065 / 0.071 / 0.095 / 0.077
Af41 / 0.071 / 0.015
Af42 / 0.200
Af43 / 0.040
Af46 / 0.043
Af47 / 0.043
Af48 / 0.059
Aa2 / 0.714
Aa3 / 0.048 / 0.015 / 0.214
Aa5 / 0.143 / 0.190 / 0.333 / 0.138 / 0.071
Aa17 / 0.032 / 0.015
Aa18 / 0.129 / 0.143 / 0.190 / 0.111 / 0.169
Aa19 / 0.032 / 0.111 / 0.031
Aa20 / 0.059
Aa21 / 0.048 / 0.015
b) / Ebro (2005) (N=18) / Ebro (2006) (N=9) / Ebro (2007) (N=18) / Ebro (2008) (N=11) / Ebro (all) (N=56) / Rhone
(N=22) / Corsica
(N=24) / Adriatic
(N=25) / A. alosa
(N=8)
Af3 / 0.333 / 0.222 / 0.056 / 0.161 / 0.273 / 0.200
Af10 / 0.222 / 0.056 / 0.182 / 0.089 / 0.545 / 0.417 / 0.080
Af12 / 0.278 / 0.444 / 0.500 / 0.273 / 0.375 / 0.045 / 0.583 / 0.680
Af45 / 0.040
Aa2 / 0.045 / 0.625
Aa3 / 0.056 / 0.018
Aa5 / 0.389 / 0.111 / 0.333 / 0.545 / 0.357 / 0.045 / 0.125
Aa16 / 0.125
Aa22 / 0.125
Aa23 / 0.045

Table S4. Polymorphic sites defining the mtDNA haplotypes found in this study based on the concatenated (ND1 + cytb) sequences from 118 individuals. Positions 16 - 963 belong to ND1 and 976 - 1313 to cytb. Typical A. fallax haplotypes are coded Af, and typical A. alosa haplotypes Aa.

16 / 18 / 27 / 54 / 60 / 72 / 84 / 114 / 195 / 207 / 291 / 351 / 369 / 378 / 381 / 450 / 459 / 465 / 504 / 510 / 522 / 555 / 564 / 573 / 597 / 624 / 658 / 660 / 669 / 672 / 691 / 720 / 777 / 792 / 793 / 840 / 861 / 882 / 891 / 894 / 906 / 910 / 915 / 942 / 945 / 963 / 976 / 991 / 1084 / 1089 / 1147 / 1174 / 1195 / 1267 / 1270 / 1312 / 1313
Af3 / A / A / C / G / A / T / A / G / A / C / A / A / G / G / G / G / A / C / G / G / A / A / G / G / T / G / G / A / A / A / T / G / A / C / A / G / A / G / A / C / T / T / G / G / G / T / A / A / G / T / C / G / A / A / G / G / G
Af8 / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af10 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / .
Af12 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / .
Af17 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / .
Af39 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / .
Af40 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / .
Af41 / . / . / . / . / G / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / .
Af42 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af43 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / .
Af44 / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / .
Af45 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / A / . / .
Af46 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / C / . / A / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / .
Af47 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / .
Af48 / . / . / . / . / . / . / . / A / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / C / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / G / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / . / A / . / .
Aa2 / . / G / . / C / . / . / G / A / . / A / G / . / A / A / . / . / G / T / . / A / . / G / . / . / C / A / . / G / G / . / C / A / G / T / . / . / . / A / G / . / . / C / A / A / A / . / . / G / A / . / A / A / G / G / . / A / .