Supplementary Tables

Table S1. All autism CNVs meeting study inclusion criteria.

Cohort / Subject / Chromosome / Sequence Start / Sequence End / Type1 / # of bp / # of SNPs / Gene(s)2
Discovery / AU1448301 / 1 / 5070572 / het / 56802 / 15 / None
Discovery / AU1448303 / 1 / 5013771 / 5070572 / het / 56802 / 15 / None
Discovery / AU1811301 / 1 / 53197848 / 53378472 / dup / 180625 / 44 / SCP2, PODN, SLC1A7
Discovery / AU1099302 / 1 / 102065155 / 102194302 / dup / 129148 / 35 / OLFM3
Discovery / AU1610306 / 1 / 144967972 / 146293282 / dup / 1325311 / 227 / LOC728989, PRKAB2, PDIA3P, FMO5, FMO5, FMO5, CHD1L, BCL9, ACP6, GJA5, GJA8, GPR89B, GPR89C, PDZK1P1, LOC200030, NBPF11
Discovery / AU1163303 / 1 / 144970465 / 146293282 / dup / 1322818 / 226 / LOC728989, PRKAB2, PDIA3P, FMO5, FMO5, FMO5, CHD1L, BCL9, ACP6, GJA5, GJA8, GPR89B, GPR89C, PDZK1P1, LOC200030, NBPF11
Discovery / AU1163304 / 1 / 144970465 / 146293282 / dup / 1322818 / 226 / LOC728989, PRKAB2, PDIA3P, FMO5, FMO5, FMO5, CHD1L, BCL9, ACP6, GJA5, GJA8, GPR89B, GPR89C, PDZK1P1, LOC200030, NBPF11
Discovery / AU1688302 / 1 / 144970465 / 146293282 / dup / 1322818 / 226 / LOC728989, PRKAB2, PDIA3P, FMO5, FMO5, FMO5, CHD1L, BCL9, ACP6, GJA5, GJA8, GPR89B, GPR89C, PDZK1P1, LOC200030, NBPF11
Discovery / AU1242304 / 1 / 167829528 / 167890304 / het / 60777 / 32 / SELP
Discovery / AU1871301 / 1 / 185559231 / 185881764 / het / 322534 / 66 / None
Discovery / AU1097302 / 1 / 187701977 / 187858801 / het / 156825 / 24 / None
Discovery / AU1585301 / 1 / 187929464 / 188008756 / dup / 79293 / 25 / None
Discovery / AU1608301 / 1 / 205426690 / 205914499 / dup / 487810 / 65 / CD55, CR2, CR1, CR1L
Discovery / AU1608302 / 1 / 205426690 / 205914499 / dup / 487810 / 65 / CD55, CR2, CR1, CR1L
Discovery / AU1184302 / 1 / 237410351 / 237654135 / dup / 243785 / 48 / None
Discovery / AU0995303 / 1 / 245602158 / 245625990 / het / 23833 / 12 / None
Discovery / AU1368303 / 1 / 245928139 / 246505829 / het / 577691 / 104 / OR6F1, OR1C1, OR14A16, OR11L1, TRIM58, OR2W3, OR2T8, OR2L13, OR2L8, OR2AK2, OR2L1P, OR2L2, OR2L3, OR2M1P, OR2M5, OR2M2, OR2M3, OR2M4, OR2T33
Discovery / AU1307302 / 2 / 333588 / 1010741 / dup / 677154 / 152 / TMEM18, LOC391343, SNTG2
Discovery / AU1157303 / 2 / 11750910 / 11785292 / het / 34383 / 14 / None
Discovery / AU1271303 / 2 / 18687547 / 18754160 / het / 66614 / 10 / None
Discovery / AU1764302 / 2 / 50470517 / 50522264 / het / 51748 / 14 / NRXN1 (intronic)
Discovery / AU1495303 / 2 / 50882166 / 51255180 / het / 373015 / 91 / NRXN1
Discovery / AU1495304 / 2 / 50882166 / 51255180 / het / 373015 / 91 / NRXN1
Discovery / AU1419302 / 2 / 51022554 / 51101161 / dup / 78608 / 22 / NRXN1 (intronic)
Discovery / AU1419303 / 2 / 51022554 / 51101161 / dup / 78608 / 22 / NRXN1 (intronic)
Discovery / AU1848302 / 2 / 51033960 / 51051888 / het / 17929 / 11 / NRXN1 (intronic)
Discovery / AU1091304 / 2 / 52151396 / 52225047 / het / 73652 / 26 / None
Discovery / AU1091306 / 2 / 52151396 / 52237202 / het / 85807 / 28 / None
Discovery / AU1679302 / 2 / 52426621 / 52510098 / het / 83478 / 23 / None
Discovery / AU1679303 / 2 / 52426621 / 52513378 / het / 86758 / 24 / None
Discovery / AU1274302 / 2 / 52426621 / 52521448 / het / 94828 / 25 / None
Discovery / AU1787301 / 2 / 56927979 / 57035134 / het / 107156 / 22 / None
Discovery / AU1787302 / 2 / 56927979 / 57035134 / het / 107156 / 22 / None
Discovery / AU1840305 / 2 / 57511448 / 57635216 / het / 123769 / 35 / None
Discovery / AU1546302 / 2 / 78220585 / 78447515 / het / 226931 / 30 / None
Discovery / AU1546301 / 2 / 78234771 / 78447515 / het / 212745 / 28 / None
Discovery / AU0973301 / 2 / 159359980 / 159661712 / dup / 301733 / 50 / DAPL1, TANC1
Discovery / AU1182302 / 2 / 172821389 / 172854602 / het / 33214 / 12 / None
Discovery / AU1342302 / 2 / 183981070 / 184140724 / het / 159655 / 33 / None
Discovery / AU1307302 / 2 / 191672878 / 191927963 / dup / 255086 / 45 / STAT4, MYO1B
Discovery / AU1307303 / 2 / 201869881 / 201943593 / het / 73713 / 10 / ALS2CR12
Discovery / AU1331303 / 2 / 212837456 / 213094512 / het / 257057 / 63 / ERBB4 (intronic)
Discovery / AU1159303 / 2 / 217219345 / 217346130 / dup / 126786 / 32 / IGFBP2, IGFBP5
Discovery / AU1145301 / 2 / 224902633 / 224935491 / het / 32859 / 12 / None
Discovery / AU1145302 / 2 / 224902633 / 224935491 / het / 32859 / 12 / None
Discovery / AU1535302 / 2 / 234275833 / 234374279 / het / 98447 / 40 / UGT1A8, UGT1A10, UGT1A9, UGT1A7, UGT1A6, UGT1A5, UGT1A4, UGT1A3, DNAJB3, UGT1A1
Discovery / AU1289301 / 2 / 239497749 / 239529992 / dup / 32244 / 21 / None
Discovery / AU1156301 / 3 / 947059 / 989483 / het / 42425 / 15 / None
Discovery / AU1916302 / 3 / 947059 / 1306135 / dup / 359077 / 156 / CNTN6
Discovery / AU1916302 / 3 / 1475657 / 1894850 / dup / 419194 / 153 / None
Discovery / AU1070302 / 3 / 2004929 / 2934627 / dup / 929699 / 386 / CNTN4
Discovery / AU1493301 / 3 / 3974670 / 4213196 / het / 238527 / 83 / None
Discovery / AU1616301 / 3 / 4110452 / 4140733 / het / 30282 / 15 / None
Discovery / AU1251302 / 3 / 7053179 / 7144453 / het / 91275 / 35 / GRM7 (intronic)
Discovery / AU1655302 / 3 / 7064629 / 7172715 / het / 108087 / 43 / GRM7
Discovery / AU1655301 / 3 / 7065422 / 7172715 / het / 107294 / 42 / GRM7
Discovery / AU1325304 / 3 / 12599763 / 12780910 / dup / 181148 / 29 / MKRN2, RAF1, TMEM40
Discovery / AU1377302 / 3 / 12763938 / 12832493 / het / 68556 / 13 / TMEM40, CAND2
Discovery / AU1523304 / 3 / 15165591 / 15512996 / dup / 347406 / 79 / DVWA, CAPN7, SH3BP5, SH3BP5, METTL6, EAF1, COLQ
Discovery / AU1616314 / 3 / 26021365 / 26120190 / het / 98826 / 10 / None
Discovery / AU1388301 / 3 / 26021365 / 26121049 / het / 99685 / 11 / None
Discovery / AU1388302 / 3 / 26021365 / 26121049 / het / 99685 / 11 / None
Discovery / AU1407302 / 3 / 59948342 / 59961969 / het / 13628 / 14 / FHIT (intronic)
Discovery / AU1616314 / 3 / 60266915 / 60370300 / het / 103386 / 47 / FHIT (intronic)
Discovery / AU1582302 / 3 / 60357868 / 60380044 / het / 22177 / 10 / FHIT (intronic)
Discovery / AU1300301 / 3 / 103583471 / 104347366 / het / 763896 / 94 / ZPLD1
Discovery / AU1300303 / 3 / 103583471 / 104347366 / het / 763896 / 94 / ZPLD1
Discovery / AU1407302 / 3 / 107474046 / 107581180 / dup / 107135 / 20 / None
Discovery / AU1274302 / 3 / 107883845 / 107929671 / het / 45827 / 12 / None
Discovery / AU1527302 / 3 / 147876784 / 148241095 / dup / 364312 / 62 / None
Discovery / AU1234303 / 3 / 160039955 / 160117383 / het / 77429 / 31 / None
Discovery / AU1406301 / 3 / 177403578 / 177448044 / het / 44467 / 10 / None
Discovery / AU0973301 / 3 / 189495632 / 189564979 / het / 69348 / 21 / LPP (intronic)
Discovery / AU1234303 / 3 / 192522868 / 192580259 / dup / 57392 / 27 / UTS2D, CCDC50
Discovery / AU1087301 / 3 / 198679410 / 198828573 / dup / 149164 / 29 / BDH1, LOC220729
Discovery / AU1087302 / 3 / 198679410 / 198828573 / dup / 149164 / 29 / BDH1, LOC220729
Discovery / AU1521302 / 4 / 8573121 / 8662076 / het / 88956 / 30 / GPR78, CPZ
Discovery / AU1271304 / 4 / 10912306 / 10937654 / het / 25349 / 12 / None
Discovery / AU1039302 / 4 / 10914208 / 10937654 / het / 23447 / 11 / None
Discovery / AU1039303 / 4 / 10914208 / 10937654 / het / 23447 / 11 / None
Discovery / AU1414305 / 4 / 12197192 / 12214476 / het / 17285 / 10 / None
Discovery / AU1559302 / 4 / 13315956 / 13750341 / dup / 434386 / 124 / None
Discovery / AU1559301 / 4 / 13315956 / 13757472 / dup / 441517 / 125 / None
Discovery / AU1171302 / 4 / 28002740 / 28789353 / het / 786614 / 154 / None
Discovery / AU1039302 / 4 / 73971106 / 74258327 / dup / 287222 / 45 / COX18, ANKRD17
Discovery / AU1039303 / 4 / 73971106 / 74258327 / dup / 287222 / 46 / COX18, ANKRD17
Discovery / AU0714301 / 4 / 113595238 / 113967887 / dup / 372650 / 52 / NEUROG2, C4orf21, LARP7, ANK2
Discovery / AU1247301 / 4 / 149402824 / 149489216 / dup / 86393 / 20 / NR3C2
Discovery / AU1060301 / 4 / 162239613 / 162310205 / het / 70593 / 14 / None
Discovery / AU1156301 / 4 / 167519795 / 167720065 / het / 200271 / 27 / None
Discovery / AU1156303 / 4 / 167519795 / 167720065 / het / 200271 / 27 / None
Discovery / AU1573301 / 4 / 172641670 / 172724194 / het / 82525 / 12 / None
Discovery / AU1791303 / 4 / 173158832 / 173263440 / het / 104609 / 26 / GALNTL6 (intronic)
Discovery / AU1097301 / 4 / 175200788 / 175309408 / het / 108621 / 30 / None
Discovery / AU1097302 / 4 / 175200788 / 175309408 / het / 108621 / 30 / None
Discovery / AU1067302 / 4 / 190631118 / 191109772 / dup / 478655 / 35 / FRG1
Discovery / AU1178301 / 5 / 11697503 / 11773017 / het / 75515 / 15 / CTNND2 (intronic)
Discovery / AU1088301 / 5 / 13068303 / 13360088 / het / 291786 / 28 / None
Discovery / AU1249303 / 5 / 18583537 / 18859398 / het / 275862 / 53 / None
Discovery / AU1249301 / 5 / 18607264 / 18859398 / het / 252135 / 52 / None
Discovery / AU1249302 / 5 / 18607264 / 18859398 / het / 252135 / 52 / None
Discovery / AU1492301 / 5 / 19150901 / 19808377 / dup / 657477 / 112 / CDH18
Discovery / AU0597302 / 5 / 23832229 / 24231564 / het / 399336 / 52 / None
Discovery / AU1145302 / 5 / 61566668 / 62062829 / dup / 496162 / 51 / KIF2A, DIMT1L, IPO11, LRRC70
Discovery / AU0994301 / 5 / 62060235 / 62896952 / het / 836718 / 148 / ISCA1L
Discovery / AU0980306 / 5 / 75874921 / 75949540 / het / 74620 / 26 / IQGAP2, F2RL2
Discovery / AU0980307 / 5 / 75875106 / 75949540 / het / 74435 / 25 / IQGAP2, F2RL2
Discovery / AU0980302 / 5 / 75878727 / 75949061 / het / 70335 / 21 / IQGAP2, F2RL2
Discovery / AU1534301 / 5 / 78375511 / 78797532 / dup / 422022 / 55 / DMGDH, BHMT2, BHMT, JMY, HOMER1
Discovery / AU1342302 / 5 / 99162459 / 99415259 / dup / 252801 / 59 / None
Discovery / AU0981301 / 5 / 104571804 / 104682824 / het / 111021 / 13 / None
Discovery / AU1427302 / 5 / 111459912 / 111505154 / het / 45243 / 16 / None
Discovery / AU1427303 / 5 / 111463668 / 111505154 / het / 41487 / 15 / None
Discovery / AU1353301 / 5 / 113057813 / 113197319 / het / 139507 / 45 / None
Discovery / AU1578302 / 5 / 117798762 / 117898645 / het / 99884 / 20 / None
Discovery / AU1578304 / 5 / 117798762 / 117898645 / het / 99884 / 20 / None
Discovery / AU1622302 / 5 / 178759516 / 178792193 / het / 32678 / 13 / None
Discovery / AU1182302 / 6 / 556969 / 836148 / dup / 279180 / 111 / EXOC2, HUS1B
Discovery / AU1215301 / 6 / 828074 / 924803 / dup / 96730 / 38 / LOC285768
Discovery / AU1498302 / 6 / 28793960 / 28862499 / het / 68540 / 14 / None
Discovery / AU1521302 / 6 / 67242433 / 67878993 / dup / 636561 / 140 / None
Discovery / AU1522303 / 6 / 94537883 / 94628747 / het / 90865 / 15 / TSG1
Discovery / AU0980306 / 6 / 95384671 / 95432041 / het / 47371 / 10 / None
Discovery / AU1031301 / 6 / 122853798 / 123064195 / het / 210398 / 47 / PKIB
Discovery / AU1031302 / 6 / 122853798 / 123064195 / het / 210398 / 47 / PKIB
Discovery / AU1614301 / 6 / 139885480 / 140000063 / dup / 114584 / 25 / None
Discovery / AU1172301 / 6 / 144562187 / 144822274 / dup / 260088 / 60 / UTRN
Discovery / AU1056301 / 6 / 162379561 / 162611408 / het / 231848 / 90 / PARK2
Discovery / AU0977303 / 6 / 162457856 / 162721335 / dup / 263480 / 97 / PARK2
Discovery / AU0977302 / 6 / 162458341 / 162720655 / dup / 262315 / 95 / PARK2
Discovery / AU1340302 / 6 / 162601734 / 162761969 / het / 160236 / 52 / PARK2 (intronic)
Discovery / AU1340303 / 6 / 162601734 / 162761969 / het / 160236 / 52 / PARK2 (intronic)
Discovery / AU1631301 / 6 / 162715048 / 162761969 / het / 46922 / 19 / PARK2 (intronic)
Discovery / AU0977302 / 6 / 162771509 / 163106351 / dup / 334843 / 90 / PARK2, PACRG
Discovery / AU0977303 / 6 / 162771509 / 163106351 / dup / 334843 / 90 / PARK2, PACRG
Discovery / AU1286301 / 6 / 167626971 / 167688151 / het / 61181 / 35 / UNC93A, TTLL2
Discovery / AU1409301 / 6 / 168175085 / 168530629 / dup / 355545 / 127 / KIF25, FRMD1, DACT2
Discovery / AU1409302 / 6 / 168229155 / 168530629 / dup / 301475 / 106 / DACT2
Discovery / AU0979301 / 7 / 2619156 / 3019735 / dup / 400580 / 104 / IQCE, TTYH3, AMZ1, GNA12, CARD11
Discovery / AU0979302 / 7 / 2619156 / 3019735 / dup / 400580 / 105 / IQCE, TTYH3, AMZ1, GNA12, CARD11
Discovery / AU1352301 / 7 / 3350670 / 3400801 / het / 50132 / 27 / SDK1 (intronic)
Discovery / AU1352302 / 7 / 3350670 / 3400801 / het / 50132 / 27 / SDK1 (intronic)
Discovery / AU1466302 / 7 / 3411837 / 3477267 / dup / 65431 / 22 / SDK1 (intronic)
Discovery / AU1081302 / 7 / 8158107 / 8463072 / dup / 304966 / 100 / ICA1, NXPH1
Discovery / AU1081301 / 7 / 8165926 / 8460888 / dup / 294963 / 96 / ICA1, NXPH1
Discovery / AU1631303 / 7 / 17798331 / 18310248 / dup / 511918 / 94 / SNX13, PRPS1L1
Discovery / AU1631301 / 7 / 17798331 / 18311106 / dup / 512776 / 96 / SNX13, PRPS1L1
Discovery / AU1296301 / 7 / 28630355 / 28675381 / het / 45027 / 24 / CREB5 (intronic)
Discovery / AU1296302 / 7 / 28630355 / 28675846 / het / 45492 / 25 / CREB5 (intronic)
Discovery / AU1197302 / 7 / 32175752 / 32389924 / dup / 214173 / 78 / None
Discovery / AU1197301 / 7 / 32175884 / 32389924 / dup / 214041 / 77 / None
Discovery / AU0997301 / 7 / 55586009 / 55684371 / dup / 98363 / 26 / VOPP1, LOC442308
Discovery / AU1296302 / 7 / 57315936 / 57872045 / dup / 556110 / 55 / ZNF716
Discovery / AU1673302 / 7 / 66932381 / 68984321 / dup / 2051941 / 342 / AUTS2
Discovery / AU1559301 / 7 / 85181243 / 85612485 / het / 431243 / 60 / None
Discovery / AU1559303 / 7 / 85181243 / 85612485 / het / 431243 / 60 / None
Discovery / AU1212301 / 7 / 92869641 / 93090336 / het / 220696 / 46 / CALCR
Discovery / AU1840305 / 7 / 110161949 / 110303895 / het / 141947 / 46 / IMMP2L (intronic)
Discovery / AU1632301 / 7 / 117083866 / 117216535