Table S1. Affiliation to CRISPR-Cas element groups of the strains under study.

Strain / MLST
Group / cas-E
variant / CRISPR-I
arrangement / CRISPR2.1
SG / CRISPR2.3
SG / CRISPR4.1
SG / CRISPR4.2
SG / CRISPR4.1-2
SG
EC01 / A / E1 / D / 1 / 1 / - / - / 1
EC02 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC03 / A / ND / ND / ND / 1 / - / - / 1
EC04 / A / E2 / H / U / 2 / - / - / 1
EC05 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC06 / A / E1 / D / 1 / 1 / - / - / 1
EC07 / A / ND / ND / 1 / 1 / - / - / 1
EC08 / A / * / G / 1 / 1 / ND / ND / ND
EC09 / A / E2 / H / ND / 1 / - / - / 1
EC10 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC11 / A / E2 / H / 3 / 1 / - / - / 1
EC12 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC13 / A / ND / ND / U / 1 / - / - / 1
EC14 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC15 / A / E2 / H / 2 / 1 / - / - / 1
EC16 / A / E2 / H / 2 / 2 / - / - / 1
EC17 / A / E2 / H / 4 / 1 / - / - / 1
EC18 / A / E2 / H / 4 / 1 / - / - / 1
EC19 / A / E2 / I / 4 / 1 / - / - / 1
EC20 / A / E2 / I / 4 / 1 / - / - / 1
EC21 / A / E2 / I / 4 / 1 / - / - / 1
EC22 / A / E2 / H / 4 / 2 / - / - / 1
EC23 / A / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC24 / A / E1 / A / U / U / - / - / -
EC25 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
EC26 / B1 / E1 / A / 5 / 4 / - / - / 1
EC27 / B1 / E1 / A / 5 / 4 / - / - / 1
EC28 / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
EC29 / B1 / E1 / A / 10 / 4 / - / - / 1
EC30 / B1 / E1 / A / 10 / 4 / - / - / 1
EC31 / E / E1 / A / 7 / 3 / - / - / 1
EC32 / B1 / E1 / A / 10 / 4 / - / - / 1
EC33 / B1 / E1 / A / 10 / 4 / - / - / 1
EC34 / B1 / E1 / A / 10 / 4 / - / - / 1
EC35 / F / E1 / A / 12 / 8 / - / - / 3
EC36 / F / E1 / A / 12 / 8 / - / - / 3
EC37 / E / E1 / A / 9 / 7 / - / - / 1
EC38 / F / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC39 / F / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC40 / F / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC41 / F / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC42 / E / E1 / A / U / 1 / - / - / 1
EC43 / E / E1 / A / 7 / 3 / - / - / 1
EC44 / D / E1 / A / 14 / 11 / - / - / 1
EC45 / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
EC46 / D / E1 / A / U / U / - / - / 3
EC47 / D / E1 / A / 13 / 10 / - / - / 1
EC48 / D / ¥ / B / - / 9 / - / - / 3
EC49 / D / E1 / A / 11 / 9† / - / - / 3
EC50 / D / E1 / A / 11 / 9 / - / - / 3
EC51 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC52 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC53 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC54 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC55 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC56 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC57 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC58 / B1 / E1 / A / 5 / 2 / - / - / 1
EC59 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
EC60 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 1
EC61 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
EC62 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
EC63 / B2 / ¥ / B / - / 12† / U / U / -
EC64 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 2
EC65 / B2 / E1# / A5 / U / 12† / 1 / U / -
EC66 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 2
EC67 / B1 / E1 / A / U / 5 / - / - / 1
EC68 / B1 / E1 / A / 8 / 5 / - / - / 1
EC69 / B1 / E1 / A / 5 / 2 / - / - / 1
EC70 / B1 / E1 / A / 8 / 6 / - / - / 1
EC71 / B1 / E1 / A / 8 / 6 / - / - / 1
EC72 / B1 / E1 / A / 8 / 6 / - / - / 1
E24377A / B1 / E1 / A / 5 / 2 / - / - / 1
B7A / B1 / E1 / A / 6 / 4 / 2 / 2 / -
H10407 / A / E2 / H2 / 4 / 1 / - / - / 1
E22 / B1 / E1 / A / 6 / 5 / - / - / 1
B171 / B1 / E1 / D / 6 / 5 / - / - / 1
CB9615 / E / E1 / A / 9 / 7 / - / - / 1
E2348/69 / B2 / ¥ / C / - / - / - / - / -
E110019 / B1 / E1 / A / 8 / 2 / - / - / 1
3431 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
LF82 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
NRG857C / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
UM146 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
53638 / A / E2 / H3 / 2 / 1 / - / - / 1
55989 / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
101.1 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
042 / D / E1 / A / 14 / 11 / - / - / 1
O103:H2 / B1 / E1 / A / 6 / 5 / - / - / 1
O111 / B1 / E1 / A / 6 / 2 / - / - / 1
O26:H11 / B1 / E1 / A / 6 / 2 / - / - / 1
Sakai / E / E1 / A / 9 / 7 / - / - / 1
EDL933 / E / E1 / A / 9 / 7 / - / - / 1
ATCC8739 / A / E2 / H / 4 / 2 / - / - / 1
IAI1 / B1 / E1 / A / 1 / 4 / - / - / 1
HS / A / E2 / H / 4 / U† / - / - / 1
SE11 / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
K12 / A / E2 / H / 3 / 1 / - / - / 1
BW2952 / A / E2 / H / 3 / 1 / - / - / 1
BL21 / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
REL606 / A / * / G1 / 1 / 1 / - / - / 1
SMS-3-5 / F / E1 / A / U / - / - / - / -
ED1a / B2 / ¥ / B / - / - / 1 / 1 / -
SE15 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 2
UMN026 / D / E1 / A / 13 / 10 / - / - / 1
IAI39 / F / ¥ / B / - / - / - / - / 1
S88 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
IHE3034 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
APEC01 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
UTI89 / B2 / ¥ / B / - / 12† / 1 / 1 / -
CFT073 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
F11 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 2
536 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 2
ABU83972 / B2 / ¥ / B / - / 12† / - / - / 1
NA114 / B2 / ¥ / B / - / - / - / - / 2
UMNK88 / A / E2 / H / 4 / 1 / - / - / 1
P12b / A / * / G / 1 / 1 / - / - / 1
DH1 / A / E2 / H / 3 / 1 / - / - / 1
DH10B / A / E2 / H / 3 / 1 / - / - / 1
UMNF18 / A / E1 / E / 1 / 1 / - / - / 1
S1191 / A / E1 / F / 1 / 1 / - / - / 1
Xuzhou21 / E / E1 / A / 9 / 7 / - / - / 1
W / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
KO11FL / B1 / E1 / A / 5 / 5 / - / - / 1
Shigella sp. D9 / B1 / E1 / A / 8 / 5 / 2 / 2 / -
S. dysenteriae 1012 / E / E1 / A / U / - / - / - / 3
S. dysenteriae Sd197 / E / E2 / H1 / 3 / - / - / - / 1
S. sonnei ss046 / B1 / E1 / A2 / 8 / - / - / - / 1
S. flexneri 2a str.301 / E / E1 / A4 / U / - / - / - / 1
S. boydii CDC3083-94 / B1 / E1 / A3 / - / - / - / - / 1
S. boydii Sb227 / B1 / E1 / A1 / - / - / - / - / 1
E. fergusonii ATCC35469 / Outgroup / E2 / H / 3 / U / - / - / 1
E. albertii TW07627 / Outgroup / E1 / - / U / U / - / - / U

*, strain with IS186 adjacent to the CRISPR2.1 array and lacking cas I-E genes.

¥, strain lacking both CRISPR2.1 array and cas I-E genes.

#, strain with only a truncated cas3 gene and with 2 repeats at CRISPR2.1

ND, not determined.

U, unique spacers not belonging to a spacer group.

†, CRISPR2.2-3 array

-, not applicable.