Supplementary Table S8. LncRNAs with predicted mRNA binding sites in GBM
Transcript / lncRNA / Number of lncRNAsPLA2G16 PREDICTED: Homo sapiens phospholipase A2, group XVI (PLA2G16) cDNA / lnc-DZANK1-2
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PPAPDC1A Homo sapiens phosphatidic acid phosphatase type 2 domain containing 1A, mRNA 1 / lnc-DZANK1-2
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SULF2 Homo sapiens sulfatase 2, transcript variant 1, mRNA 3 / lnc-DZANK1-2
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PHLDA1 Homo sapiens pleckstrin homology-like domain, family A, member, mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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PLEKHB1Human pleckstrin homology domain containing, family B (evectins) member 1, transcript variant 1. / lnc-DZANK1-2
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SOX21-AS1Homo sapiens SOX21 antisense RNA 1 (head to head), long non-coding RNA 2 / lnc-DZANK1-2
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PEPDHuman peptidase D, transcript variant 1 / lnc-DZANK1-2
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ARRDC4 Homo sapiens arrestin domain containing 4, mRNA 4 / lnc-DZANK1-2
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SNX1 Homo sapiens sorting nexin 1, transcript variant 1, mRNA 8 / lnc-DZANK1-2
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PPP1R15B Homo sapiens protein phosphatase 1, regulatory subunit 15B, mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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lnc-MAP3K11-1
lnc-AC100788
lnc-TNR-3
lnc-RP3-368B9
lnc-XXbac / 53
PTPRE Homo sapiens protein tyrosine phosphatase, receptor type, E, transcript variant 1, mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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lnc-PNRC2-2
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lnc-PFN2-3
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lnc-ACO1-6
lnc-ABCG1-3
lnc-KIN-6
lnc-TRIB1-12
lnc-HEXDC-1
lnc-CEP170-10
lnc-KIAA1244-2
lnc-OPA1-6
lnc-OLIG2-3
lnc-GMEB2-2
lnc-RNF214-1
linc-GRPEL1-2
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lnc-RPF2-2
lnc-RBM4B-1
lnc-S100A11-2
lnc-CTIF-1
lnc-FOSB-1:1
lnc-AP2A2-1
lnc-C9-1
lnc-CSTF1-1
lnc-ICAM4-1
lnc-LPCAT4-1
lnc-FAM50B-8
lnc-FBXL2-1
lnc-GPR39-7
lnc-PPIL2-2
lnc-PIGV-3
lnc-HMGA1-8
lnc-LRFN2-2
lnc-LRRC27-1
lnc-C9orf146-6
lnc-RUSC1-2
lnc-PXDN-5
lnc-SOX17-3
lnc-MAP3K11-1
lnc-AC100788
lnc-TNR-3
lnc-RP3-368B9
lnc-XXbac / 53
SERPINE1 Homo sapiens serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1, mRNA 3 / lnc-DZANK1-2
lnc-FAM72A-2
lnc-PNRC2-2
lnc-VWDE-1
linc-PPP2R2B-1
lnc-FAM72C-2
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lnc-OPA1-6
lnc-OLIG2-3
lnc-GMEB2-2
lnc-RNF214-1
linc-GRPEL1-2
lnc-DIRAS2-3
lnc-FAM116B-1
lnc-ISOC2-2
lnc-FARSB-3
lnc-NRBF2-3
lnc-RPF2-2
lnc-RBM4B-1
lnc-S100A11-2
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lnc-AP2A2-1
lnc-CSTF1-1
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lnc-LPCAT4-1
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lnc-RUSC1-2
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lnc-SOX17-3
lnc-MAP3K11-1
lnc-AC100788
lnc-TNR-3
lnc-RP3-368B9
lnc-XXbac / 53
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PLP2 Homo sapiens proteolipid protein 2 (colonic epithelium-enriched), mRNA 1 / lnc-DZANK1-2
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PRRX1 Homo sapiens paired related homeobox 1, transcript variant pmx-1a, mRNA 4 / lnc-DZANK1-2
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PTP4A1 Homo sapiens protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1, mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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SAMHD1 Homo sapiens SAM domain and HD domain 1, mRNA 3 / lnc-DZANK1-2
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PREX2 Homo sapiens phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchange factor 2, transcript variant 1, mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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SOCS4 Homo sapiens suppressor of cytokine signaling 4, transcript variant 1, mRNA 7 / lnc-DZANK1-2
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STRADB Homo sapiens STE20-related kinase adaptor beta, transcript variant 1, mRNA 2 / lnc-DZANK1-2
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SEMA3E (untagged)-Human sema domain immunoglobulin domain (Ig) short basic domain secreted (semaphorin) 3Etranscript variant 2 / lnc-DZANK1-2
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lnc-RP3-368B9 / 41
SEMA5AHomo sapiens clone SEMA5A_iso-A_adult-A04 semaphorin 5A isoform A mRNA / lnc-DZANK1-2
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lnc-RP3-368B9
lnc-XXbac / 41
SMAD5 Homo sapiens SMAD family member 5, transcript variant 1, mRNA 7, / lnc-DZANK1-2
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lnc-RBM4B-1
lnc-S100A11-2
lnc-FOSB-1:1
lnc-AP2A2-1
lnc-CSTF1-1
lnc-ICAM4-1
lnc-LPCAT4-1
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lnc-GPR39-7
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lnc-SOX17-3
lnc-MAP3K11-1
lnc-AC100788
lnc-RP3-368B9 / 41
PHYHIPL Homo sapiens phytanoyl-CoA 2-hydroxylase interacting protein-like, transcript variant 1, mRNA 3 / lnc-DZANK1-2
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lnc-FAM172A-7
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lnc-ABCG1-3
lnc-KIN-6
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lnc-OLIG2-3
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lnc-DIRAS2-3
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lnc-MAP3K11-1
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lnc-TNR-3
lnc-RP3-368B9 / 40
SGK1 Homo sapiens serum/glucocorticoid regulated kinase 1, transcript variant 1, mRNA 2 / lnc-DZANK1-2
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lnc-ABCG1-3
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lnc-HEXDC-1
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lnc-OPA1-6
lnc-GMEB2-2
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lnc-RPF2-2
lnc-RBM4B-1
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lnc-MAP3K11-1
lnc-AC100788
lnc-RP3-368B9
lnc-XXbac / 40
SULT1C4 Homo sapiens sulfotransferase family, cytosolic, 1C, member 4, mRNA 1 / lnc-DZANK1-2
lnc-FAM72A-2
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lnc-VWDE-1
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lnc-DIRAS2-3
lnc-FAM116B-1
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STK32A Homo sapiens serine/threonine kinase 32A, transcript variant 1, mRNA 1 / lnc-DZANK1-2
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SOS2 Homo sapiens son of sevenless homolog 2 (Drosophila), mRNA 5 / lnc-DZANK1-2
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PRTFDC1 Homo sapiens phosphoribosyl transferase domain containing 1, transcript variant 1, mRNA 2 / lnc-DZANK1-2
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SRGNHomo sapiens serglycin, transcript variant 1, mRNA 1 / lnc-DZANK1-2
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lnc-OPA1-6
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lnc-S100A11-2
lnc-FOSB-1:1
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IL8 / lnc-DZANK1-2
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JUNB / lnc-DZANK1-2
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lnc-SCN2A-2
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lnc-PFN2-3
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lnc-RP11-10J21.3.1-1
lnc-SPTBN5-4
lnc-HEATR5B-1
lnc-ACO1-6
lnc-ABCG1-3
lnc-KIN-6 / 17
RELA Homo sapiens v-rel avian reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A, transcript variant 1, mRNA 2 / lnc-DZANK1-2
lnc-FAM72A-2
lnc-PNRC2-2
lnc-SCN2A-2
lnc-VWDE-1
lnc-FAM72C-2
lnc-PFN2-3
lnc-FAM172A-7
lnc-GJE1-1
lnc-RP11-10J21
lnc-SPTBN5-4
lnc-HEATR5B-1
lnc-ACO1-6
lnc-ABCG1-3
lnc-KIN-6
lnc-TRIB1-12
lnc-HEXDC-1 / 17
RND2 PREDICTED: Homo sapiens Rho family GTPase 2, transcript variant X1 / lnc-DZANK1-2
lnc-FAM72A-2
lnc-PNRC2-2
lnc-VWDE-1
linc-PPP2R2B-1
lnc-FAM72C-2
lnc-PFN2-3
lnc-FAM172A-7
lnc-GJE1-1