Supplementary Table 2 – Lists the relative volume (% total brain volume) for the 62 different regions in the Df(16)A+/- mice compared to control divided when possible into the left and right side of the brain. The mean and standard deviation is listed for each region plus the percent difference, p-value, and corresponding false discovery rate (FDR).

Relative Volumes / WT / DEL
Mean / SD / Mean / SD / %Diff / Effect / P-value / FDR
Cerebral aqueduct / 0.11 / 0.01 / 0.11 / 0.01 / 1.44 / 0.14 / 0.72 / 0.82
Fourth ventricle / 0.09 / 0.00 / 0.08 / 0.01 / -3.45 / -0.78 / 0.20 / 0.43
Interpedunclar nucleus / 0.06 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 1.37 / 0.39 / 0.53 / 0.67
Left amygdala / 1.53 / 0.04 / 1.49 / 0.07 / -3.15 / -1.30 / 0.08 / 0.24
Left anterior commissure – pars anterior / 0.18 / 0.01 / 0.18 / 0.01 / 0.59 / 0.08 / 0.86 / 0.94
Left anterior commissure – pars posterior / 0.06 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.04 / 0.01 / 0.99 / 1.00
Left arbor vita of cerebellum / 1.22 / 0.03 / 1.20 / 0.04 / -2.06 / -0.94 / 0.09 / 0.24
Left basal forebrain / 0.66 / 0.02 / 0.65 / 0.03 / -1.33 / -0.36 / 0.51 / 0.67
Left bed nucleus of stria terminalis / 0.16 / 0.01 / 0.17 / 0.01 / 5.25 / 1.02 / 0.08 / 0.24
Left cerebellar cortex / 5.15 / 0.18 / 4.86 / 0.24 / -5.52 / -1.59 / 0.01 / 0.08 / **
Left cerebellar peduncle - inferior / 0.10 / 0.00 / 0.10 / 0.01 / -0.93 / -0.27 / 0.73 / 0.83
Left cerebellar peduncle - middle / 0.17 / 0.01 / 0.16 / 0.01 / -3.87 / -0.86 / 0.21 / 0.46
Left cerebellar peduncle - superior / 0.11 / 0.01 / 0.11 / 0.01 / 4.63 / 0.93 / 0.13 / 0.31
Left cerebral cortex - entorhinal cortex / 1.10 / 0.05 / 1.07 / 0.07 / -2.43 / -0.56 / 0.35 / 0.60
Left cerebral cortex – frontal lobe / 4.51 / 0.15 / 4.71 / 0.18 / 4.46 / 1.38 / 0.01 / 0.10 / *
Left cerebral cortex - occipital lobe / 0.62 / 0.02 / 0.61 / 0.02 / -2.05 / -0.55 / 0.25 / 0.51
Left cerebral cortex – parieto temporal lobe / 7.88 / 0.26 / 7.89 / 0.24 / 0.06 / 0.02 / 0.97 / 0.98
Left cerebral peduncle / 0.25 / 0.01 / 0.25 / 0.01 / 1.13 / 0.41 / 0.49 / 0.67
Left colliculus - inferior / 0.65 / 0.03 / 0.64 / 0.02 / -1.43 / -0.29 / 0.47 / 0.67
Left colliculus - superior / 0.94 / 0.04 / 0.95 / 0.06 / 0.76 / 0.16 / 0.76 / 0.85
Left corpus callosum / 2.04 / 0.11 / 2.14 / 0.10 / 4.57 / 0.86 / 0.06 / 0.22
Left corticospinal tract pyramids / 0.22 / 0.01 / 0.21 / 0.01 / -7.34 / -1.62 / 0.01 / 0.08 / **
Left cuneate nucleus / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -5.51 / -0.95 / 0.08 / 0.24
Left dentate gyrus of hippocampus / 0.44 / 0.01 / 0.44 / 0.02 / 0.63 / 0.27 / 0.64 / 0.77
Left facial nerve – cranial nerve 7 / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -3.48 / -0.73 / 0.07 / 0.24
Left fasciculus retroflexus / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 1.19 / 0.26 / 0.53 / 0.67
Left fimbria / 0.40 / 0.03 / 0.43 / 0.04 / 7.07 / 1.14 / 0.08 / 0.24
Left fornix / 0.09 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 1.21 / 0.46 / 0.38 / 0.62
Left fundus of striatum / 0.02 / 0.00 / 0.02 / 0.00 / -2.88 / -0.25 / 0.54 / 0.67
Left globus pallidus / 0.32 / 0.01 / 0.34 / 0.01 / 4.75 / 1.60 / 0.01 / 0.08 / **
Left habenular commissure / 0.01 / 0.00 / 0.01 / 0.00 / 11.19 / 0.78 / 0.08 / 0.24
Left hippocampus / 2.33 / 0.04 / 2.36 / 0.07 / 0.99 / 0.52 / 0.40 / 0.62
Left hypothalamus / 1.22 / 0.02 / 1.25 / 0.04 / 2.96 / 1.54 / 0.02 / 0.12 / *
Left inferior olivary complex / 0.04 / 0.00 / 0.04 / 0.01 / -5.59 / -1.10 / 0.28 / 0.53
Left internal capsule / 0.34 / 0.02 / 0.35 / 0.02 / 4.26 / 0.80 / 0.11 / 0.30
Left lateral olfactory tract / 0.23 / 0.02 / 0.20 / 0.01 / -10.95 / -1.18 / 0.00 / 0.08 / **
Left lateral septum / 0.34 / 0.01 / 0.35 / 0.02 / 1.51 / 0.39 / 0.53 / 0.67
Left lateral ventricle / 0.35 / 0.04 / 0.38 / 0.07 / 6.77 / 0.62 / 0.35 / 0.60
Left mammillary bodies / 0.07 / 0.00 / 0.07 / 0.01 / -1.84 / -0.44 / 0.50 / 0.67
Left mammilothalamic tract / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -0.36 / -0.10 / 0.85 / 0.94
Left medial longitudinal fasciculus / 0.35 / 0.01 / 0.34 / 0.01 / -2.74 / -0.75 / 0.07 / 0.24
Left medial septum / 0.18 / 0.01 / 0.18 / 0.01 / 0.63 / 0.18 / 0.70 / 0.81
Left nucleus accumbens / 0.48 / 0.02 / 0.48 / 0.02 / 1.56 / 0.32 / 0.44 / 0.66
Left olfactory bulbs / 2.99 / 0.18 / 2.84 / 0.12 / -4.84 / -0.79 / 0.05 / 0.20
Left olfactory tubercle / 0.45 / 0.05 / 0.40 / 0.05 / -11.60 / -1.01 / 0.03 / 0.15 / *
Left optic tract / 0.19 / 0.01 / 0.18 / 0.02 / -4.48 / -1.48 / 0.13 / 0.31
Left pontine nucleus / 0.10 / 0.00 / 0.09 / 0.01 / -7.83 / -2.07 / 0.01 / 0.10 / *
Left pre para subiculum / 0.22 / 0.01 / 0.22 / 0.01 / -2.12 / -0.37 / 0.40 / 0.62
Left stratum granulosum of hippocampus / 0.11 / 0.00 / 0.11 / 0.00 / -1.08 / -0.32 / 0.49 / 0.67
Left stria medullaris / 0.08 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 4.12 / 0.86 / 0.05 / 0.20
Left stria terminalis / 0.12 / 0.01 / 0.12 / 0.01 / -0.41 / -0.07 / 0.86 / 0.94
Left striatum / 2.23 / 0.04 / 2.37 / 0.13 / 5.92 / 2.97 / 0.01 / 0.08 / **
Left subependymale zone - rhinocele / 0.01 / 0.00 / 0.01 / 0.00 / 0.15 / 0.02 / 0.96 / 0.98
Left superior olivary complex / 0.08 / 0.01 / 0.08 / 0.01 / -9.55 / -1.60 / 0.02 / 0.12 / *
Left thalamus / 1.81 / 0.04 / 1.83 / 0.08 / 1.37 / 0.64 / 0.40 / 0.62
Medulla / 6.11 / 0.11 / 5.96 / 0.24 / -2.36 / -1.28 / 0.10 / 0.26
Midbrain / 2.81 / 0.07 / 2.93 / 0.14 / 4.57 / 1.86 / 0.02 / 0.12 / *
Periaqueductal grey / 0.85 / 0.04 / 0.88 / 0.06 / 4.23 / 0.81 / 0.16 / 0.37
Pons / 3.67 / 0.08 / 3.72 / 0.11 / 1.43 / 0.63 / 0.23 / 0.49
Posterior commissure / 0.03 / 0.00 / 0.04 / 0.00 / 12.54 / 2.30 / 0.00 / 0.08 / **
Right amygdala / 1.57 / 0.05 / 1.58 / 0.05 / 0.19 / 0.06 / 0.89 / 0.95
Right anterior commissure – pars anterior / 0.20 / 0.01 / 0.20 / 0.01 / -0.65 / -0.20 / 0.70 / 0.81
Right anterior commissure – pars posterior / 0.05 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 2.44 / 0.53 / 0.26 / 0.51
Right arbor vita of cerebellum / 1.23 / 0.03 / 1.22 / 0.02 / -0.41 / -0.19 / 0.61 / 0.75
Right basal forebrain / 0.69 / 0.02 / 0.69 / 0.04 / 0.25 / 0.07 / 0.90 / 0.95
Right bed nucleus of stria terminalis / 0.13 / 0.01 / 0.14 / 0.01 / 5.74 / 1.16 / 0.05 / 0.20
Right cerebellar cortex / 4.96 / 0.10 / 4.74 / 0.21 / -4.51 / -2.15 / 0.01 / 0.08 / **
Right cerebellar peduncle - inferior / 0.10 / 0.00 / 0.10 / 0.01 / -2.48 / -0.67 / 0.26 / 0.51
Right cerebellar peduncle - middle / 0.17 / 0.01 / 0.17 / 0.01 / -1.78 / -0.36 / 0.43 / 0.66
Right cerebellar peduncle - superior / 0.10 / 0.00 / 0.11 / 0.01 / 5.12 / 1.95 / 0.01 / 0.10 / **
Right cerebral cortex – entorhinal cortex / 1.12 / 0.04 / 1.04 / 0.07 / -6.61 / -2.02 / 0.01 / 0.08 / **
Right cerebral cortex – frontal lobe / 4.70 / 0.12 / 4.79 / 0.25 / 1.99 / 0.79 / 0.29 / 0.54
Right cerebral cortex - occipital lobe / 0.57 / 0.03 / 0.58 / 0.04 / 1.86 / 0.42 / 0.49 / 0.67
Right cerebral cortex – parieto temporal lobe / 7.66 / 0.14 / 7.63 / 0.29 / -0.46 / -0.26 / 0.73 / 0.83
Right cerebral peduncle / 0.26 / 0.01 / 0.26 / 0.01 / 1.07 / 0.26 / 0.54 / 0.67
Right colliculus - inferior / 0.60 / 0.03 / 0.60 / 0.02 / -1.29 / -0.30 / 0.48 / 0.67
Right colliculus - superior / 0.96 / 0.05 / 0.99 / 0.04 / 3.17 / 0.67 / 0.14 / 0.34
Right corpus callosum / 2.02 / 0.06 / 2.10 / 0.08 / 3.79 / 1.37 / 0.03 / 0.15 / *
Right corticospinal tract pyramids / 0.22 / 0.01 / 0.21 / 0.01 / -5.09 / -1.13 / 0.04 / 0.19
Right cuneate nucleus / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -8.05 / -1.27 / 0.01 / 0.10 / **
Right dentate gyrus of hippocampus / 0.45 / 0.01 / 0.45 / 0.01 / 0.46 / 0.28 / 0.70 / 0.81
Right facial nerve - cranial nerve 7 / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -2.53 / -1.06 / 0.23 / 0.49
Right fasciculus retroflexus / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 2.01 / 0.66 / 0.28 / 0.53
Right fimbria / 0.37 / 0.03 / 0.39 / 0.03 / 6.03 / 0.85 / 0.09 / 0.24
Right fornix / 0.08 / 0.00 / 0.08 / 0.00 / -0.16 / -0.04 / 0.93 / 0.97
Right fundus of striatum / 0.02 / 0.00 / 0.02 / 0.00 / 0.28 / 0.05 / 0.94 / 0.97
Right globus pallidus / 0.31 / 0.01 / 0.33 / 0.01 / 5.47 / 1.19 / 0.01 / 0.08 / **
Right habenular commissure / 0.01 / 0.00 / 0.01 / 0.00 / 5.98 / 0.36 / 0.37 / 0.62
Right hippocampus / 2.26 / 0.03 / 2.30 / 0.05 / 1.62 / 1.11 / 0.09 / 0.24
Right hypothalamus / 1.05 / 0.02 / 1.06 / 0.03 / 1.53 / 1.02 / 0.16 / 0.37
Right inferior olivary complex / 0.05 / 0.00 / 0.05 / 0.01 / -2.87 / -0.36 / 0.62 / 0.76
Right internal capsule / 0.33 / 0.02 / 0.35 / 0.02 / 6.08 / 1.27 / 0.02 / 0.12 / *
Right lateral olfactory tract / 0.19 / 0.02 / 0.18 / 0.01 / -3.65 / -0.41 / 0.35 / 0.60
Right lateral septum / 0.36 / 0.01 / 0.37 / 0.02 / 1.59 / 0.48 / 0.51 / 0.67
Right lateral ventricle / 0.37 / 0.05 / 0.41 / 0.07 / 8.43 / 0.59 / 0.26 / 0.52
Right mammillary bodies / 0.07 / 0.00 / 0.06 / 0.01 / -2.80 / -0.51 / 0.40 / 0.62
Right mammilothalamic tract / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / -1.21 / -0.34 / 0.50 / 0.67
Right medial longitudinal fasciculus / 0.30 / 0.01 / 0.29 / 0.01 / -1.97 / -0.44 / 0.34 / 0.60
Right medial septum / 0.16 / 0.01 / 0.16 / 0.01 / 0.00 / 0.00 / 1.00 / 1.00
Right nucleus accumbens / 0.43 / 0.02 / 0.46 / 0.03 / 5.91 / 1.05 / 0.05 / 0.20
Right olfactory bulbs / 3.05 / 0.15 / 2.90 / 0.16 / -5.00 / -1.03 / 0.04 / 0.18
Right olfactory tubercle / 0.51 / 0.05 / 0.47 / 0.06 / -7.98 / -0.82 / 0.12 / 0.31
Right optic tract / 0.18 / 0.01 / 0.18 / 0.01 / -1.70 / -0.34 / 0.48 / 0.67
Right pontine nucleus / 0.10 / 0.00 / 0.09 / 0.01 / -7.80 / -2.09 / 0.03 / 0.15 / *
Right pre para subiculum / 0.24 / 0.01 / 0.24 / 0.02 / -1.66 / -0.40 / 0.50 / 0.67
Right stratum granulosum of hippocampus / 0.14 / 0.00 / 0.14 / 0.00 / 0.18 / 0.08 / 0.89 / 0.95
Right stria medullaris / 0.09 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 3.96 / 0.86 / 0.06 / 0.24
Right stria terminalis / 0.10 / 0.01 / 0.10 / 0.01 / 2.87 / 0.45 / 0.29 / 0.54
Right striatum / 2.19 / 0.08 / 2.31 / 0.06 / 5.49 / 1.57 / 0.00 / 0.08 / **
Right subependymale zone - rhinocele / 0.01 / 0.00 / 0.01 / 0.00 / -2.69 / -0.37 / 0.34 / 0.60
Right superior olivary complex / 0.08 / 0.01 / 0.07 / 0.01 / -8.64 / -1.22 / 0.02 / 0.12 / *
Right thalamus / 1.82 / 0.05 / 1.85 / 0.10 / 1.40 / 0.56 / 0.46 / 0.67
Third ventricle / 0.21 / 0.01 / 0.24 / 0.02 / 10.85 / 2.43 / 0.01 / 0.08 / **
Ventral tegmental decussation / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 5.12 / 0.98 / 0.09 / 0.24