Supplementary Table 2. Differentially expressed genes in commensal antigen-specific CD4+ T cells from CD compared to healthy controls. Nominal p-value and fold-changes are shown. Genes associated to Th17 or Th17.1 signatures are highlighted in bold.

Crohn versus healthy controls
Probes ID / Gene symbol / Th17, Th17.1 association / p-value / Fold-change
1235_at / CCR6 / TRUE / 0,002 / 4,307
10874_at / NMU / FALSE / 0,001 / 3,910
10804_at / GJB6 / FALSE / 0,001 / 3,884
2353_at / FOS / FALSE / 0,020 / 3,820
3117_at / HLA-DQA1 / TRUE / 0,005 / 3,664
28691_at / TRAV2 / FALSE / 0,047 / 3,364
6364_at / CCL20 / TRUE / 0,004 / 3,322
55801_at / IL26 / TRUE / 0,001 / 3,032
112744_at / IL17F / TRUE / 0,008 / 3,014
9242_at / MSC / TRUE / 0,000 / 3,006
5783_at / PTPN13 / TRUE / 0,007 / 2,699
9447_at / AIM2 / FALSE / 0,001 / 2,575
4058_at / LTK / FALSE / 0,001 / 2,550
55509_at / BATF3 / FALSE / 0,017 / 2,540
1843_at / DUSP1 / FALSE / 0,028 / 2,447
2706_at / GJB2 / FALSE / 0,025 / 2,179
79080_at / CCDC86 / FALSE / 0,010 / 2,095
4833_at / NME4 / FALSE / 0,001 / 2,085
60675_at / PROK2 / TRUE / 0,006 / 2,073
26227_at / PHGDH / FALSE / 0,007 / 2,037
115265_at / DDIT4L / FALSE / 0,010 / 2,022
1880_at / GPR183 / FALSE / 0,002 / 2,009
6097_at / RORC / TRUE / 0,024 / 2,004
23590_at / PDSS1 / FALSE / 0,031 / 1,924
6723_at / SRM / FALSE / 0,001 / 1,924
25902_at / MTHFD1L / FALSE / 0,026 / 1,873
3615_at / IMPDH2 / FALSE / 0,008 / 1,860
51154_at / MRTO4 / FALSE / 0,008 / 1,823
708_at / C1QBP / FALSE / 0,001 / 1,797
84223_at / IQCG / FALSE / 0,003 / 1,795
29968_at / PSAT1 / FALSE / 0,034 / 1,778
1512_at / CTSH / TRUE / 0,020 / 1,745
3131_at / HLF / TRUE / 0,007 / 1,731
7374_at / UNG / FALSE / 0,003 / 1,692
81029_at / WNT5B / FALSE / 0,010 / 1,686
10969_at / EBNA1BP2 / FALSE / 0,006 / 1,685
8226_at / HDHD1 / FALSE / 0,009 / 1,677
4835_at / NQO2 / FALSE / 0,002 / 1,672
3326_at / HSP90AB1 / FALSE / 0,012 / 1,653
2713_at / GK3P / FALSE / 0,019 / 1,651
5037_at / PEBP1 / FALSE / 0,000 / 1,651
5425_at / POLD2 / FALSE / 0,017 / 1,650
4216_at / MAP3K4 / FALSE / 0,035 / 1,648
84916_at / CIRH1A / FALSE / 0,007 / 1,648
27339_at / PRPF19 / FALSE / 0,011 / 1,645
1736_at / DKC1 / FALSE / 0,011 / 1,642
51101_at / ZC2HC1A / TRUE / 0,009 / 1,636
10131_at / TRAP1 / FALSE / 0,048 / 1,633
3113_at / HLA-DPA1 / TRUE / 0,015 / 1,630
10056_at / FARSB / FALSE / 0,012 / 1,629
215_at / ABCD1 / FALSE / 0,001 / 1,627
38_at / ACAT1 / FALSE / 0,001 / 1,626
3843_at / IPO5 / FALSE / 0,011 / 1,609
55027_at / HEATR3 / FALSE / 0,009 / 1,608
83879_at / CDCA7 / FALSE / 0,018 / 1,607
5366_at / PMAIP1 / FALSE / 0,047 / 1,606
1503_at / CTPS1 / FALSE / 0,042 / 1,604
23160_at / WDR43 / FALSE / 0,000 / 1,599
790_at / CAD / FALSE / 0,015 / 1,599
10963_at / STIP1 / FALSE / 0,018 / 1,598
653190_at / ABCC6P1 / FALSE / 0,045 / 1,593
4869_at / NPM1 / FALSE / 0,016 / 1,589
118980_at / SFXN2 / FALSE / 0,048 / 1,583
3182_at / HNRNPAB / FALSE / 0,032 / 1,583
121268_at / RHEBL1 / FALSE / 0,000 / 1,583
376267_at / RAB15 / FALSE / 0,000 / 1,579
79187_at / FSD1 / FALSE / 0,020 / 1,578
6165_at / RPL35A / FALSE / 0,028 / 1,571
3313_at / HSPA9 / FALSE / 0,000 / 1,552
9933_at / KIAA0020 / FALSE / 0,012 / 1,550
3122_at / HLA-DRA / TRUE / 0,017 / 1,549
2739_at / GLO1 / FALSE / 0,000 / 1,548
2091_at / FBL / FALSE / 0,000 / 1,546
81929_at / SEH1L / FALSE / 0,010 / 1,542
8975_at / USP13 / FALSE / 0,012 / 1,542
79863_at / RBFA / FALSE / 0,024 / 1,540
10528_at / NOP56 / FALSE / 0,006 / 1,539
4953_at / ODC1 / FALSE / 0,022 / 1,532
50509_at / COL5A3 / FALSE / 0,019 / 1,529
29015_at / SLC43A3 / FALSE / 0,016 / 1,528
202_at / AIM1 / FALSE / 0,004 / 1,521
9572_at / NR1D1 / FALSE / 0,041 / 1,520
2841_at / GPR18 / FALSE / 0,013 / 1,519
2876_at / GPX1 / FALSE / 0,001 / 1,517
153733_at / CCDC112 / FALSE / 0,001 / 1,514
7464_at / CORO2A / TRUE / 0,013 / 1,513
2806_at / GOT2 / FALSE / 0,014 / 1,511
51286_at / CEND1 / FALSE / 0,005 / 1,511
8038_at / ADAM12 / TRUE / 0,009 / 1,509
84769_at / MPV17L2 / FALSE / 0,014 / 1,504
5140_at / PDE3B / FALSE / 0,001 / -1,501
29978_at / UBQLN2 / FALSE / 0,002 / -1,502
7189_at / TRAF6 / FALSE / 0,025 / -1,503
64773_at / PCED1A / FALSE / 0,033 / -1,506
6238_at / RRBP1 / FALSE / 0,028 / -1,509
26037_at / SIPA1L1 / FALSE / 0,001 / -1,510
64115_at / C10orf54 / FALSE / 0,041 / -1,510
284004_at / HEXDC / FALSE / 0,006 / -1,510
7050_at / TGIF1 / FALSE / 0,036 / -1,512
23053_at / ZSWIM8 / FALSE / 0,002 / -1,513
112483_at / SAT2 / FALSE / 0,002 / -1,513
23533_at / PIK3R5 / FALSE / 0,013 / -1,515
604_at / BCL6 / FALSE / 0,030 / -1,517
1050_at / CEBPA / FALSE / 0,006 / -1,518
7318_at / UBA7 / FALSE / 0,001 / -1,518
4692_at / NDN / FALSE / 0,043 / -1,519
203328_at / SUSD3 / FALSE / 0,001 / -1,520
11343_at / MGLL / FALSE / 0,006 / -1,522
57162_at / PELI1 / FALSE / 0,000 / -1,524
51566_at / ARMCX3 / FALSE / 0,000 / -1,525
139322_at / APOOL / FALSE / 0,002 / -1,525
57535_at / KIAA1324 / FALSE / 0,001 / -1,527
79626_at / TNFAIP8L2 / FALSE / 0,001 / -1,529
6041_at / RNASEL / FALSE / 0,007 / -1,530
8542_at / APOL1 / FALSE / 0,002 / -1,530
356_at / FASLG / FALSE / 0,012 / -1,530
80255_at / SLC35F5 / FALSE / 0,001 / -1,531
388561_at / ZNF761 / FALSE / 0,017 / -1,531
8323_at / FZD6 / TRUE / 0,017 / -1,531
54961_at / SSH3 / FALSE / 0,001 / -1,534
9641_at / IKBKE / FALSE / 0,000 / -1,535
1051_at / CEBPB / FALSE / 0,001 / -1,535
64420_at / SUSD1 / FALSE / 0,005 / -1,537
26872_at / STEAP1 / FALSE / 0,006 / -1,537
25894_at / PLEKHG4 / FALSE / 0,000 / -1,538
28996_at / HIPK2 / FALSE / 0,003 / -1,540
222161_at / DKFZP586I1420 / FALSE / 0,044 / -1,540
9953_at / HS3ST3B1 / TRUE / 0,000 / -1,541
84636_at / GPR174 / FALSE / 0,001 / -1,542
399665_at / FAM102A / FALSE / 0,023 / -1,542
1508_at / CTSB / FALSE / 0,003 / -1,548
4636_at / MYL5 / FALSE / 0,010 / -1,548
144402_at / CPNE8 / FALSE / 0,000 / -1,548
283234_at / CCDC88B / FALSE / 0,001 / -1,550
55303_at / GIMAP4 / FALSE / 0,026 / -1,551
9605_at / VPS9D1 / FALSE / 0,002 / -1,558
162073_at / ITPRIPL2 / FALSE / 0,001 / -1,558
91523_at / PCED1B / FALSE / 0,012 / -1,559
11098_at / PRSS23 / FALSE / 0,023 / -1,563
85463_at / ZC3H12C / TRUE / 0,001 / -1,563
3590_at / IL11RA / FALSE / 0,044 / -1,563
10124_at / ARL4A / FALSE / 0,001 / -1,567
55788_at / LMBRD1 / FALSE / 0,000 / -1,568
441168_at / FAM26F / FALSE / 0,015 / -1,568
4345_at / CD200 / FALSE / 0,010 / -1,572
79618_at / HMBOX1 / FALSE / 0,000 / -1,572
3566_at / IL4R / FALSE / 0,004 / -1,574
126068_at / ZNF441 / FALSE / 0,002 / -1,574
2281_at / FKBP1B / FALSE / 0,010 / -1,574
64098_at / PARVG / FALSE / 0,025 / -1,577
645432_at / ARRDC5 / FALSE / 0,044 / -1,577
79956_at / ERMP1 / FALSE / 0,002 / -1,578
283149_at / BCL9L / FALSE / 0,014 / -1,580
6619_at / SNAPC3 / FALSE / 0,000 / -1,581
80256_at / FAM214B / FALSE / 0,007 / -1,581
130162_at / CLHC1 / FALSE / 0,001 / -1,581
24146_at / CLDN15 / FALSE / 0,004 / -1,582
23178_at / PASK / FALSE / 0,014 / -1,583
10870_at / HCST / FALSE / 0,000 / -1,583
80208_at / SPG11 / FALSE / 0,000 / -1,584
168374_at / ZNF92 / FALSE / 0,001 / -1,586
11031_at / RAB31 / FALSE / 0,004 / -1,588
64135_at / IFIH1 / FALSE / 0,036 / -1,590
481_at / ATP1B1 / TRUE / 0,007 / -1,590
2952_at / GSTT1 / TRUE / 0,003 / -1,590
2530_at / FUT8 / FALSE / 0,000 / -1,593
163702_at / IFNLR1 / FALSE / 0,002 / -1,593
93100_at / NAPRT1 / FALSE / 0,025 / -1,594
54800_at / KLHL24 / FALSE / 0,014 / -1,595
1604_at / CD55 / FALSE / 0,000 / -1,598
2123_at / EVI2A / FALSE / 0,000 / -1,601
64761_at / PARP12 / FALSE / 0,004 / -1,602
10653_at / SPINT2 / FALSE / 0,029 / -1,604
7480_at / WNT10B / FALSE / 0,001 / -1,606
7494_at / XBP1 / FALSE / 0,013 / -1,607
492311_at / IGIP / FALSE / 0,026 / -1,609
5148_at / PDE6G / FALSE / 0,018 / -1,611
4189_at / DNAJB9 / FALSE / 0,012 / -1,615
224_at / ALDH3A2 / FALSE / 0,000 / -1,619
6237_at / RRAS / FALSE / 0,002 / -1,621
9976_at / CLEC2B / TRUE / 0,000 / -1,622
1471_at / CST3 / FALSE / 0,016 / -1,630
307_at / ANXA4 / FALSE / 0,000 / -1,631
55336_at / FBXL8 / FALSE / 0,001 / -1,633
55281_at / TMEM140 / FALSE / 0,008 / -1,634
9021_at / SOCS3 / FALSE / 0,018 / -1,634
634_at / CEACAM1 / FALSE / 0,029 / -1,634
3673_at / ITGA2 / FALSE / 0,010 / -1,635
4090_at / SMAD5 / FALSE / 0,001 / -1,641
474344_at / GIMAP6 / FALSE / 0,000 / -1,645
731220_at / RFX8 / FALSE / 0,008 / -1,645
4205_at / MEF2A / FALSE / 0,000 / -1,649
1200_at / TPP1 / FALSE / 0,000 / -1,651
93349_at / SP140L / FALSE / 0,001 / -1,654
80003_at / PCNXL2 / FALSE / 0,001 / -1,654
1237_at / CCR8 / TRUE / 0,029 / -1,654
974_at / CD79B / FALSE / 0,002 / -1,656
85007_at / PHYKPL / FALSE / 0,007 / -1,663
8743_at / TNFSF10 / FALSE / 0,010 / -1,664
162962_at / ZNF836 / FALSE / 0,019 / -1,669
53346_at / TM6SF1 / FALSE / 0,001 / -1,674
4643_at / MYO1E / FALSE / 0,012 / -1,680
26137_at / ZBTB20 / FALSE / 0,021 / -1,685
387082_at / SUMO4 / FALSE / 0,002 / -1,689
9172_at / MYOM2 / FALSE / 0,000 / -1,689
222223_at / KIAA1324L / FALSE / 0,049 / -1,691
642852_at / LOC642852 / FALSE / 0,001 / -1,692
60468_at / BACH2 / FALSE / 0,000 / -1,695
678_at / ZFP36L2 / FALSE / 0,006 / -1,695
79603_at / CERS4 / FALSE / 0,004 / -1,697
114836_at / SLAMF6 / FALSE / 0,005 / -1,699
5920_at / RARRES3 / FALSE / 0,038 / -1,704
151888_at / BTLA / FALSE / 0,000 / -1,705
9924_at / PAN2 / FALSE / 0,002 / -1,710
22821_at / RASA3 / FALSE / 0,001 / -1,716
54_at / ACP5 / FALSE / 0,000 / -1,726
23328_at / SASH1 / FALSE / 0,003 / -1,730
4689_at / NCF4 / FALSE / 0,000 / -1,733
4783_at / NFIL3 / FALSE / 0,013 / -1,734
388228_at / SBK1 / FALSE / 0,010 / -1,741
9693_at / RAPGEF2 / FALSE / 0,000 / -1,751
84329_at / HVCN1 / TRUE / 0,002 / -1,754
114804_at / RNF157 / FALSE / 0,011 / -1,755
79899_at / PRR5L / TRUE / 0,025 / -1,756
114907_at / FBXO32 / TRUE / 0,001 / -1,767
54806_at / AHI1 / FALSE / 0,007 / -1,773
868_at / CBLB / FALSE / 0,004 / -1,776
5358_at / PLS3 / FALSE / 0,018 / -1,778
147968_at / CAPN12 / FALSE / 0,004 / -1,782
64778_at / FNDC3B / FALSE / 0,003 / -1,800
50943_at / FOXP3 / FALSE / 0,011 / -1,813
27106_at / ARRDC2 / FALSE / 0,002 / -1,825
6821_at / SUOX / FALSE / 0,000 / -1,830
351_at / APP / FALSE / 0,002 / -1,834
84628_at / NTNG2 / FALSE / 0,000 / -1,836
55194_at / EVA1B / FALSE / 0,000 / -1,840
80005_at / DOCK5 / FALSE / 0,000 / -1,843
79683_at / ZDHHC14 / FALSE / 0,023 / -1,849
80162_at / ATHL1 / FALSE / 0,007 / -1,863
3672_at / ITGA1 / TRUE / 0,001 / -1,863
56271_at / BEX4 / FALSE / 0,017 / -1,873
57688_at / ZSWIM6 / FALSE / 0,000 / -1,903
8784_at / TNFRSF18 / FALSE / 0,020 / -1,908
10077_at / TSPAN32 / FALSE / 0,002 / -1,908
4064_at / CD180 / FALSE / 0,002 / -1,928
9200_at / PTPLA / TRUE / 0,017 / -1,932
7462_at / LAT2 / FALSE / 0,005 / -1,937
100288778_at / LOC100288778 / FALSE / 0,004 / -1,942
10004_at / NAALADL1 / FALSE / 0,000 / -1,952
154075_at / SAMD3 / TRUE / 0,000 / -1,965
4118_at / MAL / FALSE / 0,027 / -1,966
11030_at / RBPMS / FALSE / 0,000 / -2,015
6659_at / SOX4 / FALSE / 0,002 / -2,018
3959_at / LGALS3BP / FALSE / 0,014 / -2,019
143903_at / LAYN / FALSE / 0,005 / -2,022
164668_at / APOBEC3H / FALSE / 0,000 / -2,050
54602_at / NDFIP2 / FALSE / 0,036 / -2,066
288_at / ANK3 / TRUE / 0,001 / -2,089
2272_at / FHIT / FALSE / 0,000 / -2,092
23604_at / DAPK2 / FALSE / 0,000 / -2,094
203_at / AK1 / FALSE / 0,011 / -2,133
9214_at / FAIM3 / TRUE / 0,007 / -2,145
51237_at / MZB1 / FALSE / 0,021 / -2,151
928_at / CD9 / FALSE / 0,015 / -2,169
221002_at / RASGEF1A / FALSE / 0,014 / -2,173
25861_at / DFNB31 / FALSE / 0,000 / -2,184
9022_at / CLIC3 / FALSE / 0,022 / -2,184
5445_at / PON2 / FALSE / 0,001 / -2,258
3684_at / ITGAM / FALSE / 0,001 / -2,265
8395_at / PIP5K1B / TRUE / 0,012 / -2,289
64174_at / DPEP2 / FALSE / 0,010 / -2,292
3002_at / GZMB / FALSE / 0,030 / -2,296
55283_at / MCOLN3 / FALSE / 0,003 / -2,319
3299_at / HSF4 / FALSE / 0,001 / -2,326
55353_at / LAPTM4B / FALSE / 0,030 / -2,400
28714_at / TRAJ41 / FALSE / 0,008 / -2,484
91937_at / TIMD4 / TRUE / 0,006 / -2,491
84419_at / C15orf48 / FALSE / 0,039 / -2,574
55790_at / CSGALNACT1 / TRUE / 0,001 / -2,606
11118_at / BTN3A2 / FALSE / 0,005 / -2,608
28660_at / TRAV23DV6 / FALSE / 0,007 / -2,614
3904_at / LAIR2 / TRUE / 0,006 / -2,627
3563_at / IL3RA / FALSE / 0,024 / -2,659
924_at / CD7 / FALSE / 0,000 / -2,703
26228_at / STAP1 / FALSE / 0,007 / -2,723
79191_at / IRX3 / FALSE / 0,004 / -2,754
1232_at / CCR3 / FALSE / 0,011 / -2,811
28662_at / TRAV21 / FALSE / 0,023 / -2,919
79895_at / ATP8B4 / FALSE / 0,001 / -2,931
10267_at / RAMP1 / FALSE / 0,005 / -2,960
2207_at / FCER1G / TRUE / 0,003 / -2,993
4069_at / LYZ / FALSE / 0,024 / -3,003
5732_at / PTGER2 / FALSE / 0,001 / -3,313
27115_at / PDE7B / FALSE / 0,000 / -3,523
6039_at / RNASE6 / FALSE / 0,002 / -3,569
1439_at / CSF2RB / FALSE / 0,000 / -3,625
197135_at / PATL2 / FALSE / 0,000 / -3,940
939_at / CD27 / TRUE / 0,000 / -4,163
5450_at / POU2AF1 / FALSE / 0,000 / -4,422