Supplementary table 1. Map strains used and results for IS900 RFLP and VNTR typing.

Strain / Country of origina / Host origin / Sourceb / RFLP patterns / MIRU-VNTR patternsc / INMV profilesd
K10* / USA / Bovine / DVBS / R01 / 32332228 / INMV 2
ATCC19698* / USA / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
1 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
6 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
8 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
9 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
10 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
13 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
14 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
18 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
19 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
20 / FR / Bovine / AFSSA / C18 / 32332118 / INMV 7
21 / FR / Bovine / AFSSA / C18 / 32332118 / INMV 7
25 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
26 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
27 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
28 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
37 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332118 / INMV 7
38 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
40 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
46 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
47 / FR / Bovine / AFSSA / C18 / 32332228 / INMV 2
48 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
51 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
52 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332229 / INMV 4
53 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
54 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332229 / INMV 4
55 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332229 / INMV 4
56 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
58 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332218 / INMV 5
60 / FR / Bovine / AFSSA / C2 / 42332218 / INMV 5
61 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
64 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
65 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
66 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332128 / INMV 6
68 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
69 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
71 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
74 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
75 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
76 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
77 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
79 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
84 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
85 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332218 / INMV 3
86 / FR / Bovine / AFSSA / C18 / 32332218 / INMV 3
87 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332218 / INMV 3
88 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332218 / INMV 3
89 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332218 / INMV 3
90 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
91 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
92 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
93 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332218 / INMV 5
94 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332218 / INMV 5
98 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
99 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
100 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332229 / INMV 4
101* / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 3233222(10) / INMV 10
102 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332229 / INMV 4
103 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
104 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
105 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
106* / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
107 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
108 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
109 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
110 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
111 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
114 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332218 / INMV 3
115 / FR / Bovine / AFSSA / C / 32332228 / INMV 2
134 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
135 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
136 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
137 / FR / Bovine / AFSSA / R10 / 42332228 / INMV 1
139 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332128 / INMV 6
140 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
141 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
143 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
146 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332218 / INMV 5
147 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
148 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332228 / INMV 2
159 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332328 / INMV 8
160 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332328 / INMV 8
161 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332228 / INMV 2
162 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
163 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
164 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 32332228 / INMV 2
170 / FR / Bovine / LVD 87 / R01 / 42332228 / INMV 1
171 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
172 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
173 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332528 / INMV 16
175 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332528 / INMV 16
176* / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 22522228 / INMV 12
177 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
178 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
179 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
180 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
181 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
182 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
183 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
184 / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
185 / IT / Bovine / IZSS / R01 / 32332228 / INMV 2
188 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
189 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
190 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
191 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
192 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332128 / INMV 19
193 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
195 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
196 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
199 / FR / Ovine / AFSSA / R01 / 32332228 / INMV 2
200* / FR / Ovine / AFSSA / R24 / 32332228 / INMV 2
201* / FR / Human / IP / R01 / 21332228 / INMV 9
202 / FR / Caprine / AFSSA / R01 / 42332228 / INMV 1
204 / NL / Human / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
205 / SW / Bovine / NIPHE / R13 / 22332228 / INMV 13
206 / CZ / Bovine / NIPHE / R05 / 32332128 / INMV 6
207 / CZ / Bovine / NIPHE / R03 / 43332228 / INMV 14
209 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
210 / NL / Bovine / NIPHE / R35 / 32332228 / INMV 2
211 / NL / Human / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
212 / UK / Bovine / NIPHE / R14 / 22332228 / INMV 13
214 / NL / Human / NIPHE / R10 / 32332428 / INMV 11
215 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
216 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
218 / NL / Bovine / NIPHE / R25 / 32332228 / INMV 2
219 / NL / Bovine / NIPHE / R21 / 32332228 / INMV 2
220 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
221 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 42332228 / INMV 1
222 / ARG / Bovine / NIPHE / R20 / 42332228 / INMV 1
223 / NL / Bovine / NIPHE / R28 / 32332228 / INMV 2
224 / ARG / Bovine / NIPHE / R30 / 42332228 / INMV 1
225 / ARG / Bovine / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
226 / ARG / Bovine / NIPHE / R31 / 32332428 / INMV 11
227 / ARG / Bovine / NIPHE / R17 / 42332228 / INMV 1
228 / NL / Bovine / NIPHE / R27 / 32432218 / INMV 15
229 / ARG / Deer / NIPHE / R33 / 42332228 / INMV 1
230 / CZ / Red Deer / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
231 / CZ / Red Deer / NIPHE / R34 / 42332228 / INMV 1
232 / CZ / Roe Deer / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
233 / CZ / Fallow Deer / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
234 / VEN / Bovine / NIPHE / R04 / 32332218 / INMV 3
235 / nd / Ovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
236 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332218 / INMV 3
237 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 42332228 / INMV 1
238 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
247 / CZ / Fallow Deer / NIPHE / R10 / 32330228 / INMV 34
267 / NL / Caprine / NIPHE / R01 / 32522228 / INMV 33
269 / ARG / Bovine / NIPHE / R01 / 42332228 / INMV 1
280 / ARG / Bovine / NIPHE / R01 / 42332228 / INMV 1
282 / IT / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
283 / NL / Bovine / NIPHE / R13 / 42332228 / INMV 1
284 / VEN / Bovine / NIPHE / R04 / 32332218 / INMV 3
286 / SLOV / Bovine / NIPHE / R06 / 32522228 / INMV 33
289 / UK / Rabbit / NIPHE / R09 / 32522228 / INMV 33
290 / NL / Bovine / NIPHE / R09 / 32522228 / INMV 33
291 / ARG / Deer / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
294 / CZ / Red Deer / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
295 / NL / Heck Cattle / NIPHE / R09 / 32332228 / INMV 2
298 / NL / Heck Cattle / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
299 / ARG / Bovine / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
300 / ARG / Bovine / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
301 / ARG / Bovine / NIPHE / R09 / 42332228 / INMV 1
302 / USA / Human / NIPHE / R10 / 32332228 / INMV 2
303 / CZ / Bovine / NIPHE / R10 / 32332228 / INMV 2
304 / ARG / Deer / NIPHE / R10 / 32332328 / INMV 8
307 / SW / Bovine / NIPHE / R13 / 22332228 / INMV 13
309 / ARG / Bovine / NIPHE / R20 / 42332228 / INMV 1
310 / NL / Bovine / NIPHE / R22 / 32332228 / INMV 2
312 / NL / Bovine / NIPHE / R24 / 32332228 / INMV 2
313 / NL / Bovine / NIPHE / R27 / 32532228 / INMV 39
314 / NL / Bovine / NIPHE / R29 / 32332218 / INMV 3
318 / CZ / Red Deer / NIPHE / R34 / 42332228 / INMV 1
322 / CZ / Red Deer / NIPHE / R34 / 42332228 / INMV 1
324 / USA / Human / NIPHE / R10 / 32332228 / INMV 2
325 / CZ / Bovine / NIPHE / R01 / 42332228 / INMV 1
329 / NL / Bovine / NIPHE / R01 / 32332228 / INMV 2
335 / NL / Bovine / NIPHE / R24 / 42332228 / INMV 1
422 / FR / Bovine / INRA / R01 / 31332228 / INMV 17
423 / FR / Caprine / INRA / R01 / 42332228 / INMV 1
7912* / FR / Bovine / AFSSA / R01 / 21332228 / INMV 9
186A* / FR / Caprine / INRA / R01 / 42332228 / INMV 1
187D* / FR / Bovine / INRA / R01 / 42332228 / INMV 1

a ARG : Argentina; FR : France; IT : Italy; CZ : Czech Republic; NL : the Netherlands; SW : Sweden; SLOV : Slovenia; UK : United Kingdom; USA : United States of America; VEN : Venezuela; nd : not determined.

bINRA: Institut National de la Recherche Agronomique Nouzilly, France ; AFSSA: Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, Maisons-Alfort, France; IP: Institut Pasteur, Paris, France (Dr. Véronique Vincent);NIPHE, National Institut of Public Health and the Environment, Bilthoven, The Netherlands, (Dr. Pieter Overduin); DVBS, Department of Veterinary and Biomedical Sciences, University of Nebraska, Lincoln, Nebraska, USA, (Dr. Raul Barletta) and LVD 87, Laboratoire Vétérinaire Départemental de Limoges, Limoges, France (Dr. Claude Couquet).

c MIRU: Mycobacterial Interspersed Repeat Unit; VNTR: Variable Number Tandem Repeat.

d INMV : INRA Nouzilly MIRU-VNTR.

* Stars indicate the isolates selected to initially screen the polymorphism of potential MIRU-VNTR loci identified in silico (see text).

Supplementary table 2. Non polymorphic Tandem Repeats, position and primer sequences.

# TR / Position of primer on Map genome / Predicted size
of PCR (bp) / Primer / Tm / Buffer used
start / stop / Forward / reverse / 1µl DMSO / 5µl Betaine
8 / 3936358 / 3936651 / 255 / agaagtgttgaggccgtgag / atcacgatgccgttgttctt / 58°C / + / -
14 / 621535 / 621857 / 301 / ccagctaggtgacgggtg / gggcatgcagaagcggat / 58°C / + / -
13 / 4673124 / 4673371 / 200 / cgcgctgacgatgttcct / caccacttcaccagccacag / 58°C / + / -
36 / 189241 / 189533 / 205 / gacggtcgacttcgcttgt / caaggcggccaagaagac / 58°C / + / -
52 / 610090 / 610501 / 250 / cagaacggcccgaacaac / ggttctggtcgtggtcgtag / 58°C / + / -
9 / 4238224 / 4238474 / 231 / gacgacgatcttcccgttcc / cggtagttgcggtcatcgtg / 60°C / - / +
11 / 4310599 / 4310842 / 214 / ggtcccacaacggattacaa / cgaacagctgctgggtgtagt / 60°C / + / +
49 / 4271152 / 4271565 / 391 / cggtcaccttcccatccc / gtgatctcggcctgcgtc / 60°C / + / -
1 / 118946 / 119200 / 211 / gtggtggccatggcagat / gccggtgatcagacccag / 60°C / + / +
2 / 1278774 / 1279033 / 203 / aggtcagacgtcctaacgagg / gcggagacaatccgtcat / 60°C / + / -
23 / 336595 / 336957 / 260 / ctcatgcactgaggatggc / cagcacccggagagtttaag / 60°C / + / -
27 / 4356485 / 4356940 / 371 / agtacgtcaaggacattcgc / accagcacgttctgagtcgt / 60°C / + / -
12 / 4426968 / 4427410 / 359 / gaggacgtccagcaggtgat / aattcgaacaggaagcgggt / 60°C / + / -
5 / 2960311 / 2960572 / 208 / agggcggtatcacccaaaac / gtagcgacgttggtctggat / 62°C / + / -
34 / 1381972 / 1382250 / 204 / agactggaaagaccatcggg / attgtcccagaggaactcaagtc / 62°C / + / -
43 / 3355410 / 3355731 / 267 / cgtcaccaaggacgtgaact / aacaagctgctggccgagat / 62°C / + / -
45 / 3587446 / 3587817 / 323 / gagtcgaccagcgaatccag / gtgtccatcgtgttcttcgac / 62°C / + / -
21 / 3186952 / 3187206 / 184 / attcgccggcgtagtcgtag / ctgttcatcggcttcatgttc / 62°C / + / -
6 / 3598310 / 3598756 / 405 / aactgacctcgaaactgcttgt / aaagtagcggaggccaacag / 62°C / + / -
4 / 254858 / 255140 / 206 / gaacagcagcgtgtaccagg / gtgaaactaacttcacggtcgg / 64°C / + / -
39 / 2285294 / 2285612 / 205 / agctgggtgacggtatcagt / gagcgtcgaactgaatcaatg / 64°C / - / +
24 / 3574280 / 3574774 / 381 / gtgaacttcctgccgaacaac / actaggttctggcggctttag / 64°C / + / +
16 / 1565300 / 1565564 / 200 / ctcctgtatcacaccaaacgc / aaggtcagatcgttgatgtcg / 66°C / - / +
17 / 1604699 / 1604963 / 200 / aaggtcagatcgttgatgtcg / ctcctgtatcacaccaaacgc / 66°C / - / +
26 / 4270875 / 4271206 / 274 / gacagccccggcaactac / ccgggatgggaaggtgac / 66°C / + / -
18 / 1798226 / 1798655 / 375 / gagcaccaccagcaccac / gtgggcgatcacgggtag

TR : Tandem Repeat

Supplementary table 3. IS900 RFLP patterns of Map strains.

Number of isolates / RFLP profile
131 / R01
10 / R09
7 / R10
4 / C18
3 / R13
3 / R24
3 / R34
2 / R04
2 / R20
2 / R27
1 / R03
1 / R05
1 / R06
1 / R14
1 / R17
1 / R21
1 / R22
1 / R25
1 / R28
1 / R29
1 / R30
1 / R31
1 / R33
1 / R35
1 / C
1 / C2

R and C types are designated according to the nomenclature of National Institute of Public Health and the Environment and Collins et al(5) and Pavlik et al(19), respectively.

Supplementary table 4. MIRU-VNTR patterns of Map isolates.

Number of isolates / Number of repeats at locus 292-X3-25-47-3-7-10-32 / INMV patterna
66 / 32332228 / INMV 2
62 / 42332228 / INMV 1
10 / 32332218 / INMV 3
8 / 32332128 / INMV 6
5 / 32332229 / INMV 4
5 / 42332218 / INMV 5
4 / 32522228 / INMV 33
3 / 32332118 / INMV 7
3 / 32332328 / INMV 8
3 / 22332228 / INMV 13
2 / 21332228 / INMV 9
2 / 32332428 / INMV 11
2 / 32332528 / INMV 16
1 / 3233222(10) / INMV 10
1 / 22522228 / INMV 12
1 / 43332228 / INMV 14
1 / 32432218 / INMV 15
1 / 31332228 / INMV 17
1 / 42332128 / INMV 19
1 / 32330228 / INMV 34
1 / 32532228 / INMV 39

a INMV (INRA Nouzilly MIRU-VNTR)

Supplementary table 5. Combination methods IS900 RFLP and MIRU-VNTR typing.

Number of isolates / Combined MIRU-VNTR (INMV designations)
and IS900 RFLP patterns
53 / 2-R01
44 / 1-R01
7 / 1-R09
7 / 6-R01
6 / 3-R01
5 / 4-R01
4 / 5-R01
3 / 1-R34
3 / 2-R10
2 / 1-R20
2 / 2-R24
2 / 3-R04
2 / 7-C18
2 / 8-R01
2 / 9-R01
2 / 13-R13
2 / 16-R01
2 / 33-R09
1 / 1-R10
1 / 1-R13
1 / 1-R17
1 / 1-R24
1 / 1-R30
1 / 1-R33
1 / 2-C
1 / 2-C18
1 / 2-R09
1 / 2-R21
1 / 2-R22
1 / 2-R25
1 / 2-R28
1 / 2-R35
1 / 3-C18
1 / 3-R29
1 / 5-C2
1 / 6-R05
1 / 7-R01
1 / 8-R10
1 / 10-R01
1 / 11-R10
1 / 11-R31
1 / 12-R01
1 / 13-R14
1 / 14-R03
1 / 15-R27
1 / 17-R01
1 / 19-R01
1 / 33-R01
1 / 33-R06
1 / 34-R10
1 / 39-R27

MIRU : Mycobacterial Interspersed Repeat Unit; VNTR : Variable Number Tandem Repeat; INMV : INRA Nouzilly MIRU-VNTR.

Supplementary table 6. M. avium strains used and results for IS1245 RFLP and MIRU-VNTR typing.

Strain / Sourcea / RFLP patterns / MIRU-VNTR patterns / INMV profiles
25291 / ATCC / ND / 23131127 / INMV 67
940324 / IPp / IPP36/01 / 23221228 / INMV 40
940418 / IPp / IPP36/03 / 02331228 / INMV 41
940427 / IPp / IPP52/01 / 24221225 / INMV 42
940534 / IPp / IPP20/01 / 22221228 / INMV 43
940545 / IPp / IPP50/02 / 23221227 / INMV 44
940589 / IPp / IPP10/01 / 24221227 / INMV 45
940590 / IPp / IPP10/03 / 24221227 / INMV 45
940591 / IPp / IPP10/02 / 22221229 / INMV 46
940617 / IPp / IPP05/01 / 23221228 / INMV 40
940624 / IPp / IPP09/01 / 26221228 / INMV 47
940644 / IPp / ND / 02431228 / INMV 48
940653 / IPp / IPP32/02 / 22221228 / INMV 43
940662 / IPp / IPP22/02 / 26221229 / INMV 49
940663 / IPp / IPP22/03 / 32231228 / INMV 50
940694 / IPp / IPP39/01 / 24221228 / INMV 51
940709 / IPp / IPP03/01 / 25221229 / INMV 52
940807 / IPp / IPP10/04 / 24221228 / INMV 51
940828 / IPp / IPP49/02 / 24221228 / INMV 51
940896 / IPp / IPP01/01 / 05321228 / INMV 53
940935 / IPp / IPP11/02 / 24221228 / INMV 51
940948 / IPp / IPP47/02 / 23221228 / INMV 40
940955 / IPp / IPP14/01 / 22221228 / INMV 43
941003 / IPp / IPP27/03 / 24221228 / INMV 51
941024 / IPp / IPP22/05 / 24221228 / INMV 51
941110 / IPp / IPP39/02 / 22431218 / INMV 54
941128 / IPp / IPP50/05 / 22231228 / INMV 55
941134 / IPp / IPP30/01 / 24221228 / INMV 51
941225 / IPp / ND / 22431218 / INMV 54
941252 / IPp / ND / 22221228 / INMV 43
941407 / IPp / IPP21/04 / 22431218 / INMV 54
941431 / IPp / IPP51/01 / 02431228 / INMV 56
941459 / IPp / IPP17/02 / 22221228 / INMV 43
950002 / IPp / IPP22/06 / 22231228 / INMV 55
950014 / IPp / IPP05/02 / 22221228 / INMV 43
950053 / IPp / ND / 22431218 / INMV 54
950058 / IPp / IPP20/02 / 25221229 / INMV 52
950201 / IPp / IPP03/04 / 22231218 / INMV 57
950237 / IPp / IPP54/02 / 15431228 / INMV 58
950244 / IPp / IPP09/02 / 22221228 / INMV 43
950268 / IPp / IPP42/02 / 22221228 / INMV 43
950283 / IPp / IPP09/04 / 22221228 / INMV 43
950305 / IPp / IPP14/03 / 24221228 / INMV 51
950335 / IPp / IPP18/02 / 22221228 / INMV 43
950351 / IPp / IPP42/03 / 24321228 / INMV 59
950426 / IPp / IPP18/03 / 22221228 / INMV 43
950435 / IPp / IPP21/01 / 24221218 / INMV 60
950438 / IPp / IPP55/02 / 22231228 / INMV 55
950484 / IPp / IPP23/01 / 23221228 / INMV 40
950485 / IPp / IPP23/02 / 24221228 / INMV 51
950492 / IPp / IPP36/13 / 22221229 / INMV 46
950572 / IPp / IPP45/01 / 24221228 / INMV 51
950573 / IPp / IPP30/02 / 32231228 / INMV 61
950584 / IPp / IPP22/07 / 23221228 / INMV 40
950599 / IPp / IPP09/05 / 24221228 / INMV 51
950624 / IPp / IPP49/04 / 23221228 / INMV 40
950625 / IPp / ND / 05521228 / INMV 62
950740 / IPp / IPP21/07 / 24221228 / INMV 51
950741 / IPp / IPP21/08 / 24221228 / INMV 51
950750 / IPp / IPP36/07 / 25221229 / INMV 52
950751 / IPp / IPP36/11 / 22221228 / INMV 43
950761 / IPp / IPP11/06 / 24221228 / INMV 51
950772 / IPp / IPP22/08 / 25221227 / INMV 63
950817 / IPp / IPP54/01 / 05531227 / INMV 64
950819 / IPp / IPP43/02 / 22221228 / INMV 43
950856 / IPp / IPP32/05 / 24221228 / INMV 51
950881 / IPp / IPP44/02 / 22221228 / INMV 43
850885 / IPp / IPP50/09 / 05531228 / INMV 65
950973 / IPp / IPP52/02 / 24221228 / INMV 51
951013 / IPp / IPP11/03 / 22221228 / INMV 43
951054 / IPp / IPP28/01 / 24221228 / INMV 51
951089 / IPp / IPP56/01 / 22221228 / INMV 43
951175 / IPp / IPP28/03 / 24221228 / INMV 51
951187 / IPp / IPP21/09 / 05321228 / INMV 53
951327 / IPp / IPP54/03 / 24221228 / INMV 51
951374 / IPp / IPP40/01 / 24221228 / INMV 51
951464 / IPp / IPP09/06 / 33231218 / INMV 66
951561 / IPp / ND / 24221228 / INMV 51
951562 / IPp / ND / 23221228 / INMV 40
951699 / IPp / ND / 25221229 / INMV 52
Ma 104 / DVBS / ND / 25221129 / INMV 18
St18 / AFSSA / ND / 21131228 / INMV 68

a IPp : Institute Pasteur of Paris, France; DVBS : Department of Veterinary and Biomedical Sciences, University of Nebraska, USA (Dr Raul Barletta); AFSSA : Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, Maisons-Alfort, France; ND: Not Determined.

b MIRU : Mycobacterial Interspersed Repeat Units; VNTR : Variable Number Tandem Repeat.

c INMV : INRA Nouzilly MIRU-VNTR.

Supplementary table 7. INMV patterns of M. avium strains.

Number of isolates / Number of repeats at locus 292-X3-25-47-3-7-10-32 / INMV patterna
21 / 24221228 / INMV 51
16 / 22221228 / INMV 43
7 / 23221228 / INMV 40
4 / 25221229 / INMV 52
4 / 22431218 / INMV 54
3 / 22231228 / INMV 55
2 / 24221227 / INMV 45
2 / 22221229 / INMV 46
2 / 05321228 / INMV 53
1 / 25221129 / INMV 18
1 / 02331228 / INMV 41
1 / 24221225 / INMV 42
1 / 23221227 / INMV 44
1 / 26221228 / INMV 47
1 / 02431228 / INMV 48
1 / 26221229 / INMV 49
1 / 32231228 / INMV 50
1 / 02431228 / INMV 56
1 / 22231218 / INMV 57
1 / 15431228 / INMV 58
1 / 24321228 / INMV 59
1 / 24221218 / INMV 60
1 / 32231228 / INMV 61
1 / 05521228 / INMV 62
1 / 25221227 / INMV 63
1 / 05531227 / INMV 64
1 / 05531228 / INMV 65
1 / 33231218 / INMV 66
1 / 23131127 / INMV 67
1 / 21131228 / INMV 68

a INMV (INRA Nouzilly MIRU-VNTR).