Supplementary Material 3: Statistical analysis of RNA sequencing of CNS samples from EAE diseased SJL/J mice. Significantly regulated genes comparing exacerbation and remission (Rem) of disease are shown. Logarithmic fold change (logFC), logarithmic counts per million reads (logCPM), p values, false discovery rate (FDR) and total read counts for peak, remission and relapse are reported for three experimental repeats.

Gene / logFC / logCPM / PValue / FDR / Total read count
CNS Exa / CNS Exa / CNS Exa / CNS Rem / CNS Rem / CNS Rem / CNS Relapse / CNS Relapse / CNS Relapse
Genes higher expressed during exacerbation of disease / Ms4a8a / 4,8 / 4,3 / 1,73E-08 / 4,77E-05 / 168 / 111 / 289 / 11 / 0 / 3 / 13 / 78 / 31
Arg1 / 5,1 / 8,6 / 1,66E-07 / 3,27E-04 / 2869 / 711 / 5919 / 106 / 39 / 43 / 130 / 2672 / 1267
Chi3l3 / 4,7 / 9,4 / 3,28E-06 / 3,68E-03 / 11044 / 2386 / 7481 / 203 / 229 / 85 / 64 / 2954 / 807
Ecm1 / 3,0 / 6,2 / 8,90E-06 / 8,01E-03 / 650 / 256 / 704 / 46 / 41 / 39 / 85 / 625 / 242
Nt5e / 3,3 / 4,1 / 1,33E-05 / 1,08E-02 / 129 / 85 / 191 / 17 / 4 / 6 / 17 / 120 / 35
Kazald1 / 7,5 / 1,8 / 6,82E-05 / 3,25E-02 / 23 / 11 / 37 / 0 / 0 / 0 / 0 / 28 / 5
Slc36a2 / 4,9 / 2,3 / 0,000125 / 4,80E-02 / 17 / 18 / 29 / 0 / 0 / 1 / 7 / 61 / 19
Genes higher expressed during remission of disease / Igkv6-23 / -6,1 / 3,9 / 3,63E-09 / 2,89E-05 / 0 / 0 / 4 / 27 / 56 / 85 / 226 / 30 / 44
Igkc / -4,1 / 7,4 / 4,18E-09 / 2,89E-05 / 84 / 115 / 72 / 987 / 233 / 1382 / 1058 / 203 / 375
Igj / -4,7 / 5,4 / 7,94E-09 / 3,66E-05 / 11 / 18 / 22 / 374 / 50 / 379 / 183 / 18 / 71
Ighg1 / -11,3 / 5,2 / 1,47E-08 / 4,77E-05 / 0 / 0 / 0 / 53 / 57 / 425 / 417 / 0 / 20
Il2rb / -4,0 / 3,2 / 1,08E-07 / 2,49E-04 / 8 / 2 / 8 / 76 / 34 / 74 / 19 / 12 / 20
Hspa1b / -3,2 / 3,9 / 2,70E-07 / 4,66E-04 / 17 / 21 / 16 / 60 / 132 / 84 / 27 / 13 / 8
Ighg2b / -6,0 / 7,1 / 3,09E-07 / 4,74E-04 / 18 / 0 / 41 / 432 / 154 / 1574 / 1085 / 214 / 144
Ighv5-6 / -10,1 / 3,3 / 1,30E-06 / 1,80E-03 / 0 / 0 / 0 / 6 / 0 / 208 / 0 / 0 / 0
Hspa1a / -2,6 / 5,8 / 3,28E-06 / 3,68E-03 / 75 / 155 / 51 / 167 / 524 / 239 / 75 / 86 / 42
Mgl2 / -2,1 / 6,0 / 3,46E-06 / 3,68E-03 / 106 / 151 / 67 / 206 / 307 / 261 / 295 / 268 / 202
Il12b / -2,2 / 5,7 / 7,09E-06 / 7,00E-03 / 64 / 115 / 78 / 221 / 308 / 161 / 136 / 301 / 192
Ighg2c / -4,5 / 4,2 / 9,28E-06 / 8,01E-03 / 7 / 0 / 16 / 81 / 22 / 190 / 80 / 18 / 72
Igkv6-20 / -10,0 / 3,5 / 1,46E-05 / 1,12E-02 / 0 / 0 / 0 / 32 / 0 / 188 / 51 / 0 / 0
Ighv4-1 / -8,5 / 2,5 / 1,56E-05 / 1,13E-02 / 0 / 0 / 0 / 89 / 23 / 0 / 59 / 5 / 0
Ighv1-55 / -7,3 / 2,3 / 1,72E-05 / 1,19E-02 / 1 / 0 / 0 / 26 / 0 / 95 / 0 / 0 / 0
Igkv1-117 / -7,7 / 2,0 / 1,89E-05 / 1,24E-02 / 0 / 0 / 0 / 50 / 2 / 10 / 50 / 0 / 9
Hist1h2be / -4,7 / 1,8 / 2,57E-05 / 1,61E-02 / 2 / 1 / 0 / 21 / 16 / 17 / 24 / 2 / 13
Ighv8-8 / -6,8 / 0,5 / 2,89E-05 / 1,73E-02 / 0 / 0 / 0 / 13 / 10 / 6 / 0 / 0 / 0
Treml4 / -3,4 / 3,7 / 4,38E-05 / 2,52E-02 / 15 / 11 / 13 / 12 / 171 / 47 / 28 / 31 / 14
Igha / -2,8 / 3,6 / 5,13E-05 / 2,83E-02 / 13 / 9 / 17 / 87 / 17 / 69 / 89 / 52 / 22
Prr11 / -4,9 / 1,3 / 6,25E-05 / 3,25E-02 / 0 / 0 / 2 / 12 / 26 / 5 / 7 / 6 / 4
Clec9a / -2,3 / 5,4 / 6,55E-05 / 3,25E-02 / 74 / 86 / 45 / 202 / 161 / 219 / 373 / 52 / 95
Xcl1 / -5,3 / 1,5 / 6,65E-05 / 3,25E-02 / 0 / 2 / 0 / 17 / 30 / 8 / 1 / 3 / 11
Tanc2 / -2,5 / 4,2 / 7,20E-05 / 3,32E-02 / 14 / 46 / 25 / 185 / 64 / 56 / 99 / 19 / 59
Igkv3-5 / -7,8 / 1,2 / 8,32E-05 / 3,65E-02 / 0 / 0 / 0 / 11 / 0 / 39 / 1 / 0 / 0
Klrc1 / -6,7 / 0,6 / 8,46E-05 / 3,65E-02 / 0 / 0 / 0 / 9 / 7 / 10 / 1 / 0 / 4
Tmem150c / -3,2 / 2,4 / 0,000105 / 4,38E-02 / 3 / 9 / 7 / 53 / 50 / 10 / 5 / 4 / 6
Tnni2 / -2,1 / 3,9 / 0,000117 / 4,75E-02 / 24 / 44 / 20 / 108 / 80 / 40 / 38 / 42 / 39
Igkv9-120 / -7,3 / 1,6 / 0,000125 / 4,80E-02 / 0 / 0 / 0 / 29 / 16 / 1 / 38 / 1 / 0

Increase of alternatively activated antigen presenting cells in active experimental autoimmune encephalomyelitis. Beatrice Wasser, Gautam Pramanik, Moritz Hess, Matthias Klein, Klaus Dornmair, Tobias Bopp, Frauke Zipp, Esther Witsch

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