Supplementary figure S1: Parching groundwater level during the stress period for trials conducted for fine mapping of qDTY9.1(Fig. S1a-DS2009; Fig. S1b-DS2010)
Supplementary table S1: Field performance of lines with different segments of qDTY9.1 with mean of line classes.
GY: grain yield (kg ha-1), DTF: days to 50% flowering, HT: plant height (cm), LSS: lowland severe stress, LMS: lowland moderate stress, LNS: lowland non-stress
S. No / Designation / Marker Data / Trait DataRM321 / RM566 / RM24325 / RM24334 / RM24350 / RM24390 / RM24421 / GY(LSS) / GY(LMS) / GY(LNS) / DTF(LSS) / DTF(LMS) / DTF(LNS) / HT(LSS) / HT(LNS)
Lines with full segment of qDTY9.1
1 / IR 87728-36 / A / A / A / A / A / A / A / 626 / 1303 / 6190 / 95 / 87 / 84 / 63 / 102
2 / IR 87728-65 / A / A / A / A / A / A / A / 735 / 1538 / 4798 / 95 / 87 / 86 / 60 / 100
3 / IR 87728-67 / A / A / A / A / A / A / A / 574 / 2054 / 6180 / 95 / 88 / 85 / 68 / 104
4 / IR 87728-75 / A / A / A / A / A / A / A / 1247 / 1095 / 6250 / 95 / 87 / 88 / 73 / 104
5 / IR 87728-77 / A / A / A / A / A / A / A / 595 / 1236 / 5569 / 95 / 88 / 84 / 61 / 100
6 / IR 87728-102 / A / A / A / A / A / A / A / 1174 / 1190 / 6060 / 95 / 88 / 88 / 69 / 98
7 / IR 87728-133 / A / A / A / A / A / A / A / . / 1025 / 6004 / . / 88 / 86 / . / 104
8 / IR 87728-136 / A / A / A / A / A / A / A / 979 / 1218 / 6242 / 92 / 88 / 88 / 69 / 93
9 / IR 87728-166 / A / A / A / A / A / A / A / 870 / 1753 / 4944 / 95 / 87 / 87 / 63 / 101
10 / IR 87728-237 / A / A / A / A / A / A / A / . / 779 / 7657 / . / 91 / 88 / . / 99
11 / IR 87728-244 / A / A / A / A / A / A / A / 974 / 1184 / 5865 / 92 / 87 / 85 / 60 / 101
12 / IR 87728-249 / A / A / A / A / A / A / A / 1223 / 2063 / 4600 / 95 / 86 / 84 / 63 / 104
13 / IR 87728-258 / A / A / A / A / A / A / A / 838 / 1065 / 6348 / 95 / 88 / 84 / 72 / 99
14 / IR 87728-297 / A / A / A / A / A / A / A / . / 1884 / 5394 / . / 89 / 88 / . / 100
15 / IR 87728-301 / A / A / A / A / A / A / A / 1072 / 1368 / 6947 / 95 / 88 / 87 / 67 / 95
16 / IR 87728-361 / A / A / A / A / A / A / A / 1052 / 911 / 7191 / 95 / 87 / 86 / 76 / 95
17 / IR 87728-369 / A / A / A / A / A / A / A / 885 / 1203 / 5714 / 95 / 88 / 87 / 64 / 99
18 / IR 87728-399 / A / A / A / A / A / A / A / 1118 / 1255 / 5251 / 95 / 89 / 88 / 65 / 99
19 / IR 87728-407 / A / A / A / A / A / A / A / 758 / 2358 / 7035 / 95 / 89 / 88 / 65 / 97
20 / IR 87728-442 / A / A / A / A / A / A / A / 824 / 1628 / 6293 / 95 / 87 / 87 / 64 / 97
21 / IR 87728-469 / A / A / A / A / A / A / A / 864 / 821 / 5618 / 95 / 86 / 84 / 68 / 96
22 / IR 87728-479 / A / A / A / A / A / A / A / 853 / 1440 / 6449 / 95 / 87 / 84 / 72 / 103
23 / IR 87728-503 / A / A / A / A / A / A / A / 1310 / 547 / 6192 / 95 / 87 / 86 / 61 / 101
24 / IR 87728-508 / A / A / A / A / A / A / A / 717 / 1194 / 5115 / 95 / 88 / 85 / 63 / 95
25 / IR 87728-509 / A / A / A / A / A / A / A / 704 / 1474 / 6035 / 99 / 86 / 88 / 61 / 98
26 / IR 87728-512 / A / A / A / A / A / A / A / 846 / 1362 / 5688 / 95 / 87 / 88 / 59 / 98
Line class with mean / A / A / A / A / A / A / A / 906 / 1344 / 5986 / 95 / 88 / 86 / 65 / 99
Lines with qDTY9.1A and region with negative effect region-RM24334
1 / IR 87728-48 / A / A / A / A / I / I / I / 597 / 1429 / 6085 / 95 / 87 / 86 / 64 / 102
2 / IR 87728-192 / A / A / A / A / I / I / I / 774 / 907 / 5984 / 95 / 87 / 87 / 64 / 95
3 / IR 87728-454 / A / A / A / A / I / I / I / 340 / 556 / 5139 / 95 / 88 / 88 / 60 / 99
4 / IR 87728-457 / A / A / A / A / I / I / I / . / 850 / 5851 / . / 87 / 86 / . / 105
Line class with mean / A / A / A / A / I / I / I / 570 / 936 / 5765 / 95 / 87 / 87 / 62 / 100
Lines with qDTY9.1A and qDTY9.1Bbut with absence of negative effect region RM24334
1 / IR 87728-170 / A / A / A / I / A / A / A / 1039 / 1664 / 6351 / 95 / 87 / 87 / 70 / 103
2 / IR 87728-425 / A / A / A / I / A / A / A / 1381 / 1540 / 5440 / 95 / 88 / 88 / 71 / 93
3 / IR 87728-421 / A / A / A / I / A / A / A / 1009 / 1137 / 6886 / 92 / 86 / 88 / 65 / 99
4 / IR 87728-438 / A / A / A / I / A / A / A / 692 / 1160 / 4733 / 95 / 88 / 88 / 62 / 94
5 / IR 87728-445 / A / A / A / I / A / A / A / 795 / 1168 / 5308 / 95 / 86 / 86 / 68 / 100
6 / IR 87728-474 / A / A / A / I / A / A / A / 1237 / 1523 / 5584 / 95 / 88 / 86 / 66 / 99
7 / IR 87728-475 / A / A / A / I / A / A / A / 1192 / 422 / 5590 / 95 / 87 / 87 / 61 / 100
8 / IR 87728-499 / A / A / A / I / A / A / A / 953 / 1270 / 5184 / 95 / 88 / 88 / 61 / 101
9 / IR 87728-513 / A / A / A / I / A / A / A / 1461 / 1234 / 5862 / 95 / 86 / 88 / 66 / 105
Line class with mean / A / A / A / I / A / A / A / 1084 / 1235 / 5660 / 95 / 87 / 87 / 66 / 99
Lines with partial segment of qDTY9.1 A region without negative effect region-RM24334
1 / IR 87728-350 / I / A / A / I / I / I / I / 1072 / 1135 / 6726 / 95 / 89 / 88 / 62 / 99
2 / IR 87728-426 / I / A / A / I / I / I / I / 559 / 958 / 6571 / 95 / 87 / 85 / 68 / 98
3 / IR 87728-436 / I / A / A / I / I / I / I / 977 / 1041 / 6826 / 95 / 87 / 85 / 60 / 100
4 / IR 87728-495 / I / A / A / I / I / I / I / 757 / 1498 / 6697 / 95 / 87 / 85 / 64 / 94
Line class with mean / I / A / A / I / I / I / I / 842 / 1158 / 6705 / 95 / 87 / 86 / 64 / 98
Lines with full segment of qDTY9.1A without negative effect region-RM24334
1 / IR 87728-510 / A / A / A / I / I / I / I / 840 / 1497 / 7218 / 95 / 88 / 88 / 65 / 100
2 / IR 87728-519 / A / A / A / I / I / I / I / 1046 / 1496 / 4664 / 95 / 87 / 84 / 66 / 98
3 / IR 87728-528 / A / A / A / I / I / I / I / 684 / 1273 / 5816 / 99 / 88 / 86 / 71 / 103
Line class with mean / A / A / A / I / I / I / I / 857 / 1422 / 5899 / 96 / 87 / 86 / 67 / 100
Lines with qDTY9.1A with IR64 allele at RM24325 and without negative effect region-RM24334
1 / IR 87728-203 / A / A / I / I / I / I / I / 781 / 1722 / 5611 / 92 / 88 / 87 / 63 / 104
2 / IR 87728-234 / A / A / I / I / I / I / I / 703 / 1495 / 7015 / 95 / 88 / 87 / 62 / 98
3 / IR 87728-285 / A / A / I / I / I / I / I / 679 / 1107 / 4850 / 99 / 87 / 88 / 72 / 98
4 / IR 87728-287 / A / A / I / I / I / I / I / 825 / 2115 / 6257 / 92 / 86 / 87 / 62 / 101
5 / IR 87728-374 / A / A / I / I / I / I / I / 865 / 1433 / 7150 / 94 / 88 / 85 / 66 / 100
6 / IR 87728-492 / A / A / I / I / I / I / I / 1026 / 1896 / 4784 / 94 / 87 / 84 / 67 / 94
Line class with mean / A / A / I / I / I / I / I / 813 / 1628 / 5944 / 94 / 87 / 86 / 65 / 99
Lines with qDTY9.1A and qDTY9.1Bwith IR64 allele at RM24325 and without negative effect region-RM24334
1 / IR 87728-94 / A / A / I / I / A / A / A / 1129 / 1402 / 7163 / 95 / 87 / 84 / 64 / 94
2 / IR 87728-123 / A / A / I / I / A / A / A / 857 / 2005 / 7187 / 95 / 86 / 86 / 57 / 100
3 / IR 87728-137 / A / A / I / I / A / A / A / 744 / 1735 / 6586 / 93 / 88 / 85 / 63 / 92
4 / IR 87728-162 / A / A / I / I / A / A / A / 1441 / 1383 / 6402 / 95 / 87 / 88 / 65 / 97
5 / IR 87728-189 / A / A / I / I / A / A / A / 1371 / 997 / 6184 / 95 / 87 / 86 / 69 / 100
6 / IR 87728-190 / A / A / I / I / A / A / A / 903 / 1262 / 5693 / 95 / 87 / 86 / 69 / 99
7 / IR 87728-200 / A / A / I / I / A / A / A / 1119 / 1057 / 7117 / 99 / 87 / 87 / 65 / 101
8 / IR 87728-240 / A / A / I / I / A / A / A / 1009 / 1126 / 6054 / 92 / 87 / 87 / 68 / 101
9 / IR 87728-247 / A / A / I / I / A / A / A / 1024 / 1228 / 5544 / 95 / 87 / 85 / 61 / 95
10 / IR 87728-260 / A / A / I / I / A / A / A / 918 / 1797 / 5978 / 95 / 89 / 84 / 64 / 98
11 / IR 87728-268 / A / A / I / I / A / A / A / 691 / 1148 / 6150 / 95 / 85 / 87 / 63 / 100
12 / IR 87728-270 / A / A / I / I / A / A / A / 1020 / 1047 / 6454 / 95 / 87 / 85 / 63 / 98
13 / IR 87728-275 / A / A / I / I / A / A / A / 999 / 1293 / 7036 / 92 / 88 / 86 / 64 / 101
14 / IR 87728-303 / A / A / I / I / A / A / A / 657 / 922 / 6432 / 95 / 92 / 85 / 59 / 97
15 / IR 87728-331 / A / A / I / I / A / A / A / 792 / 2488 / 5301 / 95 / 87 / 84 / 65 / 98
16 / IR 87728-380 / A / A / I / I / A / A / A / 937 / 1246 / 5619 / 95 / 88 / 88 / 68 / 97
17 / IR 87728-384 / A / A / I / I / A / A / A / 1162 / 1639 / 6180 / 95 / 86 / 87 / 64 / 102
18 / IR 87728-402 / A / A / I / I / A / A / A / 835 / 1533 / 5859 / 92 / 86 / 88 / 60 / 101
19 / IR 87728-406 / A / A / I / I / A / A / A / 1083 / 1383 / 6776 / 95 / 86 / 87 / 65 / 94
20 / IR 87728-411 / A / A / I / I / A / A / A / 1325 / 1341 / 6330 / 95 / 87 / 84 / 62 / 93
21 / IR 87728-435 / A / A / I / I / A / A / A / 959 / 1625 / 5815 / 95 / 87 / 84 / 66 / 92
22 / IR 87728-448 / A / A / I / I / A / A / A / 884 / 1077 / 6263 / 95 / 88 / 85 / 67 / 95
23 / IR 87728-461 / A / A / I / I / A / A / A / . / 1439 / 6014 / . / 87 / 88 / . / 100
24 / IR 87728-462 / A / A / I / I / A / A / A / 927 / 1054 / 5910 / 95 / 88 / 84 / 65 / 104
25 / IR 87728-466 / A / A / I / I / A / A / A / 1018 / 1345 / 5760 / 90 / 87 / 88 / 69 / 104
26 / IR 87728-470 / A / A / I / I / A / A / A / 733 / 1065 / 5804 / 92 / 87 / 87 / 63 / 98
Line class with mean / A / A / I / I / A / A / A / 981 / 1371 / 6216 / 94 / 87 / 86 / 64 / 98
Lines with intermediate region
1 / IR 87728-49 / I / I / A / A / I / I / I / 839 / 1582 / 4221 / 92 / 87 / 86 / 65 / 102
2 / IR 87728-92 / I / I / A / A / I / I / I / 599 / 446 / 6883 / 95 / 86 / 84 / 70 / 97
3 / IR 87728-97 / I / I / A / A / I / I / I / 464 / 1460 / 5680 / 92 / 87 / 84 / 63 / 91
4 / IR 87728-112 / I / I / A / A / I / I / I / 608 / 221 / 6239 / 95 / 88 / 88 / 65 / 93
5 / IR 87728-129 / I / I / A / A / I / I / I / 871 / 1273 / 5969 / 92 / 88 / 86 / 59 / 102
6 / IR 87728-140 / I / I / A / A / I / I / I / 805 / 1390 / 6554 / 95 / 87 / 85 / 57 / 96
7 / IR 87728-216 / I / I / A / A / I / I / I / 856 / 1046 / 4635 / 95 / 87 / 84 / 65 / 97
8 / IR 87728-225 / I / I / A / A / I / I / I / 843 / 1414 / 5510 / 95 / 91 / 88 / 69 / 102
9 / IR 87728-245 / I / I / A / A / I / I / I / 725 / 1005 / 6749 / 92 / 87 / 88 / 64 / 90
10 / IR 87728-252 / I / I / A / A / I / I / I / 1051 / 952 / 6372 / 92 / 93 / 87 / 63 / 97
11 / IR 87728-308 / I / I / A / A / I / I / I / 790 / 282 / 5048 / 92 / 87 / 88 / 61 / 95
12 / IR 87728-312 / I / I / A / A / I / I / I / 407 / 1016 / 6026 / 99 / 87 / 88 / 58 / 104
13 / IR 87728-357 / I / I / A / A / I / I / I / 933 / 326 / 7001 / 95 / 88 / 87 / 66 / 103
14 / IR 87728-401 / I / I / A / A / I / I / I / 891 / 1193 / 6194 / 95 / 87 / 87 / 60 / 101
15 / IR 87728-418 / I / I / A / A / I / I / I / 523 / 2026 / 5530 / 95 / 87 / 86 / 62 / 99
16 / IR 87728-482 / I / I / A / A / I / I / I / 312 / 597 / 6460 / 99 / 87 / 86 / 65 / 99
Line class with mean / I / I / A / A / I / I / I / 720 / 1014 / 5942 / 94 / 88 / 86 / 63 / 98
Lines with partial segment of qDTY9.1 A
1 / IR 87728-79 / A / I / I / I / I / I / I / 688 / 870 / 5104 / 95 / 88 / 88 / 60 / 98
2 / IR 87728-83 / A / I / I / I / I / I / I / 473 / 920 / 5009 / 95 / 88 / 88 / 65 / 95
3 / IR 87728-99 / A / I / I / I / I / I / I / 760 / 1157 / 6573 / 95 / 88 / 86 / 63 / 98
4 / IR 87728-142 / A / I / I / I / I / I / I / 858 / 1122 / 5991 / 92 / 89 / 85 / 67 / 105
5 / IR 87728-222 / A / I / I / I / I / I / I / 768 / 1215 / 5521 / 95 / 88 / 85 / 64 / 95
6 / IR 87728-281 / A / I / I / I / I / I / I / 439 / 1618 / 6870 / 95 / 87 / 84 / 65 / 98
7 / IR 87728-290 / A / I / I / I / I / I / I / 1080 / 1710 / 5766 / 92 / 88 / 85 / 64 / 102
8 / IR 87728-375 / A / I / I / I / I / I / I / 1273 / 514 / 6915 / 92 / 87 / 87 / 65 / 101
Line class with mean / A / I / I / I / I / I / I / 792 / 1141 / 5968 / 94 / 88 / 86 / 64 / 99
Lines without full segment of qDTY9.1
1 / IR 87728-27 / I / I / I / I / I / I / I / 699 / 1532 / 6466 / 92 / 88 / 85 / 60 / 94
2 / IR 87728-30 / I / I / I / I / I / I / I / 1116 / 1894 / 6186 / 92 / 86 / 84 / 67 / 101
3 / IR 87728-50 / I / I / I / I / I / I / I / 749 / 617 / 6651 / 95 / 86 / 85 / 64 / 101
4 / IR 87728-55 / I / I / I / I / I / I / I / 600 / 1378 / 6661 / 95 / 87 / 88 / 65 / 94
5 / IR 87728-96 / I / I / I / I / I / I / I / 803 / 878 / 6568 / 95 / 87 / 88 / 59 / 99
6 / IR 87728-106 / I / I / I / I / I / I / I / 980 / 866 / 7044 / 95 / 88 / 88 / 64 / 101
7 / IR 87728-204 / I / I / I / I / I / I / I / 789 / 534 / 7067 / 92 / 88 / 85 / 58 / 94
8 / IR 87728-229 / I / I / I / I / I / I / I / 783 / 1350 / 7203 / 95 / 90 / 86 / 70 / 102
9 / IR 87728-231 / I / I / I / I / I / I / I / 1942 / 1419 / 6972 / 92 / 88 / 87 / 75 / 107
10 / IR 87728-359 / I / I / I / I / I / I / I / 804 / 698 / 6107 / 95 / 88 / 88 / 65 / 105
11 / IR 87728-366 / I / I / I / I / I / I / I / 953 / 725 / 5492 / 95 / 87 / 86 / 67 / 102
12 / IR 87728-422 / I / I / I / I / I / I / I / 566 / 1028 / 5027 / 95 / 87 / 88 / 60 / 99
Line class with mean / I / I / I / I / I / I / I / 899 / 1077 / 6454 / 94 / 87 / 87 / 64 / 100
Supplementarytable S2: Field performance of lines with different segments of qDTY12.1 with mean of line classes.
GY: grain yield (kg ha-1), DTF: days to 50% flowering, HT: plant height (cm), USS: upland severe stress, UMS: upland moderate stress, UMiS: upland mild stress, UNS: upland non-stress
S. No / Designation / Marker data / Trait dataRM28048 / RM28076 / RM28089 / RM28099 / RM28130 / RM511 / RM1261 / RM28166 / GY(USS) / GY(UMS) / GY(UMiS) / GY(UNS) / DTF(USS) / DTF(UMS) / DTF(UMiS) / DTF(UNS) / HT(USS) / HT(UMS) / HT(UMS) / HT(UNS)
Lines with partial segment of qDTY12.1A and full segment of qDTY12.1B
with heterozygote alleles at RM28048 to RM28099
1 / IR 84984-21-19-976-B / H / H / H / H / R / R / R / R / 128 / 749 / 3141 / 2672 / 72 / 63 / 61 / 56 / 69 / 109 / 126 / 124
2 / IR 84984-83-15-27-B / H / H / H / H / R / R / R / R / 118 / 915 / 2663 / 2911 / 71 / 66 / 64 / 57 / 68 / 104 / 129 / 118
3 / IR 84984-83-15-378-B / H / H / H / H / R / R / R / R / 107 / 1192 / 3819 / 3679 / 67 / 63 / 62 / 56 / 66 / 115 / 123 / 118
4 / IR 84984-83-15-779-B / H / H / H / H / R / R / R / R / 78 / 975 / 3125 / 2395 / 70 / 65 / 63 / 59 / 68 / 105 / 127 / .
5 / IR 84984-83-15-863-B / H / H / H / H / R / R / R / R / 172 / 1122 / 2983 / 4017 / 68 / 65 / 63 / 57 / 72 / 107 / 124 / .
Line class with mean / H / H / H / H / R / R / R / R / 121 / 991 / 3146 / 3135 / 70 / 65 / 63 / 57 / 69 / 108 / 126 / 120
Lines with full segment of qDTY12.1
1 / IR 84984-21-19-105-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 333 / 748 / 2862 / 2971 / 68 / 64 / 62 / 56 / 63 / 109 / 130 / 117
2 / IR 84984-21-19-139-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 253 / 992 / 3134 / 3062 / 62 / 64 / 63 / 57 / 66 / 111 / 128 / .
3 / IR 84984-21-19-41-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 200 / 1161 / 2865 / 3150 / 71 / 64 / 62 / 56 / 64 / 108 / 135 / 123
4 / IR 84984-21-19-448-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 134 / 1009 / 3169 / 2609 / 72 / 62 / 62 / 56 / 65 / 111 / 131 / 123
5 / IR 84984-21-19-532-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 121 / 1049 / 4383 / 4032 / 73 / 66 / 64 / 57 / 69 / 108 / 127 / 123
6 / IR 84984-21-19-63-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 214 / 891 / 2951 / 4305 / 69 / 64 / 64 / 58 / 69 / 110 / 128 / 118
7 / IR 84984-21-19-738-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 117 / 700 / 2812 / 3599 / 71 / 66 / 64 / 56 / 70 / 102 / 129 / .
8 / IR 84984-21-19-787-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 136 / 931 / 2762 / 3839 / 69 / 62 / 63 / 57 / 61 / 103 / 127 / 122
9 / IR 84984-21-19-78-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 132 / 1045 / 2280 / 2370 / 63 / 64 / 61 / 56 / 67 / 107 / 125 / 129
10 / IR 84984-21-19-799-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 134 / 1006 / 3117 / 3684 / 71 / 66 / 63 / 56 / 70 / 107 / 124 / 125
11 / IR 84984-83-15-18-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 163 / . / 3122 / 3959 / 67 / . / 63 / 56 / 68 / . / 127 / 114
12 / IR 84984-83-15-23-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 99 / 1024 / 4005 / 4292 / 73 / 65 / 64 / 67 / 59 / 104 / 132 / 128
13 / IR 84984-83-15-332-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 348 / 1175 / 3701 / 3747 / 70 / 64 / 64 / 57 / 70 / 114 / 130 / 126
14 / IR 84984-83-15-481-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 175 / 1300 / 2670 / 4202 / 69 / 66 / 64 / 56 / 68 / 111 / 128 / 119
15 / IR 84984-83-15-621-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 70 / 760 / 3230 / 798 / 71 / 67 / 65 / 56 / 63 / 103 / 132 / 124
16 / IR 84984-83-15-683-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 93 / 1257 / 3623 / 2403 / 71 / 66 / 63 / 58 / 64 / 110 / 127 / 120
17 / IR 84984-83-15-739-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 107 / 864 / 4111 / 2657 / 63 / 63 / 61 / 57 / 66 / 107 / 128 / .
18 / IR 84984-83-15-77-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 160 / 1089 / 3151 / 3790 / 64 / 64 / 62 / 56 / 67 / 106 / 123 / 116
19 / IR 84984-83-15-816-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 217 / 1270 / 3757 / 1334 / 68 / 63 / 61 / 59 / 68 / 113 / 123 / 121
20 / IR 84984-83-15-817-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 212 / 1372 / 3841 / 4130 / 72 / 64 / 61 / 56 / 61 / 102 / 126 / 118
21 / IR 84984-83-15-828-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 63 / 1170 / 2897 / 3188 / 73 / 65 / 65 / 57 / 69 / 106 / 130 / 115
22 / IR 84984-83-15-851-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 74 / 1163 / 3349 / 3690 / 71 / 67 / 64 / 57 / 64 / 106 / 129 / 120
23 / IR 84984-83-15-855-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 181 / 866 / 2543 / 2539 / 69 / 65 / 64 / 60 / 68 / 111 / 130 / 121
24 / IR 84984-83-15-916-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 56 / 895 / 3402 / 2455 / 71 / 66 / 63 / 58 / 64 / 106 / 127 / .
25 / IR 84984-83-15-91-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 57 / 1249 / 3382 / 4084 / 70 / 66 / 64 / 57 / 70 / 103 / 127 / 123
26 / IR 84984-83-15-955-B / R / R / R / R / R / R / R / R / 304 / 756 / 3029 / 2897 / 72 / 68 / 66 / 57 / 72 / 100 / 131 / .
Line class with mean / R / R / R / R / R / R / R / R / 160 / 1030 / 3237 / 3223 / 69 / 65 / 63 / 57 / 66 / 107 / 128 / 121
Lines with partial segment of qDTY12.1A and full segment of qDTY12.1B
with Vandana allele at RM28048 to RM28099
1 / IR 84984-21-19-363-B / V / V / V / V / R / R / R / R / 270 / 1020 / 3207 / 3603 / 68 / 63 / 61 / 57 / 70 / 108 / 126 / 118
2 / IR 84984-21-19-384-B / V / V / V / V / R / R / R / R / 125 / 1125 / 2611 / 3415 / 69 / 64 / 63 / 57 / 72 / 109 / 124 / 130
3 / IR 84984-21-19-917-B / V / V / V / V / R / R / R / R / 217 / 817 / 2667 / 2363 / 67 / 65 / 63 / 56 / 64 / 112 / 129 / 124
4 / IR 84984-83-15-937-B / V / V / V / V / R / R / R / R / 132 / 1063 / 3067 / 2531 / 67 / 65 / 64 / 57 / 68 / 104 / 125 / 122
Line class with mean / V / V / V / V / R / R / R / R / 186 / 1006 / 2888 / 2978 / 68 / 64 / 63 / 57 / 69 / 108 / 126 / 124
Lines with full region of qDTY12.1A and qDTY12.1B
with heterozygote allelesat RM28048 to RM28089
1 / IR 84984-83-15-110-B / H / H / H / R / R / R / R / R / 299 / 1514 / 3359 / 4865 / 68 / 65 / 61 / 56 / 69 / 111 / 120 / 123
2 / IR 84984-83-15-185-B / H / H / H / R / R / R / R / R / 149 / 937 / 3005 / 1962 / 71 / 67 / 62 / 56 / 67 / 109 / 126 / 118
Line class with mean / H / H / H / R / R / R / R / R / 224 / 1226 / 3182 / 3414 / 70 / 66 / 62 / 56 / 68 / 110 / 123 / 121
Lines heterozygote for qDTY12.1A and
with Way Rarem allele at qDTY12.1B
1 / IR 84984-21-19-158-B / R / R / R / R / H / H / . / R / 166 / 979 / 3326 / 4074 / 75 / 65 / 65 / 57 / 62 / 106 / 125 / 122
2 / IR 84984-21-19-441-B / R / R / R / R / H / H / R / R / 158 / 1497 / 3597 / 3383 / 66 / 65 / 63 / 56 / 67 / 109 / 130 / 115
3 / IR 84984-83-15-34-B / R / R / R / H / H / H / R / R / 30 / 485 / 1084 / 2105 / 75 / 69 / 64 / 56 / 69 / 104 / 130 / 0
4 / IR 84984-83-15-364-B / R / R / R / R / H / H / R / R / 71 / 1485 / 3426 / 3185 / 71 / 63 / 62 / 58 / 63 / 107 / 128 / 119
Line class with mean / R / R / R / R / H / H / R / R / 106 / 1112 / 2858 / 3187 / 72 / 66 / 64 / 57 / 65 / 106 / 128 / 89
Lines heterozygote for qDTY12.1A and qDTY12.1B
1 / IR 84984-83-15-844-B / R / R / R / R / H / H / H / H / 97 / 753 / 2806 / 3532 / 70 / 65 / 63 / 56 / 68 / 110 / 119 / 116
2 / IR 84984-83-15-854-B / R / R / R / R / H / H / H / H / 60 / 875 / 4255 / 4374 / 72 / 67 / 63 / 58 / 62 / 110 / 128 / 115
3 / IR 84984-83-15-463-B / R / R / R / R / H / H / H / H / 106 / 971 / 2653 / 3882 / 72 / 65 / 62 / 57 / 60 / 109 / 127 / 128
Line class with mean / R / R / R / R / H / H / H / H / 88 / 866 / 3238 / 3930 / 71 / 65 / 63 / 57 / 63 / 109 / 124 / 120
Lines with Vandana allele at qDTY12.1A and qDTY12.1B
1 / IR 84984-21-19-243-B / H / H / H / H / V / V / V / V / 107 / 680 / 2726 / 3998 / 74 / 64 / 63 / 57 / 72 / 109 / 130 / 122
2 / IR 84984-21-19-39-B / R / H / H / H / V / V / V / V / 88 / 671 / 2366 / 2921 / 69 / 63 / 63 / 56 / 60 / 104 / 126 / 117
3 / IR 84984-21-19-590-B / H / H / H / H / V / V / V / V / 109 / 653 / 2075 / 4487 / 72 / 67 / 65 / 56 / 62 / 103 / 125 / 127
4 / IR 84984-83-15-204-B / H / H / H / H / V / V / V / V / 85 / 741 / 2488 / 2748 / 72 / 66 / 65 / 56 / 64 / 100 / 128 / 121
Line class with mean / H / H / H / H / V / V / V / V / 97 / 686 / 2414 / 3539 / 72 / 65 / 64 / 56 / 65 / 104 / 127 / 122
Lines with Vandana allele at qDTY12.1A and qDTY12.1B
with Way Rarem allele at RM28048 to RM28099
1 / IR 84984-83-15-759-B / R / R / R / R / V / V / H / V / 0 / 724 / 2514 / 2812 / 74 / 66 / 65 / 58 / 65 / 100 / 124 / 114
2 / IR 84984-83-15-688-B / R / R / R / R / V / V / V / V / 18 / 952 / 2437 / 4023 / 77 / 63 / 64 / 58 / 56 / 108 / 123 / 113
Line class with mean / R / R / R / R / V / V / V / V / 9 / 838 / 2476 / 3418 / 76 / 64.5 / 65 / 58 / 60.5 / 104 / 124 / 114
Lines without qDTY12.1
1 / IR 84984-21-19-60-B / V / V / V / V / V / V / V / V / 103 / 746 / 2259 / 3806 / 72 / 66 / 65 / 58 / 63 / 107 / 129 / 119
2 / IR 84984-21-19-993-B / V / V / V / V / V / V / V / V / 59 / 738 / 1618 / 2123 / 72 / 68 / 66 / 56 / 64 / 98 / 124 / 121
3 / IR 84984-83-15-4-B / V / V / V / V / V / V / V / V / 72 / . / 1642 / 3474 / 73 / . / 65 / 56 / 66 / . / 120 / 121
4 / IR 84984-83-15-8-B / V / V / V / V / V / V / V / V / 39 / 806 / 2847 / 3756 / 71 / 65 / 65 / 57 / 68 / 101 / 128 / 116
Line class with mean / V / V / V / V / V / V / V / V / 68 / 763 / 2092 / 3290 / 72 / 66 / 65 / 57 / 65 / 102 / 125 / 119
Lines heterozygote for qDTY12.1A and qDTY12.1B
with Vandana allele at RM28048 to RM28089
1 / IR 84984-21-19-54-B / V / V / V / H / . / H / H / H / 109 / 674 / 2663 / 2567 / 72 / 65 / 62 / 56 / 64 / 107 / 123 / 117
2 / IR 84984-21-19-914-B / V / V / V / H / H / H / H / H / 31 / 560 / 2452 / 3647 / 71 / 65 / 64 / 56 / 67 / 108 / 129 / 113
3 / IR 84984-21-19-947-B / V / V / V / H / H / H / H / H / 166 / 819 / 2827 / 3689 / 67 / 67 / 65 / 57 / 66 / 104 / 123 / 123
Line class with mean / V / V / V / H / H / H / H / H / 102 / 684 / 2648 / 3301 / 70 / 66 / 64 / 56 / 66 / 106 / 125 / 118