ONLINE RESOURCE 2. Epistasis for duration

Common QTLs / CH1 / cM / CH2 / cM / F / Trait Interval / aa / ad / da / dd
A / 1 / 20 / 4 / 58 / 5.94* / 6 / 0.35 / 0.15 / -0.48 / -0.69
A / 1 / 22 / 4 / 56 / 5.69* / 7 / 0.38 / 0.26 / -0.38 / -0.65
1 / 56 / 6 / 26 / 5.23 / 4 / 0.28 / 0.94 / 0.26 / 0.43
B / 1 / 0 / 7 / 42 / 5.00 / 2 / 0.15 / -0.18 / 0.13 / 1.03
B / 1 / 0 / 7 / 52 / 5.09 / 3 / -0.06 / -0.39 / 0.08 / 0.90
1 / 98 / 7 / 38 / 5.61* / 5 / 0.34 / -0.44 / -0.39 / -0.25
1 / 128 / 10 / 86 / 5.19 / 3 / -0.22 / -0.51 / 0.32 / 0.47
C / 1 / 128 / 17 / 50 / 6.04* / 2 / -0.22 / 0.34 / 0.45 / 0.91
C / 1 / 128 / 17 / 40 / 4.82 / 3 / -0.25 / -0.05 / 0.55 / 0.84
C / 1 / 128 / 17 / 48 / 5.04 / 4 / -0.33 / 0.37 / 0.25 / 0.59
1 / 66 / 18 / 0 / 4.98 / 6 / 0.21 / 0.32 / -0.49 / -0.54
D / 2 / 58 / 3 / 38 / 4.91 / 4 / 0.27 / -0.53 / -0.10 / -0.88
D / 2 / 54 / 3 / 38 / 4.90 / 5 / 0.27 / -0.43 / -0.30 / -0.89
2 / 18 / 4 / 54 / 5.75* / 2 / 0.30 / 0.40 / -0.06 / -0.94
E / 2 / 98 / 5 / 82 / 4.87 / 3 / -0.29 / -0.59 / -0.01 / -0.29
E / 2 / 94 / 5 / 82 / 5.87* / 6 / -0.05 / -0.67 / 0.37 / -0.40
2 / 66 / 8 / 86 / 4.89 / 5 / 0.25 / 0.07 / -0.38 / 0.75
2 / 80 / 14 / 62 / 4.86 / 1 / -0.03 / 0.29 / 0.64 / -0.37
2 / 24 / 15 / 24 / 4.82 / 1 / -0.21 / 0.09 / -0.90 / -0.12
3 / 32 / 9 / 60 / 4.87 / 5 / 0.07 / 0.23 / 0.56 / -0.66
F / 3 / 62 / 10 / 30 / 5.71* / 1 / -0.14 / -0.18 / 0.82 / -0.05
F / 3 / 66 / 10 / 30 / 6.00* / 4 / 0.01 / -0.19 / 0.70 / -0.32
3 / 8 / 10 / 2 / 4.92 / 6 / 0.13 / -0.68 / 0.34 / -0.14
3 / 24 / 10 / 4 / 6.89* / 7 / 0.07 / -0.90 / 0.26 / -0.74
G / 3 / 24 / 12 / 42 / 6.00* / 1 / 0.18 / 0.90 / 0.23 / 0.49
G / 3 / 26 / 12 / 38 / 5.76* / 2 / 0.20 / 0.82 / 0.14 / 0.68
G / 3 / 30 / 12 / 40 / 4.95 / 4 / 0.12 / 0.84 / 0.02 / 0.21
H / 3 / 32 / 13 / 34 / 5.50 / 3 / 0.05 / 0.55 / -0.35 / 0.53
H / 3 / 32 / 13 / 34 / 5.28 / 4 / 0.08 / 0.56 / -0.31 / 0.49
3 / 16 / 14 / 46 / 5.81* / 1 / -0.20 / 0.59 / 0.32 / 0.35
3 / 82 / 14 / 8 / 5.48 / 2 / -0.38 / -0.03 / -0.57 / -0.30
I / 3 / 0 / 16 / 10 / 4.88 / 3 / -0.43 / 0.28 / 0.29 / 0.21
I / 3 / 0 / 16 / 14 / 5.11 / 5 / -0.50 / -0.06 / 0.04 / 0.18
3 / 60 / 17 / 46 / 5.78* / 1 / -0.51 / -0.50 / -0.05 / -0.37
3 / 84 / 17 / 8 / 4.98 / 3 / -0.44 / -0.32 / 0.08 / -0.47
J / 3 / 48 / X / 32 / 4.92 / 5 / 0.10 / 0.59 / -0.20 / 1.01
J / 3 / 48 / X / 32 / 5.60* / 6 / 0.05 / 0.52 / -0.40 / 0.85
4 / 102 / 14 / 32 / 6.00* / 5 / -0.19 / 0.63 / 0.18 / -0.65
4 / 72 / 19 / 0 / 5.34 / 2 / 0.34 / 0.01 / -0.61 / -0.16
5 / 112 / 10 / 78 / 5.01 / 7 / 0.05 / -0.65 / 0.35 / -0.05
5 / 16 / 11 / 46 / 5.53 / 2 / -0.26 / 0.40 / -0.14 / 0.94
5 / 10 / 11 / 60 / 4.97 / 7 / -0.20 / 0.55 / -0.32 / 1.06
5 / 86 / 12 / 30 / 5.91* / 5 / -0.22 / 0.51 / 0.37 / 0.76
5 / 54 / 14 / 0 / 5.36 / 4 / 0.28 / -0.51 / 0.43 / 0.33
5 / 82 / 14 / 62 / 4.98 / 7 / -0.22 / -0.41 / -0.45 / -0.05
5 / 90 / 18 / 14 / 4.90 / 6 / 0.12 / 0.06 / 0.06 / 1.13
5 / 10 / X / 26 / 5.11 / 5 / 0.13 / -1.03 / 0.14 / -0.75
5 / 112 / X / 62 / 5.13 / 6 / 0.06 / -0.35 / 0.48 / 0.70
6 / 2 / 8 / 46 / 5.97* / 1 / 0.02 / -0.01 / 0.69 / 0.81
6 / 24 / 11 / 86 / 5.30 / 4 / 0.05 / -0.62 / 0.36 / -0.87
K / 6 / 84 / 12 / 14 / 4.82 / 3 / -0.20 / -0.41 / -0.48 / -0.46
K / 6 / 86 / 12 / 16 / 4.79 / 5 / -0.04 / -0.43 / -0.54 / -0.56
7 / 96 / 9 / 94 / 5.28 / 5 / -0.27 / -0.65 / 0.11 / -0.36
7 / 66 / 10 / 0 / 5.11 / 1 / 0.28 / -0.35 / -0.55 / 0.07
7 / 12 / 16 / 0 / 5.23 / 2 / 0.04 / -0.67 / -0.19 / 0.52
7 / 52 / 17 / 24 / 5.50 / 3 / 0.02 / 0.14 / 0.74 / 0.54
7 / 12 / X / 62 / 5.69* / 2 / 0.00 / -0.61 / 0.37 / 0.95
L / 8 / 28 / 18 / 60 / 7.30† / 2 / -0.51 / 0.25 / -0.21 / -1.20
L / 8 / 26 / 18 / 60 / 4.99 / 3 / -0.49 / 0.29 / -0.06 / -0.89
L / 8 / 30 / 18 / 64 / 6.22* / 4 / -0.54 / 0.35 / 0.06 / -0.54
M / 9 / 32 / 13 / 0 / 5.74* / 1 / 0.13 / 0.16 / 0.74 / 0.16
M / 9 / 30 / 13 / 0 / 6.28* / 2 / 0.08 / 0.29 / 0.79 / 0.01
9 / 16 / 19 / 30 / 4.84 / 5 / 0.10 / -0.71 / 0.01 / -0.25
10 / 48 / 11 / 30 / 4.93 / 6 / 0.19 / -0.59 / -0.43 / -0.06
10 / 84 / 11 / 16 / 4.96 / 7 / -0.34 / -0.28 / -0.41 / -0.52
10 / 72 / 12 / 10 / 5.11 / 3 / -0.25 / 0.76 / 0.19 / -0.02
10 / 40 / 14 / 4 / 5.39 / 1 / 0.41 / -0.72 / -0.04 / 0.54
N / 10 / 86 / 16 / 28 / 5.62* / 3 / -0.08 / 0.65 / 0.42 / 0.34
N / 10 / 88 / 16 / 30 / 6.44* / 4 / 0.04 / 0.55 / 0.39 / 0.53
N / 10 / 88 / 16 / 32 / 5.11 / 5 / -0.01 / 0.50 / 0.36 / 0.41
O / 10 / 56 / 17 / 48 / 4.84 / 2 / 0.43 / 0.39 / 0.24 / 0.42
O / 10 / 50 / 17 / 48 / 6.27* / 3 / 0.64 / 0.20 / 0.11 / 0.25
O / 10 / 48 / 17 / 48 / 5.66* / 6 / 0.54 / 0.52 / -0.01 / 0.05
10 / 88 / X / 46 / 4.86 / 6 / 0.30 / -0.47 / 0.09 / -0.37
P / 11 / 24 / 12 / 48 / 6.08* / 1 / -0.26 / -0.66 / 0.08 / 0.95
P / 11 / 24 / 12 / 48 / 5.15 / 3 / -0.30 / -0.67 / -0.04 / 0.64
P / 11 / 26 / 12 / 48 / 5.40 / 5 / -0.32 / -0.55 / -0.42 / 0.35
11 / 50 / 17 / 32 / 5.36 / 3 / -0.05 / -0.03 / -0.74 / -0.17
Q / 12 / 10 / 13 / 66 / 6.42* / 1 / 0.19 / -0.08 / 0.57 / 1.02
Q / 12 / 14 / 13 / 66 / 5.15 / 3 / 0.21 / 0.05 / 0.71 / 0.50
Q / 12 / 14 / 13 / 62 / 5.09 / 6 / 0.31 / -0.22 / 0.68 / 0.35
12 / 12 / 13 / 38 / 4.80 / 7 / 0.35 / -0.39 / 0.44 / 0.48
12 / 32 / 18 / 0 / 5.91* / 5 / -0.15 / -0.66 / 0.28 / 0.27
13 / 42 / 19 / 50 / 5.18 / 4 / -0.52 / 0.16 / -0.11 / 0.55
15 / 18 / 18 / 32 / 4.83 / 2 / 0.17 / 0.50 / -0.05 / 0.72
17 / 0 / 19 / 16 / 4.85 / 1 / -0.12 / 0.31 / -0.24 / -0.92
18 / 68 / 19 / 0 / 4.88 / 5 / 0.25 / -0.39 / 0.52 / 0.20
R / 19 / 8 / X / 60 / 5.58* / 1 / 0.15 / 1.03 / 0.25 / 0.70
R / 19 / 0 / X / 58 / 5.81* / 3 / 0.20 / 1.11 / -0.01 / 0.13

Shown are locations in cM from the most proximal SNP marker for QTLs on each pair of chromosomes (CH1 and CH2) exhibiting suggestive (P < 0.001) epistasis for duration in F tests in each of the seven intervals. F statistics reaching the significant genome-wide threshold level are designated with an asterisk. Standardized epistatic components also are given for each combination (bolded values are significant at the 0.05 level). Potential common QTLs exhibiting epistatic pleiotropy are connected by the same letters.