Supplementary material

Appendix 1: raw data

Table7. Pathogen DNA concentrations (pg/g, log10 transformed) in soils sampled from 30 paddocks in Tasmania each year from 2005 to 2013

Tas site / 2005 / 2006 / 2007 / 2008 / 2009 / 2010 / 2011 / 2012 / 2013
RhizoctoniasolaniAG2.1
1 / 1.43 / 2.36 / 3.02 / 1.18 / 0.36 / 0.07 / 0.65 / 0.40 / 0.70
2 / 0.85 / 3.09 / 3.13 / 1.87 / 0.46 / 1.44 / 2.66 / 3.17 / 1.97
3 / 2.70 / 3.03 / 1.75 / 1.39 / 0.45 / 2.21 / 2.38 / 1.86 / 0.75
4 / 2.59 / 2.03 / 2.27 / 0.55 / 1.32 / 2.51 / 1.70 / 1.67 / 0.60
5 / 1.68 / 2.89 / 2.12 / 2.77 / 3.46 / 2.84 / 2.43 / 3.18 / 2.76
6 / 2.35 / 3.21 / 2.79 / 1.50 / 1.35 / 0.14 / 1.29 / 1.21 / 0.63
7 / 2.38 / 1.65 / 2.55 / 0.00 / 3.24 / 1.87 / 1.09 / 0.73 / 2.18
8 / 1.88 / 1.23 / 1.72 / 0.92 / 1.55 / 1.15 / 0.44 / 2.71 / 2.45
9 / 3.00 / 2.57 / 2.64 / 1.33 / 0.62 / 0.47 / 0.00 / 3.00 / 1.79
10 / 1.53 / 1.64 / 0.30 / 1.35 / 0.68 / 2.06 / 1.67 / 1.56 / 1.28
11 / 0.00 / 0.30 / 1.32 / 1.33 / 0.58 / 0.56 / 0.72 / 1.57 / 0.82
12 / 2.54 / 2.17 / 2.34 / 1.76 / 0.53 / 1.27 / 1.82 / 2.23 / 2.56
13 / 1.31 / 2.03 / 1.20 / 1.34 / 2.54 / 1.13 / 1.61 / 1.80 / 0.41
14 / 1.63 / 1.41 / 1.67 / 0.43 / 0.00 / 0.85 / 2.07 / 0.44 / 0.31
15 / 2.73 / 2.73 / 3.74 / 3.05 / 1.93 / 0.29 / 1.93 / 2.51 / 1.84
16 / 1.86 / 1.76 / 2.17 / 2.77 / 1.09 / 0.96 / 0.54 / 1.37 / 1.60
17 / 0.00 / 1.81 / 0.00 / 0.00 / 0.48 / 0.28 / 0.18 / 0.89 / 1.34
18 / 1.83 / 1.77 / 0.00 / 0.91 / 0.67 / 0.02 / 0.71 / 2.43 / 2.76
19 / 0.60 / 2.43 / 1.34 / 2.22 / 1.54 / 0.28 / 0.90 / 1.15 / 1.70
20 / 1.98 / 1.28 / 2.10 / 1.57 / 2.16 / 2.88 / 1.61 / 0.69 / 2.20
22 / 2.58 / 2.49 / 1.92 / * / * / 0.22 / 1.52 / 1.61 / 3.12
23 / 1.72 / 1.48 / 1.76 / 0.85 / 0.00 / 2.08 / 1.29 / 1.48 / 1.64
24 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 3.09 / 2.43 / 1.30 / 1.04 / 0.55
25 / 2.08 / 2.58 / 2.16 / 1.66 / 0.23 / 1.25 / 1.50 / 1.28 / 0.36
26 / 2.48 / 2.11 / 2.46 / 2.87 / 3.05 / 2.22 / 2.04 / 2.05 / 1.58
27 / 0.00 / 1.78 / 1.94 / 0.53 / 0.56 / 1.01 / 0.14 / 2.13 / 2.72
29 / 1.56 / 0.60 / 0.78 / 0.48 / 0.79 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / 0.17
30 / 1.81 / 2.06 / 1.51 / 2.63 / 2.01 / 2.13 / 1.92 / 2.37 / 1.23
Rhizoctonia solaniAG2.2
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.98 / 0.70 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.73 / 0.80 / 0.00 / 0.00
3 / 1.10 / 1.49 / 2.30 / 2.12 / 1.89 / 1.12 / 2.11 / 1.99 / 2.21
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
5 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
8 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
9 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
12 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
13 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
17 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
18 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
22 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
24 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
25 / 0.54 / 0.00 / 0.60 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
26 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.28 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
27 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
29 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG3
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 1.91 / 0.89 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.49
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
4 / 0.00 / 2.63 / 1.38 / 1.64 / 0.38 / 0.00 / 0.00 / 1.76 / 0.00
5 / 0.00 / 1.58 / 0.85 / 1.52 / 2.05 / 0.65 / 0.00 / 0.00 / 0.00
6 / 1.76 / 2.29 / 3.27 / 2.84 / 1.10 / 1.31 / 0.21 / 0.04 / 0.00
7 / 1.30 / 0.70 / 2.52 / 0.92 / 3.07 / 1.93 / 0.78 / 0.45 / 0.32
8 / 1.96 / 2.42 / 1.86 / 1.11 / 0.96 / 1.41 / 1.12 / 2.34 / 1.79
9 / 1.71 / 2.16 / 3.23 / 2.84 / 1.93 / 1.05 / 0.12 / 1.18 / 1.78
10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.45 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 1.59 / 0.00 / 0.80 / 0.09 / 0.26 / 1.58 / 2.30
12 / 2.08 / 2.88 / 3.21 / 0.00 / 0.79 / 0.14 / 0.00 / 0.05 / 0.20
13 / 0.93 / 0.48 / 0.60 / 2.83 / 1.01 / 1.64 / 0.00 / 0.00 / 0.29
14 / 0.00 / 0.48 / 0.00 / 1.22 / 2.83 / 2.68 / 2.27 / 2.28 / 0.55
15 / 0.00 / 0.00 / 2.16 / 1.03 / 0.00 / 0.00 / 1.06 / 0.00 / 0.27
16 / 0.00 / 0.70 / 1.11 / 1.40 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.08 / 0.00
17 / 0.00 / 1.11 / 1.40 / 0.00 / 0.70 / 0.00 / 0.62 / 0.78 / 0.12
18 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.58 / 1.83 / 0.00 / 0.00 / 1.44
19 / 0.00 / 1.34 / 2.33 / 1.43 / 1.50 / 0.51 / 0.00 / 1.06 / 0.00
20 / 1.95 / 1.56 / 2.89 / 1.80 / 0.80 / 0.00 / 0.00 / 0.13 / 0.00
22 / 0.00 / 2.02 / 1.53 / * / * / 0.66 / 0.00 / 0.00 / 0.05
23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.21 / 0.00 / 0.00 / 0.26 / 0.00
24 / 0.00 / 0.00 / 0.60 / 0.00 / 2.66 / 1.27 / 0.97 / 0.35 / 0.00
25 / 0.00 / 0.00 / 1.81 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
26 / 0.00 / 0.48 / 1.00 / 0.33 / 1.31 / 0.26 / 1.40 / 0.00 / 0.00
27 / 0.00 / 0.95 / 2.21 / 1.41 / 1.43 / 0.70 / 2.15 / 0.71 / 0.97
29 / 0.00 / 0.00 / 2.07 / 3.54 / 0.69 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
30 / 0.00 / 0.78 / 0.70 / 1.20 / 1.44 / 0.00 / 0.05 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG4
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.56
2 / 2.97 / 3.58 / 2.85 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 2.80 / 1.29 / 0.47
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.53
5 / 0.00 / 3.82 / 2.52 / 2.94 / 0.00 / 2.79 / 1.23 / 0.53 / 0.00
6 / 1.75 / 2.86 / 2.67 / 0.00 / 0.00 / 2.37 / 0.00 / 0.90 / 0.49
7 / 0.00 / 0.00 / 1.34 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
8 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
9 / 3.23 / 3.66 / 3.24 / 2.35 / 0.00 / 0.00 / 2.55 / 3.26 / 2.15
10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.59 / 0.00 / 0.00
12 / 2.05 / 2.67 / 2.95 / 2.31 / 1.47 / 1.84 / 3.54 / 0.00 / 1.89
13 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 2.76 / 0.00 / 2.76 / 2.69 / 2.47 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 4.30 / 4.87 / 3.34 / 1.24 / 1.40 / 1.58 / 0.00
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
17 / 0.00 / 3.02 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
18 / 0.00 / 0.00 / 2.56 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 2.13 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 3.57 / 1.94 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 2.74
22 / 2.78 / 2.38 / 3.17 / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.77
24 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
25 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
26 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
27 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
29 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.09 / 0.00 / 0.00 / 0.00
30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG8
1 / 1.58 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.15 / 0.45 / * / 1.22 / 2.15
2 / 0.90 / 0.00 / 0.00 / 2.10 / 1.36 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
5 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.11 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
8 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
9 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
12 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.96 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
13 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
16 / 1.53 / 0.90 / 0.78 / 1.81 / 0.92 / 0.10 / * / 0.00 / 0.00
17 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
18 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
22 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
24 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
25 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.17
26 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
27 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.97 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
29 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00
Streptomycesscabies
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 1.74 / 2.06 / 1.99 / 1.58 / 0.00 / 1.57 / 1.66
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.75 / 0.00 / 0.00 / 0.00
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.56 / 0.00
5 / 3.44 / 2.16 / 1.49 / 1.13 / 1.94 / 0.78 / 0.00 / 0.47 / 0.00
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
8 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
9 / 2.90 / 2.50 / 1.79 / 2.02 / 2.50 / 1.54 / 1.65 / 1.47 / 1.64
10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 2.06 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
12 / 0.00 / 0.00 / 1.61 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
13 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.05 / 2.02 / 0.00 / 1.35 / 1.64 / 2.39
17 / 2.51 / 3.03 / 2.10 / 2.57 / 2.85 / 2.44 / 2.41 / 2.31 / 2.36
18 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
22 / 0.00 / 0.00 / 1.61 / * / * / 1.83 / 0.95 / 1.46 / 0.00
23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
24 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
25 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
26 / 0.00 / 1.91 / 1.41 / 1.37 / 0.00 / 1.47 / 1.40 / 1.92 / 0.67
27 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
29 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.62 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Spongosporasubterranea
1 / 1.58 / 3.97 / 3.73 / 3.36 / 3.19 / 3.26 / 2.95 / 2.88 / 2.42
2 / 2.20 / 4.23 / 4.02 / 3.60 / 3.61 / 3.50 / 3.36 / 3.67 / 3.32
3 / 0.00 / 2.14 / 1.10 / 2.12 / 2.27 / 2.10 / 1.53 / 1.56 / 1.15
4 / 3.27 / 4.01 / 3.72 / 3.90 / 3.62 / 4.36 / 3.97 / 3.86 / 3.48
5 / 2.53 / 4.22 / 3.84 / 3.98 / 3.83 / 3.78 / 3.77 / 3.66 / 3.49
6 / 2.51 / 3.61 / 3.65 / 3.25 / 3.26 / 3.16 / 3.84 / 3.72 / 3.25
7 / 2.27 / 3.41 / 3.36 / 3.14 / 2.88 / 2.69 / 3.57 / 3.51 / 3.12
8 / 3.43 / 4.02 / 3.74 / 3.07 / 3.43 / 3.31 / 3.31 / 3.05 / 2.91
9 / 2.37 / 4.03 / 3.61 / 3.38 / 3.36 / 3.38 / 3.53 / 3.21 / 2.95
10 / 0.32 / 3.67 / 3.51 / 3.46 / 3.34 / 3.30 / 4.14 / 4.09 / 4.03
11 / 1.71 / 4.22 / 3.57 / 3.10 / 3.06 / 2.96 / 3.46 / 3.15 / 2.97
12 / 1.79 / 4.01 / 3.78 / 3.45 / 3.32 / 3.24 / 3.18 / 4.30 / 3.94
13 / 1.36 / 2.57 / 2.63 / 2.42 / 2.45 / 2.29 / 2.43 / 2.48 / 3.91
14 / 2.37 / 3.98 / 3.79 / 3.29 / 3.35 / 3.46 / 3.21 / 3.18 / 2.82
15 / 1.71 / 4.02 / 3.73 / 3.55 / 3.05 / 3.12 / 3.51 / 3.00 / 3.62
16 / 1.16 / 3.86 / 2.57 / 2.52 / 2.20 / 2.07 / 1.70 / 2.16 / 2.11
17 / 1.52 / 3.52 / 3.32 / 3.06 / 2.72 / 2.59 / 2.48 / 2.48 / 3.55
18 / 2.36 / 4.31 / 3.90 / 3.70 / 3.43 / 3.27 / 3.08 / 3.24 / 3.00
19 / 0.85 / 3.10 / 2.85 / 2.65 / 2.62 / 2.57 / 2.58 / 2.48 / 2.30
20 / 2.96 / 4.05 / 3.69 / 3.38 / 3.30 / 3.04 / 3.00 / 2.83 / 2.60
22 / 2.60 / 4.23 / 3.49 / * / * / 3.56 / 3.35 / 3.16 / 2.82
23 / 1.63 / 3.82 / 2.59 / 3.36 / 2.77 / 3.26 / 3.18 / 2.79 / 2.62
24 / 0.80 / 2.68 / 2.59 / 2.63 / 2.48 / 3.48 / 3.49 / 3.22 / 2.73
25 / 1.04 / 3.30 / 1.89 / 1.66 / 1.63 / 1.45 / 1.52 / 1.48 / 1.55
26 / 0.46 / 3.12 / 3.42 / 3.18 / 2.54 / 2.33 / 2.09 / 2.20 / 2.09
27 / 3.08 / 3.76 / 3.58 / 3.37 / 3.39 / 3.40 / 3.36 / 3.20 / 3.10
29 / 2.13 / 2.40 / 2.04 / 2.13 / 3.04 / 3.06 / 2.91 / 2.75 / 2.59
30 / 1.61 / 3.41 / 2.87 / 3.04 / 4.02 / 3.47 / 3.46 / 3.26 / 3.11

*no measurement made in this year

Table 8.Pathogen DNA concentrations (pg/g, log10 transformed) in soils sampled from 15 paddocks in South Australia each year from 2005 to 2013

SA Site / 2005 / 2006 / 2007 / 2008 / 2009 / 2010 / 2011 / 2012 / 2013
Rhizoctonia solaniAG2.1
1 / 2.35 / 1.82 / 3.49 / 2.63 / 3.41 / 1.30 / 2.03 / 0.00 / 0.22
2 / 1.96 / 1.43 / 1.46 / 0.95 / 0.38 / 0.06 / 0.44 / 0.90 / 2.24
3 / 0.78 / 0.60 / 1.15 / 2.12 / 1.16 / 0.27 / * / * / *
4 / 1.56 / 1.78 / 1.38 / 2.92 / 1.46 / 1.23 / 2.31 / 1.91 / 2.76
5 / 2.28 / 2.32 / 2.92 / 2.15 / 2.20 / 0.24 / 1.66 / 0.96 / 1.13
6 / 1.52 / 1.74 / 1.90 / 1.46 / 1.66 / 0.00 / 0.83 / 3.10 / 0.78
7 / 1.44 / 1.48 / 2.43 / 0.00 / 1.12 / 0.00 / 0.64 / 1.36 / 0.29
11 / 0.30 / 2.13 / 2.01 / 2.66 / 0.22 / 1.34 / 0.50 / 0.76 / 0.77
12 / 0.65 / 0.30 / 0.81 / 0.00 / 1.42 / 0.41 / 0.00 / 0.53 / 0.39
13 / 0.60 / 1.11 / * / 1.21 / 0.65 / 0.14 / 0.10 / 0.00 / 0.00
14 / 0.30 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.30 / 0.30 / 0.00 / 0.00 / 0.50 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
16 / 2.04 / 1.40 / 2.67 / 4.40 / 2.47 / 3.08 / 2.73 / 2.76 / 1.49
19 / 0.30 / 0.48 / 3.33 / 3.31 / 2.67 / 0.20 / 2.75 / 1.82 / 1.02
20 / 2.13 / 1.97 / 1.43 / 1.15 / 0.31 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG2.2
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.15 / 0.00
3 / 0.40 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / *
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
5 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
6 / 2.44 / 0.48 / 0.30 / 0.00 / 1.31 / * / 1.95 / 1.07 / 0.07
7 / 1.27 / 1.49 / 1.49 / 1.30 / 2.41 / * / 1.36 / 0.80 / 1.83
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
12 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
13 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 1.15 / 1.23 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / 1.04 / 1.97 / 1.47
20 / 0.00 / 0.00 / 2.14 / 0.00 / 1.60 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG3
1 / 2.24 / 1.23 / 2.45 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.70 / 0.78 / 1.19 / 0.52 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
3 / 0.00 / 1.56 / 2.10 / 1.56 / 2.94 / 0.00 / * / * / *
4 / 0.00 / 1.30 / 1.44 / 0.76 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
5 / 0.00 / 0.00 / 2.98 / 2.91 / 0.57 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 0.00
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
7 / 0.00 / 1.65 / 1.04 / 0.53 / 0.00 / 0.00 / 0.93 / 2.52 / 1.11
11 / 0.00 / 2.24 / 1.50 / 0.00 / 0.30 / 2.57 / 1.94 / 1.20 / 1.74
12 / 0.00 / 0.00 / 0.74 / 0.92 / 0.54 / 1.78 / 2.80 / 2.49 / 0.00
13 / 0.00 / 2.21 / * / 0.67 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 1.36 / 2.25 / 2.44 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 2.22 / 1.96
15 / 0.00 / 2.03 / 0.90 / 2.44 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
16 / 1.39 / 1.28 / 0.18 / 0.45 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 1.11 / 1.22 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.52 / 0.69 / 0.00
20 / 0.00 / 0.60 / 2.21 / 1.76 / 1.16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG4
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / *
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
5 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
12 / 0.00 / 1.75 / 0.00 / * / * / * / 1.52 / 0.00 / 0.00
13 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.64 / 0.00 / 0.00
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / 0.00 / 0.00 / 0.00
Rhizoctonia solaniAG8
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.25
3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / *
4 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
5 / 0.48 / 2.12 / 1.80 / * / * / * / * / * / 1.62
6 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
11 / 0.78 / 1.68 / 1.33 / * / * / * / * / * / 1.38
12 / 0.74 / 1.32 / 0.30 / * / * / * / * / * / 1.34
13 / 1.39 / 0.70 / * / * / * / * / * / * / 2.33
14 / 1.27 / 0.00 / 2.14 / * / * / * / * / * / 0.99
15 / 1.63 / 0.78 / 1.29 / * / * / * / * / * / 0.54
16 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
19 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / * / * / * / * / * / 0.00
20 / 0.00 / 0.00 / 0.60 / * / * / * / * / * / 0.00
Streptomyces scabies
1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
2 / 0.00 / 0.00 / 0.74 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
3 / 0.00 / 1.87 / 1.11 / 3.09 / 0.00 / 0.00 / * / * / *
4 / 0.00 / 2.25 / 1.06 / 2.83 / 2.97 / 2.04 / 2.35 / 3.77 / 3.07
5 / 0.00 / 0.00 / 0.85 / 2.21 / 2.69 / 0.00 / 2.65 / 3.61 / 2.74
6 / 0.00 / 1.72 / 0.54 / 0.00 / 0.00 / 1.10 / 0.00 / 1.85 / 0.00
7 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.63 / 0.00
11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.68 / 1.80 / 2.70 / 2.62
12 / 0.00 / 2.71 / 0.70 / 0.00 / 0.87 / 0.00 / 2.49 / 0.86 / 0.43
13 / 0.00 / 1.93 / * / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.62 / 0.00 / 0.00
16 / 0.00 / 1.76 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.38 / 1.20 / 1.76 / 0.00
19 / 0.00 / 1.36 / 1.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
20 / 0.00 / 1.95 / 1.16 / 0.00 / 0.00 / 1.01 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Spongosporasubterranea
1 / 3.11 / 3.77 / 3.73 / 3.89 / 3.65 / 3.21 / 3.32 / 3.31 / 3.07
2 / 0.47 / 1.93 / 1.33 / 0.45 / 1.09 / 1.27 / 0.07 / 0.00 / 2.34
3 / 3.41 / 3.83 / 3.25 / 3.44 / 3.39 / 0.51 / * / * / *
4 / 1.51 / 1.61 / 1.22 / 1.38 / 1.36 / 1.22 / 1.42 / 0.98 / 1.02
5 / 0.00 / 2.12 / 1.50 / 0.99 / 1.27 / 1.51 / 0.99 / 0.67 / 1.21
6 / 2.03 / 2.99 / 2.55 / 2.62 / 2.66 / 1.41 / 1.92 / 2.50 / 1.83
7 / 0.00 / 1.11 / 0.17 / 0.82 / 0.62 / 0.00 / 3.22 / 2.89 / 2.67
11 / 0.00 / 2.92 / 2.39 / 1.85 / 1.43 / 2.40 / 2.02 / 2.38 / 2.16
12 / 0.12 / 4.17 / 3.33 / 3.38 / 3.15 / 4.19 / 3.89 / 3.80 / 3.20
13 / 1.21 / 3.15 / * / 3.05 / 2.63 / 2.19 / 3.12 / 2.76 / 2.62
14 / 1.54 / 3.91 / 3.61 / 3.81 / 3.31 / 3.09 / 2.68 / 4.12 / 3.77
15 / 3.06 / 3.85 / 3.61 / 3.60 / 3.10 / 2.23 / 3.48 / 2.95 / 2.34
16 / 3.18 / 4.08 / 3.62 / 3.63 / 3.45 / 3.30 / 3.15 / 3.09 / 2.80
19 / 0.85 / 2.77 / 3.35 / 3.41 / 3.31 / 3.02 / 3.64 / 3.60 / 3.35
20 / 3.52 / 3.95 / 2.55 / 2.32 / 2.17 / 1.33 / 1.22 / 0.59 / 0.00

*no measurement made in this year

— 1 —

Table9. Land use history of the 28 Tasmanian paddocks sampled each year from 2005 to 2013

Site / 2005 / 2006 / 2007 / 2008 / 2009 / 2010 / 2011 / 2012
1 / Potato / Oat / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne
2 / Potato / Barley / Poppy / Pasture / Pasture / Poppy / Potato / Poppy
3 / Potato / Cereal / Fallow / Oat / Carrot / Pasture / Pasture / Pasture
4 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Poppy / Onion / Poppy
5 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
6 / Potato / Fallow / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Pea / Poppy
7 / Potato / Pea / Wheat / Poppy / Onion / Potato / Wheat / Pea
8 / Potato / Carrot / Barley / Oat / Ryegrass / Pea / Carrot / Barley
9 / Potato / Carrot / Pea / Pasture / Pasture / Pasture / Poppy / Onion
10 / Potato / Wheat / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Poppy / Pasture
11 / Potato / Poppy / Oat / Ryegrass / Ryegrass / Potato / Poppy / Ryegrass
12 / Potato / Poppy / Wheat / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Poppy
13 / Potato / Ryegrass / Fallow / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Potato
14 / Potato / Poppy / Pea / Wheat / Potato / Poppy / Carrot / Cauliflower
15 / Potato / Poppy / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Poppy / Potato
16 / Potato / Triticale / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne
17 / Potato / Wheat / Pyrethrum / Pyrethrum / Ryegrass / Ryegrass / Ryegrass / Potato
18 / Potato / Pea / Carrot / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum / Carrot
19 / Potato / Pea / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
20 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Poppy / Barley / Pasture / Poppy
22 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Onion / Poppy / Pyrethrum
23 / Potato / Ryegrass / Ryegrass / Onion / Pasture / Pasture / Onion / Poppy
24 / Potato / Barley / Onion / Poppy / Potato / Barley / Carrot / Poppy
25 / Potato / Wheat / Wheat / Ryegrass / Ryegrass / Ryegrass / Fallow / Barley
26 / Potato / Pasture / Pasture / Carrot / Poppy / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum
27 / Potato / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum / Pasture / Pasture / Poppy
29 / Potato / Ryegrass / Ryegrass / Potato / Wheat / Carrot / Poppy / Wheat
30 / Potato / Poppy / Ryegrass / Potato / Poppy / Pyrethrum / Pyrethrum / Pyrethrum

Table 10. Land use history of the 15 South Australian paddocks sampled each year from 2005 to 2013

Site / 2005 / 2006 / 2007 / 2008 / 2009 / 2010 / 2011 / 2012
1 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
2 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Canola
3 / Potato / Pasture / Potato / Fallow / Trees / Trees / Trees / Trees
4 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
5 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
6 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Pasture
7 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Pasture / Pasture
11 / Potato / Pasture / Lucerne / Lucerne / Potato / Pasture / Potato / Broad bean
12 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Pasture / Pasture / Pasture
13 / Potato / Lupin / Fallow / Fallow / Broad bean / Potato / Pasture / Pasture
14 / Potato / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Lucerne / Potato / Pasture
15 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Potato / Lucerne / Pasture / Pasture
16 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
19 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture
20 / Potato / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture / Pasture