Figure S1: Variation in Reproductive Success for Hatchery Broodstock Males and Females

Figure S1: Variation in reproductive success for hatchery broodstock males and females. This figure is reproduced from Christie et al. 2012.

Figure S2: The correlation between the effective number of breeders calculated with the pedigree (See eqns 1 and 2) and the effective number of breeders calculated with a linkage disequilibrium method (LDNe). The solid black line is the geometric mean regression and the dashed line represents a 1:1 line. Notice that the pedigree-based estimates are in good agreement with the LD based methods (and vice versa).

Figure S3: Effects of relative reproductive success, the effective number of hatchery vs. wild breeders (Nc/Nw), and the proportion of hatchery fish allowed onto the spawning grounds on the ratio of the effective number of breeders for the total population (hatchery and wild combined) divided by the effective number of breeders of the wild population (Nw – not NNo Hatchery).

Table S1: Values below the diagonal arevalues calculated between all hatchery and wild steelhead grouped by brood-year. P-values are displayed above the diagonal. Non-significant values (after a Bonferonni correction) are highlighted in bold. Values were calculated in FSTAT 2.9.3.

H 1993 / H 1994 / H 1995 / H 1996 / H 1997 / H 1998 / H 1999 / H 2000 / H 2001 / H 2002 / H 2003
H 1993 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1994 / 0.0211 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1995 / 0.0206 / 0.0150 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1996 / 0.0179 / 0.0201 / 0.0169 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1997 / 0.0206 / 0.0115 / 0.0169 / 0.0186 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1998 / 0.0160 / 0.0099 / 0.0101 / 0.0145 / 0.0147 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1999 / 0.0184 / 0.0161 / 0.0107 / 0.0107 / 0.0135 / 0.0107 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2000 / 0.0174 / 0.0242 / 0.0205 / 0.0185 / 0.0186 / 0.0193 / 0.0168 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2001 / 0.0125 / 0.0148 / 0.0166 / 0.0173 / 0.0175 / 0.0136 / 0.0164 / 0.0199 / 0 / 0.0002 / 0.0002
H 2002 / 0.0172 / 0.0132 / 0.0120 / 0.0164 / 0.0163 / 0.0121 / 0.0153 / 0.0249 / 0.0111 / 0 / 0.0002
H 2003 / 0.0189 / 0.0163 / 0.0205 / 0.0194 / 0.0147 / 0.0164 / 0.0167 / 0.0229 / 0.0198 / 0.0149 / 0
W 1993 / 0.0085 / 0.0112 / 0.0089 / 0.0115 / 0.0078 / 0.0075 / 0.0081 / 0.0142 / 0.0101 / 0.0085 / 0.0113
W 1994 / 0.0147 / 0.0083 / 0.0078 / 0.0098 / 0.0112 / 0.0053 / 0.0075 / 0.0164 / 0.0081 / 0.0051 / 0.0135
W 1995 / 0.0090 / 0.0102 / 0.0084 / 0.0093 / 0.0099 / 0.0072 / 0.0060 / 0.014 / 0.0081 / 0.0070 / 0.0100
W 1996 / 0.0059 / 0.0115 / 0.0110 / 0.0116 / 0.0115 / 0.0097 / 0.0099 / 0.0132 / 0.0081 / 0.0094 / 0.0134
W 1997 / 0.0095 / 0.0050 / 0.0083 / 0.0106 / 0.0087 / 0.0056 / 0.0082 / 0.0149 / 0.0076 / 0.0065 / 0.0110
W 1998 / 0.0121 / 0.0066 / 0.0058 / 0.0104 / 0.0097 / 0.0057 / 0.0070 / 0.0155 / 0.0087 / 0.0049 / 0.0123
W 1999 / 0.0100 / 0.0096 / 0.0069 / 0.0079 / 0.0098 / 0.0068 / 0.0057 / 0.0132 / 0.0009 / 0.0067 / 0.0109
W 2000 / 0.0095 / 0.0100 / 0.0095 / 0.0116 / 0.0104 / 0.0091 / 0.0084 / 0.0146 / 0.0090 / 0.0087 / 0.0127
W 2001 / 0.0099 / 0.0074 / 0.0073 / 0.0092 / 0.0098 / 0.0037 / 0.0075 / 0.0150 / 0.0079 / 0.0076 / 0.0118
W 2002 / 0.0112 / 0.0084 / 0.0063 / 0.0098 / 0.0100 / 0.0056 / 0.0056 / 0.0150 / 0.0088 / 0.0064 / 0.0106
W 2003 / 0.0106 / 0.0080 / 0.0064 / 0.0093 / 0.0084 / 0.0065 / 0.0061 / 0.0137 / 0.0089 / 0.0071 / 0.0096

Table S1 Continued….

W 1993 / W 1994 / W 1995 / W 1996 / W 1997 / W 1998 / W 1999 / W 2000 / W 2001 / W 2002 / W 2003
H 1993 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1994 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1995 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1996 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1997 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1998 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 1999 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2000 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2001 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
H 2003 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1993 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1994 / 0.0029 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0060 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1995 / 0.0014 / 0.0024 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0040 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1996 / 0.0018 / 0.0037 / 0.0022 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1997 / 0.0017 / 0.0013 / 0.0017 / 0.0023 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1998 / 0.0023 / 0.0006 / 0.0017 / 0.0033 / 0.001 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 1999 / 0.0016 / 0.0014 / 0.0001 / 0.0021 / 0.0014 / 0.0008 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 2000 / 0.0024 / 0.0029 / 0.0017 / 0.0011 / 0.0021 / 0.0026 / 0.0012 / 0 / 0.0002 / 0.0002 / 0.0002
W 2001 / 0.0023 / 0.0016 / 0.0018 / 0.0024 / 0.0009 / 0.0016 / 0.0016 / 0.0023 / 0 / 0.0060 / 0.0002
W 2002 / 0.0027 / 0.0011 / 0.0017 / 0.0032 / 0.0015 / 0.0007 / 0.0008 / 0.0017 / 0.0010 / 0 / 0.0010
W 2003 / 0.0017 / 0.0017 / 0.0013 / 0.0027 / 0.0013 / 0.0012 / 0.0006 / 0.0015 / 0.0014 / 0.0008 / 0

Table S2: between all brood-years of wild and hatchery steelhead. Values were calculated in FSTAT with RECODEDATA.

H 1993 / H 1994 / H 1995 / H 1996 / H 1997 / H 1998 / H 1999 / H 2000 / H 2001 / H 2002 / H 2003
H 1993 / 0 / 0.2271 / 0.2208 / 0.1868 / 0.2157 / 0.1818 / 0.1955 / 0.1713 / 0.1291 / 0.1775 / 0.2002
H 1994 / 0.2271 / 0 / 0.1636 / 0.2136 / 0.1225 / 0.1145 / 0.1739 / 0.2420 / 0.1553 / 0.1387 / 0.1756
H 1995 / 0.2208 / 0.1636 / 0 / 0.1788 / 0.1792 / 0.1165 / 0.1152 / 0.2040 / 0.1736 / 0.1255 / 0.2202
H 1996 / 0.1868 / 0.2136 / 0.1788 / 0 / 0.1923 / 0.1627 / 0.1123 / 0.1796 / 0.1765 / 0.1672 / 0.2029
H 1997 / 0.2157 / 0.1225 / 0.1792 / 0.1923 / 0 / 0.1652 / 0.1421 / 0.1815 / 0.1789 / 0.1667 / 0.1541
H 1998 / 0.1818 / 0.1145 / 0.1165 / 0.1627 / 0.1652 / 0 / 0.1219 / 0.2036 / 0.1503 / 0.1341 / 0.1864
H 1999 / 0.1955 / 0.1739 / 0.1152 / 0.1123 / 0.1421 / 0.1219 / 0 / 0.1665 / 0.1701 / 0.1587 / 0.1775
H 2000 / 0.1713 / 0.2420 / 0.2040 / 0.1796 / 0.1815 / 0.2036 / 0.1665 / 0 / 0.1919 / 0.2390 / 0.2254
H 2001 / 0.1291 / 0.1553 / 0.1736 / 0.1765 / 0.1789 / 0.1503 / 0.1701 / 0.1919 / 0 / 0.1119 / 0.2045
H 2002 / 0.1775 / 0.1387 / 0.1255 / 0.1672 / 0.1667 / 0.1341 / 0.1587 / 0.2390 / 0.1119 / 0 / 0.1541
H 2003 / 0.2002 / 0.1756 / 0.2202 / 0.2029 / 0.1541 / 0.1864 / 0.1775 / 0.2254 / 0.2045 / 0.1541 / 0
W 1993 / 0.0980 / 0.1315 / 0.1042 / 0.1308 / 0.0888 / 0.0932 / 0.0935 / 0.1512 / 0.1131 / 0.0956 / 0.1305
W 1994 / 0.1648 / 0.0946 / 0.0887 / 0.1084 / 0.1240 / 0.0639 / 0.0843 / 0.1699 / 0.0882 / 0.0557 / 0.1515
W 1995 / 0.1022 / 0.1178 / 0.0968 / 0.1041 / 0.1111 / 0.0879 / 0.0682 / 0.1469 / 0.0893 / 0.0775 / 0.1136
W 1996 / 0.0662 / 0.1313 / 0.1251 / 0.1286 / 0.1276 / 0.1166 / 0.1114 / 0.1378 / 0.0885 / 0.1028 / 0.1504
W 1997 / 0.1093 / 0.0585 / 0.0968 / 0.1205 / 0.0990 / 0.0691 / 0.0945 / 0.1590 / 0.0850 / 0.0729 / 0.1266
W 1998 / 0.1364 / 0.0757 / 0.0663 / 0.1157 / 0.1081 / 0.0689 / 0.0790 / 0.1623 / 0.0954 / 0.0538 / 0.1387
W 1999 / 0.1120 / 0.1093 / 0.0783 / 0.0873 / 0.1085 / 0.0817 / 0.0639 / 0.1371 / 0.0980 / 0.0731 / 0.1221
W 2000 / 0.1057 / 0.1133 / 0.1072 / 0.1275 / 0.1144 / 0.1087 / 0.0936 / 0.1508 / 0.0975 / 0.0945 / 0.1414
W 2001 / 0.1142 / 0.0869 / 0.0855 / 0.1048 / 0.1117 / 0.0458 / 0.0865 / 0.1601 / 0.0885 / 0.0855 / 0.1361
W 2002 / 0.1266 / 0.0966 / 0.0722 / 0.1093 / 0.1116 / 0.0680 / 0.0633 / 0.1569 / 0.0966 / 0.0705 / 0.1198
W 2003 / 0.1203 / 0.0924 / 0.0736 / 0.1041 / 0.0942 / 0.0793 / 0.0693 / 0.1439 / 0.0981 / 0.0785 / 0.1090

Table S2 Continued…..

W 1993 / W 1994 / W 1995 / W 1996 / W 1997 / W 1998 / W 1999 / W 2000 / W 2001 / W 2002 / W 2003
H 1993 / 0.0980 / 0.1648 / 0.1022 / 0.0662 / 0.1093 / 0.1364 / 0.1120 / 0.1057 / 0.1142 / 0.1266 / 0.1203
H 1994 / 0.1315 / 0.0946 / 0.1178 / 0.1313 / 0.0585 / 0.0757 / 0.1093 / 0.1133 / 0.0869 / 0.0966 / 0.0924
H 1995 / 0.1042 / 0.0887 / 0.0968 / 0.1251 / 0.0968 / 0.0663 / 0.0783 / 0.1072 / 0.0855 / 0.0722 / 0.0736
H 1996 / 0.1308 / 0.1084 / 0.1041 / 0.1286 / 0.1205 / 0.1157 / 0.0873 / 0.1275 / 0.1048 / 0.1093 / 0.1041
H 1997 / 0.0888 / 0.1240 / 0.1111 / 0.1276 / 0.0990 / 0.1081 / 0.1085 / 0.1144 / 0.1117 / 0.1116 / 0.0942
H 1998 / 0.0932 / 0.0639 / 0.0879 / 0.1166 / 0.0691 / 0.0689 / 0.0817 / 0.1087 / 0.0458 / 0.0680 / 0.0793
H 1999 / 0.0935 / 0.0843 / 0.0682 / 0.1114 / 0.0945 / 0.0790 / 0.0639 / 0.0936 / 0.0865 / 0.0633 / 0.0693
H 2000 / 0.1512 / 0.1699 / 0.1469 / 0.1378 / 0.1590 / 0.1623 / 0.1371 / 0.1508 / 0.1601 / 0.1569 / 0.1439
H 2001 / 0.1131 / 0.0882 / 0.0893 / 0.0885 / 0.0850 / 0.0954 / 0.0980 / 0.0975 / 0.0885 / 0.0966 / 0.0981
H 2002 / 0.0956 / 0.0557 / 0.0775 / 0.1028 / 0.0729 / 0.0538 / 0.0731 / 0.0945 / 0.0855 / 0.0705 / 0.0785
H 2003 / 0.1305 / 0.1515 / 0.1136 / 0.1504 / 0.1266 / 0.1387 / 0.1221 / 0.1414 / 0.1361 / 0.1198 / 0.1090
W 1993 / 0 / 0.0356 / 0.0174 / 0.0220 / 0.0214 / 0.0283 / 0.0196 / 0.0292 / 0.0290 / 0.0334 / 0.0211
W 1994 / 0.0356 / 0 / 0.0290 / 0.0440 / 0.0159 / 0.0072 / 0.0166 / 0.0342 / 0.0196 / 0.0132 / 0.0205
W 1995 / 0.0174 / 0.0290 / 0 / 0.0265 / 0.0210 / 0.0206 / 0.0012 / 0.0203 / 0.0224 / 0.0207 / 0.0159
W 1996 / 0.0220 / 0.0440 / 0.0265 / 0 / 0.0280 / 0.0393 / 0.0249 / 0.0130 / 0.0293 / 0.0383 / 0.0324
W 1997 / 0.0214 / 0.0159 / 0.0210 / 0.0280 / 0 / 0.0122 / 0.0170 / 0.0254 / 0.0113 / 0.0184 / 0.0160
W 1998 / 0.0283 / 0.0072 / 0.0206 / 0.0393 / 0.0122 / 0 / 0.0095 / 0.0308 / 0.0197 / 0.0084 / 0.0145
W 1999 / 0.0196 / 0.0166 / 0.0012 / 0.0249 / 0.0170 / 0.0095 / 0 / 0.0141 / 0.0195 / 0.0096 / 0.0072
W 2000 / 0.0292 / 0.0342 / 0.0203 / 0.0130 / 0.0254 / 0.0308 / 0.0141 / 0 / 0.0279 / 0.0202 / 0.0179
W 2001 / 0.0290 / 0.0196 / 0.0224 / 0.0293 / 0.0113 / 0.0197 / 0.0195 / 0.0279 / 0 / 0.0123 / 0.0173
W 2002 / 0.0334 / 0.0132 / 0.0207 / 0.0383 / 0.0184 / 0.0084 / 0.0096 / 0.0202 / 0.0123 / 0 / 0.0097
W 2003 / 0.0211 / 0.0205 / 0.0159 / 0.0324 / 0.0160 / 0.0145 / 0.0072 / 0.0179 / 0.0173 / 0.0097 / 0