Electronic Supplementary Material For s2

Electronic Supplementary Material for

Effects of farmhouse hotel and paper mill effluents on bacterial community structures in sediment and surface water of Nanxi River, China

Xiao-Ming Lu*1, Peng-Zhen Lu2

1Institute for Eco-Environmental Sciences, Wenzhou Vocational College of Science & Technology, Wenzhou 325006, People’s Republic of China

2Faculty of Civil Engineering and Architecture, Zhejiang University of Technology, Hangzhou 310014, People’s Republic of China

*Corresponding author

Address: Institute for Eco-Environmental Sciences, Wenzhou Vocational College of Science & Technology, Liuhongqiao Road 1000#, Wenzhou City, China

Email:

Tel: +86577 8885 5776

Fax: +86577 8842 3975

Table Captions

Table S1 Sequences assignment results at phylum level (%)

Table S2 Sequences assignment results at class level (%)

Table S3 Sequences assignment results at order level (%)

Table S4 Sequences assignment results at genus level (%)

Table S1 Sequences assignment results at phylum level (%)

FHS / FHW / PMW / PMS / NXW / NXS
Acidobacteria / 2.74 / 2.85 / 1.24 / 0.72 / 0.22 / 1.18
Actinobacteria / 0.07 / 0.24 / 0.52 / 2.19 / 0.36 / 12.27
Armatimonadetes / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.27 / 0.36 / 0.92
BD1-5 / 0.00 / 0.00 / 0.20 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Bacteroidetes / 7.63 / 3.89 / 40.72 / 28.43 / 9.06 / 7.40
Caldiserica / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Candidate_division_BRC1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Candidate_division_OD1 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.12 / 0.00 / 0.47
Candidate_division_OP11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Candidate_division_SR1 / 0.00 / 0.00 / 0.14 / 0.00 / 0.03 / 0.12
Candidate_division_TM7 / 0.07 / 0.00 / 0.03 / 0.66 / 0.06 / 0.82
Candidate_division_WS3 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 0.00
Chlorobi / 0.00 / 0.00 / 2.84 / 1.59 / 0.00 / 0.00
Chloroflexi / 0.07 / 0.00 / 0.06 / 8.92 / 0.17 / 2.40
Cyanobacteria / 0.20 / 0.00 / 0.23 / 0.15 / 4.96 / 37.39
Deinococcus-Thermus / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Elusimicrobia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.21 / 0.00 / 0.00
Fibrobacteres / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Firmicutes / 1.32 / 2.22 / 2.41 / 6.78 / 0.20 / 0.85
Fusobacteria / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Gemmatimonadetes / 0.10 / 0.00 / 0.00 / 0.15 / 0.59 / 2.02
Lentisphaerae / 0.00 / 0.00 / 0.17 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Nitrospirae / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.00 / 0.00
Planctomycetes / 0.10 / 0.00 / 2.79 / 1.29 / 0.67 / 2.44
Proteobacteria / 86.56 / 90.32 / 42.21 / 25.19 / 81.01 / 23.08
SM2F11 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Spirochaetes / 0.10 / 0.00 / 0.60 / 6.03 / 0.00 / 0.09
Synergistetes / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
TM6 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Tenericutes / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Verrucomicrobia / 0.00 / 0.00 / 1.75 / 0.51 / 0.33 / 0.61
No_Rank / 1.02 / 0.49 / 3.82 / 16.15 / 1.98 / 7.90

Table S2 Sequences assignment results at class level (%)

FHS / FHW / PMW / PMS / NXW / NXS
Acidimicrobiia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.06 / 0.24
Acidobacteria(class) / 0.20 / 0.00 / 1.12 / 0.54 / 0.11 / 1.18
Actinobacteria(class) / 0.07 / 0.07 / 0.52 / 1.95 / 0.31 / 11.61
Alphaproteobacteria / 2.74 / 0.45 / 19.71 / 6.51 / 4.40 / 11.37
Anaerolineae / 0.07 / 0.00 / 0.03 / 8.35 / 0.08 / 0.05
Armatimonadia / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.21 / 0.33 / 0.40
BD2-2 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
BSV13 / 0.00 / 0.00 / 0.11 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Bacilli / 0.17 / 0.03 / 0.55 / 0.00 / 0.08 / 0.56
Bacteroidia / 1.29 / 1.42 / 0.34 / 3.48 / 0.08 / 0.02
Betaproteobacteria / 77.62 / 88.76 / 9.08 / 8.86 / 70.81 / 6.60
C.4C0d-2 / 0.00 / 0.00 / 0.11 / 0.09 / 0.00 / 0.00
Caldilineae / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.05
Caldisericia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Chlorobia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Chloroflexi(class) / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.15 / 0.03 / 2.12
Chloroplast / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 3.15 / 4.00
Clostridia / 1.12 / 2.19 / 1.87 / 5.73 / 0.08 / 0.26
Cyanobacteria(no_rank) / 0.03 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 1.06 / 32.50
Cytophagia / 0.99 / 0.49 / 0.69 / 0.78 / 0.84 / 1.20
Dehalococcoidetes / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.15 / 0.00 / 0.00
Deinococci / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Deltaproteobacteria / 0.96 / 0.17 / 4.11 / 6.87 / 0.81 / 2.04
Elusimicrobia(class) / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.21 / 0.00 / 0.00
Epsilonproteobacteria / 0.17 / 0.69 / 0.09 / 0.24 / 0.03 / 0.00
Erysipelotrichi / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.27 / 0.03 / 0.00
Fibrobacteria / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Flavobacteria / 2.58 / 1.18 / 35.86 / 5.34 / 5.13 / 1.20
Fusobacteria(class) / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Gammaproteobacteria / 1.02 / 0.07 / 7.84 / 0.84 / 3.40 / 1.60
Gemmatimonadetes(class) / 0.10 / 0.00 / 0.00 / 0.15 / 0.59 / 2.02
Holophagae / 2.54 / 2.85 / 0.11 / 0.18 / 0.11 / 0.00
Ignavibacteria / 0.00 / 0.00 / 2.84 / 1.53 / 0.00 / 0.00
Ktedonobacteria / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.05
Lentisphaeria / 0.00 / 0.00 / 0.17 / 0.03 / 0.00 / 0.00
ML635J-21 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Mollicutes / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Nitrospira / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.00 / 0.00
OPB35_soil_group / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.07
Opitutae / 0.00 / 0.00 / 1.18 / 0.42 / 0.03 / 0.28
Phycisphaerae / 0.00 / 0.00 / 2.10 / 0.30 / 0.06 / 0.92
Pla4_lineage / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Planctomycetacia / 0.10 / 0.00 / 0.69 / 0.78 / 0.61 / 1.53
SB-1 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
SB-5 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.27 / 0.00 / 0.00
SL56_marine_group / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.05
Spartobacteria / 0.00 / 0.00 / 0.29 / 0.00 / 0.03 / 0.16
Sphingobacteriia / 1.91 / 0.28 / 1.21 / 3.21 / 2.43 / 4.00
Spirochaetes(class) / 0.10 / 0.00 / 0.60 / 6.03 / 0.00 / 0.09
Synergistia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
TK10 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.05
Thermoleophilia / 0.00 / 0.14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.26
Thermomicrobia / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Verrucomicrobiae / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.22 / 0.05
vadinHA17 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 3.87 / 0.03 / 0.00
WCHB1-32 / 0.10 / 0.03 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
No_Rank / 6.07 / 1.18 / 8.53 / 31.37 / 4.99 / 13.44

Table S3 Sequences assignment results at order level (%)

FHS / FHW / PMW / PMS / NXW / NXS
AKIW781 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.28
Acidimicrobiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.06 / 0.24
Acidobacteriales / 0.10 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.05
Aeromonadales / 0.03 / 0.03 / 0.40 / 0.06 / 0.00 / 0.02
Anaerolineales / 0.07 / 0.00 / 0.03 / 8.35 / 0.08 / 0.05
Armatimonadales / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.21 / 0.33 / 0.40
Bacillales / 0.00 / 0.00 / 0.32 / 0.00 / 0.06 / 0.40
Bacteroidales / 1.29 / 1.42 / 0.34 / 3.48 / 0.08 / 0.02
Bdellovibrionales / 0.03 / 0.00 / 0.46 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Burkholderiales / 52.23 / 41.08 / 5.06 / 3.36 / 68.92 / 5.88
Caldilineales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.05
Caldisericales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Campylobacterales / 0.17 / 0.69 / 0.09 / 0.24 / 0.03 / 0.00
Caulobacterales / 0.23 / 0.00 / 3.13 / 0.12 / 0.95 / 1.06
Chlorobiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Chloroflexales / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.15 / 0.03 / 0.89
Chromatiales / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Chthoniobacterales / 0.00 / 0.00 / 0.29 / 0.00 / 0.03 / 0.16
Clostridiales / 1.12 / 2.19 / 1.81 / 5.67 / 0.08 / 0.24
Corynebacteriales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.27 / 0.03 / 0.35
Cytophagales / 0.99 / 0.49 / 0.69 / 0.78 / 0.84 / 1.20
Dehalococcoidetes_Order_Incertae_Sedis / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.15 / 0.00 / 0.00
Deinococcales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Deltaproteobacteria_Order_Incertae_Sedis / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.30 / 0.00 / 0.00
Desulfobacterales / 0.13 / 0.00 / 0.00 / 0.75 / 0.00 / 0.00
Desulfovibrionales / 0.10 / 0.07 / 0.66 / 0.24 / 0.00 / 0.00
Desulfuromonadales / 0.20 / 0.07 / 0.00 / 0.42 / 0.00 / 0.00
Elusimicrobiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Enterobacteriales / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Erysipelotrichales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.27 / 0.03 / 0.00
Fibrobacterales / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Flavobacteriales / 2.58 / 1.18 / 35.86 / 5.34 / 5.13 / 1.20
Frankiales / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.03 / 0.38
Fusobacteriales / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
GOUTB8 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.02
Gemmatimonadales / 0.10 / 0.00 / 0.00 / 0.15 / 0.59 / 2.02
H.32-20 / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Herpetosiphonales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12
Holophagales / 2.51 / 2.81 / 0.11 / 0.15 / 0.11 / 0.00
Hydrogenophilales / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Ignavibacteriales / 0.00 / 0.00 / 2.84 / 1.53 / 0.00 / 0.00
JG30-KF-CM45 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Kineosporiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Ktedonobacterales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.05
Lactobacillales / 0.17 / 0.03 / 0.23 / 0.00 / 0.03 / 0.16
Legionellales / 0.36 / 0.03 / 0.40 / 0.00 / 0.03 / 0.05
Lineage_I_(Endomicrobia) / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
MNG3 / 0.00 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 0.00 / 0.00
MSBL9 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 0.00
Methylococcales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00
Methylophilales / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Micrococcales / 0.00 / 0.07 / 0.46 / 1.05 / 0.11 / 5.78
Micromonosporales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Myxococcales / 0.43 / 0.00 / 2.50 / 1.26 / 0.59 / 1.93
Neisseriales / 0.43 / 0.73 / 0.11 / 0.00 / 0.06 / 0.00
Nitrosomonadales / 0.17 / 0.03 / 0.03 / 0.06 / 0.11 / 0.38
Nitrospirales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.00 / 0.00
Oceanospirillales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.02
Opitutales / 0.00 / 0.00 / 0.14 / 0.33 / 0.03 / 0.28
PeM15 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.02
Phycisphaerales / 0.00 / 0.00 / 2.07 / 0.21 / 0.00 / 0.02
Planctomycetales / 0.10 / 0.00 / 0.69 / 0.78 / 0.61 / 1.53
Propionibacteriales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.39 / 0.03 / 3.78
Pseudomonadales / 0.30 / 0.00 / 6.67 / 0.03 / 2.17 / 0.16
Pseudonocardiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.16
RF9 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Rhizobiales / 0.46 / 0.10 / 4.11 / 3.09 / 0.45 / 4.14
Rhodobacterales / 0.20 / 0.03 / 0.23 / 0.15 / 0.39 / 0.56
Rhodocyclales / 20.63 / 40.60 / 3.13 / 3.21 / 0.75 / 0.05
Rhodospirillales / 0.23 / 0.00 / 2.87 / 0.57 / 0.17 / 0.73
Rickettsiales / 0.03 / 0.00 / 0.09 / 0.00 / 0.03 / 0.42
Rs-K70_termite_group / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00
SJA-149 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.03 / 0.00 / 0.00
SJA-36 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Solirubrobacterales / 0.00 / 0.14 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.26
Sphingobacteriales / 1.91 / 0.28 / 1.21 / 3.21 / 2.43 / 4.00
Sphingomonadales / 0.92 / 0.17 / 4.08 / 0.99 / 1.87 / 3.60
Spirochaetale / 0.10 / 0.00 / 0.60 / 5.91 / 0.00 / 0.09
Streptomycetales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Streptosporangiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00
SubsectionIII / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.45 / 12.90
SubsectionIV / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.08 / 0.47
SubsectionI / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.11 / 0.05
Synergistales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.12 / 0.00 / 0.00
Syntrophobacterales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 1.32 / 0.00 / 0.00
TRA3-20 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.08 / 0.02
Thermales / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Thermoanaerobacterales / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Thiotrichales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00
Verrucomicrobiales / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.22 / 0.05
Victivallales / 0.00 / 0.00 / 0.17 / 0.03 / 0.00 / 0.00
WD2101_soil_group / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.06 / 0.89
Xanthomonadales / 0.26 / 0.00 / 0.09 / 0.36 / 0.95 / 0.94
No_Rank / 11.29 / 7.70 / 17.53 / 43.74 / 10.65 / 41.36

Table S4 Sequences assignment results at genus level (%)

FHS / FHW / PMW / PMS / NXW / NXS
Acetobacteraceae_uncultured / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.19
Acidaminobacter / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.15 / 0.00 / 0.00
Acidobacterium / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.05
Acidovorax / 0.46 / 0.03 / 0.66 / 0.00 / 0.59 / 0.05
Acinetobacter / 0.00 / 0.00 / 0.40 / 0.00 / 0.22 / 0.02
Actinomycetospora / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.12
Adhaeribacter / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.24
Aeromonas / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Albidiferax / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Algoriphagus / 0.00 / 0.00 / 0.11 / 0.00 / 0.03 / 0.00
Alkaliflexus / 0.00 / 0.07 / 0.00 / 0.21 / 0.00 / 0.00
Alpinimonas / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.02
Anaerolineaceae_uncultured / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.51 / 0.03 / 0.05
Anaerolinea / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.00
Anaeromyxobacter / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.18 / 0.00 / 0.00
Angustibacter / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Aquabacterium / 3.86 / 2.05 / 0.09 / 0.00 / 2.20 / 0.00
Aquitalea / 0.26 / 0.62 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00
Archangium / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.02
Arcicella / 0.92 / 0.49 / 0.09 / 0.00 / 0.22 / 0.07
Arcobacter / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.03 / 0.00
Arenimonas / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.08 / 0.00
Armatimonas / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.21 / 0.33 / 0.40
Arthrobacter / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.03 / 0.54
Arthronema / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.14
Aureispira / 0.00 / 0.00 / 0.06 / 0.00 / 0.03 / 0.00
Azohydromonas / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00
Azospirillum / 0.00 / 0.00 / 1.35 / 0.06 / 0.00 / 0.02
Bacillus / 0.00 / 0.00 / 0.03 / 0.00 / 0.00 / 0.26