Figure Legend for Supplement Figure 1

Figure legend for Supplement Figure 1. Sequences of the in vitro and in vivo studies. A. Amplified clones from the in vitro study that contain the entire 437 bp region from the EIAV TM and LTR U3. B. Amplified clones from the in vivo study that contain the entire 437 bp region from the EIAV TM and LTR U3. Sequences from a virulent isolate from Texas that had been sequenced in a previous study (1) were used for comparative purposes in the in vivo analysis.
Supplement 1A. In vitro evolution study clones

....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|

5 15 25 35 45 55 65 75

Consensus ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc4-3 co ATCCCTTGCT -GTGGATTCC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc1-2 co ATCCCTTGCT TGTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-TGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc2-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-TGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc21-1 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc21-2 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc21-3 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc21-4 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATAGTGGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc2-2 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc2-3 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc23-1 c ATCCCTTGCA -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc23-2 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAT GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc23-4 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc2-4 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc24-2 c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc3-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc4-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

inoc1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp39 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp310 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp312 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp32 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp33 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp34 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp35 con ACCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp36 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp37 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp38 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp66-2-1-s ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTACGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp66-1-2-s ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp6616 con ATCCCCTGCT -GTGGGTTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp6618 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp66-1-1-S ATCCCTTGCT -GTGGATCTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACCAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp66-2-2-s ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTGTGGATTG

mp66-2-7-s ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp66-2-8-s ATCCCCTGCT -GCGGACTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp10sM10-c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp10aM10-b ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp10aM10-c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

mp10sM10-b ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

aM10-a1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1C-C1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1a-3 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CATAGGATTG

E1a-5 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1A-B2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1A-C1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

E1a-e2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

E1B-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTA

E1b-5 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT GTACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1B-A2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCC ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

E1b-f1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

E1c-3 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

E1C-9 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCGTAGCAGG CTATGGATTG

E1c-a2a ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTA-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

e1C-B1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATAGATTG

e1B-e2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-9 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-12 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-13 ------ATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-14 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-5 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-7 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep3-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep65a-K co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTA

ep63a-D co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-E co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-f co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-G co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-H co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-i co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-k co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63a-L co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep63B-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep65a-C co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep65a-D co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep65a-i co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTTTGGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATCG

ep63A-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d15b-c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep1015b-1c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep1015b-21 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep1015b-2a ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep1015b-2c ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d12a-1 ATCCCTCGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACCGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d12a-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d12a-4 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d15b-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ACACTAGGAC GCATAGCGGG CTATGGATTG

ep10d15b-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

ep10d15B-B ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATGGCAGG CTATGGATTG

ep1015b-1a ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B16E ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B11B ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B11C ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B12A ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B12E ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B16B ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d15B16D ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp1d1516a ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATGCTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3L1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTAGTAATT ATAGTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTA

fp3Clone-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACCAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-1 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-2 ATCCCTTGCT -GTAGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ACTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATCG

fp3Clone-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-2 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-3 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3Clone-4 ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3D1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3E1-2 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACCATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3F1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3G1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3H1-2 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3J1A-1co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTGTTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp3A1-1 co ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp65 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp610 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp611 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTACGGATTG

fp612 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp617 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp618 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp619 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTA

fp62 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp620 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp63 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTC-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp64 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

fp61 con ATCCCTTGCT -GTGGATTTC CCTTATGGCT ATTTT-GGGG ACTATTAATT ATACTAGGAC GCATAGCAGG CTATGGATTG

....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|

85 95 105 115 125 135 145 155

Consensus CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc4-3 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc1-2 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc2-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc21-1 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc21-2 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc21-3 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc21-4 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc2-2 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc2-3 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAACTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc23-1 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc23-2 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc23-4 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc2-4 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc24-2 c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc3-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc4-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

inoc1-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp39 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp310 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp312 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATG ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp32 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAGAA TGCTTGATTA

mp33 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp34 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp35 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp36 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp37 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp38 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAACTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp66-2-1-s CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAG TGCTTGATTA

mp66-1-2-s CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGACTCGT ATTAGAGGCT CAGATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAG TGCTTGATTA

mp6616 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTAGATTA

mp6618 con CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp66-1-1-S CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp66-2-2-s CGTGGACTCG CTGTTATGAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp66-2-7-s CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp66-2-8-s CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAGA TGCTTGATTA

mp10sM10-c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp10aM10-b CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp10aM10-c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

mp10sM10-b CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

aM10-a1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1C-C1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1a-3 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTCGATTA

E1a-5 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1A-B2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1A-C1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1a-e2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1B-2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATG ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1b-5 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1B-A2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1b-f1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1c-3 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAAATTAAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1C-9 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTCGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

E1c-a2a CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1C-B1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

e1B-e2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-9 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ACTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA GTCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-12 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-13 CGTGGACTTG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-14 CGTGGACTTG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-5 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-7 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep3-1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep65a-K co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-D co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-E co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAGA TGCTTGATTA

ep63a-f co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-G co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-H co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-i co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-k co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63a-L co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63B-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep65a-C co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep65a-D co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCCTGATTA

ep65a-i co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep63A-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATCTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep10d15b-c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep1015b-1c CGTGGACTCG CTGTTACAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep1015b-21 CGTGGACTCG CTGTTACAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep1015b-2a CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGAATA

ep1015b-2c CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT GTTAGGGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep10d12a-1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCCTGATTA

ep10d12a-2 CGTGGACTCG CTGTTATAGT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep10d12a-4 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep10d15b-1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep10d15B-B CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

ep1015b-1a CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B16E CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B11B CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B11C CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B12A CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B12E CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B16B CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d15B16D CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp1d1516a CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3L1-1 co CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATCTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-1 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCC TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-2 CGTGGACTCG CTGTCATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA

fp3Clone-2 CGTGGACTCG CTGTTATAAT AAGGATTTGT ATTAGAGGCT TAAATTTGAT ATTTGAAATA ATCAGAAAAA TGCTTGATTA