HvVRN1 cv Strider ACCTATACATACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGTCTAGGAATATCCAGCTAAGCTATGGGATAGTCAA
HvVRN1 cv Express ACCTATACATACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGTCTAGGAATATCCAGCTAAGCTATGGGATAGTCAA
vrn-A1 TDC ACCTATA--TACTTGAGAGTAAAACAGAAGTTATTCCTAGGAATATCTGACTAAGCTATGGGATAGTCAA
vrn-B1 TDC ACCTATA--TACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGCCTAGGAATATCTGACTAAGCTATGGGATAGTCAA
vrn-D1 TDC ------A--TACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGCCTAGGAATATCTGACTAAGCT------
vrn-B1T.turgidum ACCTATA--TACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGCCTAGGAATATCTGACTAAGCTATGGGATAGTCAA
vrn-D1A.tauschii ------A--TACTTAAGAGTAAAACAGAAGTTATGCCTAGGAATATCTGACTAAGCT------
vrn1T.monococcum ACCTATA--TACTTGAGAGTAAAACAGAAGTTATTCCTAGGAATATCTGACTAAGCTATGGGGTAGTCAA
HvVRN1 cv Strider CTTCCATTTTCTTTCTCCTTCCACGTCTTTACTCAGTTCACAAACAATGTATAGACGATCAGCCAGAGCC
HvVRN1 cv Express CTTCCATTTTCTTTCTCCTTCCACGTCTTTACTCAGTTCACAAACAATGTATAGACGATCAGCCAGAGCC
vrn-A1 TDC CTTCCATTTT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAACGACATATAGATGATCAGCTAGAACC
vrn-B1 TDC CTTTCATTTT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAATGACATATAGACAATCACCTAGAACC
vrn-D1 TDC -TCCATTTCT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAACGACATATAGACAATCACCTAGAACC
vrn-B1T.turgidum CTTTCATTTT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAATGACATATAGACAATCACCTAGAACC
vrn-D1A.tauschii -TCCATTTCT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAACGACATATAGACAATCACCTAGAACC
vrn1T.monococcum CTTCCATTTT--TGCTCCTGCCACATCTTTACTTAGTCCACAAACGACATATAGATGATCAGCTAGAACC
HvVRN1 cv Strider GTTATTTAGACTTTAT--CTGCTCACTACATGTATTAATTCCATGAAATAGAGGAAA--CTCAATAGGCA
HvVRN1 cv Express GTTATTTAGACTTTAG--CTGCTCACTACATGTATTAATTCCATGAAATAGAGGAAA--CTCAATAGGCA
vrn-A1 TDC GTTATTTAGAGTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAATTCCATGAAATAGAAGAAAAACTGAATAGGCA
vrn-B1 TDC ATTATTTAGACTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAAATCCATGAAATAGAGGAAG--CTGAATAGGCA
vrn-D1 TDC GTTATTTAGACTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAAATCCATGAAATAGTGGAAG--CTGAATAGGCA
vrn-B1T.turgidum ATTATTTAGACTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAAATCCATGAAATAGAGGAAG--CTGAATAGGCA
vrn-D1A.tauschii GTTATTTAGACTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAAATCCATGAAATAGTGGAAG--CTGAATAGGCA
vrn1T.monococcum GTTATTTAGAGTTTATATCTGCTCATTACATGTATTAATTTCATGAAACAGAAGAAAAACTGAATAGGCA
HvVRN1 cv Strider TACAATATAGTTGAAGCTTGGTAGATGCTTTTAACCGTGCGAGATGACGTAATAAGCGTCATATCTATTA
HvVRN1 cv Express TACAATATAGTTGAAGCTTGGTAGATGCTTTTAACCGTGCGAGATGACGTAATAAGCGTCATATCTATTA
vrn-A1 TDC CACAATATAGTTGAAGCTCGGCAGATG------ACTTCATAAGTGTCATATCTATTA
vrn-B1 TDC TACAATATAGTTGAAGCTCGATAGATG------ACTTAATAAGTGTCATATCCATTA
vrn-D1 TDC TACGATATAGTTGAAGCTCGACAGATG------ACTTAATAAGTGTCATATCTATTA
vrn-B1T.turgidum TACAATATAGTTGAAGCTCGATAGATG------ACTTAATAAGTGTCATATCCATTA
vrn-D1A.tauschii TACAATATAGTTGAAGCTCGACAGATG------ACTTAATAAGTGTCATATCTATTA
vrn1T.monococcum CACAATATAGTTGAAGCTCGGCAGATG------ACTTAATAAGTTTCATATCTATTA
HvVRN1 cv Strider TAACCATTTCACATATTGTTACATTTTTGCTACAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAGACTCCCAGTTGCAA
HvVRN1 cv Express TAACCATTTCACATATTGTTACATTTTTGCTACAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAGACTCCCAGTTGCAA
vrn-A1 TDC --ACCATTTCACATATTGTTACATTTTTGCTGCAGTGATATTTTGTTAGCTCCCAG------TTACAA
vrn-B1 TDC --ACCATTTCACATATTTTTACATTTTTGCTGCAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAG------TTACAA
vrn-D1 TDC --ACCATTTCACATATTTTTACATTTTTGCTGCAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAG------TTACAA
vrn-B1T.turgidum --ACCATTTCACATATTTTTACATTTTTGCTGCAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAG------TTACAA
vrn-D1A.tauschii --ACCATTTCACATATTTTTACATTTTTGCTGCAGTGATATTTTGCTAGCTCCCAG------TTACAA
vrn1T.monococcum --ACCATTTCACATATTGTTACATTTTCGCTGCAGTGATATTTTGTTAGCTCCCAG------TTACAA
HvVRN1 cv Strider GTTAACTAATACTCCTAGTATATGGAGATCCTGTGCACATAAATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
HvVRN1 cv Express GTTAACTAATACTCCTAGTATATGGAGATCCTGTGCACATACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
vrn-A1 TDC GTTAACTAATA------TATGGAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTTCGTG
vrn-B1 TDC GTTAATTAATA------TATGGAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
vrn-D1 TDC GTTAACTAATA------TATGAAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
vrn-B1T.turgidum GTTAATTAATA------TATGGAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
vrn-D1A.tauschii GTTAACTAATA------TATGAAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
vrn1T.monococcum GTTAACTAATA------TATGGAGATCCTGGGCACGTACATGTAAGCAGATCCTATCGACTTCCGTG
HvVRN1 cv Strider GATCCCTTGATGGAATCGC-TCTCAGGATTTCAAGGCATAGTCTTGATATGTTACGAACTAGTTTTTAGT
HvVRN1 cv Express GATCCCTTGATGGAATCGC-TCTCAGGATTTCAAGGCATAGTCTTGATATGTTACGAACTAGTTTTTAGT
vrn-A1 TDC GATCCGCTGATGGAATCACACCTCAGGATTTCATGGCATAGTCTTGATATGTCACGAACTGGTTGTTACT
vrn-B1 TDC GATCCGCTGATGGAATCGC-CCTCAGGATTTCATGGCATAGTCTTGATATGTCACGAATTAGTTGTTAGT
vrn-D1 TDC GATCCGCTGATGGAATCGC-CCTCAGGATTTCACGGCATAGTCTTGATATGTCACGAACTAGTTGTTAGT
vrn-B1T.turgidum GATCCGCTGATGGAATCGC-CCTCAGGATTTCATGGCATAGTCTTGATATGTCACGAATTAGTTGTTAGT
vrn-D1A.tauschii GATCCGCTGATGGAATCGC-CCTCAGGATTTCACGGCATAGTCTTGATATGTCACGAACTAGTTGTTAGT
vrn1T.monococcum GATCCGCTGATGGAATCGCACCTCAGGATTTCATGGCATAGTCTTGATATGTCACGAACTGGTTGTTAGT
HvVRN1 cv Strider TTATTTATTTATTTTACACTGTGTTTTGCCCATCTA-GATGATAGAAATGTTATGTATTTAAAATGTAAC
HvVRN1 cv Express TTGTTTATTTATTTTACACTGTGTTTTGCCCATCTA-GATGATAGAAATGTTATGTATTTAAAATGTAAC
vrn-A1 TDC TTATTTATTTATTTTACACTGTG-TTCGCCCACCCA-GATGACAGAAATGTTATGTATTTAAAATGTAAT
vrn-B1 TDC TTATTTATT---TTTACATTGAGCTTTGCCCATCCAAGATGATAGAAATGTTATGTATTTAAAATGTAAT
vrn-D1 TDC TTATTTATTTATTTTACACTGTGCTTTGCCCATCCA-GATGATAGAAGTGTTATGTATTTAAAATGTAAT
vrn-B1T.turgidum TTATTTATT---TTTACATTGAGCTTTGCCCATCCAAGATGATAGAAATGTTATGTATTTAAAATGTAAT
vrn-D1A.tauschii TTATTTATTTATTTTACACTGTGCTTTGCCCATCCA-GATGATAGAAGTGTTATGTATTTAAAATGTAAT
vrn1T.monococcum TTATTTATTTATTTTACACTGTG-TTCGCCCACCTA-GGTG------TATTTAAAATGTAAT
HvVRN1 cv Strider CTCATGGTCATTGTTATTAAGGTATTGATCATATGCCAAAAAGG------GGTAGTCTATTGATGAA
HvVRN1 cv Express CTCATGGTCATTGTTATTAAGGTATGGATCATATGCCAAAAAGG------GGTAGTCTATTGATGAA
vrn-A1 TDC CTCACAGTCATTGTTGTT--GGTATGGACCGTATGCCAAAAAGGGTTTTACCATGAAGTCTATTAATGAA
vrn-B1 TDC CTCACAGTCATTGTTGTT--GGTATGGATCGTATGCCAAAAATG-TTTTACCATGAAGTCTATTAATGAA
vrn-D1 TDC CTCACAGTCATTGTTGTT--GGTATGGATCGTATGTCAAAAAGGGTTTTACCATGAAGTCTATTAACGAA
vrn-B1T.turgidum CTCACAGTCATTGTTGTT--GGTATGGATCGTATGCCAAAAATG-TTTTACCATGAAGTCTATTAATGAA
vrn-D1A.tauschii CTCACAGTCATTGTTGTT--GGTATGGATCGTATGTCAAAAAGGGTTTTACCATGAAGTCTATTAACGAA
vrn1T.monococcum CTC--AGTCATTGTTGTT--GGTATGGATCGTATGCCAAAAAGGGTTTTACCATGAAGTCTATTAATGAA
HvVRN1 cv Strider GAATTATTTATGTTACAACTTTATTGCTTTACATTAGTGAAAAATAATTATTTTTGTTCTTT------
HvVRN1 cv Express GAATTATTTATGTTACAACTTTATTGCTTTACATTAGTGAAAAATAATTATTTTTGTTCTTT------
vrn-A1 TDC TAATTATTTATGTTACAACTTGATTGCTTTACATTAGTTAAAATTAGTTATTTTGTACCTTTGTGCCCCC
vrn-B1 TDC GAAT-ATTTATGTTACAACTTTCTTGCTTTACGTTAGTTAAAATTGGTAATTTTGTTTCTTTGTGCCCCC
vrn-D1 TDC GGATTATTTATGTTACAACTTTATTGCTTTACATTAGTTAAAATTAGTTATTTTGTTCCTTTGTGCCCCC
vrn-B1T.turgidum GAAT-ATTTATGTTACAACTTTCTTGCTTTACGTTAGTTAAAATTGGTAATTTTGTTTCTTTGTGCCCCC
vrn-D1A.tauschii GGATTATTTATGTTACAACTTTATTGCTTTACATTAGTTAAAATTAGTTATTTTGTTCCTTTGTGCCCCC
vrn1T.monococcum TAATTATTTATGTTACAACTTGATTGCTTTACATTAGTTAAAATTAGTTATTTTGTACCTTTGTGCCCCC
HvVRN1 cv Strider ------TATCTAACCGGACTATTGAGCAACACACATGCATAGTCACTATTCATAAATTT
HvVRN1 cv Express ------TATCTAACCGGACTATTGAGCAACACACATGCATAGTCACTATTCATAAATTT
vrn-A1 TDC CTTCTTGTTCAACCATTTATCTTACCAAACTATGCATCAACAAACATGCACAGTCACTATTCATAAATTT
vrn-B1 TDC CTTCTTGTACAACCATTTATCTTACCAAACTATGCAGCAACAAATATGCACAGTCTCTATTCACGAATTT
vrn-D1 TDC CTTCTTGTACAACCATTTATCTTACCAAACTATGCAGCAACAAACATGCACAGTCACTATTCATGAATTT
vrn-B1T.turgidum CTTCTTGTACAACCATTTATCTTACCAAACTATGCAGCAACAAATATGCACAGTCTCTATTCACGAATTT
vrn-D1A.tauschii CTTCTTGTACAACCATTTATCTTACCAAACTATGCAGCAACAAACATGCACAGTCACTATTCATGAATTT
vrn1T.monococcum CTTCTTGTTCAACCATTTATCTTACCAAACTATGCATCAACAAACATGCACAGTCACTATTCATAAATTT
HvVRN1 cv Strider CATATTTTAGAAATTTAAATATTAAGAATATGAATTATGTTTCTAGTTTTTTCAACT------TTGTTTC
HvVRN1 cv Express CATATTTTAGAAATTTAAATATTAAGAATATGAATTATGTTTCTAGTTTTTTCAACT------TTGTTTC
vrn-A1 TDC CATATTCTCAAAATTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACTTTTTCCAACTAACAATTCTCTGA
vrn-B1 TDC CATATTCCCAAAAGTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACTTTTTCCAACTCATAATTTTCTGA
vrn-D1 TDC CATATTCTCAAAAGTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACCTTTTCCAACTCATAATCTTCTGA
vrn-B1T.turgidum CATATTCCCAAAAGTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACTTTTTCCAACTCATAATTTTCTGA
vrn-D1A.tauschii CATATTCTCAAAAGTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACCTTTTCCAACTCATAATCTTCTGA
vrn1T.monococcum CATATTCTCAAAATTTAAATATTAAGAACAAAAGTTATGTTTCTACTTTTTCCAACTGACAATTCTCTGA
HvVRN1 cv Strider ATTCTAATCTTTTGAAC
HvVRN1 cv Express ATTCTAATCTTTTGAAC
vrn-A1 TDC ACTCAAATTTTATAATT
vrn-B1 TDC ACTCAAATTTTATAATC
vrn-D1 TDC ACTCAAATTTTATAATC
vrn-B1 T.turgidum ACTCAAATTTTATAATC
vrn-D1 A.tauschii ACTCAAATTTTATAATC
vrn1 T.monococcum ACTCAAATTTTATAATT
Supplementary Figure 2. Alignment of nucleotide sequence from wildtype barley and wheat VRN1 alleles for the 1 kb region of intron 1 that is associated with repression of HvVRN1in non-vernalized plants. Short AT-rich motifs associated with Scaffold/Matrix Attachment Regions (S/MARs) are underlined. The S/MAR ‘A-box’ motif predicted by the PLACE database and SignalScan algorithm is underlined and in italics.