Supplementary Table1 Comparative advantages in amount of heterosis for ear length of best homozygotes at each of the two-locus combinations showing significant AA
Locus 1Y / Locus 2Y / Values % by AA / Best homozygote‡ / Var % by AA* / Over mid-parent$ / Over P1£ / Over P2# / Best genotypes¶ / Over best Genotypeumc1003（1） / umc1354（2） / 3.97 / 22/22 / 2.83 / 0.22 / 0.44 / 0.00 / 22/22 / 0.00
umc1635（1） / umc1354（2） / 3.90 / 22/22 / 2.72 / 0.15 / 0.29 / 0.00 / 22/22 / 0.00
phi052（1） / bnlg182（10） / 4.08 / 11/22 / 3.83 / 1.52** / 1.35** / 1.70** / 11/22 / 0.00
umc1497（1） / umc1689（2） / 4.21 / 22/11 / 4.46 / 1.09** / 1.11** / 1.07** / 22/11 / 0.00
phi265454（1） / umc1122（1） / 3.58 / 22/11 / 2.35 / 1.07** / 1.52** / 0.62* / 11/12 / -0.38
bnlg1755（2） / umc2032（4） / 4.35 / 22/22 / 4.57 / 0.26 / 0.53* / 0.00 / 22/22 / 0.00
nc003（2） / nc131（2） / 4.53 / 22/11 / 3.23 / 1.39** / 1.85** / 0.93* / 22/11 / 0.00
umc1562（2） / umc1635（8） / 4.27 / 22/11 / 3.82 / 1.72** / 1.63** / 1.80** / 22/11 / 0.00
umc1562（2） / umc1065（8） / 3.84 / 22/11 / 3.95 / 1.32** / 0.99** / 1.66** / 22/11 / 0.00
umc1268（2） / mmc0271（8） / 4.03 / 11/11 / 3.79 / 0.12 / 0.00 / 0.23 / 11/11 / 0.00
umc1663（2） / mmc0271（8） / 4.22 / 11/11 / 2.65 / 0.19 / 0.00 / 0.39 / 11/11 / 0.00
phi233376（2） / mmc0271（8） / 4.10 / 11/11 / 2.99 / 0.05 / 0.00 / 0.09 / 11/11 / 0.00
umc1697（3） / phi104127（10） / 4.12 / 11/11 / 2.08 / 0.41 / 0.00 / 0.83** / 11/11 / 0.00
nc005（3） / nc030（4） / 3.72 / 22/11 / 3.63 / 1.06** / 1.18** / 0.95** / 22/11 / 0.00
phi233376（3） / phi10228（8） / 4.07 / 22/22 / 3.40 / 0.23 / 0.47 / 0.00 / 22/22 / 0.00
umc1178（4） / nc005（6） / 4.21 / 11/22 / 3.93 / 1.61** / 1.77** / 1.46** / 11/22 / 0.00
umc1293（4） / umc1511（10） / 3.76 / 11/22 / 3.88 / 1.16** / 1.21** / 1.12** / 11/22 / 0.00
phi078（5） / phi113（6） / 4.40 / 11/22 / 2.03 / 1.28* / 1.04 / 1.52* / 11/22 / 0.00
umc1061（5） / phi008（10） / 3.57 / 22/11 / 3.19 / 0.94** / 1.18** / 0.69* / 12/11 / -0.28
umc1033（5） / umc1332（9） / 4.10 / 22/11 / 2.48 / 1.33** / 1.43** / 1.24** / 22/11 / 0.00
umc1494（5） / umc1792（9） / 3.86 / 11/11 / 3.64 / 0.07 / 0.00 / 0.14 / 11/11 / 0.00
umc1417（5） / umc1792（9） / 3.84 / 11/11 / 3.98 / 0.08 / 0.00 / 0.16 / 11/11 / 0.00
phi32315（5） / umc1829（10） / 4.01 / 22/22 / 3.75 / 0.05 / 0.10 / 0.00 / 22/22 / 0.00
umc1865（6） / phi452693（7） / 3.94 / 22/22 / 2.68 / 0.48 / 0.97* / 0.00 / 22/22 / 0.00
umc1360（7） / umc1241（8） / 3.71 / 11/11 / 3.45 / 0.12 / 0.00 / 0.25 / 22/12 / -0.47*
phi065（7） / umc1241（8） / 3.51 / 11/11 / 2.36 / 0.07 / 0.00 / 0.14 / 22/12 / -0.58**
umc1741（7） / umc1241（8） / 3.74 / 11/11 / 3.48 / 0.15 / 0.00 / 0.30 / 22/12 / -0.36
umc1865（7） / umc1016（7） / 4.24 / 22/22 / 4.49 / 0.57 / 1.14** / 0.00 / 22/22 / 0.00
umc1771（8） / umc1034（9） / 3.54 / 22/11 / 2.11 / 0.79** / 0.19 / 1.38** / 22/12 / -0.15
phi062（8） / bnlg1067（10） / 3.76 / 22/22 / 2.40 / 0.07 / 0.14 / 0.00 / 11/12 / -0.05
Note: Digenic interactions are identified by randomization tests and cut-off for AA is at p<0.01 levels.
8 The variation percentage of additive by additive effects in two-locus interactions
Y Interaction markers and its chromosomal locations (in parentheses).
‡ Genotype of the first locus/genotype of the second locus; 11, homozygous for the P1 allele; 22, homozygous for the P2 allele.
$ Advantage of the best homozygote over the mean of the two parental genotypes.
£ Advantage of the best homozygote over P1 genotype.
# Advantage of the best homozygote over P2 genotype.
¶ The best genotype identified in the nine interaction types.
* and * * Significant different from zero at p=0.05 and p=0.01 levels respectively.
Supplementary Table 2 Comparative advantages in amount of heterosis for ear length of the best interaction types at each of the two-locus combinations showing significant AD/DA
bnlg1450（1） / bnlg1179（10） / 11/12 / 3.67 / 2.24 / -0.27 / 0.16 / -0.69** / 22//22 / -0.69** / 22//22 / -0.69**
umc1697（3） / bnlg1523（10） / 12/22 / 3.91 / 2.5 / 0.26 / -0.26 / 0.78** / 11//11 / -0.26 / 11//11 / -0.26
phi078（5） / phi113（6） / 12/22 / 3.73 / 4.44 / 0.65** / 0.41* / 0.89** / 11//22 / -0.63** / 11//22 / -0.63**
umc1033（5） / umc1332（9） / 11/12 / 4.48 / 2.84 / 1.03** / 1.13** / 0.94** / 22//11 / -0.30 / 22//11 / -0.30
umc1865（6） / phi452693（7） / 11/12 / 3.77 / 1.79 / 0.19 / 0.67* / -0.30 / 22//22 / -0.30 / 22//22 / -0.30
umc1360（7） / umc1241（8） / 12/22 / 3.80 / 2.17 / 0.59 / 0.47* / 0.71** / 22//12 / 0.00 / 11//11 / 0.47*
umc1741（7） / umc1241（8） / 12/22 / 3.65 / 2.36 / 0.51 / 0.36 / 0.66** / 22//12 / 0.00 / 11//11 / 0.36
phi062（8） / bnlg1067（10） / 11/12 / 4.18 / 2.90 / 0.12 / 0.19 / 0.05 / 11//12 / 0.00 / 22//22 / 0.05
bnlg1597（1） / umc1354（1） / 12/11 / 4.09 / 3.21 / 0.09 / 0.46* / -0.28 / 11//22 / -0.60** / 11//22 / -0.60**
bnlg1904（2） / umc1185（3） / 12/22 / 3.81 / 2.19 / 0.15 / 0.34 / -0.03 / 22//11 / -0.46* / 22//11 / -0.46*
umc1663（2） / mmc0271（8） / 12/22 / 3.59 / 1.67 / -0.44* / -0.63** / -0.24 / 11//11 / -0.63** / 11//11 / -0.63**
phi233376（3） / phi10228（8） / 12/11 / 3.61 / 2.03 / -0.22 / 0.01 / -0.46* / 22//22 / -0.46* / 22//22 / -0.46*
umc1771（8） / umc1034（9） / 12/22 / 3.64 / 1.96 / 0.88** / 0.29 / 1.48** / 22//12 / -0.05 / 22//11 / 0.10
Note: Y The interaction markers and its chromosomes
‡ The best interaction homozygote; genotype of the first locus/genotype of the second locus; 11, homozygous for the P1 allele; 22, homozygous for P2 allele.
$ Advantage of the best AD/DA over the mean of the two parental genotypes.
£ Advantage of the best AD/DA over the P1 genotype.
# Advantage of the best AD/DA over the P2 genotype.
¶ The best genotype identified in the all interaction types.
* and * * Significant different from zero at p=0.05 and p=0.01 levels respectively
Supplementary Table 3 Comparative advantage of double heterozygote in the amount of heterosis at each of the two-locus combinations showing significant DD for ear length
P1£ / Best genotypes¶ / Over best genotype¶ / Best homozygote‡ / Over best homozygote
phi265454（1） / umc1122（1） / 3.42 / 3.33 / 0.82** / 1.27** / 11//12 / -0.63** / 22//11 / -0.25
Note: Y Interaction markers and its chromosomal location.
$ Advantage of heterozygote over the mean of the two parental genotype; genotype of the first locus/genotype of the second locus; 11, homozygous for P1 allele; 22, homozygous for P2 allele; 12, heterozygote.
£ Advantage of heterozygote over P1 genotype.
¶ The best genotype identified in the all interaction types.
‡ The best homozygous genotypes
** Significant different from zero at p=0.01 levels.