ITS1
A1_1 CCGAGACGAG GAAGCACCCC C-ACACTGGG TGAGAGACGC TTGGGGTCCG CGAGCCCGTC TGGGCGAGCG GACGGTGGAAGGGGCCCCGG GCGAGGACGC AAACTCCGGC GTCCGCCGAC GTTCAAGGGG GGG-TACCTG TGTTCCGAAA CCGACGGGGG
A1_2 ...... -...... A...... -......
A1_3 ...... C...... A...... T...... -......
A1_4 ...... -...... -......
A1_5 ...... C...... A...... T...... -......
A1_6 ...... C...... A...... T...... -......
A1_7 ...... -...... A...... -......
A1_8 ...... C...... A...... T...... -......
A1_9 ...... -...... A...... -......
B1_1 ...... -...... -......
B1_2 ...... C...... A...... T...... -......
B1_3 ...... -...... -......
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B1_5 ...... -...... A...... G...... G...... -......
C1_1 ...... -...... -......
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C2_3 ...... -...... TT......
D1_1 ...... -...... G...... -......
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D1_3 ...... -...... -......
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E1_3 ...... C...... -......
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A1_1 GAAGGGAAGA TCAGACTTTG CTTCCTCTCC CCCCC-GACG GCCGCCTCCG GAACGGTAGC CTCTCGGCTA GGTTCAAAGAGAGAGCCCTT CTTGGGGGG- CCGCGTCTCC GCGGTCTCCT CCGCCCCCCT GCGTCGGACG CCGGTCTCGC CTGCGTTTGC
A1_2 ...... -..A...... G...... - ......
A1_3 ...... C...... ---...... G...... G...... G ......
A1_4 ...... -...... - ......
A1_5 ...... C...... ---...... G...... G...... G ......
A1_6 ...... C...... ---...... G...... G.....C ...... G ......
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5.8S
A1_1 CAACTCCTCA GCTCTGCTGG CGGTGAGCCT AGAAA-CGCA CGACGAAAAA GAAACGAAAA ACCTCTGATA CAACTCTGAGCGGTGGATCA CTCGGCTCGT GCGTCGATGA AGAGCGCAGC CAGCTGCGAG AAGTGATGTG AATTGCAGGA CACATTGAAC
A1_2 ...... A ...... A...... - ......
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A1_4 ...... A ...... -......
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ITS2
A1_1 ATCGACGACT TGAACGCACC TTGCGGTCTC GGGTAACTCC CGGGACCACG CCTGTCTCAG GGTCGACTAA GCACGACGTCGCTCGGCCGC CTGGACGCAG GGG-AAA-TC --TTTCCCTT CAGTCCCTCA CGAGCGCCTT GGGGG-TCGC GGCAGGGCAT
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A1_5 ...... A.. ...-...-.. CT...... CC .C...... -...... A
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B1_3 ...... A.. ...-...-.. CT...... CC .C...... -...... A
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D1_3 ...... A.. ...-...-.. CT...... CC .-...... -...... A
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A1_1 CCCATCGAAA TCCGCGCGGA AGCCTCGCGC GGAGAGGGAG GCCCGGCCAC GTCCCCTCGA GTACAGAGTC TCCGACTCGGTTCTGACCGG TCCGCTCCCC TCCCTCGGGG G------ACGTCGGTC GGTCTCAATC CGGGAGGTGC AGGCGCGTCA
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A1_3 ...... G...... C.T... .GGGGGGGGG G......
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A1_5 ...... G...... C...... GGGG------......
A1_6 ...... G...... C.T... .GGGGGGGGG -......
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B1_1 ...... G...... C.T... .GGGGGGGGG -...... C..
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A1_1 TTCTCGTGGC CGCCCAACGC GGCGAAAACA TATTACGCCC CGTCCGCCGG CGGAAGCCTC GACGGCGGTT CGGGTAGCGTGGTAGCCGGG G-ACCTCTCG GGTGCGGCGT CCGCCAAAAA ACCGAGCCAA GCAAACCCCC AAAAAGAAA
A1_2 ...... -......
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Fig. S1Type I sequence alignments of the Neanthes glandicincta ITS regions (ITS1, 5.8S and ITS2).Sequences are identified with the first letter of the site (e.g., A), followed by the individual (e.g., A1) and clone number (e.g., A1_1).