SUPPLEMENTAL TABLE 2. Alternariasolani isolates extracted from early blight lesions on plants with various family backgrounds during the 2009 field season. Families were created using wild species S. raphanifolium (rap), S. berthaultii (ber), cultivated diploid S. tuberosum and F1 hybrids. All female and male parents are clones. Up to three isolates were collected from each plant to determine isolate genetic variability on individual plants. Assigned genotype groups based on RAPD primer analyses are included.

Isolate ID1 / Collection Date / Female Parent / Male Parent2 / Designation3 / Genotype4
201 / 8/5/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 13
202 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 13
203 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 13
204 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 13
205 / 8/5/2009 / Russet Burbank / Field Check / 12
206 / 8/5/2009 / Russet Burbank / Field Check / 6
207 / 8/5/2009 / Russet Burbank / Field Check / 12
208 / 8/5/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 9
209 / 8/5/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 13
210 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 11
211 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 9
212 / 8/5/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
213 / 8/5/2009 / US-W730 / ber 138-11 / F1 / 4
214 / 8/5/2009 / US-W730 / ber 138-12 / F1 / 9
215 / 8/5/2009 / US-W730 / ber 138-12 / F1 / 6
216 / 8/5/2009 / S. berthaultii / Wild Parent / 6
217 / 8/5/2009 / S. berthaultii / Wild Parent / 13
218 / 8/5/2009 / S. berthaultii / Wild Parent / 6
219 / 8/5/2009 / US-W4 / ber 138-11 / F1 / 13
220 / 8/5/2009 / US-W4 / ber 138-11 / F1 / 7
221 / 8/5/2009 / US-W973 / ber 138-12 / F1 / 17
222 / 8/5/2009 / US-W973 / ber 138-12 / F1 / -
223 / 8/5/2009 / US-W973 / ber 138-12 / F1 / 6
224 / 8/5/2009 / US-W4 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / BC-Cultivated / 6
225 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / F1 Parent / 18
226 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / F1 Parent / 8
227 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / F1 Parent / 13
228 / 8/12/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 13
229 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 13
230 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 13
231 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 13
232 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 13
233 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 6
234 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 10
235 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
237 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 13
238 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 12
239 / 8/12/2009 / C75-5+297 / Field Check / 13
240 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / F1 Parent / 14
241 / 8/12/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 6
242 / 8/12/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 6
243 / 8/12/2009 / US-W4 / rap 119-2 / F1 / 6
244 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
245 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
246 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
247 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 6
248 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 6
249 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 13
250 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / US-W4 / BC-Cultivated / 16
251 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 6
252 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x rap 119-2) / rap 119-2 / BC-Wild / 14
253 / 8/12/2009 / US-W4 / Cultivated Parent / 12
254 / 8/12/2009 / Atlantic / Field Check / 13
255 / 8/12/2009 / US-W730 / ber 138-11 / F1 / 12
256 / 8/12/2009 / US-W4 / ber 138-11 / F1 / 5
257 / 8/12/2009 / US-W4 / ber 138-11 / F1 / 7
258 / 8/12/2009 / US-W4 / ber 138-11 / F1 / 7
259 / 8/12/2009 / US-W4 / ber 138-12 / F1 / 12
260 / 8/12/2009 / US-W730 / ber 138-12 / F1 / 6
261 / 8/12/2009 / US-W42 / ber 141-3 / F1 / 6
262 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11) / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F2 / 12
263 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F2 / 6
264 / 8/12/2009 / US-W4 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F2 / 12
265 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / US-W4 / BC-Cultivated / 6
266 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / US-W4 / BC-Cultivated / 14
267 / 8/12/2009 / US-W4 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / BC-Cultivated / 12
268 / 8/12/2009 / C75-5+297 / Field Check / 13
269 / 8/12/2009 / US-W4 / Cultivated Parent / 13
270 / 8/12/2009 / US-W42 / ber 138-11 / F1 / 13
271 / 8/12/2009 / US-W973 / ber 138-11 / F1 / 13
272 / 8/12/2009 / US-W973 / ber 138-11 / F1 / 6
273 / 8/12/2009 / US-W973 / ber 138-11 / F1 / 6
274 / 8/12/2009 / US-W4 / ber 138-12 / F1 / 6
275 / 8/12/2009 / US-W42 / ber 138-12 / F1 / 6
276 / 8/12/2009 / US-W973 / ber 141-3 / F1 / 7
277 / 8/12/2009 / US-W973 / ber 141-3 / F1 / 14
278 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / F2 / 13
279 / 8/12/2009 / US-W4 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / BC-Cultivated / 14
280 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / ber 138-11 / BC-Wild / 6
281 / 8/12/2009 / F1 (US-W4 x tar 138-11 / ber 138-11 / BC-Wild / 6
282 / 8/12/2009 / S. berthaultii / Wild Parent / 13

1 Each isolate was assigned an ID number for ease of reference

2Wild species utilized as males: S. raphanifolium(rap 119-2, PI473369), S. berthaultii (ber 138-11 and ber 138-12, PI265577) (ber 141-3, PI566799).

3Designations: F1=haploid-wild species hybrids, BC-Wild=F1 hybrids crossed to wild parent, BC-Cultivated=F1 hybrids crossed to cultivated haploid parent, F2=F1 hybrid crossed to another F1 hybrid, F1 Parent= F1 hybrids selected for use in breeding crosses, Cultivated Parent=cultivated haploid parents, Wild Parent=wild species parents, Field Check=‘Atlantic’(ATL), ‘Russet Burbank’ (RB) and C75-5+297 (297).

4 Distribution of 19 unique genotype groups across 2009 isolate populations. Shaded boxes indicate isolates were collected from the same plant.