SupplementaryFigure S1. The part of nucleotide sequence alignment between CR931639, EF538714, CR931638 and AF246879a,b.
6121 6131 6141 6151 6161 6171
5106→
CR931639 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG
EF538714 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG
CR931638 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG
AF246897 GCTGAGGAGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG
6181 6191 6201 6211 6221 6231
CR931639 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTCGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC
EF538714 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTTGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC
CR931638 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTCGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC
AF246897 GTGGATGAGGATCCACGTATCACGAAAATTGGTCATTTTATACGGAAGACGAGCTTGGAC
6241 6251 6261 6271 6281 6291
CR931639 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGCTTGGTAGGTACACGACCA
EF538714 GAGCTACCACAGTTTTATAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGTTTGGTTGGCACACGTCCA
CR931638 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGCTTGGTAGGTACACGACCA
AF246897 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGTTTGGTAGGGACACGACCA
6301 6311 6321 6331 6341 6351
CR931639 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGCCGACTAAGTTTTAAA
EF538714 CCAACAGTGGATGAGTATGAACACTATACCCCAGAACAAAAACGTCGGCTAAGTTTTAAA
CR931638 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGCCGACTAAGTTTTAAA
AF246897 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGTCGCCTAAGTTTTAAA
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CR931639 CCTGGCATAACAGGTTTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGTGAAATCAAGAATTTCGATGAA
EF538714 CCTGGTATAACAGGCTTATGGCAGGTCAGTGGACGAAGTGAAATCAAAAATTTCGATGAA
CR931638 CCTGGCATAACAGGTTTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGTGAAATCAAGAATTTCGATGAA
AF246897 CCTGGCATAACAGGTCTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGCGAGATCAAGAATTTCGATGAG
6421 6431 6441 6451 6461 6471
CR931639 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATTAATGGTTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT
EF538714 GTTGTCAAATTAGATGTGGCTTATATAGATGATTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT
CR931638 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATTAATGGTTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT
AF246897 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATAGACGGTTGGACAATTTGGAAAGATATTGAAATT
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CR931639 TTATTGAAAACGGTTAAAGTTGTATTTATGAGAGATGGAGCGAAATAGTTTGGTTGTGTA
EF538714 TTATTGAAGACAGTTAAGGTAGTATTGATGAAGGATGGAGCCAAATAG------
CR931638 TTATTGAAAACGGTTAAAGTTGTATTTATGAGAGATGGAGCGAAATAGTTTGGTTGTGTA
AF246897 TTATTGAAGACAGTTAAAGTTGTATTGATGAAGGATGGAGCGAAGTAGAGAGTTTCTCTC
6541 6551 6561 6571 6581 6591
CR931639 GGAT------ATTT------GTAGAGGTAAAAGTTTCGAATATATCTC
EF538714 GGGG------ATAT------GTTCATGAAATTGCTTC------ATTTT
CR931638 GGAT------ATTT------GTAGAGGTAAAAGTTTCGAATATATCTC
AF246897 TGACCACAATCGTGCAATCCTAATAATAGCGAGATAATAAAATTGTCTTGCTTTTAACTC
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CR931639 ACTCAATCTTTTTTATAAGTGAAAA--TAA-ATTTAGAAGTA--GGAATTTTATGAAT--
EF538714 AGTGAAG-----TTGGCGGTGGAGT--TGATAGGTATATTAA--GTTATTTTTAAAAT--
CR931638 ACTCAATCTTTTTTATAAGTGAAAA--TAA-ATTTAGAAGTA--GGAATTTTATGAAT--
AF246897 GGACTCTAAATTTAGGAGTTCTAGTGATAATATTAACAATAAAGGTGAGGTGAAAAATGG
6661 6671 6681 6691 6701 6711
CR931639 --ATAGTTTATGCCACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCTTCCATCAAATCA
EF538714 --ATT------CAGATAAAGAACATTTTAAAAATATTG--TGGTAGGATCAGATCA
CR931638 --ATAGTTTATGCCACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCTTCCATCAAATCA
AF246897 ATATAGTATATGCGACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCATCTATCAAGTCG
6721 6731 6741 6751 6761 6771
CR931639 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---
EF538714 GCTTAATAGACAAAC----ATATGAACAAGAATATA---AT------ATAAAGTTTTA
CR931638 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---
AF246897 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---
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CR931639 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT
EF538714 TCACATTGATATCTATAGAAGCT---TGTCTCCAATAAAGCTTTTACGC-GCGATTAAAC
CR931638 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT
AF246897 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT
6841 6851 6861 6871 6881 6891
CR931639 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATCCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT
EF538714 AATT---TAGAAAA-----ATATTGTATCTAGAAAGACCTGATATAGTATATCTGCACAG
CR931638 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATCCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT
AF246897 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATTCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT
6901 6911 6921 6931 6941 6951
CR931639 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTTTAT
EF538714 TACTTTTGCAGGTG--TAGTAGGCAG-GTT-----AGCTTCTATGGGT------TTGT
CR931638 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTTTAT
AF246897 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTCTAT
6961 6971 6981 6991 7001 7011
CR931639 CTTGACAGTGATATTATTGTTATGGATTCTTTACGAA-GTATTTTTGATATTGATTTTAA
EF538714 CGTGTAA------AGTAGTATACAATCCTCACGGATGGTCTTTTAAGATGGATGTTTC
CR931638 CTTGACAGTGATATTATTGTTATGGATTCTTTACGAA-GTATTTTTGATATTGATTTTAA
AF246897 CTTGATAGTGATATTATTGTAATGGATTCTTTACGAA-GTATTCTTGATATTGATTTTAA
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CR931639 GGGTAAAATTCTCTATGGGGTGAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG
EF538714 ---TAAGATTAAGCA------ATTCGTTTATAAAAATATTGAAA-AGTTTTTGTC
CR931638 GGGTAAAATTCTCTATGGGGTGAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG
AF246897 AGATAAAATTCTCTATGGGGTAAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG
7081 7091 7101 7111 7121 7131
wciNbetaS1→
CR931639 TATACCAATTGACAAGCCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTTATTAATTTAGAGTTATG
EF538714 TTATCTTACAGATAAGTATATATT-AAT-CTCTAAATCTGAATATGAAGC--GGCTCAAT
CR931638 TATACCAATTGACAAGCCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTTATTAATTTAGAGTTATG
AF246897 GATACCAATCGACAAACCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTGATTAATTTAGAGTTATG
7141 7151 7161 7171 7181 7191
wciNbetaS2→
CR931639 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAGATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT
EF538714 CTTTAAAAATACCCCTTAAGAAA-----TTGACTTTAGT------GTATAATGG-AGTA-
CR931638 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAGATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT
AF246897 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAAATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT
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CR931639 ATTACAAGGAGATTTAGGG-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC
EF538714 ------GAGATTGATGAAGATTTTAACGAACATCAAATAAAC------GTTTTATTAC
CR931638 ATTACAAGGAGATTTAGGG-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC
AF246897 ATTACAAGGTGATTTAGGA-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC
7261 7271 7281 7291 7301 7311
5101→
CR931639 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT
EF538714 C--CATAA-ATAAATATGTTAT----TGGGATGATTGGTCGTAT------TAGTGA
CR931638 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT
AF246897 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT
7321 7331 7341 7351 7361 7371
CR931639 TTAAAAAACCAATTAATTATTATTCAAAAGAGGAAATTAAAAATGCCAGAGAACGTATAG
EF538714 ACAGAAAAATCCTTTCTTTTTTGTTGAATTTGCAAA--AAAATTATCAGAGATT-TATAG
CR931638 TTAAAAAACCAATTAATTATTATTCAAAAGAGGAAATTAAAAATGCCAGAGAACGTATAG
AF246897 TTAAAAAACCAATTAACTATTATTCAAAAGAAGAAATTAAAAATGCTAGAGAACGTATAG
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CR931639 TCTTACGACATTTCACAACTAGTTTTTTATCAAAAAGACCTTGGCAAGAAGGCAGTAATG
EF538714 ------CAATTTA----TATTTTGGTATTG------TCGGC--GATGGC-GAA---
CR931638 TCTTACGACATTTCACAACTAGTTTTTTATCAAAAAGACCTTGGCAAGAAGGCAGTAATG
AF246897 TCTTGCGCCATTTCACAACGTGTTTTCTATCACTCAGACCTTGGCAAGAAAATAGTGAGG
7441 7451 7461 7471 7481 7491
←wciNbetaA1
CR931639 TTGCACATATAGACCAATTTAAAAAATACTATGAAGGTAGTTATAAAAATGTTAAAGAAT
EF538714 TTGCG----TGGGCGAACTGAAGAACTAAT-TGAAG--AGT------ATGGGCTTCGAAG
CR931638 TTGCACATATAGACCAATTTAAAAAATACTATGAAGGTAGTTATAAAAATGTTAAAGAAT
AF246897 TGGCGCATGTGGAAATATTTAAAAAATACTATAGAGGAACATACAAACAAGTATCTCCAT
7501 7511 7521 7531 7541 7551
←wciNbetaA2
CR931639 CT-ATTTTACTAAAAATAGTTCAAAAATTACCCAAAAAATGTTCAGTTTTTTTATTAGGA
EF538714 CTCATTTTTTATAACAGGGTGGGTGGATAATCCAGAGGAT------TATTTAGCTCAGT-
CR931638 CT-ATTTTACTAAAAATAGTTCAAAAATTACCCAAAAAATGTTCAGTTTTTTTATTAGGA
AF246897 CT-AAGTTATCAAGAATTTATAAAATTTTACCGAAAAAAATGTCGCTCTATTTACTAGGT
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CR931639 ATTATTCAATCAAAATTTAGACCTAAATTGTATAGAATTTTGAAATAAGGTGGATAGTAT
EF538714 -TCAATCAGGCAGTTCTTTTCTCGAAATGGGAGGGC-TTTGGATTGGCGGTTGCG-GAAT
CR931638 ATTATTCAATCAAAATTTAGACCTAAATTGTATAGAATTTTGAAATAAGGTGGATAGTAT
AF246897 TTTATTCAATCAAAAGTGCGTCCAAAACTGTATAGAATTTTGAAATAAGATGGCTAGTAG
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CR931639 TAATGACAAAAAAGAAAG------
EF538714 ATATGAAACATAAGAAGCC------
CR931638 TAATGACAAAAAAGAAAG------
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CR931639 ------
EF538714 ------
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EF538714 ------AATTCTTATAACTAATGT
CR931638 ------AATTTTATTGAAAATTCA
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CR931638 ------GAAGAATTGAAA
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CR931638 TTATTAAAAGAGTTTATAAAAATATGTTCTAAAAATAAAATTAAGTATTTTGCTCT---T
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EF538714 TTGAAAGAAAAACTATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGCCTAAAAACGACTATTTTGCAT
CR931638 TTGAAAGAAAAACTATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGGCTAAAAACGACTATTTTGCAT
AF246897 TTGAAAGAAAAACGATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGGCTAAAAATGATTATTTTGCGT
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EF538714 TTTATGTTGGAAGACCTTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTCGTGAAAACAAATATTA
CR931638 TTTATGTTGGAAGACCTTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTCGTGAAAACAAATATTA
AF246897 TTTATGTTGGAAGACCGTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTTTTAAAAACGAATATTA
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EF538714 CTCCCAATCAAATATCTTATTTATCTATAATTCCTTTGATTGTTGGATTTATAATAATGA
CR931638 CTCCCAATCAAATATCTTATTTATCTATAATTCCTTTGATTGTTGGATTTATAATAATGA
AF246897 CTCCCAATCAAGTATCTTATTTATCTATAGCCCCTTTGATTCTTGGATTTCTGACAATGA
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EF538714 TATTTACAACTGATTTCGTTGTATTATTACTGGCATGGTTTCTATTTTTTTTATGGAACT
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←3101
CR931639 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCCAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA
EF538714 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCCAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA
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AF246897 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCTAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA
8521 8531 8541 8551 8561 8571
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EF538714 GTGTAGTAGATGCAATGGCTGGCTATGTAGCCATGGTGTTGACGTATTTCGGTGCAGGAA
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AF246897 GTGTAGTAGATGCAATGGCAGGCTATGTGGCTATGGTGCTGACGTATTTTGGTGCAGGAA
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CR931639 TAGTAGCTGCTCATTTAAACGACTCAGATATCTATATAATTTTGGGTGCATTATCTGGGA
EF538714 TAGTAGCTGCTCATTTAACCGACTCAGATATCTATATAATCCTGGGTGCATTATCTGGGA
CR931638 TAGTAGCTGCTCATTTAAACGACTCAGATATCTATATAATTTTGGGTGCATTATCTGGGA
AF246897 TAGTAGCAACTCATCTAAATGGCTCAGATATGTATGTGATTTTGGGTGCTTTATCTGGAA
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CR931639 TTTCATTGATTTTTCCAAGGTTAGTGATGCATAAGTATATCAATACAGTAGCTCAAGATG
EF538714 TTTCATTGATTTTTCCAAGGTTAGTGATGCATAAGTATATCAATACAGTAGCTCAAGATG
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CR931639 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCTGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA
EF538714 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCCGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA
CR931638 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCTGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA
AF246897 AGTCTGTCAATAACATTAAAGATAAATCAAATTTTAGTACTATAAAACTACTGGCTTTAA
8761 8771 8781 8791 8801 8811
CR931639 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC
EF538714 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC
CR931638 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC
AF246897 ATATGACATCAATTACAGGTATTCCTCAGGTTTTACTACTAGTAACGATTTTAACAAATC
8821 8831 8841 8851 8861 8871
CR931639 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTTACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT
EF538714 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTCACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT
CR931638 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTTACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT
AF246897 AGTGGGAATTTTTTACTTTAGTATATTTCACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCGT
8881 8891 8901 8911 8921 8931
CR931639 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT
EF538714 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT
CR931638 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT
AF246897 TATATTCATTATTTAAAAAGGAGAATGTTTAGAGATGGGAAAATCAGTTGCAATTTTAAT
8941 8951 8961 8971 8981 8991
CR931639 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC
EF538714 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC
CR931638 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC
AF246897 GACCACTTATAATGGTGAGAGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC
9001 9011 9021 9031 9041 9051
CR931639 ATTCACTAATTGGACACTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT
EF538714 ATTCACTAATTGGACGCTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT
CR931638 ATTCACTAATTGGACACTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT
AF246897 ATTTACCAATTGGACGCTTTTTATTAGAGATGATGGATCAAAAGATAAGACAGTAGAAGT
9061 9071 9081 9091 9101 9111
CR931639 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTCGTTGAAAATCCCTCAAAGTT
EF538714 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTAGTTGAAAATCCCTCAAAGTT
CR931638 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTCGTTGAAAATCCCTCAAAGTT
AF246897 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTAGTTGAAAATCCCTCAAAGTT
9121 9131 9141 9151 9161 9171
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CR931638 TCATGGAGCTTATTACAATTTTTTTAATCTAATTGAATACGTTAAAAACAATTATCAATT
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AF246897 TGATTATTACTTTTTTTGTGATCAAGATGATATTTGGAAAGAGCACAAGCTAGAAATACA
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AF246897 GCTGTTAAGATTTTCTAAGGATGAAATGCCAGAGATGGTTTACTCTGATATGTCAACGAT
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EF538714 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCAAGCCTATATCTGGGGGTGTACTGCAGGTTTTAA
CR931638 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCATGCCTATATCTGGGGGTGTACTGCAGGTTTTAA
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AF246897 AAAACTGTCTCATGATAATTATTTTGCAAAGTTTGCACTAGAGTATGGGAAGGTGTTGTT
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←wciP-r
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AF246897 TTTTAAATTATCTCCGCTAAATATTCTCAGAAAGGCTATTTTGGGTTTCAATGAATTGGC
Notes.
- Positions ofprimers used in this study are shownabove. Please refer to Table 1 for primer sequences.The gray-shaded areasareprimer regions andwhite highlighted text is primer names.
- Serotype 6B sequence AF246897 is longer than SSI reference strain sequence CR931639 due to a ~308-bp sequence insert (at alignment sequence number 7639 to 7968). These variants therefore produce amplicons of different lengths (956-bp or 1.2kb) using primer pair 5101-3101 forPCR, whereas serotype 6Aproduces an amplicon of 956-bp using theseprimers.
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