Supplementary TABLE. Detailed results for each technique per mycobacterial isolate tested
Number / Origin / ITS / hsp65 / NTM-DR / INNO-Lipa / CM/AS3 / MALDI-TOF MS-TOF1 / Spleen / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium
2 / Blood / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium
3 / Respiratory / M. avium / M. chimaera / M. intracellulare / MAC / M. intracellulare / M. colombiense
4 / Respiratory / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium
5 / Bone / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium / M. avium
6 / Blood / M. chelonae / M. chelonae / M. chelonae / M. chelonae / M. chelonae / M. chelonae
7 / lymph node / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
8 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
9 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
10 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
11 / Water1 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / Mycobacterium sp. (non tuberculous)
12 / Water1 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
13 / Water1 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
14 / Water1 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / Mycobacterium sp. (non tuberculous)
15 / Water1 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
16 / Blood2 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
17 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
18 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
19 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
20 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
21 / Water / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
22 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
23 / Gastric fluid / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
24 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
25 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
26 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
27 / Pericardic fluid / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
28 / Aortic prosthesis2 / M. chimaera / M. avium / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
29 / Bone2 / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
30 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
31 / Urines / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
32 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
33 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
34 / Respiratory / M. chimaera / M. chimaera / M. chimaera / MIN2 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
35 / Skin / M. intracellulare / M. intracellulare / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
36 / Respiratory / M. intracellulare / M. yongonense / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
37 / Bone and joint / M. intracellulare / M. intracellulare / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
38 / Bone and joint / M. intracellulare / M. intracellulare / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
39 / Respiratory / M. intracellulare / M. intracellulare / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
40 / Skin / M. intracellulare / M. intracellulare / M. intracellulare / MIN1 / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
41 / Respiratory / M. kansasii / M.kansasii / Mycobacterium sp. / M. kansasii / M. kansasii / M. kansasii
42 / Skin / M. marinum / M. marinum / Mycobacterium sp. / M. marinum /M. ulcerans / M. species / NA
43 / Blood / M. mucogenicum / M. mucogenicum / Mycobacterium sp. / INI / M. mucogenicum / M. mucogenicum_phocairum
44 / Respiratory / M. simiae / M. simiae / INI / M. simiae / M. simiae / M. simiae
45 / Skin / M. yongonense / M. chimaera / INI / MAC / M. species / M.chimaera_intracellulare_group
46 / Lymph node / M. yongonense / M. intracellulare / M. intracellulare / MAC / M. intracellulare / M.chimaera_intracellulare_group
47 / Respiratory / M. xenopi / M. xenopi / Mycobacterium sp. / M. xenopi / M. xenopi / M. xenopi
MAC,Mycobacterium avium complex; MIN2,Mycobacterium intracellulare sequevar Mac-A; MIN1, Mycobacterium intracellulare sequevar Min-A, -B and –D; INI: non interpretable, NA, not available because of no growth in subculture
1Environmental isolates from heater-cooler unit water tanks;
2Clinical isolates from cardiothoracic surgical patients
3For the non MAC species, identification with GenoType Mycobacterium CM was completed with GenoType Mycobacterium AS version 1.0 (Hain Lifescience, Nehren, Germany), according to the manufacturer recommendations.