1
Course Syllabus and Lesson Plan
SCID 141
Living Processes: From Molecules to Cells
(Chemical processes in living system)
Academic Year 2012-2013: 12 November 2012 – 18 Febuary 2013
Course Title: Living Processes, From Molecules to Cells
Course Code: SCID 141
Total Credit: 3(3-0)
Pre-Requisite: SCBI 101, SCBI 102, SCBI 103, SCBI 104
Duration: Second semester
Course Homepage:
http://www.sc.mahidol.ac.th/scbc/webboard/index.php
Course Description:
Structures and functions of biomolecules, protein folding, protein functions, bio-catalysis, enzyme kinetics, citric acid cycle, electron transport and oxidative phosphorylation, anabolism and catabolism of biomolecules in normal and some important pathological stages, regulation of metabolic pathways, flow of genetic information, gene regulation, and molecular techniques with medical applications.
การศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีววิทยาของชีวโมเลกุลในเซลล์สิ่งมีชีวิต ความสัมพันธ์ที่เกี่ยวข้องกับโครงสร้างและหน้าที่ ความสำคัญของการควบคุมขบวนการเมตาบอลิสมในสิ่งมีชีวิต พลังงานที่ใช้ในการสร้างและสลายทั้งโมเลกุลเล็กและโมเลกุลใหญ่ที่ทำหน้าที่อยู่ภายในเซลล์ปกติและสภาวะการเกิดพยาธิของโรค ความรู้พื้นฐานเกี่ยวกับการจัดเรียงของยีโนม รหัสพันธุกรรมและการถ่ายทอด รวมทั้งเทคนิคทางอณูชีววิทยาที่เกี่ยวข้องกับการประยุกต์ทางการแพทย์
Course Objectives:
At the end of this course, the students will be able to
1. explain chemical processes occurred in living system, structure and functional relationship of biomolecules
2. point out the regulation of metabolic pathways governing the life of a cell
3. know and understand energy metabolism, biosynthesis and degradation in both normal and some important pathological stages
4. emphasize fundamental of genome organization, flow of genetic information and gene regulation
5. learn the principle of molecular techniques relevant to medical applications.
Course Outlines:
See schedule on page
Teaching Methods
Lecture, Group study, Tutorial and assignment
Teaching Media
• Text book Lehninger, Principle of Biochemistry, 4th or 5th edition,
• CAI, VDO, PowerPoint and/or transparency presentation, can be self-study via web site: http://www.sc.mahidol.ac.th/scbc/webboard/index.php
Evaluation of Student Achievement
Grading system from midterm and final examination
• Midterm written examination (MCQ) 30%
• Final written examination (MCQ) 70%
Total 100%
Students who get a total grade more than 50% are considered successful for this course.
Course Evaluation
Questionnaire about contents, teaching processes, examinations and instructor performance.
Required Textbook
• Lehninger, L. A., Nelson, D. L., and Cox, M. M., Principles of Biochemistry, 4th or 5th edition, Worth, New York
Other References
1. Voet, D., and Voet, J. G., Biochemistry, John Wiley & Sons, New York, 1990.
2. John, W. Baynes and Marek H. Dominiczak, Medical Biochemistry, 2nd edition, Elsevier Mosby, 2005
3. Other equivalent biochemistry textbooks.
Instructors
Lecturer from Department of Biochemistry, Pharmacology, Physiology and Clinician and guest lecturers from outside Faculty of Science
Course Coordinators
Asist. Prof. Dr. Jamorn Somana
Department of Biochemistry, Faculty of Science, Mahidol University
Tel: 0-2201-5601 and 0-2201-5468
Course Syllabus and Lesson Plan
SCID 142
Laboratory in Living Processes
Academic Year 2012-2013: 23 November 2012 – 11 Febuary 2013
Course Title: Laboratory in Living Processes
Course Code: SCID 142
Total Credit: 1(0-3)
Pre-Requisite: SCBI 101, SCBI 102, SCBI 103, SCBI 104, SCID141
Duration: Second semester
Course Homepage:
http://www.sc.mahidol.ac.th/scbc/webboard/index.php
Course Description:
Determination of LDH enzyme activity by spectrophotometric method, Determination of liver enzyme activities, DNA isolation and PCR amplification followed with analysis of DNA by gel electrophoresis technique, structures and functions of biomolecules, protein folding, protein functions, bio-catalysis, enzyme kinetics, TCA cycle, electron transport and oxidative phosphorylation, anabolism and catabolism of biomolecules in normal and pathological stages, regulation of metabolic pathways, flow of genetic information, gene regulation, and molecular techniques with medical applications. Starvation
การวัดการทำงานของเอนไซม์ LDH โดยวิธีการดูดกลืนแสง การตรวจวัดเอนไซม์ในตับ การแยกดีเอ็นเอและปฎิกริยาพีซีอาร์พร้อมการวิเคราะห์โดยกระแสไฟฟ้า โครงสร้างและหน้าที่ของชีวโมเลกุล การม้วนตัวของโปรตีน โครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ตัวเร่งชีวภาพ จนลศาสตร์ของเอนไซม์ วัฏจักรกรดซิตริก การถ่ายทอดอีเลคตรอน การสร้างเอทีพีในไมโตคอนเดรีย การสร้างและการสลายชีวโมเลกุลต่างๆในภาวะปกติและภาวะการเกิดโรค การควบคุมขบวนการเมตาบอลิสมในสิ่งมีชีวิต รหัสพันธุกรรมและการถ่ายทอด การจัดเรียงและการแสดงออกของยีโนม เทคนิคทางอณูชีววิทยาที่เกี่ยวข้องกับการประยุกต์ทางการแพทย์ การอดอาหาร
Course Objectives:
At the end of this course, the students will be able to
1. have a laboratories skill on basic techniques in structure and functional relationship of biomolecules
2. gain the knowledge and understand the way to analysis the experimental data
3. work together or have group activities relevant to chemical processes occurred in living system and medical applications
4. acquire necessary knowledge through current available resources and analyze critical problems and data obtained.
Course Outlines:
See schedule on page
Teaching Methods:
Laboratory, Group study, Discussion and assignment
1. Laboratories: Compulsory
There are 3 laboratory exercises designed to broaden the students’ skill and knowledge. These are 1) determination of LDH enzyme activity and studying LDH enzyme kinetics by spectrophotometric method 2) determination of liver enzyme activities 3) DNA isolation, PCR amplification and analysis of DNA by gel electrophoresis technique.
2. Small Group or Conferences: Compulsory
There are 3 small group discussions. The sessions involve discussion on problem sets related to the topics SCID 141 and some clinical cases. Student presentation and discussion will be focused and all sessions will have either pre- or post discussion quizzes.
3. Problem-Based Learning: Compulsory
Problem-based scenario will be given to initiate group activities in the discussion and self-study sessions to find out a possible explanation for the problem. Developments of conceptual thinking skill and integration of information are the main objective.
4. Team-Based Learning: Compulsory
There is 1 team-based learning topic given to initiate group activities in the learning processes. Students have to study the assignment topics before a class. Questions involved in the topics will be asked and the students have to find out the answers individually then try to find out within their group. Developments of conceptual thinking by him- or her-self and by group with integration of information are the major objective of this learning.
5. Tutorials: Not Compulsory
There are 3 tutorial periods to cover the basic concepts of the course. Tutorial period is provided to help students better understand the topics and/or clarify some points after their self- or group-study. Therefore, students are expected to go through the topics and prepare questions prior to each tutorial discussion. Questions for each tutorial session can be posted at the web-board (see course homepage) or can be submitted directly to the lecturer(s). All tutorials will be held at lecture hall.
6. CAI (CD and VDO): Compulsory
There are 1 CAI media available in this course, i.e. structure folding and build block, high throughput automated system, and molecular diagnosis, PCR and sequencing technique. These learning materials will be installed in the computer system and the students can access and study during free time. One CAI-media on PCR and DNA sequencing techniques is used in a class discussion.
Teaching Media:
• Laboratory manual of the course
• Text book Lehninger, Principle of Biochemistry, 4th or 5th edition,
• CAI, VDO, PowerPoint and transparency presentations, can be self study via web site: http://www.sc.mahidol.ac.th/scbc/webboard/index.php
Evaluation of student achievement:
Grading system from written examination and work assignments or performance in the activities
Process 85%
Small group (5% x3), pre- or post-test (5%x3) 30%
PBL (10% x 2) 20%
Laboratories (5% x 4) 20%
CAI (5%) 5%
TBL iRad 5% tRad 2.5% gRad 2.5% 10%
Knowledge 15%
From written examination (Midterm and Final)
Out of the total 100%, students who get a grade more than 60% are considered successful for this course
Course Evaluation:
Questionnaire about contents, teaching processes, examinations and Instructor performance.
Required Textbook
• Lehninger, L. A., Nelson, D. L., and Cox, M. M., Principles of Biochemistry, 4th or 5th edition, Worth, New York
Other References:
1. Voet, D., and Voet, J. G., Biochemistry, John Wiley & Sons, New York, 1990.
2. John, W. Baynes and Marek H. Dominiczak, Medical Biochemistry, 2nd edition, Elsevier Mosby, 2005
3. Other equivalent biochemistry textbooks.
Instructors:
Lecturer from Department of Biochemistry, Pharmacology, Physiology and Clinician from Ramathibodi and guest lecturers from outside Faculty of Science.
Course Coordinators:
Asist. Prof. Dr. Jamorn Somana
Department of Biochemistry, Faculty of Science, Mahidol University
Tel: 0-2201-5601 and 0-2201-5468
ตารางสอนรายวิชา SCID 141-142 ประจำภาคปลายปีการศึกษา 2555-2556
กลุ่มนักศึกษา RA, BM, PI
วัน / เวลา / กิจกรรม / กลุ่ม นศ / ห้องเรียน / ผู้สอน /จันทร์ / 12 พ.ย. 55 / 8.30-10.20 / Course Orientation
Lecture 1: Structure and Functions of Biomolecules / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC), กิตติศักดิ์(BC) /
พุธ / 14 พ.ย. 55 / 10.30-12.20 / Lecture 2: Protein Structure and Concept of Folding / all / OP-ชัชวาล / จิรันดร(BC) /
ศุกร์ / 16 พ.ย. 55 / 13.30-16.20 / Lecture 3: Biocatalysis and Enzyme Kinetics / all / OP-ชัชวาล / กิตติศักดิ์(BC) /
จันทร์ / 19 พ.ย 55 / 8.30-10.20 / Lecture 4: Protein Structure and Function / Molecular Assembly / all / OP-ชัชวาล / จิรันดร(BC) /
พุธ / 21 พ.ย. 55 / 10.30-12.20 / Lecture 5: Citric Acid Cycle / Oxidative Phosphorylation / all / OP-ชัชวาล / ตวงพร(BC) /
ศุกร์ / 23 พ.ย 55 / 13.30-14.30 / Lab 1: Enzyme LDH – Brief Lab / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC), ดนยา(BC), สุมาลี(BC), ศราวุฒิ(BC), ธนรรถ(BC), ตวงพร(BC), วิไล(BC) and TAs /
14.30-16.20 / Lab 1: Enzyme LDH – Experiment / all / SC3 /
จันทร์ / 26 พ.ย 55 / 8.30-10.20 / Lecture 6: Carbohydrate Metabolism / all / OP-ชัชวาล / วิไล(BC) /
พุธ / 28 พ.ย 55 / 10.30-12.20 / Lecture 7 Amino Acid Metabolism / all / OP-ชัชวาล / วิไล(BC) /
ศุกร์ / 30 พ.ย 55 / 13.30-16.20 / PBL: Hunger Strike Meeting 1/1 / PBL Section I / SC1/SC2 / วิไล(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), วราภรณ์(BC), พรพิมล(BC), ดนยา(BC), พิมทิพย์(PM), วิฑูร(PS), มงคล(RA) อภิรมย์ ยุพิน(PM), พยงค(PM), สุรวัฒน์(), เพิ่มพันธุ์ (AN) and TAs /
จันทร์ / 3 ธ.ค 55 / 08.30-10.20 / PBL: Hunger Strike Meeting 1/2 / PBL Section II / SC1/SC2 / วิไล(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), วราภรณ์(BC), พรพิมล(BC), ศราวุฒิ(BC), พิมทิพย์(PM), วิฑูร(PS), มงคล(RA) อภิรมย์(RA), กรองทอง(PM), กัลยาณี(PM),สุรวัฒน์() ตวงพร(BC) and TAs /
พุธ / 5 ธ.ค 55 / วันหยุดวันเฉลิมพระชนมพรรษาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว /
ศุกร์ / 7 ธ.ค 55 / 13.30-16.20 / Lecture 8: Nucleotide Metabolism / all / OP-ชัชวาล / ตวงพร(BC) /
จันทร์ / 10 ธ.ค 55 / วันหยุดวันพระราชทนรัฐธรรมนูญ /
พุธ / 12 ธ.ค 55 / 10.30-12.20 / Lecture 9: Nutrition / all / OP-ชัชวาล / วิไล(BC) /
ศุกร์ / 14 ธ.ค 55 / 13.30-16.20 / Conference 1: Hemoglobin Structure and Function / all / SC1/SC2 / กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), จิรันดร(BC), ดนยา(BC), ตวงพร(BC), มธุรส(BC), ธนรรถ(BC), วิไล(BC), สุมาลี(BC), ศราวุฒิ(BC), อรชุมา(BC), ฉัตรชัย(BC), เสาวรส(IMB), ปนัดดา(IMB) and TAs /
จันทร์ / 17 ธ.ค 55 / 08.30-10.20 / Lecture 10: : Lipid Metabolism Nutrition / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC) /
พุธ / 19 ธ.ค 55 / 10.30-12.20 / Lecture 11: Heme and Mineral Metabolism / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC) /
ศุกร์ / 21 ธ.ค 55 / 13.30-16.20 / Tutorial 1: Q&A Structure, Kinetics and Metabolism / all / OP-ชัชวาล / กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), จิรันดร(BC), ตวงพร(BC) /
วันจันทร์ที่ 24-28 ธ.ค 55 ช่วงสอบกลางภาค และ 31 ธ.ค. 55-1 ม.ค. 56 หยุดเทศกาลปีใหม่ /
พุธ / 2 ม.ค 55 / 10.30-12.20 / Lecture 12: Integration and Regulation of Metabolism / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC) /
วัน / เวลา / กิจกรรม / กลุ่ม นศ / ห้องเรียน / ผู้สอน /
ศุกร์ / 4 ม.ค 56 / 13.30-14.30 / Lab 2: Determination of Liver Enzyme Activities – Brief Lab / all / OP-ชัชวาล / ตวงพร(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), วิไล(BC), สุมาลี(BC), ศราวุฒิ(BC), ตวงพร(BC), ธรรถ(BC), and TAs /
14.30-16.20 / Lab 2: Determination of Liver Enzyme Activities – Experiment / all / SC3 /
จันทร์ / 7 ม.ค 56 / 08.30-10.20 / Conference 2: Active Learning Lesson: Diabetes / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC), กิตติศักดิ์(BC), วราภรณ์(BC), ตวงพร(BC), พรพิมล(BC), , มธุรส(BC), ธนรรถ(BC), ศราวุฒิ(BC), สุมาลี(BC), วิไล(BC), พิมทิพย์(PM), ฉัตรชัย( (PS), มงคล(RA), ปิยฉัตร and TAs /
พุธ / 9 ม.ค 56 / 10.30-12.20 / Lecture 13: Xenobiotic Biotransformation / all / OP-ชัชวาล / กรองทอง(PM) /
ศุกร์ / 11 ม.ค 56 / 13.30-16.20 / PBL: Hunger Strike Meeting 2/1 / PBL Section I / SC1/SC2 / วิไล(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), วราภรณ์(BC), พรพิมล(BC), ศราวุฒิ(BC), พิมทิพย์(PM), วิฑูร(PS), มงคล(RA) อภิรมย์(RA), พยงค์(PM), ยุพิน(PM), มธุรส(BC), เพิ่มพันธุ์(BC) and TAs /
จันทร์ / 14 ม.ค 56 / 08.30-10.20 / PBL: Hunger Strike Meeting 2/2 / PBL Section II / SC1/SC2 / วิไล(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), วราภรณ์(BC), พรพิมล(BC), ศราวุฒิ(BC), พิมทิพย์(PM), วิฑูร(PS), มงคล(RA) อภิรมย์(RA), พยงค์(PM), ยุพิน(PM),สุรวัฒน์(PS), ตวงพร(BC) and TAs /
พุธ / 16 ม.ค 56 / 10.30-12.20 / Lecture 14: Pharmacogenomics and Clinical Correlation / all / OP-ชัชวาล / กรองทอง(PM) /
ศุกร์ / 18 ม.ค 56 / 13.30-14.30 / Lab 3: Determination of Serum Lipids – Brief Lab / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC), กิตติศักดิ์(BC), พรพิมล(BC), (BC), ตวงพร(BC), วิไล(BC), สุมาลี(BC), ศราวุฒิ(BC), ดนยา(BC) and TAs /
14.30-16.20 / Lab 3: Determination of Serum Lipids – Experiment / all / SC3 /
จันทร์ / 21 ม.ค 56 / 08.30-10.20 / Lecture 15: Food Toxicology / all / OP-ชัชวาล / สมชาย(PM) /
พุธ / 23 ม.ค 56 / 10.30-12.20 / Lecture 17: Gene and Chromosome Structure / all / OP-ชัชวาล / ศราวุฒิ(BC) /
ศุกร์ / 25 ม.ค 56 / 13.30-16.20 / Lecture 18: DNA Replication Repair and Recombination / all / OP-ชัชวาล / ศราวุฒิ(BC) /
จันทร์ / 28 ม.ค 56 / 08.30.10.20 / Lecture 19: Gene Expression and Regulation / all / OP-ชัชวาล / สุมาลี(BC) /
พุธ / 30 ม.ค 56 / 10.30-12.20 / Lecture 20: DNA Technology / all / OP-ชัชวาล / สุมาลี(BC) /
ศุกร์ / 1 ก.พ 56 / 13.30-14.30 / Lab 4: DNA Isolation, PCR, Electrophoresis – Brief Lab / all / OP-ชัชวาล / สุมาลี(BC), ตวงพร(BC), ธนรรถ(BC), กิตติศักดิ์(BC), จามร(BC), พรพิมล(BC), วิไล(BC)ศราวุฒิ(BC), and TAs /
14.30-16.20 / Lab 4: DNA Isolation, PCR, Electrophoresis – Experiment / all / SC3 /
จันทร์ / 4 ก.พ 56 / 08.30-10.20 / Conference 3: Molecular Technology in Medicine / all / SC1/SC2 / สุมาลี(BC), จามร(BC), วิไล(BC),วราภรณ์(BC), กิตติศักดิ์(BC), ตวงพร(BC), พรพิมล(BC), ธนรรถ(BC), ศราวุฒิ(BC), ดนยา(BC), อรชุมา(BC), วราภรณ์ (IBM). เสาวรส (IMB), ปนัดดา(IMB) and TAs /
พุธ / 6 ก.พ 56 / 10.30-12.20 / CAI: Molecular Diagnostic, PCR and DNA Sequencing / all / OP-ชัชวาล / สุมาลี(BC) and team /
ศุกร์ / 8 ก.พ 56 / 13.30-16.20 / Lecture 21: Biochemistry Knowledge and Medicine / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC) /
จันทร์ / 11 ก.พ 56 / 08.30-10.20 / TBL 1: Metabolic Syndrome / all / OP-ชัชวาล / อภิรมย์(RA), มงคล(RA), ธีรพงษ์(RA), สุธัญญ์(RA), ดวงตะวัน(RA), พรเพ็ญ(RA), จามร(BC) and TAs /
พุธ / 13 ก.พ 56 / 10.30-12.20 / Tutorial 2: Q&A Metabolism / all / OP-ชัชวาล / จามร(BC), วิไล(BC), ตวงพร(BC) /
ศุกร์ / 15 ก.พ 56 / 13.30-16.20 / Tutorial 3: Q&A Gene and DNA Technology / all / OP-ชัชวาล / สุมาลี(BC), ศราวุฒิ(BC) /
จันทร์ / 18 ก.พ 56 / 08.30-10.20 / Tutorial 4: Xenobiotic and Drug Metabolism / all / OP-ชัชวาล / กรองทอง(PM), สมชาย(PM) /
วันที่ 26 ก.พ – 7 มี.ค 56 ช่วงสอบปลายภาค /
หมายเหตุ ห้องเรียนกลุ่มย่อย จันทร์, ศุกร์ SC1-139, SC1-141, SC1-220, SC1-221, SC1-321, SC1-322, SC2-133, SC2-134, SC2-136, SC2-139, SC2-140, SC2-142, SC2-222, SC2-322
LESSON PLAN
Lecture 1: Structure and Function of Biomolecules
Instructor: Kittisak, Biochemistry Faculty of Science