SupplementaryFigure S1. The part of nucleotide sequence alignment between CR931639, EF538714, CR931638 and AF246879a,b.

6121 6131 6141 6151 6161 6171

5106→

CR931639 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG

EF538714 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG

CR931638 GCCGAGGCGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG

AF246897 GCTGAGGAGAAAAAAAGAGAACTCATGGAACAAAATACCATGCAGGGTGGAATGTTTAAG

6181 6191 6201 6211 6221 6231

CR931639 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTCGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC

EF538714 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTTGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC

CR931638 GTGGACGATGATCCTCGTATCACGAAAATTGGTCGTTTTATACGGAAGACTAGCTTGGAC

AF246897 GTGGATGAGGATCCACGTATCACGAAAATTGGTCATTTTATACGGAAGACGAGCTTGGAC

6241 6251 6261 6271 6281 6291

CR931639 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGCTTGGTAGGTACACGACCA

EF538714 GAGCTACCACAGTTTTATAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGTTTGGTTGGCACACGTCCA

CR931638 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGCTTGGTAGGTACACGACCA

AF246897 GAGCTACCACAGTTTTACAATGTTCTAAAGGGAGATATGAGTTTGGTAGGGACACGACCA

6301 6311 6321 6331 6341 6351

CR931639 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGCCGACTAAGTTTTAAA

EF538714 CCAACAGTGGATGAGTATGAACACTATACCCCAGAACAAAAACGTCGGCTAAGTTTTAAA

CR931638 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGCCGACTAAGTTTTAAA

AF246897 CCAACAGTGGACGAGTATGAGCACTATACCCCAGAACAAAAACGTCGCCTAAGTTTTAAA

6361 6371 6381 6391 6401 6411

CR931639 CCTGGCATAACAGGTTTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGTGAAATCAAGAATTTCGATGAA

EF538714 CCTGGTATAACAGGCTTATGGCAGGTCAGTGGACGAAGTGAAATCAAAAATTTCGATGAA

CR931638 CCTGGCATAACAGGTTTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGTGAAATCAAGAATTTCGATGAA

AF246897 CCTGGCATAACAGGTCTATGGCAGGTCAGCGGACGAAGCGAGATCAAGAATTTCGATGAG

6421 6431 6441 6451 6461 6471

CR931639 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATTAATGGTTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT

EF538714 GTTGTCAAATTAGATGTGGCTTATATAGATGATTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT

CR931638 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATTAATGGTTGGACAATCTGGAAAGATATTGAAATT

AF246897 GTTGTCAAATTAGATGTGGCCTATATAGACGGTTGGACAATTTGGAAAGATATTGAAATT

6481 6491 6501 6511 6521 6531

CR931639 TTATTGAAAACGGTTAAAGTTGTATTTATGAGAGATGGAGCGAAATAGTTTGGTTGTGTA

EF538714 TTATTGAAGACAGTTAAGGTAGTATTGATGAAGGATGGAGCCAAATAG------

CR931638 TTATTGAAAACGGTTAAAGTTGTATTTATGAGAGATGGAGCGAAATAGTTTGGTTGTGTA

AF246897 TTATTGAAGACAGTTAAAGTTGTATTGATGAAGGATGGAGCGAAGTAGAGAGTTTCTCTC

6541 6551 6561 6571 6581 6591

CR931639 GGAT------ATTT------GTAGAGGTAAAAGTTTCGAATATATCTC

EF538714 GGGG------ATAT------GTTCATGAAATTGCTTC------ATTTT

CR931638 GGAT------ATTT------GTAGAGGTAAAAGTTTCGAATATATCTC

AF246897 TGACCACAATCGTGCAATCCTAATAATAGCGAGATAATAAAATTGTCTTGCTTTTAACTC

6601 6611 6621 6631 6641 6651

CR931639 ACTCAATCTTTTTTATAAGTGAAAA--TAA-ATTTAGAAGTA--GGAATTTTATGAAT--

EF538714 AGTGAAG-----TTGGCGGTGGAGT--TGATAGGTATATTAA--GTTATTTTTAAAAT--

CR931638 ACTCAATCTTTTTTATAAGTGAAAA--TAA-ATTTAGAAGTA--GGAATTTTATGAAT--

AF246897 GGACTCTAAATTTAGGAGTTCTAGTGATAATATTAACAATAAAGGTGAGGTGAAAAATGG

6661 6671 6681 6691 6701 6711

CR931639 --ATAGTTTATGCCACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCTTCCATCAAATCA

EF538714 --ATT------CAGATAAAGAACATTTTAAAAATATTG--TGGTAGGATCAGATCA

CR931638 --ATAGTTTATGCCACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCTTCCATCAAATCA

AF246897 ATATAGTATATGCGACAGATAAT-AATTTTGTAGATGTATTGAGTGCATCTATCAAGTCG

6721 6731 6741 6751 6761 6771

CR931639 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---

EF538714 GCTTAATAGACAAAC----ATATGAACAAGAATATA---AT------ATAAAGTTTTA

CR931638 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---

AF246897 CTTTACACTACTAATTCAGATTTGGATTTAAATTTATGGATTATTGCTGATAAAGTT---

6781 6791 6801 6811 6821 6831

CR931639 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT

EF538714 TCACATTGATATCTATAGAAGCT---TGTCTCCAATAAAGCTTTTACGC-GCGATTAAAC

CR931638 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT

AF246897 TCGGATAGAAATAAAGAAAAGATAAATAGATTATCAAAACAATTTGCGCAGAGAGAAATT

6841 6851 6861 6871 6881 6891

CR931639 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATCCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT

EF538714 AATT---TAGAAAA-----ATATTGTATCTAGAAAGACCTGATATAGTATATCTGCACAG

CR931638 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATCCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT

AF246897 AATTGGATAGAGAACGTTGAGATTCCATTTAAATTACATTTAGATAGGGGATCAATTAGT

6901 6911 6921 6931 6941 6951

CR931639 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTTTAT

EF538714 TACTTTTGCAGGTG--TAGTAGGCAG-GTT-----AGCTTCTATGGGT------TTGT

CR931638 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTTTAT

AF246897 TCATTTAGCAGATTATTTCTGGGAAGTGTTCTTCCATCTTCAATGAGTAAAGTTCTCTAT

6961 6971 6981 6991 7001 7011

CR931639 CTTGACAGTGATATTATTGTTATGGATTCTTTACGAA-GTATTTTTGATATTGATTTTAA

EF538714 CGTGTAA------AGTAGTATACAATCCTCACGGATGGTCTTTTAAGATGGATGTTTC

CR931638 CTTGACAGTGATATTATTGTTATGGATTCTTTACGAA-GTATTTTTGATATTGATTTTAA

AF246897 CTTGATAGTGATATTATTGTAATGGATTCTTTACGAA-GTATTCTTGATATTGATTTTAA

7021 7031 7041 7051 7061 7071

CR931639 GGGTAAAATTCTCTATGGGGTGAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG

EF538714 ---TAAGATTAAGCA------ATTCGTTTATAAAAATATTGAAA-AGTTTTTGTC

CR931638 GGGTAAAATTCTCTATGGGGTGAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG

AF246897 AGATAAAATTCTCTATGGGGTAAATGATACTTTTAATAAAGAATACAAGCAGGTGTTGGG

7081 7091 7101 7111 7121 7131

wciNbetaS1→

CR931639 TATACCAATTGACAAGCCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTTATTAATTTAGAGTTATG

EF538714 TTATCTTACAGATAAGTATATATT-AAT-CTCTAAATCTGAATATGAAGC--GGCTCAAT

CR931638 TATACCAATTGACAAGCCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTTATTAATTTAGAGTTATG

AF246897 GATACCAATCGACAAACCAATGTTTAATGCTGGAGTTATGCTGATTAATTTAGAGTTATG

7141 7151 7161 7171 7181 7191

wciNbetaS2→

CR931639 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAGATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT

EF538714 CTTTAAAAATACCCCTTAAGAAA-----TTGACTTTAGT------GTATAATGG-AGTA-

CR931638 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAGATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT

AF246897 GAGAAATAATAACGTCGAAGAAAAATTTTTGCAAGTAATTCAAAAGTTTAATGGTACTAT

7201 7211 7221 7231 7241 7251

CR931639 ATTACAAGGAGATTTAGGG-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC

EF538714 ------GAGATTGATGAAGATTTTAACGAACATCAAATAAAC------GTTTTATTAC

CR931638 ATTACAAGGAGATTTAGGG-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC

AF246897 ATTACAAGGTGATTTAGGA-GTTTTAAATGCAGTTTTATATAACTCATTTGGTGTACTTC

7261 7271 7281 7291 7301 7311

5101→

CR931639 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT

EF538714 C--CATAA-ATAAATATGTTAT----TGGGATGATTGGTCGTAT------TAGTGA

CR931638 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT

AF246897 CTCCAGAATATAATTATATGACCATATTTGAAGATTTGACTTATGAAGAAATGATAGTTT

7321 7331 7341 7351 7361 7371

CR931639 TTAAAAAACCAATTAATTATTATTCAAAAGAGGAAATTAAAAATGCCAGAGAACGTATAG

EF538714 ACAGAAAAATCCTTTCTTTTTTGTTGAATTTGCAAA--AAAATTATCAGAGATT-TATAG

CR931638 TTAAAAAACCAATTAATTATTATTCAAAAGAGGAAATTAAAAATGCCAGAGAACGTATAG

AF246897 TTAAAAAACCAATTAACTATTATTCAAAAGAAGAAATTAAAAATGCTAGAGAACGTATAG

7381 7391 7401 7411 7421 7431

CR931639 TCTTACGACATTTCACAACTAGTTTTTTATCAAAAAGACCTTGGCAAGAAGGCAGTAATG

EF538714 ------CAATTTA----TATTTTGGTATTG------TCGGC--GATGGC-GAA---

CR931638 TCTTACGACATTTCACAACTAGTTTTTTATCAAAAAGACCTTGGCAAGAAGGCAGTAATG

AF246897 TCTTGCGCCATTTCACAACGTGTTTTCTATCACTCAGACCTTGGCAAGAAAATAGTGAGG

7441 7451 7461 7471 7481 7491

←wciNbetaA1

CR931639 TTGCACATATAGACCAATTTAAAAAATACTATGAAGGTAGTTATAAAAATGTTAAAGAAT

EF538714 TTGCG----TGGGCGAACTGAAGAACTAAT-TGAAG--AGT------ATGGGCTTCGAAG

CR931638 TTGCACATATAGACCAATTTAAAAAATACTATGAAGGTAGTTATAAAAATGTTAAAGAAT

AF246897 TGGCGCATGTGGAAATATTTAAAAAATACTATAGAGGAACATACAAACAAGTATCTCCAT

7501 7511 7521 7531 7541 7551

←wciNbetaA2

CR931639 CT-ATTTTACTAAAAATAGTTCAAAAATTACCCAAAAAATGTTCAGTTTTTTTATTAGGA

EF538714 CTCATTTTTTATAACAGGGTGGGTGGATAATCCAGAGGAT------TATTTAGCTCAGT-

CR931638 CT-ATTTTACTAAAAATAGTTCAAAAATTACCCAAAAAATGTTCAGTTTTTTTATTAGGA

AF246897 CT-AAGTTATCAAGAATTTATAAAATTTTACCGAAAAAAATGTCGCTCTATTTACTAGGT

7561 7571 7581 7591 7601 7611

CR931639 ATTATTCAATCAAAATTTAGACCTAAATTGTATAGAATTTTGAAATAAGGTGGATAGTAT

EF538714 -TCAATCAGGCAGTTCTTTTCTCGAAATGGGAGGGC-TTTGGATTGGCGGTTGCG-GAAT

CR931638 ATTATTCAATCAAAATTTAGACCTAAATTGTATAGAATTTTGAAATAAGGTGGATAGTAT

AF246897 TTTATTCAATCAAAAGTGCGTCCAAAACTGTATAGAATTTTGAAATAAGATGGCTAGTAG

7621 7631 7641 7651 7661 7671

CR931639 TAATGACAAAAAAGAAAG------

EF538714 ATATGAAACATAAGAAGCC------

CR931638 TAATGACAAAAAAGAAAG------

AF246897 TAATGGCAAAAAAGAAAGAATTTATTGAAAGTTCAAGAAAAATTGAAATTATTAAAAGAG

7681 7691 7701 7711 7721 7731

CR931639 ------

EF538714 ------

CR931638 ------

AF246897 TTTATAAAAATATGTTCTAAAAATAAAATGAAGTATTTTGCTTCTGGAGGTAGTCTATTG

7741 7751 7761 7771 7781 7791

CR931639 ------

EF538714 ------

CR931638 ------

AF246897 GAAGCTGCAAGATACAAAGGTTTTATTCCTTGGAATGATGATATGGCTCTAGGTTTACCA

7801 7811 7821 7831 7841 7851

CR931639 ------AATTTTATTGAAAATTCA

EF538714 ------AATTCTTATAACTAATGT

CR931638 ------AATTTTATTGAAAATTCA

AF246897 AGAAAGCATTTTGAAAAGTTTATAAATGAAATAGATTTTGAAAAATATAATAAAAATTAT

7861 7871 7881 7891 7901 7911

CR931639 A------

EF538714 T------

CR931638 A------

AF246897 ATTTTAGAAAGTTCGGAAATGAATTTAGGTATTTTTCAATATAAATTAAAATCTGCTATT

7921 7931 7941 7951 7961 7971

CR931639 ------GAAGAATTGAAA

EF538714 ------GATGGGATGTCA

CR931638 ------GAAGAATTGAAA

AF246897 TTAATTTTAGGGAAATCGTATGACGTATGTTTGAATTTATTTCTGTTAGACAGGATGTCA

7981 7991 8001 8011 8021 8031

CR931639 TTATTAAAAGAGTTTATAAAAATATGTTCTAAAAATAAAATTAAGTATTTTGCTCT---T

EF538714 GAATTGGTTATTGATGGTGAGTCAGGTTTTAAAGTCCCACTATATAATTTAGAAGTAACT

CR931638 TTATTAAAAGAGTTTATAAAAATATGTTCTAAAAATAAAATTAAGTATTTTGCTCT---T

AF246897 GAATTGGTTATTGATGGTGAGTCAGGTTTTAAAGTCCCACTATATAATTTAGAAGTGGCT

8041 8051 8061 8071 8081 8091

CR931639 GGAGGTAGTCTATTAGGAGCTGTAAGACACAAAGGTTTCATTCCTTGGGATGATATGGAT

EF538714 GTAGATAGA--AGTAGAAGTATTATTGAGAATAGAGAACTAGCCAATGAGTTAGGTAGTG

CR931638 GGAGGCAGTCTATTAGGAGCTGTAAGACACAAAGGTTTCATTCCTTGGGATGATATGGAT

AF246897 GTAGATAGA--AGTAGAAGTATTATTGAGAATAGAGAACTAGCCAATGAGTTAGGTAGTG

8101 8111 8121 8131 8141 8151

CR931639 CTAAGCTTTCCAAAGAGTTCAATCTATGTTTGAAATAAAGGAAAAAGTGTTAGAATTAGA

EF538714 CT--GCTTTCCAAAGAGTTCGATCTACATTTGAAATAAAAGAAAAAGTGTCAGAGTTAGA

CR931638 CTAAGCTTTCCAAAGAGTTAAATCTATGTTTGAAATAAAGGAAAAAGTGTTAGAATTAGA

AF246897 TT--GCTTTCCAAAGAGTTCAATCTATATTTGAAATAAAAGAAAAAGTGTCAGAGCTAGA

8161 8171 8181 8191 8201 8211

CR931639 GAATGTATTAATGAGTTTAGGAGAAAGTATAGATGTCAATATATAGAATCTGTAAAGATA

EF538714 GAATATATTCATGAGTTTAAGAGAGGATGATAATGTCAATATATAAACTTTGTAAAGATA

CR931638 GAATGTATTAATGAGTTTAGGAGAAAGTATAGATGTCAATATATAGAATCTGTAAAGATA

AF246897 GAATATATTCATGAGTTTAGGAGAAGATGATAATGTCAATATATAAACTTTATAAAGATA

8221 8231 8241 8251 8261 8271

CR931639 TTGAAAGAAAAACTATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGGCTAAAAACGACTATTTTGCAT

EF538714 TTGAAAGAAAAACTATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGCCTAAAAACGACTATTTTGCAT

CR931638 TTGAAAGAAAAACTATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGGCTAAAAACGACTATTTTGCAT

AF246897 TTGAAAGAAAAACGATGTCGCCTGCTAAAAAAGCAATGGCTAAAAATGATTATTTTGCGT

8281 8291 8301 8311 8321 8331

CR931639 TTTATGTTGGAAGACCTTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTCGTGAAAACAAATATTA

EF538714 TTTATGTTGGAAGACCTTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTCGTGAAAACAAATATTA

CR931638 TTTATGTTGGAAGACCTTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTCGTGAAAACAAATATTA

AF246897 TTTATGTTGGAAGACCGTTATCCTATCTTTTAACAGTTCCTTTTTTAAAAACGAATATTA

8341 8351 8361 8371 8381 8391

CR931639 CTCCCAATCAAATATCTTATTTATCTATAATTCCTTTGATTGTTGGATTTATAATAATGA

EF538714 CTCCCAATCAAATATCTTATTTATCTATAATTCCTTTGATTGTTGGATTTATAATAATGA

CR931638 CTCCCAATCAAATATCTTATTTATCTATAATTCCTTTGATTGTTGGATTTATAATAATGA

AF246897 CTCCCAATCAAGTATCTTATTTATCTATAGCCCCTTTGATTCTTGGATTTCTGACAATGA

8401 8411 8421 8431 8441 8451

CR931639 TATTTACAACTGATTTCGTTGTATTATTACTGGCATGGTTTCTATTTTTTTTATGGAACT

EF538714 TATTTACAACTGATTTCGTTGTATTATTACTGGCATGGTTTCTATTTTTTTTATGGAACT

CR931638 TATTTACAACTGATTTCGTTGTATTATTACTGGCATGGTTTCTATTTTTTTTATGGAACT

AF246897 CATTTACAACTAATTTCATTCTATTATTGCTGGCATGGTTTCTATTTTTTTTATGGAACT

8461 8471 8481 8491 8501 8511

←3101

CR931639 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCCAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA

EF538714 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCCAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA

CR931638 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCCAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA

AF246897 TACTAGATGGAGTAGATGGGAACTTAGCTAGATATCGGGAGCAATACTCGAAGGATGGAA

8521 8531 8541 8551 8561 8571

CR931639 GTGTAGTAGATGCAATGGCTGGCTATGTAGCCATGGTGTTGACGTATTTCGGTGCAGGAA

EF538714 GTGTAGTAGATGCAATGGCTGGCTATGTAGCCATGGTGTTGACGTATTTCGGTGCAGGAA

CR931638 GTGTAGTAGATGCAATGGCTGGCTATGTAGCCATGGTGTTGACGTATTTCGGTGCAGGAA

AF246897 GTGTAGTAGATGCAATGGCAGGCTATGTGGCTATGGTGCTGACGTATTTTGGTGCAGGAA

8581 8591 8601 8611 8621 8631

CR931639 TAGTAGCTGCTCATTTAAACGACTCAGATATCTATATAATTTTGGGTGCATTATCTGGGA

EF538714 TAGTAGCTGCTCATTTAACCGACTCAGATATCTATATAATCCTGGGTGCATTATCTGGGA

CR931638 TAGTAGCTGCTCATTTAAACGACTCAGATATCTATATAATTTTGGGTGCATTATCTGGGA

AF246897 TAGTAGCAACTCATCTAAATGGCTCAGATATGTATGTGATTTTGGGTGCTTTATCTGGAA

8641 8651 8661 8671 8681 8691

CR931639 TTTCATTGATTTTTCCAAGGTTAGTGATGCATAAGTATATCAATACAGTAGCTCAAGATG

EF538714 TTTCATTGATTTTTCCAAGGTTAGTGATGCATAAGTATATCAATACAGTAGCTCAAGATG

CR931638 TTTCATTGATTTTTCCAAGGTTAGTGATGCATAAGTATATCAATACAGTAGCTCAAGATG

AF246897 TTTCTTTGATTTTTCCAAGATTGGTGATGCATAAGTATATCAACACAGTAGCACGAAATG

8701 8711 8721 8731 8741 8751

CR931639 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCTGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA

EF538714 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCCGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA

CR931638 AGTCTGTGAGTAGCATTAAAGATAAATCTGATTTTAATACTATAAAAATACTGGCTCTAA

AF246897 AGTCTGTCAATAACATTAAAGATAAATCAAATTTTAGTACTATAAAACTACTGGCTTTAA

8761 8771 8781 8791 8801 8811

CR931639 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC

EF538714 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC

CR931638 ACATGACATCAATTACAGGAATTCCGCAGGTTTTACTGCTATTAACTATTTTAACAAATC

AF246897 ATATGACATCAATTACAGGTATTCCTCAGGTTTTACTACTAGTAACGATTTTAACAAATC

8821 8831 8841 8851 8861 8871

CR931639 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTTACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT

EF538714 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTCACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT

CR931638 AGTGGGTACTTTTTACTTTAGTATATTTTACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCTT

AF246897 AGTGGGAATTTTTTACTTTAGTATATTTCACGATTAATTTTTTATTAATGATATTTTCGT

8881 8891 8901 8911 8921 8931

CR931639 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT

EF538714 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT

CR931638 TGTATTCATTATTCAAAAAGGAGAATGTTTAGAAATGGGAAAGTCAGTTGCAATTTTAAT

AF246897 TATATTCATTATTTAAAAAGGAGAATGTTTAGAGATGGGAAAATCAGTTGCAATTTTAAT

8941 8951 8961 8971 8981 8991

CR931639 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC

EF538714 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC

CR931638 GACCACCTATAATGGTGAGCGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC

AF246897 GACCACTTATAATGGTGAGAGATATTTGTCACAACAGATTGATAGTATTAGGTCTCAAAC

9001 9011 9021 9031 9041 9051

CR931639 ATTCACTAATTGGACACTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT

EF538714 ATTCACTAATTGGACGCTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT

CR931638 ATTCACTAATTGGACACTTTTTATTAGGGATGATGGATCAAAAGATAAAACAATAGAAGT

AF246897 ATTTACCAATTGGACGCTTTTTATTAGAGATGATGGATCAAAAGATAAGACAGTAGAAGT

9061 9071 9081 9091 9101 9111

CR931639 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTCGTTGAAAATCCCTCAAAGTT

EF538714 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTAGTTGAAAATCCCTCAAAGTT

CR931638 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTCGTTGAAAATCCCTCAAAGTT

AF246897 AATACAGAGGTATTCTAAGATAGATGATAGAATTAGATTAGTTGAAAATCCCTCAAAGTT

9121 9131 9141 9151 9161 9171

CR931639 TCATGGAGCTTATTACAATTTTTTTAATCTAATTGAATACGTTAAAAACAATTATCAATT

EF538714 TCATGGAGCTTATTACAATTTTTTTAATCTAATTGAATACGTTAAAAACAATTATCAATT

CR931638 TCATGGAGCTTATTACAATTTTTTTAATCTAATTGAATACGTTAAAAACAATTATCAATT

AF246897 TCATGGAGCTTATTATAATTTTTTTAATCTAATTGAATACGTTAAAAACAATTATCAATT

9181 9191 9201 9211 9221 9231

CR931639 TGATTATTACTTTTTTTGTGATCAAGATGATATTTGGAAAGAGCACAAGTTAGAAATACA

EF538714 TGATTATTACTTTTTTTGTGATCAAGATGATATTTGGAAAGAGCACAAGTTAGAAATACA

CR931638 TGATTATTACTTTTTTTGTGATCAAGATGATATTTGGAAAGAGCACAAGTTAGAAATACA

AF246897 TGATTATTACTTTTTTTGTGATCAAGATGATATTTGGAAAGAGCACAAGCTAGAAATACA

9241 9251 9261 9271 9281 9291

CR931639 GCTGTTAAGATTTTCTAAAGATGACATGCCAGAGATGGTTTACTCTGATATGTCAACGAT

EF538714 GCTGTTAAGATTTTCTAAAGATGACATGCCAGAGATGGTTTACTCTGATCTGTCAACGAT

CR931638 GCTGTTAAGATTTTCTAAAGATGACATGCCAGAGATGGTTTACTCTGATATGTCAATGAT

AF246897 GCTGTTAAGATTTTCTAAGGATGAAATGCCAGAGATGGTTTACTCTGATATGTCAACGAT

9301 9311 9321 9331 9341 9351

CR931639 TGATGCCAGTAATAATTTGATAGATATTAGTATAAATAAAATAATGGGGATTGAATTACC

EF538714 TGATGCCAGTAATAATTTGATAGATATTAGTATAAATAAAATAATGGGGATTGAATTACC

CR931638 TGATGCCAGTAATAATTTGATAGATATTAGTATAAATAAAATAATGGGGATTGAATTACC

AF246897 TGATGCCAATAATAAGTTGATAGATATTAGTATAAATAACATAATGGGGATTGAATTACC

9361 9371 9381 9391 9401 9411

CR931639 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCATGCCTATATCTGGGGGTGTACTGCAGGTTTTAA

EF538714 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCAAGCCTATATCTGGGGGTGTACTGCAGGTTTTAA

CR931638 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCATGCCTATATCTGGGGGTGTACTGCAGGTTTTAA

AF246897 GAACATAAATAATTTGTATTTTATTCATGCCTATATCTGGGGGTGTACGGCAGGCTTTAA

9421 9431 9441 9451 9461 9471

CR931639 TCATGCATTGCTAGAGATGGTTCCTTCAGTTGATATTGATAAAGATTATTTATATATAGA

EF538714 TCATGCATTGCTAGAGATGGTTCCTTCAGTTGATATTGATAAAGATTATTTATATATAGA

CR931638 TCATGCATTGCTAGAGATGGTTCCTTCAGTTGATATTGATAAAGATTATTTATATATAGA

AF246897 TCATGCATTGTTAGAGATGGTTCCTTCAGTTGATATTGATAAAGATTATTTATATATAGA

9481 9491 9501 9511 9521 9531

wciP584aS→

CR931639 AAAACTGTCTCATGATAATTATTTTGCAAAGTTTGCACTAGAGTATGGGAAGGTGTTGTT

EF538714 AAAACTGGCTCATGATAGTTATTTTGCAAAGTTTGCGCTAGAGTATGGGAAGGTGTTGTT

CR931638 AAAACTGGCTCATGATAGTTATTTTGCAAAGTTTGCACTAGAGTATGGGAAGGTGTTGTT

AF246897 AAAACTGTCTCATGATAATTATTTTGCAAAGTTTGCACTAGAGTATGGGAAGGTGTTGTT

wciP584gS→

9541 9551 9561 9571 9581 9591

←wciP-r

CR931639 CTGCCCTGAGCAACTGGTCTTGTATCGAAGACATGGACATAATGTAACAACTAGTCATCA

EF538714 CTGCCCTGAACAACTGGTCTTGTATCGAAGACATGGACATAATGTAACAACTAGTCATCA

CR931638 CTGCCCTGAGCAACTGGTCTTGTATCGAAGACATGGACATAATGTAACAACTAGTCATCA

AF246897 CTGCCCTGAGCAACTGGTCTTGTATCGAAGACACGGACATAATGTAACAACTAGTCATCA

9601 9611 9621 9631 9641 9651

CR931639 TTTTAAATTATCTCCGCTAAATGTTTTCAGAAAGGCTATATTGGGTTTCAATGAATTGGC

EF538714 TTTTAAATTATCTCCGCTAAATGTTTTCAGAAAGGCTATATTGGGTTTCAATGAATTGGC

CR931638 TTTTAAATTATCTCCGCTAAATGTTTTCAGAAAGGCTATATTGGGTTTCAATGAATTGGC

AF246897 TTTTAAATTATCTCCGCTAAATATTCTCAGAAAGGCTATTTTGGGTTTCAATGAATTGGC

Notes.

  1. Positions ofprimers used in this study are shownabove. Please refer to Table 1 for primer sequences.The gray-shaded areasareprimer regions andwhite highlighted text is primer names.
  2. Serotype 6B sequence AF246897 is longer than SSI reference strain sequence CR931639 due to a ~308-bp sequence insert (at alignment sequence number 7639 to 7968). These variants therefore produce amplicons of different lengths (956-bp or 1.2kb) using primer pair 5101-3101 forPCR, whereas serotype 6Aproduces an amplicon of 956-bp using theseprimers.

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