Table S3 Haplotype frequencies over populations of L. nitenssorted by biogeographical regions

Locus
ACT / ACT
SMOcc / EC / SMOr / TMVB / SMS / SMOcc / EC / SMOr / TMVB / SMS
Haplotypes / 1 / 2 / 3 / 4 / 5 / 6 / 7 / 8 / 9 / 10 / 11 / 12 / 13 / 14 / 15 / 16 / Haplotypes / 1 / 2 / 3 / 4 / 5 / 6 / 7 / 8 / 9 / 10 / 11 / 12 / 13 / 14 / 15 / 16
A1 / 3 / 3 / 4 / 3 / 3 / - / 8 / - / 10 / 8 / 9 / 8 / 9 / 4 / 4 / 5 / A68 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 2
A2 / 6 / - / 1 / 6 / 2 / 6 / - / 5 / - / - / - / - / - / - / - / - / A69-73 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1
A3 / 1 / - / 2 / - / - / - / - / 3 / - / - / - / - / - / - / 5 / - / CHS1
A4 / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A5 / 1 / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / SMOcc / EC / SMOr / TMVB / SMS
A6 / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / 2 / 3 / 4 / 5 / 6 / 7 / 8 / 9 / 10 / 11 / 12 / 13 / 14 / 15 / 16
A7 / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / C1 / 2 / 1 / 2 / - / 3 / - / 3 / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A8 / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C2 / 8 / 3 / 6 / 8 / 5 / 1 / 5 / - / 10 / 3 / 5 / 6 / 12 / 4 / 19 / 8
A9 / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C3 / 2 / - / 1 / 2 / 1 / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A10 / - / - / - / 2 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C4 / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A11-14 / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C5 / - / 1 / - / - / 1 / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A15-16 / - / - / - / - / 2 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C6 / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A17 / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C7 / - / - / - / 3 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A18 / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C8-11 / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A19-20 / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / C12 / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / -
A21 / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / - / - / - / - / - / - / - / C13 / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A22-24 / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / C14 / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / -
A25 / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / - / - / - / - / - / - / - / C15 / - / - / - / - / - / 4 / - / 3 / - / - / - / - / - / - / - / -
A26-30 / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / C16 / - / - / - / - / - / 3 / - / 8 / - / - / - / - / - / - / - / -
A31 / - / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / - / - / - / - / - / - / C17 / - / - / - / - / - / - / - / 5 / - / - / - / - / - / - / - / -
A32 / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / - / C18 / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / -
A33-36 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / C19-23 / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / - / -
A37-39 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / C24 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / - / -
A40 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / - / - / - / C25 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / 1 / -
A41 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / C26-27 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / - / -
A42-43 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / 1 / - / - / - / C28 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 3 / - / - / -
A44-49 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / - / C29 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / 2 / - / - / -
A50 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / 2 / C30 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / -
A51 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / C31-33 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / -
A52 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 2 / - / - / C34 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / -
A53-55 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / - / C35-36 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / -
A56-65 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / - / C37-38 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1
A66-67 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 1 / C39 / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / - / 2

Abbreviations of biogeographical regions and population numbers as defined in Table 1