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1: >sequence1 Arabidopsis thaliana:-1393 to -1 (+)

2: >sequence2 Arabis purpurea:1-1494 (+)

3: >sequence3 Thalaspi arvense:1-1478 (+)

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5: >sequence5 Brassica rapa:1-1476 (+)

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7: >sequence7 Crambe hispanica:1-1910 (+)

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8: 000000970 CT------ATACTTTTATTGCA-----CCGAATAATTCGT------000000998

9: 000001128 TTCTGCGGTATTGTGACTATGAGGG------TAAATTATTCGATTTTGT 000001170

A: 000001208 ------AATTTTATTTTTGATTGCACTGAATAATTTGT------000001239

1: 00000-423 ------AAATATAT------TACAACG 00000-409

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3: 000001049 ------TAATTTAT------CATTTTA 000001063

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A: 000001240 ------TAGTTGAT------TACAGTA 000001254

1: 00000-408 GAATTTCGC------ATAATTGTAAAA 00000-388

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3: 000001064 GTAATTTAAAATAATGTTTTGAACATAAAAAGTAATTTAAAATAATGTAA 000001113

4: 000001065 GTAATTTAAAATAATGTTTTGAACATAAAAAGTAATTTAAAATAATGTAA 000001114

5: 000001127 ------TTTTGCATAATTGCAA 000001142

6: 000001026 GTAAT------TTAAAAAATAACGTAA 000001046

7: 000001470 GTAA------TTTTAAAATAATGTAA 000001489

8: 000001014 GTAAT------TTTTCAAATAATGTAA 000001034

9: 000001221 GTAAACTAGTCCACAGTGTTTGAGTGAAAA------AAAAAATGCTA 000001261

A: 000001255 GTAATTTAA------ACAATAATATAA 000001275

1: 00000-387 CTTC---CCTATATAAACTTACGAAAAATTGAAAT-AATTATACCAAAAG 00000-342

2: 000001125 TTGTGTTTGTGTAT----TTAAACAATTTTG-----TTTCGACCAAACAA 000001165

3: 000001114 TTGTGTTTGTGTAT----TTAAACAATTTTG-----TTTCGACCAAACAA 000001154

4: 000001115 TTGTGTTTGTGTAT----TTAAACAATTTTG-----TTTCGACCAAACAA 000001155

5: 000001143 AG------CTAAACTAT------ACAA 000001157

6: 000001047 TTGTG-TTGTGTAT----ATAAACAATTTTTTG---TTTCTGCCAAACAA 000001088

7: 000001490 AGTGG-TTTTGTAT----TTAAACAATTATATTTTCTATCTGCCAAACAA 000001534

8: 000001035 TTATG-TAGTGTAT----TTAAACAATTTTC-----TTCCTGCCAAACAA 000001074

9: 000001262 ------CAAGTAAATATAT------000001274

A: 000001276 TTTT---GTTGTAT---TTTAAAAAAAA------AATTATGCCAA--- 000001308

1: 00000-341 TCCAC------00000-337

2: 000001166 TAT------000001168

3: 000001155 TAT------000001157

4: 000001156 TAT------000001158

5: 000001158 ------GTAAAAATATAGTCA 000001172

6: 000000000 ------000000000

7: 000001535 TTTTCTTTTTATCAACTATTTTGTTTAAATATAATGTAAATTTACAATAA 000001584

8: 000000000 ------000000000

9: 000001275 ------TCA 000001277

A: 000000000 ------000000000

1: 00000-336 ------ATATTTTA 00000-329

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3: 000001158 ------TTTTATTTTTCT 000001169

4: 000001159 ------TTTTATTTTTCT 000001170

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6: 000001089 ------TTTTTTTTTTCT 000001100

7: 000001585 GAGTATAGAAAAAAAATATTTTGCCAAACAATTATATCTTGTTTCTTTTT 000001634

8: 000001075 ------TTTTTTTTTCCT 000001086

9: 000001278 CGGAATAAAAGTGAGAAATTTATCACAATTTTTAA------TTTTTCT 000001319

A: 000001309 ------ACATTTTT 000001316

1: 00000-328 TTTTAAAAACTTACATAAGTGGATATTGTTAAAAGAAGGAAAAAAAAAGA 00000-279

2: 000001181 TTCCAAATGTT------000001191

3: 000001170 TTCCAAATG-T------000001179

4: 000001171 TTCCAAATGTT------000001181

5: 000001214 TTTTTCAA------000001221

6: 000001101 TTCCAAATGTT------000001111

7: 000001635 CTTTTTAATTT------000001645

8: 000001087 TTTTTCTTTTT------000001097

9: 000001320 TTTCAACAATTG------000001331

A: 000001317 TTTTCA------000001322

1: 00000-278 GTTTCTAGTAAATATAGTCACGGAATAATGTGAGAAATT------TATTA 00000-235

2: 000001192 --TTTT------TTT-----GTCCT 000001203

3: 000001180 --TTTT------TTT-----GTCCT 000001191

4: 000001182 --TTTT------TTT-----GTCCT 000001193

5: 000001222 --TTGT------T------TTTCT 000001231

6: 000001112 --TTTT------T------TTTCG 000001121

7: 000001646 --TTTT------T------TTTCT 000001655

8: 000001098 --TCTT------TCCAAACGTTTCT 000001114

9: 000001332 --TTTT------TTCTT 000001340

A: 000001323 --TTTT------TT------TTTTT 000001333

1: 00000-234 TTGGATCAAAAAAATGATAAAATTGGGCGAG------00000-204

2: 000001204 TTTGCCTAAAAATTTGATATATTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAGAAAAAA 000001253

3: 000001192 TTTGCCTAAAAATTTGATATATTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAGA---AA 000001238

4: 000001194 TTTGCCTAAAAATTTGATATATTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAG----AA 000001239

5: 000001232 TTTGCCT-AAAATTTGATATATTTAGGCG------000001259

6: 000001122 TTTGCCTAAAAATTCGATATTCTTAGGCGA------000001151

7: 000001656 TTTGCCT-AAAATTTGATAT-TTTTGGCG------000001682

8: 000001115 TTTGCCT-AAAATTTGATATTTTTAGGCG------000001142

9: 000001341 TTGGCATAAAAATTTGATAATTTTGGCGAAAAATAAGACT------000001380

A: 000001334 TTTGCCTAAAAGTTTGAT--ATTTAGGCG------000001360

1: 00000-203 -----AAATAAGACTAAAAGTTAGGGAAGT------GAAAAAGAG 00000-170

2: 000001254 AAAAAAAAGAAGACTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAGA----AAAAAAAAG 000001299

3: 000001239 AAAAAAAAGAAGACTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAG-----AAAAAAAAG 000001283

4: 000001240 AAAAAAAAGAAGACTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAGA----AAAAAAAAG 000001285

5: 000001260 ---AAAAAGAAGACTTAAAGTTAGGGAAGTAAAAAAAAGAAAGAAAAGAG 000001306

6: 000001152 ---AAAAAGAAGAC-GAAAGTTAGGGAAGTA------AAAAAAGAG 000001187

7: 000001683 ---AAAAAGAAGAC-TAAAGTTAGGGGAGTAAAAAGAAAAAAGAA---AG 000001725

8: 000001143 ---AAAAAGAAGAC-TAAAGTTAGGGAAGTAAAAATAA-ATAAAAGAGAG 000001187

9: 000001381 ------AAAGTTAGGGAAGTGA------AAAAGAG 000001403

A: 000001361 ------AGACTAAAAATTAGGGAAGTAAAA------AAAAAAGAG 000001393

1: 00000-169 ACAAATCCCACCCGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCCCTTTTTC 00000-120

2: 000001300 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001342

3: 000001284 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001326

4: 000001286 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001328

5: 000001307 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001349

6: 000001188 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTCTGTTTCC------000001230

7: 000001726 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001768

8: 000001188 ACAAATCCCACCAGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTCTGTTTCC------000001230

9: 000001404 ACAAATCCCACCCGTCGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCCCTTTTTC 000001453

A: 000001394 ACAAATCCCACGAGTGGTGTCTTCTTGTTCATCCTTTGTTTCC------000001436

1: 00000-119 T------TTCTCACTGTT------TCTG------00000-104

2: 000001343 ------TTCTCACTGTG------ATTTG------000001358

3: 000001327 ------TTCTCACTGTT------CGTTG------000001342

4: 000001329 ------TTCTCACTGTG------ATTTG------000001344

5: 000001350 ------TTCTCACTGTTAGAGCAACTGCAACGGTGATTTTAGATGAG 000001390

6: 000001231 ------TTCTCACTGTT------CTCTG------000001246

7: 000001769 ------TTCTCACTGTT------CTTTG------000001784

8: 000001231 ------TTCTCACTGTT------CGCTG------000001246

9: 000001454 TAATTTTCCTTCTCACTGTTTTTGG------000001478

A: 000001437 ------TTCTCACTGTTC------TTTG------000001452

1: 00000-103 -CCTTAC------TTAAAGTCTCAATCTTTGCTTCAAATTCAACCCAT 00000 -63

2: 000001359 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGTTTCGAATTCAACCCAT 000001399

3: 000001343 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCGAATTCAACCCAT 000001383

4: 000001345 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCGAATTCAACCCAT 000001385

5: 000001391 TCCTTAC------CATTAATC------CTTAGCATTATTTCAAT 000001422

6: 000001247 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCGAATTCAACCCAT 000001287

7: 000001785 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTAGAATTCAACCAAT 000001825

8: 000001247 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCGAATTCAACCCAC 000001287

9: 000001479 --CTTACTTAAAGAGTTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCAAATTCAACCCAT 000001526

A: 000001453 -CCTTAC------TTAAAGTCGCAAACTTTGCTTCGAATTCAACCCAT 000001493

1: 000000-62 CTCTTTTTCCTCCCTT------CCCTCACAATCAA------00000 -34

2: 000001400 CTCTCATCTCATCTTCT------CCTTCGCAATCAAATCTCC 000001435

3: 000001384 CTCTCATCTCATCTTCC------CCTTCGCAATCAAATCTCC 000001419

4: 000001386 CTCTCATCTCATCTTCT------CCTTCGCAATCAAATCTCC 000001421

5: 000001423 ATAATATTAT------TATTTTGGTTTAATTAGCT 000001451

6: 000001288 CTCTCACCTT------CCTTTGCAATCAAACCTCC 000001316

7: 000001826 CTCTCATCTT------CCCTTGCAATCAAATCTCC 000001854

8: 000001288 CTCTCACCTTTC------CCTTGGCAATCAATTCTCC 000001318

9: 000001527 CTCTCATCTTCCCCCTCTGCAGATTCTCTTCCCTTTGCAATCAAATCTCC 000001576

A: 000001494 CTCT-----CATCTTC------CCTTGGCAATCAATTCTCC 000001523

1: 000000-33 ------AATCT------TAATTCTCAG----CTTCTGG--T--- 000000-11

2: 000001436 AACG--AAATCAATCTCTCTGCTCAATTCTCACTC---TTCTGCTGGGTT 000001480

3: 000001420 AACG--AAATCAATCTCTCTGCTCAATTCTCACTC---TTCTGCTGGGTT 000001464

4: 000001422 AACG--AAATCAATCTCTCTGCTCAATTCTCACTC---TTCTGCTGGGTT 000001466

5: 000001452 AGGG--A------TCAATCC--TTCAA--GAAG- 000001472

6: 000001317 AACG--AAACTAATCTCTCTGCTCAATTCTCGCTC---TTCTG--GGTCT 000001359

7: 000001855 AACG--AAACCAATCTCT--GCCCAATCCTCACTCT--TTCTG--GGGGT 000001896

8: 000001319 AACGAAAAACCAATCTCTCCGCTCAATTCTCGCTC---TTCTG--GGTTT 000001363

9: 000001577 AACGA-AAACTAACCTC------TTGCTGG------GTT 000001602

A: 000001524 CAGCG-AAATCACTCTGCCCGA-CGATTCTCATCACCCTTCTGG--TGTT 000001569

1: 000000000 ------000000000

2: 000001481 TCGAAAATTCTCT------000001493

3: 000001465 TNGAAAATTCTCT------000001477

4: 000001467 TNGAAAATTCTCT------000001479

5: 000001473 ------GAT------000001475

6: 000001360 C--GTAATTCTCAAATGGAAGGCGGTTCC---GCTATTGGGTCGGCCTCG 000001404

7: 000001897 TTCTGAATTTTCT------000001909

8: 000001364 CTGAAAATTCTCA------000001376

9: 000001603 ACCGAATTTCCAGAATGGAAGGCGGTTCCG---CTAGTGGGTCGGCTTCG 000001649

A: 000001570 TCGAAAATTCTCTAATGGAAGGCGGTTCCGCTGCTATTGGGTCAGCTTCG 000001619

1: 000000-10 --TTTGTCGAA------000000 -2

2: 000000000 ------000000000

3: 000000000 ------000000000

4: 000000000 ------000000000

5: 000000000 ------000000000

6: 000001405 ACTTTGTCAAAC------000001416

7: 000000000 ------000000000

8: 000000000 ------000000000

9: 000001650 ACCTTGTCAAACGACGAAAATCTTGTCGTCTCTTGCGAGGACTCTTCTTC 000001699

A: 000001620 ACTTTGTCAAACGATGAAAACCTCGTCGTCTCTTCCGAGGATTCTTCTTC 000001669

1: 000000000 ------000000000

2: 000000000 ------000000000

3: 000000000 ------000000000

4: 000000000 ------000000000

5: 000000000 ------000000000

6: 000000000 ------000000000

7: 000000000 ------000000000

8: 000000000 ------000000000

9: 000001700 TCCGACAGAG------000001709

A: 000001670 TCCGACAGAGAACGGTCTCGAGCTTCGTCTTACGTTGAGCCTAGGTCGCA 000001719

1: 0000000-2 ------A 0000000-1

2: 000001494 ------A 000001494

3: 000001478 ------A 000001478

4: 000001480 ------A 000001480

5: 000001476 ------T 000001476

6: 000001417 ------G 000001417

7: 000001910 ------A 000001910

8: 000001377 ------A 000001377

9: 000001710 ------A 000001710

A: 000001720 AGGGGTATCGAGAGTGCAGGGTTTCACACGCTG 000001752

Supplemental Figure 1b

McGarry and Ayre